# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.133 0.020 0.028 0.026 0.105 0.071 0.585 2 E 0.062 0.443 0.010 0.007 0.010 0.056 0.075 0.337 3 L 0.091 0.696 0.005 0.004 0.005 0.023 0.058 0.118 4 K 0.047 0.531 0.013 0.008 0.009 0.045 0.098 0.248 5 D 0.022 0.828 0.003 0.003 0.004 0.013 0.040 0.085 6 I 0.021 0.881 0.005 0.002 0.003 0.012 0.030 0.046 7 M 0.032 0.766 0.016 0.007 0.007 0.015 0.090 0.067 8 H 0.031 0.557 0.049 0.021 0.017 0.031 0.162 0.133 9 I 0.113 0.418 0.050 0.009 0.012 0.050 0.164 0.182 10 L 0.300 0.194 0.069 0.013 0.012 0.044 0.205 0.164 11 E 0.097 0.109 0.015 0.008 0.013 0.063 0.056 0.639 12 D 0.016 0.044 0.025 0.003 0.009 0.085 0.055 0.764 13 M 0.032 0.095 0.066 0.041 0.042 0.184 0.096 0.444 14 K 0.075 0.066 0.097 0.033 0.046 0.102 0.124 0.459 15 V 0.042 0.062 0.128 0.037 0.053 0.116 0.071 0.491 16 G 0.014 0.021 0.345 0.052 0.103 0.075 0.136 0.254 17 V 0.029 0.039 0.203 0.101 0.130 0.097 0.122 0.279 18 F 0.025 0.041 0.260 0.073 0.112 0.088 0.086 0.315 19 A 0.025 0.045 0.223 0.100 0.136 0.098 0.058 0.314 20 T 0.045 0.056 0.211 0.076 0.126 0.080 0.168 0.239 21 L 0.083 0.035 0.133 0.062 0.079 0.090 0.139 0.379 22 D 0.328 0.028 0.048 0.043 0.053 0.081 0.093 0.326 23 E 0.087 0.015 0.013 0.012 0.017 0.112 0.038 0.707 24 Y 0.007 0.008 0.012 0.008 0.019 0.124 0.018 0.805 25 G 0.056 0.038 0.012 0.014 0.022 0.113 0.039 0.705 26 N 0.263 0.140 0.012 0.025 0.019 0.088 0.091 0.362 27 P 0.070 0.172 0.024 0.023 0.031 0.075 0.054 0.552 28 H 0.082 0.226 0.026 0.027 0.062 0.092 0.062 0.424 29 A 0.049 0.107 0.075 0.048 0.058 0.098 0.112 0.454 30 R 0.116 0.234 0.035 0.051 0.077 0.076 0.083 0.328 31 H 0.059 0.115 0.033 0.021 0.041 0.077 0.208 0.447 32 A 0.014 0.178 0.058 0.076 0.135 0.090 0.123 0.327 33 H 0.050 0.199 0.058 0.067 0.168 0.064 0.083 0.312 34 I 0.036 0.094 0.068 0.153 0.134 0.079 0.134 0.303 35 T 0.041 0.093 0.095 0.154 0.190 0.059 0.100 0.269 36 A 0.055 0.065 0.042 0.101 0.153 0.090 0.105 0.389 37 A 0.019 0.013 0.091 0.058 0.071 0.119 0.113 0.516 38 N 0.474 0.038 0.016 0.035 0.041 0.052 0.088 0.257 39 E 0.129 0.033 0.011 0.011 0.019 0.083 0.057 0.657 40 E 0.005 0.010 0.064 0.025 0.126 0.154 0.023 0.593 41 G 0.015 0.006 0.076 0.103 0.354 0.078 0.100 0.268 42 I 0.009 0.002 0.063 0.263 0.196 0.059 0.084 0.323 43 F 0.004 0.001 0.228 0.217 0.400 0.029 0.032 0.089 44 F 0.006 0.002 0.085 0.213 0.366 0.049 0.034 0.246 45 M 0.003 0.001 0.206 0.230 0.247 0.057 0.026 0.228 46 T 0.025 0.007 0.079 0.079 0.132 0.084 0.098 0.497 47 S 0.271 0.056 0.024 0.052 0.046 0.107 0.142 0.301 48 P 0.068 0.085 0.015 0.012 0.018 0.102 0.035 0.665 49 E 0.070 0.313 0.009 0.008 0.018 0.079 0.045 0.458 50 T 0.062 0.435 0.012 0.014 0.021 0.069 0.066 0.321 51 H 0.030 0.533 0.015 0.027 0.026 0.068 0.067 0.234 52 F 0.026 0.833 0.008 0.006 0.010 0.013 0.042 0.062 53 Y 0.085 0.752 0.014 0.010 0.012 0.013 0.058 0.055 54 D 0.099 0.370 0.057 0.045 0.036 0.034 0.155 0.203 55 Q 0.174 0.149 0.041 0.027 0.028 0.064 0.121 0.397 56 L 0.279 0.054 0.026 0.013 0.017 0.091 0.072 0.448 57 M 0.036 0.024 0.008 0.007 0.010 0.091 0.022 0.802 58 G 0.030 0.042 0.002 0.002 0.004 0.052 0.012 0.856 59 D 0.070 0.295 0.010 0.011 0.013 0.089 0.066 0.446 60 Q 0.035 0.409 0.030 0.024 0.044 0.082 0.060 0.316 61 R 0.031 0.106 0.066 0.050 0.090 0.067 0.301 0.289 62 V 0.018 0.138 0.086 0.129 0.132 0.065 0.260 0.172 63 A 0.064 0.183 0.100 0.080 0.214 0.075 0.075 0.208 64 M 0.031 0.043 0.079 0.151 0.238 0.066 0.146 0.246 65 T 0.019 0.057 0.073 0.167 0.213 0.069 0.127 0.275 66 A 0.037 0.058 0.050 0.107 0.223 0.107 0.092 0.325 67 I 0.035 0.019 0.062 0.101 0.116 0.115 0.136 0.415 68 S 0.493 0.028 0.012 0.021 0.026 0.054 0.091 0.274 69 E 0.239 0.033 0.006 0.008 0.013 0.062 0.055 0.584 70 E 0.015 0.017 0.022 0.018 0.091 0.144 0.023 0.670 71 G 0.007 0.006 0.050 0.059 0.253 0.094 0.078 0.452 72 Y 0.003 0.005 0.061 0.407 0.288 0.043 0.047 0.147 73 L 0.005 0.004 0.119 0.210 0.395 0.031 0.055 0.180 74 I 0.006 0.002 0.078 0.349 0.328 0.028 0.058 0.151 75 Q 0.004 0.001 0.111 0.371 0.393 0.015 0.024 0.080 76 V 0.004 0.001 0.116 0.183 0.446 0.028 0.032 0.190 77 V 0.002 0.001 0.116 0.300 0.439 0.024 0.021 0.097 78 R 0.012 0.001 0.116 0.270 0.338 0.037 0.049 0.177 79 V 0.040 0.003 0.053 0.197 0.189 0.061 0.074 0.383 80 E 0.034 0.003 0.052 0.075 0.171 0.087 0.029 0.548 81 G 0.036 0.003 0.035 0.060 0.113 0.099 0.027 0.627 82 T 0.013 0.007 0.040 0.104 0.139 0.101 0.026 0.570 83 A 0.018 0.014 0.028 0.043 0.070 0.087 0.024 0.716 84 R 0.035 0.043 0.054 0.196 0.145 0.081 0.116 0.331 85 P 0.069 0.114 0.044 0.044 0.049 0.087 0.079 0.515 86 V 0.172 0.394 0.031 0.043 0.036 0.052 0.068 0.205 87 E 0.056 0.557 0.010 0.012 0.020 0.031 0.034 0.280 88 N 0.064 0.685 0.006 0.006 0.012 0.022 0.055 0.150 89 D 0.021 0.207 0.024 0.038 0.031 0.057 0.469 0.154 90 Y 0.036 0.502 0.015 0.020 0.025 0.043 0.242 0.117 91 L 0.109 0.580 0.017 0.012 0.021 0.035 0.083 0.143 92 K 0.075 0.292 0.024 0.042 0.064 0.062 0.098 0.343 93 T 0.079 0.127 0.048 0.034 0.057 0.082 0.132 0.441 94 V 0.073 0.055 0.056 0.045 0.068 0.129 0.165 0.409 95 F 0.180 0.035 0.068 0.035 0.050 0.127 0.115 0.388 96 A 0.020 0.022 0.021 0.016 0.022 0.136 0.033 0.731 97 D 0.017 0.043 0.015 0.005 0.009 0.086 0.020 0.807 98 N 0.233 0.333 0.022 0.012 0.011 0.076 0.078 0.235 99 P 0.085 0.250 0.039 0.015 0.014 0.109 0.054 0.434 100 Y 0.141 0.374 0.029 0.009 0.018 0.055 0.065 0.309 101 Y 0.167 0.377 0.029 0.017 0.023 0.061 0.094 0.232 102 Q 0.086 0.243 0.030 0.024 0.042 0.071 0.059 0.444 103 H 0.043 0.143 0.052 0.047 0.073 0.086 0.080 0.476 104 I 0.048 0.076 0.059 0.050 0.066 0.125 0.060 0.516 105 Y 0.143 0.043 0.043 0.061 0.069 0.084 0.147 0.409 106 K 0.078 0.028 0.014 0.017 0.022 0.093 0.147 0.601 107 D 0.060 0.035 0.010 0.011 0.016 0.119 0.065 0.684 108 E 0.051 0.028 0.006 0.007 0.009 0.099 0.063 0.737 109 S 0.107 0.200 0.006 0.007 0.012 0.090 0.103 0.476 110 S 0.066 0.265 0.013 0.010 0.018 0.122 0.061 0.445 111 D 0.032 0.492 0.017 0.032 0.050 0.058 0.059 0.261 112 T 0.023 0.519 0.027 0.028 0.078 0.055 0.070 0.199 113 M 0.019 0.309 0.066 0.091 0.152 0.061 0.132 0.170 114 Q 0.026 0.326 0.051 0.153 0.195 0.034 0.126 0.090 115 V 0.025 0.246 0.112 0.092 0.168 0.061 0.117 0.180 116 F 0.012 0.150 0.125 0.167 0.334 0.037 0.087 0.089 117 Q 0.021 0.060 0.138 0.212 0.326 0.033 0.094 0.116 118 I 0.090 0.058 0.120 0.175 0.184 0.070 0.106 0.197 119 Y 0.080 0.034 0.096 0.136 0.154 0.075 0.085 0.339 120 A 0.054 0.018 0.038 0.023 0.045 0.125 0.029 0.668 121 G 0.066 0.035 0.044 0.027 0.045 0.114 0.057 0.612 122 H 0.063 0.046 0.031 0.033 0.056 0.130 0.042 0.601 123 G 0.043 0.035 0.072 0.062 0.117 0.099 0.110 0.462 124 F 0.051 0.039 0.046 0.110 0.148 0.099 0.091 0.416 125 Y 0.039 0.011 0.070 0.096 0.142 0.069 0.192 0.380 126 H 0.038 0.013 0.040 0.140 0.169 0.092 0.108 0.400 127 S 0.031 0.011 0.037 0.066 0.124 0.098 0.060 0.574 128 L 0.031 0.009 0.020 0.038 0.049 0.114 0.031 0.707 129 T 0.174 0.043 0.018 0.029 0.036 0.094 0.058 0.548 130 Q 0.101 0.061 0.010 0.015 0.020 0.110 0.025 0.658 131 G 0.058 0.120 0.017 0.015 0.035 0.088 0.044 0.623 132 H 0.077 0.210 0.024 0.043 0.069 0.094 0.097 0.387 133 K 0.017 0.080 0.052 0.077 0.126 0.078 0.189 0.381 134 Y 0.015 0.093 0.078 0.146 0.215 0.055 0.163 0.234 135 I 0.024 0.052 0.124 0.151 0.252 0.071 0.104 0.223 136 F 0.057 0.042 0.116 0.159 0.233 0.075 0.058 0.260 137 S 0.074 0.052 0.074 0.099 0.173 0.077 0.086 0.365 138 I 0.035 0.050 0.055 0.050 0.089 0.146 0.049 0.525 139 G 0.068 0.085 0.039 0.043 0.084 0.119 0.079 0.483 140 Q 0.081 0.082 0.024 0.034 0.044 0.109 0.147 0.479 141 G 0.044 0.140 0.037 0.035 0.054 0.102 0.142 0.447 142 E 0.071 0.236 0.026 0.037 0.063 0.079 0.087 0.401 143 H 0.092 0.180 0.034 0.037 0.047 0.079 0.086 0.445 144 S 0.041 0.133 0.057 0.075 0.084 0.086 0.088 0.438 145 E 0.086 0.107 0.037 0.043 0.075 0.090 0.090 0.472 146 V 0.167 0.049 0.041 0.047 0.053 0.094 0.113 0.437 147 R 0.078 0.028 0.026 0.049 0.063 0.105 0.075 0.576 148 A 0.030 0.018 0.014 0.016 0.039 0.085 0.055 0.743 149 L 0.036 0.019 0.026 0.044 0.060 0.128 0.062 0.624