# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.257 0.002 0.016 0.038 0.034 0.089 0.013 0.001 0.033 0.480 2 E 0.053 0.644 0.002 0.005 0.010 0.014 0.037 0.006 0.001 0.018 0.210 3 L 0.091 0.698 0.005 0.009 0.008 0.008 0.022 0.007 0.001 0.018 0.133 4 K 0.030 0.600 0.002 0.011 0.010 0.013 0.043 0.005 0.001 0.059 0.225 5 D 0.026 0.801 0.003 0.006 0.005 0.006 0.021 0.005 0.001 0.040 0.086 6 I 0.024 0.886 0.004 0.003 0.002 0.004 0.009 0.013 0.001 0.007 0.047 7 M 0.064 0.684 0.005 0.006 0.008 0.012 0.020 0.007 0.002 0.054 0.136 8 H 0.084 0.387 0.025 0.013 0.012 0.019 0.058 0.009 0.012 0.143 0.236 9 I 0.193 0.241 0.018 0.012 0.008 0.016 0.073 0.030 0.009 0.090 0.311 10 L 0.332 0.058 0.030 0.017 0.009 0.016 0.079 0.012 0.019 0.072 0.355 11 E 0.074 0.016 0.002 0.021 0.010 0.023 0.115 0.002 0.001 0.026 0.708 12 D 0.021 0.009 0.002 0.018 0.007 0.018 0.114 0.002 0.001 0.031 0.779 13 M 0.031 0.006 0.003 0.041 0.047 0.041 0.195 0.008 0.001 0.064 0.563 14 K 0.018 0.008 0.001 0.123 0.036 0.083 0.128 0.002 0.001 0.057 0.542 15 V 0.006 0.006 0.001 0.189 0.097 0.182 0.069 0.002 0.001 0.064 0.384 16 G 0.004 0.004 0.001 0.362 0.094 0.147 0.056 0.001 0.001 0.067 0.263 17 V 0.003 0.003 0.001 0.361 0.189 0.185 0.035 0.001 0.001 0.052 0.169 18 F 0.007 0.004 0.001 0.328 0.140 0.197 0.049 0.001 0.001 0.042 0.231 19 A 0.003 0.002 0.001 0.184 0.190 0.275 0.047 0.001 0.001 0.028 0.271 20 T 0.020 0.024 0.003 0.108 0.175 0.285 0.085 0.001 0.003 0.062 0.233 21 L 0.054 0.031 0.021 0.081 0.071 0.092 0.108 0.009 0.015 0.041 0.476 22 D 0.562 0.087 0.002 0.010 0.016 0.021 0.039 0.037 0.003 0.046 0.179 23 E 0.498 0.026 0.001 0.008 0.004 0.008 0.054 0.002 0.001 0.043 0.354 24 Y 0.009 0.021 0.003 0.020 0.013 0.034 0.102 0.001 0.001 0.015 0.781 25 G 0.022 0.106 0.003 0.010 0.035 0.036 0.088 0.004 0.001 0.020 0.675 26 N 0.283 0.244 0.002 0.005 0.045 0.020 0.071 0.035 0.001 0.077 0.217 27 P 0.132 0.347 0.004 0.009 0.010 0.019 0.070 0.011 0.001 0.048 0.349 28 H 0.105 0.356 0.007 0.012 0.016 0.044 0.069 0.006 0.002 0.045 0.337 29 A 0.117 0.124 0.017 0.025 0.040 0.061 0.095 0.010 0.006 0.092 0.413 30 R 0.126 0.199 0.004 0.028 0.037 0.058 0.089 0.013 0.002 0.063 0.381 31 H 0.092 0.061 0.003 0.047 0.035 0.049 0.099 0.005 0.001 0.129 0.478 32 A 0.018 0.135 0.004 0.064 0.064 0.107 0.117 0.006 0.001 0.054 0.430 33 H 0.041 0.103 0.005 0.059 0.072 0.146 0.102 0.011 0.002 0.061 0.397 34 I 0.030 0.057 0.004 0.086 0.127 0.147 0.073 0.008 0.002 0.091 0.377 35 T 0.048 0.049 0.002 0.080 0.083 0.150 0.085 0.004 0.001 0.135 0.363 36 A 0.056 0.031 0.014 0.080 0.071 0.104 0.104 0.004 0.007 0.104 0.425 37 A 0.033 0.009 0.014 0.086 0.038 0.075 0.116 0.004 0.009 0.042 0.574 38 N 0.315 0.021 0.003 0.019 0.033 0.055 0.085 0.011 0.003 0.077 0.377 39 E 0.119 0.010 0.004 0.029 0.013 0.027 0.127 0.004 0.002 0.070 0.595 40 E 0.011 0.006 0.002 0.041 0.039 0.114 0.157 0.002 0.001 0.042 0.584 41 G 0.004 0.004 0.001 0.065 0.160 0.367 0.082 0.001 0.001 0.084 0.232 42 I 0.003 0.002 0.001 0.112 0.190 0.263 0.062 0.001 0.001 0.126 0.242 43 F 0.001 0.002 0.001 0.173 0.259 0.385 0.023 0.001 0.001 0.054 0.102 44 F 0.004 0.001 0.001 0.100 0.229 0.373 0.032 0.001 0.001 0.071 0.191 45 M 0.002 0.001 0.001 0.151 0.224 0.331 0.043 0.001 0.001 0.067 0.179 46 T 0.034 0.002 0.001 0.079 0.112 0.177 0.081 0.002 0.002 0.179 0.330 47 S 0.170 0.026 0.002 0.041 0.054 0.057 0.107 0.009 0.002 0.136 0.395 48 P 0.080 0.054 0.003 0.013 0.011 0.015 0.104 0.006 0.002 0.031 0.681 49 E 0.052 0.165 0.003 0.012 0.021 0.029 0.096 0.024 0.001 0.025 0.572 50 T 0.138 0.377 0.001 0.007 0.019 0.022 0.054 0.014 0.001 0.046 0.323 51 H 0.042 0.577 0.010 0.011 0.014 0.016 0.034 0.011 0.003 0.038 0.244 52 F 0.054 0.750 0.005 0.003 0.010 0.016 0.021 0.011 0.001 0.013 0.114 53 Y 0.056 0.723 0.005 0.003 0.014 0.017 0.022 0.008 0.002 0.021 0.129 54 D 0.066 0.511 0.025 0.008 0.019 0.027 0.053 0.010 0.014 0.050 0.216 55 Q 0.202 0.249 0.025 0.007 0.013 0.027 0.060 0.033 0.014 0.063 0.306 56 L 0.319 0.071 0.005 0.005 0.011 0.019 0.053 0.010 0.004 0.042 0.461 57 M 0.069 0.024 0.005 0.010 0.007 0.016 0.071 0.001 0.002 0.024 0.772 58 G 0.007 0.056 0.002 0.011 0.006 0.014 0.066 0.001 0.001 0.013 0.823 59 D 0.128 0.147 0.004 0.007 0.026 0.027 0.098 0.016 0.002 0.059 0.486 60 Q 0.067 0.310 0.002 0.028 0.031 0.035 0.082 0.008 0.001 0.064 0.372 61 R 0.025 0.081 0.002 0.038 0.034 0.080 0.104 0.002 0.001 0.252 0.381 62 V 0.012 0.202 0.003 0.079 0.123 0.164 0.079 0.005 0.001 0.126 0.207 63 A 0.041 0.116 0.006 0.108 0.097 0.197 0.065 0.010 0.002 0.112 0.246 64 M 0.023 0.041 0.004 0.088 0.208 0.232 0.041 0.003 0.001 0.089 0.271 65 T 0.017 0.024 0.002 0.065 0.127 0.301 0.056 0.002 0.001 0.106 0.298 66 A 0.058 0.032 0.019 0.043 0.124 0.175 0.080 0.005 0.010 0.111 0.342 67 I 0.068 0.017 0.016 0.051 0.098 0.123 0.108 0.007 0.015 0.051 0.447 68 S 0.320 0.023 0.003 0.010 0.023 0.040 0.071 0.008 0.003 0.044 0.455 69 E 0.137 0.006 0.004 0.016 0.020 0.033 0.100 0.005 0.002 0.043 0.635 70 E 0.014 0.005 0.001 0.026 0.036 0.086 0.136 0.003 0.001 0.024 0.668 71 G 0.006 0.003 0.001 0.052 0.090 0.261 0.102 0.001 0.001 0.052 0.434 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.067 0.295 0.381 0.040 0.001 0.001 0.066 0.147 73 L 0.001 0.001 0.001 0.079 0.269 0.434 0.028 0.001 0.001 0.034 0.154 74 I 0.001 0.001 0.001 0.066 0.335 0.405 0.020 0.001 0.001 0.024 0.147 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.054 0.320 0.551 0.006 0.001 0.001 0.035 0.032 76 V 0.001 0.001 0.001 0.039 0.345 0.466 0.011 0.001 0.001 0.044 0.093 77 V 0.001 0.001 0.001 0.061 0.495 0.364 0.010 0.001 0.001 0.016 0.052 78 R 0.016 0.001 0.001 0.076 0.304 0.350 0.030 0.001 0.001 0.046 0.175 79 V 0.033 0.001 0.001 0.073 0.254 0.212 0.052 0.004 0.001 0.048 0.321 80 E 0.052 0.007 0.001 0.060 0.061 0.123 0.110 0.006 0.001 0.034 0.545 81 G 0.033 0.006 0.001 0.048 0.074 0.115 0.120 0.004 0.001 0.031 0.569 82 T 0.011 0.017 0.001 0.057 0.144 0.162 0.097 0.003 0.001 0.029 0.478 83 A 0.024 0.068 0.002 0.046 0.061 0.070 0.086 0.005 0.001 0.038 0.600 84 R 0.065 0.088 0.004 0.049 0.098 0.076 0.091 0.012 0.001 0.211 0.305 85 P 0.046 0.244 0.007 0.041 0.019 0.028 0.074 0.004 0.002 0.201 0.335 86 V 0.035 0.688 0.006 0.012 0.013 0.015 0.027 0.007 0.002 0.046 0.149 87 E 0.022 0.881 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.009 0.001 0.005 0.063 88 N 0.047 0.811 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 0.007 0.001 0.026 0.088 89 D 0.016 0.126 0.007 0.005 0.002 0.003 0.020 0.003 0.002 0.740 0.076 90 Y 0.031 0.671 0.012 0.003 0.003 0.004 0.031 0.015 0.003 0.122 0.104 91 L 0.086 0.640 0.020 0.005 0.003 0.005 0.022 0.025 0.004 0.036 0.153 92 K 0.064 0.409 0.010 0.013 0.005 0.009 0.055 0.007 0.005 0.078 0.345 93 T 0.096 0.296 0.009 0.012 0.005 0.013 0.084 0.010 0.005 0.082 0.389 94 V 0.150 0.148 0.021 0.022 0.005 0.013 0.088 0.055 0.009 0.103 0.386 95 F 0.386 0.041 0.004 0.014 0.005 0.008 0.087 0.004 0.003 0.048 0.399 96 A 0.009 0.015 0.001 0.016 0.004 0.008 0.123 0.001 0.001 0.015 0.807 97 D 0.013 0.087 0.002 0.012 0.006 0.007 0.103 0.005 0.001 0.015 0.749 98 N 0.380 0.241 0.005 0.009 0.010 0.008 0.058 0.059 0.002 0.067 0.161 99 P 0.115 0.353 0.007 0.014 0.003 0.007 0.054 0.006 0.003 0.047 0.391 100 Y 0.159 0.385 0.012 0.011 0.008 0.019 0.054 0.010 0.005 0.040 0.297 101 Y 0.245 0.401 0.005 0.011 0.011 0.016 0.041 0.032 0.002 0.031 0.206 102 Q 0.219 0.138 0.003 0.021 0.024 0.045 0.083 0.010 0.002 0.038 0.418 103 H 0.025 0.040 0.003 0.039 0.055 0.103 0.100 0.002 0.001 0.026 0.607 104 I 0.011 0.047 0.006 0.036 0.036 0.072 0.128 0.002 0.002 0.024 0.636 105 Y 0.302 0.074 0.008 0.018 0.044 0.035 0.088 0.019 0.005 0.076 0.330 106 K 0.210 0.027 0.003 0.010 0.008 0.012 0.083 0.005 0.002 0.061 0.578 107 D 0.034 0.017 0.001 0.007 0.004 0.012 0.078 0.003 0.001 0.028 0.816 108 E 0.096 0.018 0.005 0.016 0.010 0.016 0.095 0.002 0.002 0.129 0.611 109 S 0.049 0.098 0.002 0.012 0.023 0.028 0.113 0.008 0.001 0.117 0.549 110 S 0.079 0.104 0.002 0.009 0.014 0.021 0.090 0.004 0.001 0.052 0.623 111 D 0.027 0.185 0.002 0.033 0.073 0.100 0.108 0.005 0.001 0.077 0.389 112 T 0.030 0.190 0.001 0.030 0.052 0.128 0.103 0.004 0.001 0.124 0.336 113 M 0.020 0.207 0.005 0.069 0.122 0.145 0.070 0.004 0.001 0.076 0.283 114 Q 0.013 0.189 0.002 0.088 0.190 0.270 0.045 0.003 0.001 0.057 0.143 115 V 0.013 0.147 0.003 0.057 0.197 0.288 0.038 0.004 0.001 0.081 0.172 116 F 0.016 0.072 0.004 0.168 0.241 0.209 0.039 0.004 0.002 0.117 0.128 117 Q 0.047 0.035 0.020 0.119 0.135 0.179 0.071 0.007 0.008 0.180 0.199 118 I 0.068 0.015 0.007 0.112 0.127 0.155 0.071 0.005 0.004 0.107 0.330 119 Y 0.101 0.015 0.009 0.075 0.047 0.087 0.112 0.004 0.008 0.088 0.453 120 A 0.070 0.012 0.004 0.040 0.032 0.053 0.122 0.005 0.002 0.038 0.622 121 G 0.084 0.015 0.001 0.026 0.034 0.061 0.125 0.008 0.001 0.044 0.600 122 H 0.025 0.010 0.001 0.041 0.058 0.103 0.151 0.007 0.001 0.053 0.549 123 G 0.040 0.016 0.005 0.089 0.040 0.115 0.128 0.003 0.002 0.070 0.494 124 F 0.033 0.011 0.002 0.086 0.124 0.170 0.095 0.005 0.001 0.084 0.387 125 Y 0.054 0.014 0.001 0.070 0.044 0.097 0.110 0.003 0.001 0.068 0.539 126 H 0.023 0.007 0.001 0.067 0.106 0.170 0.100 0.003 0.001 0.068 0.455 127 S 0.022 0.008 0.002 0.034 0.049 0.092 0.138 0.001 0.001 0.049 0.604 128 L 0.025 0.011 0.003 0.021 0.070 0.091 0.118 0.008 0.002 0.043 0.608 129 T 0.451 0.047 0.003 0.007 0.018 0.019 0.060 0.007 0.003 0.041 0.345 130 Q 0.117 0.032 0.003 0.010 0.013 0.023 0.099 0.012 0.001 0.048 0.644 131 G 0.074 0.033 0.003 0.009 0.010 0.022 0.094 0.004 0.001 0.028 0.721 132 H 0.070 0.062 0.003 0.037 0.100 0.122 0.112 0.010 0.001 0.037 0.447 133 K 0.024 0.026 0.001 0.040 0.095 0.177 0.098 0.003 0.001 0.071 0.466 134 Y 0.005 0.022 0.002 0.096 0.227 0.310 0.059 0.002 0.001 0.064 0.212 135 I 0.013 0.011 0.003 0.113 0.179 0.232 0.077 0.002 0.001 0.067 0.302 136 F 0.017 0.007 0.004 0.140 0.210 0.229 0.059 0.002 0.002 0.056 0.275 137 S 0.045 0.007 0.002 0.089 0.113 0.226 0.066 0.003 0.001 0.086 0.363 138 I 0.050 0.008 0.003 0.048 0.061 0.100 0.091 0.004 0.002 0.065 0.570 139 G 0.055 0.018 0.001 0.038 0.061 0.095 0.128 0.011 0.001 0.044 0.549 140 Q 0.093 0.023 0.002 0.029 0.041 0.056 0.121 0.004 0.001 0.057 0.572 141 G 0.024 0.036 0.003 0.050 0.078 0.085 0.126 0.004 0.001 0.049 0.544 142 E 0.087 0.186 0.003 0.027 0.058 0.083 0.096 0.015 0.001 0.041 0.403 143 H 0.132 0.359 0.005 0.022 0.037 0.043 0.060 0.012 0.002 0.033 0.296 144 S 0.101 0.220 0.010 0.022 0.061 0.106 0.085 0.009 0.005 0.044 0.336 145 E 0.091 0.188 0.011 0.022 0.045 0.099 0.075 0.015 0.005 0.043 0.406 146 V 0.287 0.068 0.008 0.016 0.043 0.059 0.072 0.016 0.004 0.049 0.377 147 R 0.129 0.035 0.004 0.026 0.057 0.077 0.082 0.005 0.002 0.035 0.548 148 A 0.014 0.016 0.002 0.017 0.023 0.051 0.083 0.001 0.001 0.015 0.777 149 L 0.032 0.013 0.004 0.019 0.079 0.067 0.100 0.011 0.001 0.038 0.636