# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.762 0.169 0.045 0.017 0.005 0.001 0.001 2 E 0.550 0.280 0.109 0.046 0.013 0.002 0.001 3 L 0.100 0.146 0.245 0.325 0.156 0.028 0.001 4 K 0.465 0.358 0.126 0.039 0.010 0.002 0.001 5 D 0.171 0.271 0.274 0.188 0.073 0.021 0.002 6 I 0.031 0.056 0.117 0.222 0.348 0.207 0.017 7 M 0.062 0.112 0.212 0.297 0.217 0.091 0.008 8 H 0.156 0.381 0.268 0.134 0.046 0.013 0.001 9 I 0.042 0.050 0.115 0.267 0.348 0.164 0.014 10 L 0.036 0.038 0.056 0.160 0.346 0.325 0.040 11 E 0.197 0.366 0.261 0.130 0.036 0.009 0.001 12 D 0.204 0.347 0.263 0.140 0.039 0.007 0.001 13 M 0.039 0.058 0.094 0.200 0.309 0.254 0.047 14 K 0.066 0.152 0.209 0.252 0.202 0.100 0.019 15 V 0.030 0.056 0.098 0.181 0.255 0.281 0.099 16 G 0.041 0.074 0.124 0.223 0.256 0.202 0.080 17 V 0.040 0.069 0.092 0.145 0.191 0.311 0.152 18 F 0.049 0.079 0.101 0.172 0.217 0.239 0.143 19 A 0.055 0.077 0.101 0.157 0.209 0.254 0.148 20 T 0.086 0.185 0.204 0.230 0.164 0.100 0.030 21 L 0.117 0.156 0.192 0.228 0.195 0.095 0.017 22 D 0.316 0.312 0.196 0.114 0.046 0.013 0.003 23 E 0.522 0.277 0.117 0.055 0.021 0.007 0.001 24 Y 0.355 0.220 0.178 0.140 0.074 0.027 0.005 25 G 0.385 0.245 0.169 0.118 0.057 0.022 0.004 26 N 0.337 0.278 0.186 0.120 0.053 0.021 0.005 27 P 0.225 0.165 0.159 0.195 0.160 0.080 0.014 28 H 0.235 0.244 0.201 0.154 0.098 0.053 0.015 29 A 0.130 0.150 0.173 0.201 0.176 0.130 0.039 30 R 0.080 0.128 0.180 0.238 0.207 0.131 0.036 31 H 0.105 0.150 0.173 0.207 0.187 0.137 0.041 32 A 0.147 0.175 0.183 0.191 0.154 0.116 0.033 33 H 0.099 0.184 0.215 0.210 0.150 0.111 0.031 34 I 0.043 0.052 0.085 0.169 0.266 0.297 0.088 35 T 0.105 0.169 0.180 0.203 0.170 0.140 0.034 36 A 0.096 0.129 0.157 0.215 0.214 0.159 0.030 37 A 0.109 0.123 0.159 0.232 0.222 0.133 0.022 38 N 0.346 0.317 0.190 0.100 0.036 0.009 0.001 39 E 0.336 0.347 0.187 0.090 0.031 0.008 0.002 40 E 0.112 0.186 0.235 0.235 0.161 0.063 0.008 41 G 0.085 0.207 0.265 0.228 0.138 0.066 0.011 42 I 0.013 0.032 0.078 0.186 0.315 0.324 0.053 43 F 0.010 0.025 0.051 0.128 0.285 0.414 0.087 44 F 0.009 0.021 0.042 0.104 0.228 0.458 0.138 45 M 0.017 0.027 0.042 0.112 0.275 0.414 0.114 46 T 0.036 0.110 0.202 0.293 0.224 0.118 0.018 47 S 0.093 0.187 0.238 0.262 0.164 0.051 0.006 48 P 0.430 0.349 0.148 0.055 0.014 0.003 0.001 49 E 0.521 0.273 0.128 0.057 0.017 0.003 0.001 50 T 0.422 0.316 0.172 0.066 0.019 0.005 0.001 51 H 0.206 0.270 0.243 0.174 0.084 0.022 0.002 52 F 0.066 0.101 0.162 0.266 0.258 0.135 0.012 53 Y 0.073 0.102 0.165 0.270 0.255 0.124 0.011 54 D 0.120 0.289 0.279 0.192 0.084 0.033 0.004 55 Q 0.057 0.136 0.201 0.267 0.217 0.108 0.014 56 L 0.015 0.035 0.094 0.224 0.352 0.249 0.030 57 M 0.195 0.267 0.222 0.168 0.094 0.045 0.009 58 G 0.430 0.315 0.155 0.072 0.022 0.005 0.001 59 D 0.360 0.312 0.181 0.096 0.038 0.011 0.001 60 Q 0.194 0.284 0.258 0.165 0.070 0.026 0.003 61 R 0.098 0.215 0.256 0.231 0.140 0.053 0.006 62 V 0.024 0.035 0.077 0.193 0.323 0.297 0.051 63 A 0.028 0.052 0.092 0.198 0.272 0.300 0.058 64 M 0.026 0.043 0.065 0.113 0.222 0.390 0.141 65 T 0.052 0.107 0.143 0.217 0.228 0.198 0.056 66 A 0.026 0.072 0.132 0.227 0.268 0.232 0.044 67 I 0.040 0.076 0.128 0.237 0.300 0.193 0.026 68 S 0.302 0.278 0.205 0.138 0.059 0.016 0.002 69 E 0.503 0.285 0.134 0.057 0.016 0.004 0.001 70 E 0.400 0.321 0.177 0.075 0.022 0.005 0.001 71 G 0.279 0.356 0.205 0.108 0.041 0.011 0.001 72 Y 0.042 0.080 0.156 0.281 0.296 0.134 0.011 73 L 0.041 0.066 0.116 0.208 0.277 0.257 0.035 74 I 0.045 0.071 0.109 0.194 0.260 0.258 0.064 75 Q 0.107 0.174 0.175 0.190 0.158 0.144 0.052 76 V 0.062 0.107 0.162 0.213 0.227 0.176 0.053 77 V 0.045 0.065 0.099 0.177 0.255 0.281 0.077 78 R 0.120 0.217 0.213 0.199 0.143 0.085 0.023 79 V 0.048 0.070 0.117 0.225 0.295 0.208 0.036 80 E 0.200 0.299 0.239 0.155 0.071 0.030 0.006 81 G 0.314 0.241 0.169 0.147 0.086 0.037 0.006 82 T 0.288 0.310 0.218 0.124 0.045 0.014 0.002 83 A 0.180 0.137 0.159 0.229 0.201 0.085 0.009 84 R 0.330 0.323 0.200 0.099 0.034 0.011 0.002 85 P 0.277 0.316 0.202 0.121 0.059 0.021 0.003 86 V 0.063 0.079 0.136 0.253 0.274 0.168 0.027 87 E 0.066 0.141 0.170 0.215 0.219 0.162 0.027 88 N 0.093 0.211 0.265 0.235 0.132 0.056 0.007 89 D 0.110 0.276 0.295 0.205 0.089 0.024 0.002 90 Y 0.015 0.037 0.092 0.207 0.351 0.272 0.026 91 L 0.012 0.021 0.049 0.174 0.353 0.355 0.036 92 K 0.116 0.354 0.298 0.166 0.054 0.011 0.001 93 T 0.070 0.214 0.332 0.284 0.086 0.014 0.001 94 V 0.028 0.042 0.071 0.209 0.378 0.257 0.014 95 F 0.050 0.112 0.212 0.318 0.246 0.060 0.002 96 A 0.392 0.390 0.151 0.051 0.013 0.003 0.001 97 D 0.373 0.288 0.192 0.108 0.032 0.007 0.001 98 N 0.205 0.263 0.259 0.183 0.071 0.018 0.001 99 P 0.389 0.237 0.153 0.117 0.072 0.029 0.004 100 Y 0.184 0.171 0.183 0.202 0.168 0.083 0.009 101 Y 0.119 0.107 0.155 0.227 0.239 0.135 0.016 102 Q 0.190 0.296 0.255 0.167 0.068 0.022 0.002 103 H 0.157 0.223 0.236 0.202 0.132 0.044 0.005 104 I 0.064 0.098 0.160 0.261 0.273 0.132 0.012 105 Y 0.090 0.140 0.213 0.298 0.203 0.054 0.002 106 K 0.398 0.382 0.162 0.048 0.009 0.001 0.001 107 D 0.632 0.241 0.080 0.034 0.011 0.003 0.001 108 E 0.509 0.264 0.125 0.068 0.026 0.008 0.001 109 S 0.368 0.240 0.190 0.137 0.053 0.012 0.001 110 S 0.517 0.293 0.123 0.050 0.014 0.002 0.001 111 D 0.295 0.311 0.207 0.121 0.051 0.012 0.001 112 T 0.089 0.194 0.241 0.249 0.161 0.059 0.006 113 M 0.025 0.060 0.129 0.264 0.314 0.185 0.022 114 Q 0.044 0.173 0.284 0.285 0.152 0.054 0.008 115 V 0.023 0.045 0.093 0.210 0.295 0.270 0.065 116 F 0.011 0.019 0.026 0.070 0.196 0.441 0.237 117 Q 0.017 0.067 0.131 0.229 0.237 0.207 0.112 118 I 0.018 0.033 0.059 0.129 0.228 0.335 0.198 119 Y 0.029 0.075 0.115 0.187 0.238 0.255 0.100 120 A 0.095 0.121 0.144 0.185 0.182 0.193 0.080 121 G 0.143 0.146 0.141 0.177 0.167 0.161 0.064 122 H 0.193 0.158 0.169 0.184 0.153 0.106 0.036 123 G 0.176 0.146 0.142 0.162 0.162 0.148 0.064 124 F 0.117 0.150 0.180 0.202 0.178 0.132 0.040 125 Y 0.094 0.119 0.142 0.181 0.222 0.187 0.055 126 H 0.106 0.116 0.162 0.235 0.232 0.129 0.020 127 S 0.158 0.316 0.251 0.160 0.081 0.030 0.005 128 L 0.046 0.075 0.155 0.300 0.290 0.120 0.014 129 T 0.279 0.304 0.202 0.133 0.060 0.020 0.003 130 Q 0.504 0.291 0.127 0.056 0.016 0.005 0.001 131 G 0.616 0.207 0.084 0.054 0.027 0.010 0.002 132 H 0.254 0.272 0.249 0.146 0.060 0.017 0.002 133 K 0.190 0.303 0.239 0.166 0.073 0.026 0.004 134 Y 0.097 0.163 0.208 0.225 0.182 0.107 0.017 135 I 0.035 0.110 0.221 0.275 0.232 0.112 0.015 136 F 0.034 0.035 0.061 0.156 0.284 0.345 0.086 137 S 0.059 0.118 0.167 0.243 0.221 0.158 0.034 138 I 0.075 0.110 0.144 0.197 0.214 0.207 0.052 139 G 0.173 0.169 0.190 0.220 0.163 0.074 0.010 140 Q 0.322 0.285 0.195 0.123 0.055 0.017 0.003 141 G 0.301 0.216 0.192 0.169 0.090 0.028 0.004 142 E 0.542 0.296 0.103 0.039 0.014 0.005 0.001 143 H 0.362 0.256 0.187 0.127 0.052 0.014 0.002 144 S 0.379 0.236 0.156 0.133 0.070 0.023 0.003 145 E 0.367 0.285 0.171 0.103 0.049 0.021 0.004 146 V 0.253 0.197 0.199 0.206 0.109 0.034 0.003 147 R 0.475 0.293 0.132 0.063 0.025 0.010 0.001 148 A 0.465 0.209 0.134 0.105 0.059 0.024 0.004 149 L 0.357 0.198 0.182 0.145 0.080 0.033 0.005