# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 784 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.006 0.005 0.005 0.204 0.745 2 S 0.131 0.014 0.007 0.004 0.105 0.739 3 R 0.471 0.008 0.010 0.003 0.105 0.404 4 T 0.827 0.003 0.010 0.001 0.047 0.112 5 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 6 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 7 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 8 F 0.941 0.003 0.001 0.001 0.013 0.041 9 D 0.714 0.006 0.002 0.002 0.178 0.098 10 I 0.198 0.007 0.013 0.015 0.584 0.182 11 D 0.090 0.011 0.018 0.018 0.674 0.189 12 G 0.109 0.011 0.029 0.046 0.634 0.170 13 T 0.288 0.024 0.025 0.088 0.232 0.343 14 L 0.480 0.041 0.041 0.135 0.132 0.171 15 L 0.403 0.015 0.066 0.155 0.175 0.186 16 K 0.175 0.016 0.066 0.158 0.235 0.350 17 V 0.037 0.011 0.047 0.319 0.213 0.373 18 E 0.004 0.001 0.075 0.720 0.101 0.100 19 S 0.001 0.001 0.078 0.871 0.038 0.012 20 M 0.001 0.001 0.053 0.897 0.037 0.011 21 N 0.001 0.001 0.018 0.944 0.024 0.012 22 R 0.001 0.001 0.005 0.969 0.013 0.012 23 R 0.001 0.001 0.006 0.978 0.011 0.005 24 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 25 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 26 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.003 27 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.004 28 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 29 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.014 0.005 30 I 0.001 0.001 0.015 0.955 0.021 0.009 31 E 0.001 0.001 0.015 0.936 0.027 0.023 32 V 0.001 0.001 0.008 0.875 0.029 0.087 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.030 0.072 0.894 34 G 0.004 0.004 0.004 0.018 0.123 0.848 35 T 0.016 0.007 0.007 0.028 0.168 0.774 36 E 0.025 0.013 0.014 0.064 0.231 0.654 37 G 0.023 0.006 0.009 0.066 0.139 0.756 38 S 0.027 0.005 0.022 0.337 0.154 0.455 39 T 0.008 0.001 0.028 0.829 0.063 0.071 40 G 0.013 0.002 0.034 0.822 0.080 0.049 41 S 0.010 0.002 0.036 0.871 0.058 0.022 42 H 0.010 0.001 0.041 0.871 0.051 0.025 43 D 0.009 0.001 0.063 0.830 0.067 0.030 44 F 0.008 0.001 0.053 0.796 0.087 0.055 45 S 0.015 0.004 0.040 0.595 0.188 0.157 46 G 0.019 0.009 0.028 0.318 0.270 0.356 47 K 0.023 0.006 0.023 0.182 0.347 0.419 48 M 0.012 0.005 0.029 0.226 0.379 0.349 49 D 0.013 0.007 0.044 0.354 0.286 0.297 50 G 0.007 0.002 0.048 0.761 0.113 0.069 51 A 0.006 0.001 0.028 0.876 0.054 0.035 52 I 0.009 0.002 0.023 0.914 0.034 0.018 53 I 0.010 0.001 0.014 0.940 0.020 0.015 54 Y 0.017 0.001 0.014 0.932 0.020 0.015 55 E 0.016 0.001 0.015 0.929 0.024 0.015 56 V 0.012 0.001 0.012 0.925 0.026 0.023 57 L 0.011 0.002 0.012 0.890 0.037 0.047 58 S 0.010 0.002 0.026 0.842 0.061 0.059 59 N 0.009 0.002 0.033 0.783 0.093 0.081 60 V 0.008 0.002 0.046 0.709 0.123 0.111 61 G 0.015 0.004 0.043 0.459 0.225 0.253 62 L 0.020 0.007 0.052 0.410 0.265 0.246 63 E 0.016 0.008 0.060 0.361 0.291 0.264 64 R 0.015 0.007 0.065 0.282 0.347 0.285 65 A 0.015 0.006 0.089 0.316 0.320 0.254 66 E 0.015 0.007 0.072 0.296 0.304 0.306 67 I 0.007 0.005 0.074 0.382 0.261 0.270 68 A 0.006 0.005 0.049 0.391 0.233 0.315 69 D 0.003 0.002 0.057 0.647 0.185 0.105 70 K 0.003 0.002 0.037 0.737 0.129 0.093 71 F 0.002 0.002 0.027 0.701 0.133 0.136 72 D 0.002 0.001 0.010 0.841 0.066 0.079 73 K 0.002 0.001 0.006 0.865 0.065 0.060 74 A 0.001 0.001 0.008 0.879 0.057 0.054 75 K 0.002 0.001 0.009 0.860 0.053 0.076 76 E 0.001 0.001 0.006 0.897 0.041 0.054 77 T 0.001 0.001 0.004 0.908 0.042 0.044 78 Y 0.001 0.001 0.004 0.918 0.031 0.046 79 I 0.002 0.001 0.005 0.883 0.036 0.073 80 A 0.002 0.001 0.005 0.902 0.036 0.055 81 L 0.002 0.001 0.003 0.920 0.032 0.042 82 F 0.002 0.001 0.003 0.917 0.034 0.043 83 R 0.004 0.001 0.004 0.910 0.033 0.048 84 E 0.003 0.001 0.008 0.893 0.043 0.053 85 R 0.003 0.001 0.010 0.874 0.057 0.054 86 A 0.003 0.001 0.014 0.855 0.063 0.064 87 R 0.006 0.004 0.028 0.665 0.116 0.182 88 R 0.006 0.004 0.095 0.528 0.205 0.163 89 E 0.008 0.002 0.115 0.414 0.230 0.232 90 D 0.015 0.004 0.063 0.194 0.279 0.444 91 I 0.037 0.021 0.022 0.099 0.261 0.561 92 T 0.035 0.013 0.011 0.063 0.204 0.674 93 L 0.031 0.019 0.015 0.082 0.177 0.677 94 L 0.019 0.021 0.025 0.114 0.378 0.444 95 E 0.010 0.007 0.046 0.284 0.352 0.301 96 G 0.010 0.012 0.050 0.327 0.254 0.346 97 V 0.001 0.001 0.009 0.966 0.016 0.008 98 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 99 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 102 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 105 S 0.001 0.001 0.014 0.963 0.019 0.003 106 S 0.001 0.001 0.015 0.871 0.088 0.025 107 R 0.001 0.001 0.056 0.605 0.274 0.064 108 S 0.003 0.005 0.052 0.216 0.497 0.226 109 D 0.007 0.003 0.020 0.012 0.461 0.498 110 V 0.056 0.002 0.007 0.002 0.383 0.550 111 L 0.273 0.004 0.007 0.001 0.191 0.524 112 L 0.952 0.004 0.001 0.001 0.011 0.031 113 G 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 114 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 115 L 0.943 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 116 T 0.680 0.005 0.002 0.005 0.095 0.212 117 G 0.107 0.005 0.005 0.018 0.326 0.539 118 N 0.040 0.018 0.005 0.031 0.342 0.564 119 F 0.023 0.013 0.017 0.273 0.292 0.383 120 E 0.003 0.001 0.029 0.835 0.073 0.058 121 A 0.003 0.001 0.020 0.920 0.036 0.021 122 S 0.003 0.001 0.014 0.949 0.016 0.017 123 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 124 R 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 125 H 0.002 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 126 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 127 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 128 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.003 129 L 0.001 0.001 0.005 0.972 0.012 0.010 130 P 0.001 0.001 0.005 0.912 0.023 0.058 131 G 0.002 0.001 0.002 0.038 0.089 0.868 132 I 0.015 0.008 0.026 0.068 0.260 0.623 133 D 0.071 0.012 0.144 0.070 0.389 0.314 134 H 0.119 0.008 0.343 0.083 0.319 0.127 135 Y 0.289 0.016 0.263 0.079 0.205 0.148 136 F 0.351 0.012 0.135 0.084 0.258 0.159 137 P 0.459 0.006 0.084 0.080 0.200 0.171 138 F 0.745 0.006 0.028 0.052 0.080 0.088 139 G 0.886 0.008 0.006 0.029 0.035 0.036 140 A 0.874 0.012 0.003 0.028 0.029 0.054 141 F 0.535 0.014 0.011 0.051 0.130 0.258 142 A 0.127 0.010 0.148 0.125 0.327 0.263 143 D 0.046 0.008 0.280 0.126 0.389 0.151 144 D 0.034 0.015 0.308 0.122 0.404 0.116 145 A 0.033 0.026 0.195 0.145 0.461 0.140 146 L 0.023 0.011 0.171 0.157 0.436 0.202 147 D 0.025 0.007 0.085 0.105 0.497 0.281 148 R 0.020 0.012 0.041 0.056 0.458 0.412 149 N 0.022 0.025 0.012 0.033 0.364 0.544 150 E 0.023 0.022 0.033 0.054 0.376 0.492 151 L 0.010 0.010 0.015 0.049 0.250 0.666 152 P 0.005 0.003 0.071 0.469 0.181 0.271 153 H 0.002 0.001 0.046 0.722 0.084 0.145 154 I 0.001 0.001 0.051 0.912 0.022 0.014 155 A 0.001 0.002 0.032 0.944 0.015 0.007 156 L 0.001 0.001 0.011 0.974 0.010 0.004 157 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.011 0.005 158 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.005 159 A 0.001 0.001 0.006 0.976 0.011 0.005 160 R 0.001 0.001 0.007 0.970 0.015 0.006 161 R 0.001 0.001 0.008 0.944 0.030 0.016 162 M 0.001 0.001 0.010 0.908 0.047 0.033 163 T 0.003 0.003 0.017 0.782 0.091 0.103 164 G 0.006 0.004 0.034 0.308 0.295 0.353 165 A 0.011 0.005 0.035 0.181 0.302 0.466 166 N 0.011 0.005 0.010 0.018 0.183 0.773 167 Y 0.019 0.027 0.003 0.011 0.165 0.774 168 S 0.019 0.015 0.008 0.012 0.275 0.671 169 P 0.021 0.009 0.374 0.065 0.434 0.096 170 S 0.046 0.001 0.403 0.049 0.412 0.089 171 Q 0.327 0.006 0.308 0.032 0.250 0.076 172 I 0.852 0.006 0.009 0.011 0.028 0.094 173 V 0.961 0.005 0.002 0.005 0.007 0.021 174 I 0.963 0.004 0.001 0.003 0.006 0.022 175 I 0.790 0.002 0.006 0.010 0.058 0.134 176 G 0.252 0.015 0.007 0.012 0.220 0.494 177 D 0.037 0.016 0.003 0.009 0.309 0.626 178 T 0.008 0.022 0.004 0.026 0.353 0.588 179 E 0.001 0.002 0.030 0.732 0.187 0.049 180 H 0.001 0.001 0.024 0.852 0.105 0.017 181 D 0.001 0.001 0.007 0.969 0.020 0.004 182 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 183 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.001 184 C 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 185 A 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 186 R 0.001 0.001 0.008 0.982 0.008 0.002 187 E 0.001 0.001 0.011 0.972 0.011 0.006 188 L 0.001 0.001 0.009 0.895 0.032 0.062 189 D 0.003 0.001 0.001 0.007 0.064 0.924 190 A 0.047 0.001 0.001 0.002 0.095 0.855 191 R 0.567 0.006 0.002 0.002 0.067 0.356 192 S 0.966 0.004 0.001 0.001 0.007 0.022 193 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 194 A 0.977 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 195 V 0.911 0.003 0.002 0.005 0.025 0.054 196 A 0.679 0.010 0.004 0.008 0.140 0.158 197 T 0.174 0.017 0.017 0.014 0.449 0.328 198 G 0.069 0.010 0.015 0.010 0.562 0.334 199 N 0.070 0.012 0.020 0.014 0.498 0.386 200 F 0.069 0.044 0.008 0.022 0.322 0.535 201 T 0.037 0.013 0.013 0.097 0.303 0.536 202 M 0.002 0.001 0.087 0.669 0.175 0.066 203 E 0.003 0.001 0.067 0.743 0.141 0.044 204 E 0.001 0.001 0.089 0.835 0.067 0.008 205 L 0.003 0.001 0.067 0.852 0.058 0.020 206 A 0.003 0.001 0.120 0.804 0.059 0.013 207 R 0.003 0.001 0.101 0.769 0.097 0.030 208 H 0.004 0.002 0.055 0.511 0.218 0.210 209 K 0.003 0.003 0.021 0.028 0.362 0.582 210 P 0.030 0.003 0.048 0.027 0.438 0.454 211 G 0.294 0.006 0.077 0.017 0.424 0.182 212 T 0.816 0.016 0.032 0.007 0.084 0.045 213 L 0.912 0.009 0.009 0.004 0.027 0.039 214 F 0.786 0.015 0.023 0.015 0.091 0.071 215 K 0.158 0.011 0.034 0.056 0.373 0.368 216 N 0.029 0.011 0.008 0.042 0.334 0.577 217 F 0.001 0.001 0.121 0.781 0.077 0.021 218 A 0.001 0.001 0.091 0.843 0.048 0.017 219 E 0.001 0.001 0.128 0.846 0.021 0.003 220 T 0.001 0.001 0.020 0.959 0.011 0.009 221 D 0.001 0.001 0.009 0.975 0.011 0.005 222 E 0.001 0.001 0.012 0.966 0.014 0.008 223 V 0.001 0.001 0.015 0.972 0.010 0.003 224 L 0.001 0.001 0.012 0.971 0.014 0.003 225 A 0.001 0.001 0.027 0.933 0.031 0.008 226 S 0.001 0.001 0.021 0.857 0.076 0.046 227 I 0.001 0.003 0.028 0.688 0.146 0.135 228 L 0.003 0.016 0.045 0.507 0.225 0.205 229 T 0.010 0.006 0.052 0.188 0.353 0.391 230 P 0.020 0.008 0.072 0.121 0.304 0.475 231 K 0.024 0.027 0.030 0.078 0.171 0.669 232 H 0.017 0.010 0.009 0.051 0.106 0.806 233 S 0.001 0.002 0.001 0.007 0.020 0.970