# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.349 0.131 0.065 0.102 0.082 0.071 0.077 0.049 0.036 0.023 0.015 2 E 0.244 0.344 0.093 0.163 0.078 0.038 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 3 L 0.071 0.049 0.031 0.072 0.086 0.108 0.173 0.147 0.129 0.086 0.048 4 K 0.462 0.199 0.090 0.128 0.071 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 5 D 0.043 0.109 0.156 0.238 0.160 0.118 0.100 0.038 0.022 0.011 0.006 6 I 0.010 0.016 0.020 0.054 0.072 0.122 0.235 0.165 0.139 0.106 0.062 7 M 0.028 0.019 0.054 0.078 0.099 0.162 0.239 0.134 0.105 0.056 0.025 8 H 0.022 0.062 0.300 0.306 0.159 0.080 0.044 0.016 0.007 0.003 0.002 9 I 0.004 0.012 0.041 0.049 0.056 0.081 0.174 0.161 0.165 0.151 0.105 10 L 0.005 0.009 0.055 0.043 0.050 0.058 0.151 0.152 0.194 0.159 0.122 11 E 0.035 0.054 0.357 0.238 0.153 0.085 0.052 0.015 0.007 0.003 0.001 12 D 0.042 0.093 0.227 0.207 0.158 0.129 0.092 0.030 0.014 0.007 0.003 13 M 0.023 0.023 0.022 0.037 0.038 0.048 0.118 0.147 0.204 0.199 0.140 14 K 0.138 0.140 0.056 0.127 0.130 0.128 0.133 0.062 0.045 0.025 0.016 15 V 0.033 0.031 0.033 0.059 0.056 0.073 0.141 0.150 0.177 0.145 0.102 16 G 0.046 0.055 0.036 0.106 0.115 0.130 0.175 0.124 0.096 0.069 0.048 17 V 0.029 0.040 0.030 0.073 0.063 0.072 0.134 0.137 0.159 0.141 0.122 18 F 0.022 0.022 0.020 0.068 0.081 0.103 0.146 0.147 0.164 0.133 0.094 19 A 0.016 0.022 0.018 0.045 0.058 0.082 0.159 0.159 0.186 0.141 0.115 20 T 0.055 0.110 0.058 0.185 0.165 0.121 0.135 0.076 0.049 0.029 0.016 21 L 0.016 0.018 0.011 0.033 0.043 0.058 0.114 0.140 0.190 0.189 0.187 22 D 0.091 0.155 0.086 0.215 0.183 0.108 0.082 0.038 0.023 0.012 0.007 23 E 0.370 0.184 0.071 0.143 0.085 0.055 0.046 0.021 0.013 0.008 0.005 24 Y 0.120 0.080 0.034 0.110 0.104 0.108 0.164 0.106 0.085 0.056 0.032 25 G 0.453 0.125 0.037 0.073 0.056 0.051 0.058 0.043 0.041 0.034 0.029 26 N 0.160 0.296 0.073 0.177 0.113 0.069 0.050 0.025 0.018 0.011 0.007 27 P 0.159 0.104 0.039 0.094 0.100 0.117 0.131 0.090 0.080 0.055 0.030 28 H 0.302 0.120 0.051 0.148 0.124 0.090 0.080 0.037 0.025 0.014 0.009 29 A 0.092 0.061 0.045 0.087 0.083 0.085 0.137 0.113 0.123 0.099 0.076 30 R 0.045 0.058 0.078 0.146 0.121 0.140 0.149 0.097 0.080 0.053 0.033 31 H 0.073 0.063 0.092 0.147 0.144 0.149 0.147 0.084 0.052 0.031 0.017 32 A 0.080 0.072 0.153 0.124 0.107 0.099 0.126 0.085 0.070 0.051 0.033 33 H 0.062 0.091 0.109 0.203 0.152 0.116 0.121 0.055 0.045 0.030 0.018 34 I 0.012 0.013 0.028 0.029 0.028 0.038 0.094 0.113 0.194 0.223 0.229 35 T 0.042 0.072 0.177 0.189 0.159 0.127 0.112 0.051 0.037 0.021 0.014 36 A 0.030 0.047 0.085 0.109 0.095 0.113 0.178 0.113 0.104 0.075 0.052 37 A 0.039 0.036 0.047 0.061 0.067 0.092 0.154 0.125 0.149 0.127 0.103 38 N 0.174 0.164 0.123 0.178 0.117 0.089 0.077 0.034 0.023 0.012 0.008 39 E 0.217 0.148 0.137 0.166 0.109 0.078 0.066 0.030 0.022 0.014 0.011 40 E 0.108 0.101 0.074 0.150 0.120 0.108 0.135 0.081 0.059 0.040 0.022 41 G 0.107 0.123 0.077 0.216 0.177 0.127 0.099 0.037 0.021 0.011 0.006 42 I 0.001 0.003 0.005 0.014 0.022 0.042 0.118 0.173 0.240 0.219 0.162 43 F 0.002 0.007 0.011 0.042 0.070 0.120 0.228 0.189 0.157 0.106 0.067 44 F 0.003 0.007 0.009 0.030 0.042 0.056 0.157 0.190 0.222 0.172 0.112 45 M 0.003 0.004 0.004 0.018 0.025 0.042 0.119 0.163 0.232 0.221 0.168 46 T 0.014 0.034 0.020 0.102 0.126 0.124 0.177 0.145 0.135 0.076 0.046 47 S 0.036 0.058 0.019 0.091 0.114 0.125 0.191 0.151 0.114 0.069 0.032 48 P 0.301 0.208 0.076 0.166 0.104 0.063 0.046 0.020 0.010 0.005 0.002 49 E 0.402 0.168 0.056 0.134 0.090 0.058 0.049 0.020 0.012 0.007 0.004 50 T 0.146 0.192 0.067 0.189 0.129 0.091 0.081 0.046 0.031 0.018 0.009 51 H 0.128 0.179 0.073 0.197 0.150 0.116 0.083 0.036 0.022 0.011 0.005 52 F 0.015 0.024 0.019 0.050 0.066 0.100 0.193 0.171 0.170 0.117 0.075 53 Y 0.016 0.014 0.019 0.058 0.086 0.123 0.230 0.169 0.143 0.090 0.052 54 D 0.068 0.090 0.170 0.288 0.170 0.096 0.062 0.026 0.017 0.008 0.005 55 Q 0.015 0.040 0.073 0.127 0.136 0.165 0.201 0.110 0.071 0.040 0.020 56 L 0.010 0.009 0.018 0.024 0.030 0.048 0.119 0.144 0.197 0.205 0.196 57 M 0.037 0.083 0.107 0.165 0.169 0.143 0.162 0.065 0.039 0.020 0.010 58 G 0.246 0.220 0.211 0.158 0.081 0.043 0.024 0.008 0.005 0.003 0.002 59 D 0.090 0.134 0.075 0.159 0.153 0.126 0.128 0.061 0.038 0.024 0.012 60 Q 0.302 0.147 0.078 0.140 0.110 0.089 0.072 0.030 0.019 0.009 0.005 61 R 0.081 0.118 0.120 0.224 0.166 0.128 0.091 0.034 0.021 0.011 0.007 62 V 0.018 0.012 0.018 0.027 0.033 0.057 0.151 0.170 0.201 0.184 0.130 63 A 0.029 0.029 0.048 0.088 0.086 0.117 0.187 0.132 0.125 0.089 0.070 64 M 0.013 0.023 0.060 0.067 0.062 0.087 0.154 0.131 0.150 0.142 0.111 65 T 0.021 0.044 0.079 0.136 0.135 0.135 0.155 0.105 0.088 0.063 0.042 66 A 0.050 0.046 0.047 0.073 0.073 0.083 0.146 0.121 0.143 0.124 0.093 67 I 0.037 0.031 0.034 0.052 0.066 0.085 0.151 0.125 0.157 0.142 0.120 68 S 0.083 0.150 0.094 0.171 0.137 0.112 0.114 0.056 0.042 0.025 0.016 69 E 0.203 0.125 0.097 0.133 0.109 0.102 0.098 0.051 0.040 0.027 0.016 70 E 0.319 0.171 0.103 0.174 0.097 0.057 0.043 0.017 0.010 0.005 0.003 71 G 0.212 0.164 0.092 0.199 0.128 0.090 0.062 0.027 0.015 0.008 0.005 72 Y 0.009 0.018 0.015 0.052 0.077 0.115 0.224 0.179 0.152 0.103 0.055 73 L 0.010 0.016 0.018 0.052 0.063 0.089 0.179 0.158 0.159 0.138 0.118 74 I 0.006 0.011 0.023 0.056 0.075 0.095 0.167 0.156 0.185 0.137 0.090 75 Q 0.025 0.046 0.053 0.182 0.162 0.149 0.171 0.096 0.063 0.034 0.018 76 V 0.012 0.018 0.021 0.051 0.054 0.073 0.148 0.163 0.191 0.163 0.106 77 V 0.014 0.016 0.020 0.045 0.058 0.078 0.155 0.167 0.191 0.151 0.107 78 R 0.019 0.063 0.071 0.206 0.196 0.152 0.138 0.072 0.045 0.025 0.012 79 V 0.014 0.023 0.041 0.054 0.061 0.074 0.145 0.145 0.174 0.153 0.115 80 E 0.124 0.171 0.096 0.259 0.176 0.083 0.056 0.020 0.010 0.004 0.002 81 G 0.200 0.115 0.052 0.107 0.103 0.108 0.127 0.075 0.055 0.038 0.021 82 T 0.151 0.245 0.111 0.224 0.127 0.063 0.042 0.017 0.010 0.006 0.004 83 A 0.070 0.036 0.021 0.048 0.059 0.076 0.154 0.135 0.164 0.132 0.104 84 R 0.229 0.253 0.099 0.206 0.107 0.050 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 85 P 0.357 0.154 0.062 0.120 0.086 0.071 0.073 0.032 0.024 0.013 0.007 86 V 0.059 0.048 0.028 0.058 0.065 0.090 0.140 0.121 0.135 0.135 0.120 87 E 0.054 0.155 0.085 0.170 0.125 0.118 0.131 0.066 0.048 0.030 0.017 88 N 0.076 0.093 0.093 0.197 0.172 0.137 0.116 0.052 0.036 0.018 0.010 89 D 0.422 0.147 0.152 0.133 0.066 0.037 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 90 Y 0.006 0.014 0.037 0.084 0.094 0.115 0.216 0.149 0.134 0.097 0.053 91 L 0.002 0.003 0.016 0.015 0.022 0.047 0.161 0.175 0.220 0.190 0.148 92 K 0.006 0.019 0.229 0.356 0.220 0.103 0.045 0.014 0.006 0.003 0.001 93 T 0.024 0.080 0.356 0.178 0.140 0.113 0.075 0.020 0.009 0.003 0.001 94 V 0.001 0.004 0.015 0.021 0.025 0.044 0.144 0.179 0.245 0.200 0.123 95 F 0.004 0.007 0.014 0.027 0.056 0.100 0.285 0.199 0.157 0.096 0.055 96 A 0.046 0.104 0.478 0.213 0.091 0.037 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 97 D 0.282 0.162 0.155 0.159 0.102 0.069 0.046 0.014 0.007 0.003 0.001 98 N 0.040 0.074 0.025 0.078 0.083 0.104 0.175 0.151 0.132 0.090 0.048 99 P 0.326 0.169 0.054 0.096 0.080 0.072 0.077 0.045 0.039 0.025 0.015 100 Y 0.091 0.089 0.055 0.122 0.135 0.139 0.176 0.083 0.059 0.033 0.017 101 Y 0.020 0.023 0.020 0.049 0.057 0.077 0.182 0.170 0.172 0.135 0.096 102 Q 0.075 0.084 0.087 0.264 0.189 0.131 0.086 0.039 0.025 0.013 0.007 103 H 0.138 0.146 0.151 0.179 0.134 0.104 0.080 0.035 0.020 0.009 0.004 104 I 0.009 0.015 0.021 0.040 0.065 0.097 0.200 0.184 0.170 0.125 0.075 105 Y 0.011 0.033 0.031 0.073 0.100 0.113 0.216 0.146 0.122 0.094 0.061 106 K 0.153 0.195 0.184 0.234 0.128 0.053 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 107 D 0.467 0.158 0.107 0.124 0.066 0.038 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 108 E 0.345 0.202 0.083 0.126 0.077 0.062 0.054 0.022 0.015 0.009 0.005 109 S 0.198 0.160 0.061 0.127 0.097 0.103 0.118 0.058 0.041 0.025 0.014 110 S 0.408 0.207 0.104 0.133 0.074 0.040 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 111 D 0.154 0.149 0.125 0.183 0.128 0.106 0.093 0.033 0.017 0.008 0.004 112 T 0.025 0.046 0.038 0.142 0.147 0.154 0.196 0.106 0.075 0.047 0.023 113 M 0.011 0.009 0.016 0.039 0.066 0.113 0.217 0.176 0.175 0.118 0.059 114 Q 0.021 0.060 0.177 0.315 0.198 0.114 0.070 0.026 0.013 0.005 0.002 115 V 0.004 0.011 0.036 0.056 0.058 0.089 0.179 0.178 0.173 0.135 0.080 116 F 0.005 0.006 0.024 0.030 0.032 0.039 0.119 0.179 0.234 0.204 0.127 117 Q 0.007 0.027 0.071 0.152 0.174 0.170 0.192 0.099 0.061 0.030 0.015 118 I 0.005 0.012 0.064 0.046 0.039 0.044 0.100 0.132 0.208 0.200 0.149 119 Y 0.018 0.034 0.040 0.122 0.150 0.169 0.216 0.117 0.079 0.037 0.017 120 A 0.063 0.069 0.042 0.072 0.062 0.074 0.160 0.141 0.145 0.107 0.065 121 G 0.197 0.121 0.087 0.156 0.114 0.092 0.078 0.055 0.047 0.032 0.021 122 H 0.087 0.123 0.051 0.145 0.135 0.128 0.145 0.078 0.056 0.034 0.019 123 G 0.129 0.102 0.052 0.101 0.089 0.083 0.096 0.090 0.100 0.088 0.070 124 F 0.091 0.098 0.040 0.118 0.123 0.114 0.136 0.095 0.083 0.059 0.043 125 Y 0.050 0.047 0.032 0.089 0.095 0.096 0.145 0.124 0.130 0.103 0.088 126 H 0.039 0.049 0.038 0.096 0.120 0.135 0.181 0.124 0.107 0.070 0.042 127 S 0.178 0.165 0.091 0.210 0.137 0.083 0.068 0.030 0.020 0.012 0.007 128 L 0.010 0.008 0.007 0.018 0.023 0.037 0.097 0.131 0.199 0.230 0.238 129 T 0.186 0.213 0.081 0.156 0.106 0.077 0.080 0.040 0.031 0.019 0.013 130 Q 0.465 0.198 0.062 0.115 0.059 0.038 0.032 0.014 0.009 0.005 0.003 131 G 0.494 0.157 0.039 0.084 0.058 0.045 0.046 0.026 0.021 0.017 0.013 132 H 0.148 0.145 0.059 0.173 0.141 0.110 0.094 0.051 0.039 0.025 0.016 133 K 0.086 0.108 0.060 0.186 0.174 0.128 0.116 0.062 0.042 0.023 0.014 134 Y 0.040 0.047 0.057 0.112 0.120 0.143 0.180 0.121 0.091 0.055 0.032 135 I 0.020 0.029 0.034 0.111 0.130 0.147 0.195 0.140 0.096 0.063 0.034 136 F 0.008 0.010 0.015 0.037 0.045 0.062 0.129 0.164 0.209 0.187 0.134 137 S 0.029 0.054 0.077 0.131 0.121 0.123 0.161 0.108 0.094 0.061 0.041 138 I 0.024 0.029 0.030 0.064 0.063 0.074 0.151 0.148 0.169 0.145 0.102 139 G 0.120 0.094 0.051 0.114 0.115 0.118 0.129 0.089 0.081 0.055 0.034 140 Q 0.200 0.219 0.092 0.185 0.114 0.068 0.060 0.028 0.019 0.010 0.005 141 G 0.223 0.083 0.041 0.072 0.074 0.073 0.107 0.088 0.097 0.084 0.059 142 E 0.244 0.302 0.101 0.170 0.085 0.045 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 143 H 0.126 0.093 0.055 0.133 0.136 0.128 0.127 0.078 0.064 0.040 0.021 144 S 0.310 0.125 0.078 0.094 0.069 0.065 0.079 0.056 0.055 0.040 0.028 145 E 0.139 0.103 0.080 0.152 0.125 0.106 0.127 0.071 0.050 0.031 0.016 146 V 0.086 0.059 0.060 0.082 0.072 0.086 0.133 0.123 0.121 0.105 0.072 147 R 0.185 0.138 0.166 0.195 0.119 0.076 0.055 0.027 0.020 0.012 0.007 148 A 0.169 0.100 0.127 0.119 0.094 0.084 0.105 0.068 0.061 0.044 0.028 149 L 0.138 0.110 0.052 0.107 0.098 0.089 0.117 0.092 0.087 0.069 0.041