# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 2 E 0.021 0.022 0.011 0.139 0.006 0.028 0.774 3 L 0.023 0.011 0.035 0.461 0.057 0.073 0.339 4 K 0.021 0.004 0.044 0.520 0.112 0.081 0.218 5 D 0.035 0.011 0.025 0.508 0.167 0.026 0.228 6 I 0.004 0.001 0.017 0.941 0.005 0.013 0.021 7 M 0.003 0.001 0.024 0.949 0.004 0.012 0.008 8 H 0.004 0.001 0.041 0.927 0.003 0.018 0.006 9 I 0.008 0.001 0.073 0.852 0.005 0.054 0.007 10 L 0.016 0.007 0.121 0.701 0.016 0.112 0.026 11 E 0.009 0.002 0.108 0.468 0.022 0.376 0.016 12 D 0.014 0.001 0.097 0.321 0.057 0.471 0.039 13 M 0.096 0.010 0.022 0.097 0.318 0.075 0.383 14 K 0.188 0.017 0.015 0.038 0.116 0.085 0.541 15 V 0.684 0.018 0.009 0.017 0.054 0.023 0.196 16 G 0.811 0.005 0.005 0.013 0.044 0.014 0.109 17 V 0.923 0.003 0.005 0.011 0.014 0.008 0.037 18 F 0.918 0.003 0.003 0.013 0.009 0.005 0.049 19 A 0.869 0.005 0.004 0.011 0.024 0.007 0.081 20 T 0.781 0.011 0.003 0.010 0.029 0.015 0.151 21 L 0.402 0.033 0.028 0.049 0.091 0.049 0.349 22 D 0.156 0.015 0.055 0.035 0.124 0.138 0.477 23 E 0.028 0.006 0.107 0.030 0.131 0.553 0.144 24 Y 0.021 0.010 0.062 0.026 0.187 0.548 0.145 25 G 0.022 0.014 0.023 0.022 0.455 0.158 0.306 26 N 0.019 0.011 0.008 0.016 0.247 0.030 0.668 27 P 0.042 0.023 0.073 0.184 0.126 0.286 0.268 28 H 0.103 0.035 0.102 0.214 0.130 0.234 0.182 29 A 0.190 0.034 0.093 0.206 0.087 0.067 0.323 30 R 0.260 0.019 0.064 0.202 0.091 0.085 0.278 31 H 0.292 0.011 0.091 0.295 0.076 0.084 0.152 32 A 0.362 0.008 0.065 0.200 0.099 0.108 0.157 33 H 0.433 0.010 0.045 0.146 0.080 0.108 0.177 34 I 0.668 0.014 0.012 0.057 0.030 0.018 0.201 35 T 0.712 0.015 0.016 0.057 0.019 0.019 0.162 36 A 0.736 0.011 0.027 0.070 0.033 0.030 0.094 37 A 0.605 0.013 0.041 0.069 0.073 0.049 0.150 38 N 0.481 0.010 0.044 0.041 0.093 0.073 0.258 39 E 0.347 0.011 0.117 0.055 0.134 0.140 0.196 40 E 0.253 0.006 0.083 0.020 0.177 0.260 0.202 41 G 0.435 0.003 0.033 0.005 0.177 0.219 0.128 42 I 0.905 0.005 0.004 0.002 0.009 0.007 0.068 43 F 0.970 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 44 F 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 45 M 0.888 0.003 0.001 0.003 0.017 0.004 0.084 46 T 0.610 0.026 0.001 0.004 0.074 0.007 0.277 47 S 0.074 0.012 0.002 0.003 0.186 0.008 0.714 48 P 0.010 0.004 0.022 0.023 0.200 0.532 0.209 49 E 0.007 0.004 0.041 0.066 0.174 0.540 0.168 50 T 0.018 0.009 0.053 0.292 0.265 0.078 0.285 51 H 0.029 0.016 0.032 0.479 0.073 0.068 0.303 52 F 0.024 0.014 0.027 0.753 0.023 0.057 0.101 53 Y 0.014 0.004 0.025 0.875 0.014 0.024 0.044 54 D 0.011 0.001 0.038 0.897 0.011 0.025 0.018 55 Q 0.012 0.001 0.033 0.900 0.008 0.030 0.015 56 L 0.013 0.006 0.031 0.837 0.017 0.074 0.023 57 M 0.007 0.004 0.022 0.517 0.021 0.402 0.028 58 G 0.004 0.001 0.011 0.144 0.061 0.738 0.041 59 D 0.014 0.003 0.007 0.046 0.293 0.093 0.544 60 Q 0.038 0.006 0.016 0.091 0.408 0.164 0.277 61 R 0.342 0.019 0.016 0.123 0.119 0.092 0.288 62 V 0.819 0.016 0.005 0.032 0.018 0.005 0.105 63 A 0.911 0.004 0.002 0.018 0.010 0.002 0.054 64 M 0.947 0.001 0.003 0.014 0.007 0.003 0.025 65 T 0.925 0.002 0.003 0.017 0.010 0.005 0.038 66 A 0.901 0.003 0.003 0.016 0.012 0.007 0.059 67 I 0.767 0.019 0.005 0.028 0.036 0.014 0.131 68 S 0.372 0.008 0.011 0.037 0.066 0.043 0.463 69 E 0.115 0.006 0.084 0.155 0.216 0.278 0.146 70 E 0.042 0.004 0.068 0.061 0.120 0.636 0.069 71 G 0.055 0.002 0.035 0.012 0.339 0.425 0.131 72 Y 0.400 0.039 0.009 0.006 0.138 0.040 0.369 73 L 0.756 0.030 0.004 0.003 0.032 0.009 0.167 74 I 0.854 0.003 0.004 0.002 0.037 0.005 0.095 75 Q 0.934 0.001 0.002 0.002 0.014 0.002 0.045 76 V 0.966 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.022 77 V 0.968 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.022 78 R 0.939 0.002 0.001 0.008 0.003 0.007 0.040 79 V 0.870 0.006 0.004 0.011 0.012 0.024 0.073 80 E 0.535 0.005 0.009 0.011 0.104 0.236 0.100 81 G 0.294 0.003 0.010 0.005 0.234 0.305 0.151 82 T 0.419 0.023 0.006 0.006 0.101 0.046 0.399 83 A 0.459 0.019 0.004 0.015 0.093 0.021 0.390 84 R 0.429 0.012 0.006 0.036 0.118 0.019 0.381 85 P 0.311 0.020 0.009 0.104 0.104 0.021 0.430 86 V 0.229 0.034 0.025 0.213 0.112 0.056 0.331 87 E 0.117 0.018 0.053 0.302 0.098 0.080 0.332 88 N 0.031 0.002 0.096 0.579 0.085 0.102 0.105 89 D 0.012 0.002 0.064 0.720 0.064 0.103 0.035 90 Y 0.020 0.008 0.053 0.784 0.021 0.080 0.034 91 L 0.013 0.003 0.019 0.916 0.007 0.016 0.024 92 K 0.010 0.001 0.022 0.938 0.005 0.012 0.012 93 T 0.007 0.001 0.032 0.927 0.005 0.021 0.007 94 V 0.008 0.001 0.045 0.886 0.005 0.048 0.007 95 F 0.017 0.005 0.070 0.799 0.020 0.075 0.014 96 A 0.017 0.003 0.085 0.643 0.023 0.194 0.035 97 D 0.012 0.003 0.040 0.516 0.127 0.215 0.086 98 N 0.008 0.004 0.012 0.141 0.351 0.034 0.448 99 P 0.007 0.006 0.060 0.335 0.098 0.322 0.172 100 Y 0.033 0.019 0.106 0.322 0.105 0.307 0.108 101 Y 0.084 0.014 0.180 0.392 0.067 0.093 0.169 102 Q 0.105 0.007 0.161 0.436 0.053 0.089 0.149 103 H 0.127 0.010 0.155 0.379 0.066 0.133 0.130 104 I 0.123 0.036 0.121 0.329 0.080 0.140 0.171 105 Y 0.101 0.029 0.048 0.198 0.130 0.089 0.404 106 K 0.067 0.013 0.063 0.157 0.140 0.125 0.435 107 D 0.012 0.006 0.112 0.212 0.138 0.337 0.184 108 E 0.010 0.007 0.104 0.148 0.149 0.361 0.222 109 S 0.015 0.013 0.089 0.168 0.208 0.155 0.352 110 S 0.010 0.004 0.132 0.272 0.138 0.328 0.116 111 D 0.033 0.006 0.094 0.245 0.199 0.300 0.124 112 T 0.148 0.037 0.103 0.300 0.085 0.176 0.151 113 M 0.390 0.020 0.028 0.194 0.066 0.039 0.263 114 Q 0.589 0.004 0.012 0.096 0.131 0.031 0.136 115 V 0.844 0.002 0.008 0.073 0.019 0.016 0.037 116 F 0.902 0.002 0.001 0.062 0.004 0.004 0.026 117 Q 0.938 0.003 0.001 0.040 0.003 0.002 0.013 118 I 0.886 0.001 0.001 0.061 0.004 0.006 0.040 119 Y 0.716 0.009 0.006 0.073 0.031 0.040 0.124 120 A 0.275 0.008 0.019 0.078 0.121 0.271 0.228 121 G 0.098 0.005 0.021 0.017 0.274 0.389 0.196 122 H 0.143 0.017 0.037 0.034 0.265 0.230 0.273 123 G 0.169 0.013 0.040 0.039 0.298 0.192 0.249 124 F 0.320 0.019 0.057 0.056 0.143 0.118 0.288 125 Y 0.453 0.050 0.083 0.096 0.063 0.081 0.173 126 H 0.456 0.018 0.075 0.069 0.083 0.105 0.193 127 S 0.406 0.021 0.047 0.061 0.070 0.127 0.267 128 L 0.238 0.028 0.027 0.043 0.124 0.064 0.477 129 T 0.142 0.015 0.023 0.039 0.105 0.072 0.604 130 Q 0.039 0.005 0.072 0.083 0.181 0.462 0.157 131 G 0.040 0.004 0.054 0.040 0.156 0.504 0.203 132 H 0.138 0.014 0.045 0.030 0.214 0.140 0.419 133 K 0.366 0.031 0.020 0.031 0.114 0.047 0.392 134 Y 0.694 0.017 0.011 0.027 0.051 0.016 0.183 135 I 0.857 0.013 0.006 0.027 0.017 0.008 0.072 136 F 0.880 0.006 0.006 0.026 0.017 0.008 0.057 137 S 0.824 0.008 0.007 0.030 0.021 0.019 0.091 138 I 0.575 0.013 0.018 0.050 0.053 0.090 0.201 139 G 0.265 0.010 0.021 0.039 0.165 0.250 0.251 140 Q 0.129 0.009 0.036 0.045 0.240 0.270 0.269 141 G 0.149 0.015 0.036 0.049 0.249 0.165 0.337 142 E 0.260 0.025 0.040 0.079 0.116 0.127 0.354 143 H 0.262 0.028 0.061 0.129 0.110 0.098 0.313 144 S 0.226 0.013 0.065 0.170 0.100 0.117 0.308 145 E 0.221 0.012 0.068 0.210 0.099 0.100 0.290 146 V 0.246 0.016 0.070 0.191 0.095 0.053 0.329 147 R 0.166 0.011 0.080 0.148 0.097 0.113 0.384 148 A 0.129 0.023 0.069 0.130 0.048 0.141 0.460 149 L 0.029 0.005 0.009 0.020 0.021 0.010 0.906