# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 784 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.006 0.044 0.062 0.085 0.173 0.061 0.552 2 S 0.031 0.008 0.048 0.035 0.071 0.156 0.103 0.549 3 R 0.004 0.003 0.074 0.053 0.079 0.209 0.081 0.497 4 T 0.001 0.001 0.558 0.071 0.156 0.037 0.108 0.068 5 L 0.002 0.001 0.489 0.090 0.122 0.026 0.119 0.150 6 V 0.001 0.001 0.859 0.059 0.039 0.007 0.014 0.022 7 L 0.002 0.001 0.692 0.064 0.104 0.025 0.040 0.072 8 F 0.004 0.001 0.661 0.046 0.072 0.075 0.043 0.098 9 D 0.105 0.005 0.253 0.021 0.031 0.201 0.129 0.255 10 I 0.100 0.013 0.073 0.011 0.015 0.254 0.118 0.417 11 D 0.017 0.010 0.059 0.006 0.027 0.232 0.049 0.600 12 G 0.035 0.016 0.162 0.032 0.098 0.141 0.129 0.387 13 T 0.028 0.034 0.219 0.141 0.168 0.078 0.109 0.223 14 L 0.021 0.050 0.148 0.056 0.099 0.085 0.050 0.493 15 L 0.013 0.033 0.224 0.175 0.170 0.081 0.082 0.222 16 K 0.059 0.132 0.065 0.031 0.045 0.126 0.140 0.401 17 V 0.121 0.361 0.017 0.008 0.008 0.035 0.345 0.106 18 E 0.045 0.697 0.007 0.005 0.006 0.027 0.078 0.135 19 S 0.033 0.746 0.005 0.002 0.004 0.023 0.069 0.117 20 M 0.006 0.917 0.001 0.002 0.002 0.006 0.038 0.029 21 N 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 22 R 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 23 R 0.002 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.004 24 V 0.007 0.911 0.002 0.001 0.001 0.002 0.074 0.004 25 L 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 26 A 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.009 27 D 0.004 0.929 0.005 0.001 0.001 0.004 0.036 0.021 28 A 0.035 0.871 0.015 0.001 0.001 0.008 0.049 0.021 29 L 0.219 0.210 0.133 0.003 0.002 0.027 0.325 0.081 30 I 0.312 0.133 0.027 0.003 0.003 0.050 0.073 0.400 31 E 0.093 0.012 0.028 0.001 0.002 0.059 0.046 0.759 32 V 0.018 0.010 0.037 0.006 0.008 0.190 0.056 0.675 33 Y 0.034 0.007 0.028 0.005 0.012 0.124 0.026 0.765 34 G 0.053 0.004 0.015 0.007 0.007 0.128 0.024 0.762 35 T 0.047 0.014 0.031 0.013 0.014 0.135 0.151 0.595 36 E 0.056 0.023 0.016 0.006 0.012 0.170 0.045 0.672 37 G 0.070 0.023 0.021 0.009 0.011 0.124 0.075 0.668 38 S 0.145 0.151 0.013 0.011 0.012 0.093 0.133 0.441 39 T 0.093 0.272 0.016 0.007 0.018 0.112 0.053 0.429 40 G 0.065 0.206 0.031 0.033 0.062 0.126 0.055 0.422 41 S 0.046 0.107 0.038 0.035 0.078 0.094 0.259 0.342 42 H 0.048 0.112 0.040 0.056 0.103 0.100 0.299 0.242 43 D 0.081 0.077 0.050 0.104 0.186 0.090 0.119 0.292 44 F 0.063 0.032 0.046 0.076 0.128 0.108 0.056 0.491 45 S 0.023 0.023 0.065 0.063 0.138 0.123 0.062 0.504 46 G 0.037 0.040 0.044 0.054 0.096 0.135 0.056 0.537 47 K 0.084 0.109 0.024 0.030 0.036 0.127 0.046 0.544 48 M 0.069 0.239 0.014 0.017 0.018 0.096 0.057 0.490 49 D 0.039 0.722 0.005 0.004 0.007 0.026 0.060 0.137 50 G 0.013 0.881 0.003 0.002 0.004 0.010 0.041 0.045 51 A 0.006 0.897 0.005 0.007 0.007 0.009 0.034 0.034 52 I 0.005 0.943 0.004 0.005 0.007 0.004 0.018 0.014 53 I 0.013 0.938 0.004 0.002 0.005 0.004 0.024 0.011 54 Y 0.025 0.348 0.020 0.011 0.012 0.010 0.546 0.028 55 E 0.011 0.244 0.017 0.016 0.015 0.018 0.614 0.065 56 V 0.109 0.497 0.027 0.010 0.015 0.045 0.134 0.162 57 L 0.131 0.229 0.050 0.026 0.027 0.084 0.149 0.305 58 S 0.095 0.123 0.014 0.007 0.011 0.072 0.045 0.632 59 N 0.117 0.139 0.010 0.004 0.006 0.080 0.049 0.596 60 V 0.051 0.191 0.029 0.010 0.010 0.146 0.049 0.513 61 G 0.116 0.249 0.028 0.006 0.010 0.089 0.053 0.449 62 L 0.084 0.270 0.038 0.010 0.008 0.077 0.060 0.453 63 E 0.073 0.493 0.036 0.006 0.007 0.045 0.056 0.285 64 R 0.125 0.555 0.022 0.004 0.004 0.034 0.056 0.200 65 A 0.059 0.445 0.031 0.008 0.007 0.054 0.071 0.326 66 E 0.093 0.466 0.022 0.004 0.005 0.046 0.072 0.292 67 I 0.149 0.465 0.013 0.004 0.004 0.045 0.094 0.227 68 A 0.096 0.502 0.010 0.003 0.003 0.038 0.089 0.259 69 D 0.048 0.663 0.004 0.001 0.002 0.026 0.038 0.217 70 K 0.021 0.778 0.004 0.001 0.001 0.024 0.019 0.151 71 F 0.024 0.866 0.004 0.001 0.001 0.011 0.028 0.066 72 D 0.070 0.847 0.002 0.001 0.001 0.007 0.039 0.034 73 K 0.011 0.063 0.002 0.001 0.001 0.007 0.890 0.027 74 A 0.007 0.630 0.003 0.001 0.001 0.013 0.301 0.047 75 K 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.028 76 E 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.022 77 T 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.010 78 Y 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.007 79 I 0.005 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.006 80 A 0.005 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.010 81 L 0.004 0.957 0.005 0.001 0.001 0.002 0.023 0.009 82 F 0.008 0.953 0.009 0.001 0.001 0.002 0.017 0.010 83 R 0.032 0.849 0.011 0.002 0.001 0.006 0.065 0.033 84 E 0.058 0.760 0.016 0.002 0.001 0.011 0.070 0.081 85 R 0.164 0.457 0.022 0.003 0.002 0.036 0.084 0.233 86 A 0.079 0.145 0.038 0.005 0.003 0.074 0.130 0.527 87 R 0.216 0.105 0.008 0.002 0.002 0.049 0.081 0.537 88 R 0.194 0.040 0.007 0.002 0.002 0.068 0.141 0.547 89 E 0.029 0.032 0.010 0.004 0.004 0.109 0.040 0.772 90 D 0.028 0.036 0.015 0.006 0.014 0.075 0.066 0.761 91 I 0.126 0.073 0.020 0.008 0.008 0.124 0.039 0.601 92 T 0.019 0.055 0.086 0.029 0.022 0.136 0.103 0.550 93 L 0.040 0.208 0.009 0.002 0.002 0.060 0.025 0.654 94 L 0.199 0.635 0.007 0.001 0.001 0.013 0.102 0.042 95 E 0.014 0.714 0.008 0.002 0.002 0.025 0.057 0.178 96 G 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.013 97 V 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 98 R 0.005 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 99 E 0.005 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 100 L 0.029 0.936 0.009 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 101 L 0.154 0.511 0.036 0.001 0.001 0.007 0.257 0.034 102 D 0.019 0.075 0.013 0.001 0.001 0.012 0.717 0.163 103 A 0.066 0.190 0.033 0.001 0.001 0.041 0.302 0.366 104 L 0.258 0.108 0.028 0.006 0.004 0.089 0.111 0.397 105 S 0.037 0.007 0.014 0.005 0.003 0.052 0.053 0.830 106 S 0.215 0.006 0.003 0.001 0.002 0.045 0.019 0.709 107 R 0.461 0.003 0.008 0.001 0.001 0.077 0.031 0.418 108 S 0.022 0.002 0.031 0.004 0.009 0.203 0.013 0.717 109 D 0.003 0.001 0.050 0.001 0.012 0.089 0.015 0.829 110 V 0.004 0.001 0.386 0.046 0.033 0.146 0.044 0.339 111 L 0.002 0.001 0.753 0.039 0.040 0.030 0.038 0.097 112 L 0.002 0.001 0.521 0.083 0.118 0.025 0.086 0.165 113 G 0.001 0.001 0.808 0.054 0.094 0.004 0.026 0.014 114 L 0.002 0.001 0.595 0.128 0.173 0.011 0.026 0.064 115 L 0.011 0.002 0.512 0.206 0.141 0.025 0.024 0.080 116 T 0.022 0.016 0.180 0.053 0.119 0.107 0.046 0.456 117 G 0.044 0.035 0.060 0.018 0.047 0.182 0.030 0.585 118 N 0.054 0.048 0.035 0.019 0.020 0.122 0.178 0.524 119 F 0.083 0.292 0.013 0.011 0.009 0.060 0.334 0.197 120 E 0.077 0.636 0.008 0.006 0.009 0.033 0.067 0.165 121 A 0.035 0.512 0.009 0.020 0.027 0.045 0.056 0.297 122 S 0.026 0.732 0.009 0.009 0.018 0.024 0.056 0.126 123 G 0.046 0.765 0.006 0.010 0.017 0.022 0.063 0.071 124 R 0.052 0.505 0.036 0.040 0.039 0.036 0.164 0.129 125 H 0.053 0.649 0.016 0.023 0.038 0.026 0.052 0.144 126 K 0.254 0.257 0.052 0.022 0.037 0.060 0.077 0.241 127 L 0.031 0.039 0.133 0.090 0.056 0.090 0.131 0.430 128 K 0.146 0.036 0.016 0.008 0.012 0.062 0.030 0.690 129 L 0.422 0.018 0.017 0.006 0.006 0.066 0.071 0.395 130 P 0.017 0.009 0.019 0.008 0.009 0.150 0.025 0.762 131 G 0.034 0.017 0.015 0.003 0.008 0.062 0.040 0.821 132 I 0.151 0.044 0.023 0.017 0.011 0.108 0.065 0.581 133 D 0.235 0.028 0.052 0.015 0.016 0.088 0.123 0.442 134 H 0.029 0.022 0.046 0.010 0.021 0.152 0.077 0.643 135 Y 0.011 0.009 0.121 0.009 0.023 0.156 0.054 0.617 136 F 0.061 0.020 0.137 0.057 0.047 0.174 0.118 0.387 137 P 0.012 0.019 0.215 0.027 0.058 0.110 0.114 0.446 138 F 0.007 0.019 0.541 0.031 0.100 0.065 0.075 0.161 139 G 0.007 0.014 0.544 0.083 0.112 0.042 0.072 0.126 140 A 0.010 0.020 0.560 0.100 0.089 0.045 0.042 0.133 141 F 0.060 0.102 0.387 0.050 0.093 0.066 0.090 0.154 142 A 0.128 0.174 0.103 0.031 0.047 0.115 0.082 0.320 143 D 0.066 0.076 0.076 0.020 0.029 0.107 0.090 0.537 144 D 0.125 0.125 0.035 0.025 0.030 0.103 0.125 0.431 145 A 0.180 0.043 0.029 0.025 0.036 0.096 0.143 0.450 146 L 0.106 0.014 0.016 0.025 0.029 0.105 0.074 0.631 147 D 0.090 0.011 0.005 0.012 0.019 0.074 0.036 0.753 148 R 0.040 0.005 0.004 0.005 0.008 0.094 0.023 0.821 149 N 0.022 0.017 0.009 0.012 0.016 0.157 0.031 0.736 150 E 0.040 0.066 0.005 0.004 0.005 0.093 0.021 0.766 151 L 0.096 0.640 0.005 0.003 0.003 0.037 0.033 0.182 152 P 0.025 0.870 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 0.065 153 H 0.013 0.926 0.003 0.001 0.001 0.005 0.029 0.022 154 I 0.008 0.938 0.003 0.001 0.001 0.003 0.036 0.011 155 A 0.006 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.034 0.004 156 L 0.003 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 157 E 0.005 0.963 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 158 R 0.078 0.849 0.007 0.001 0.001 0.005 0.045 0.016 159 A 0.020 0.022 0.007 0.001 0.001 0.004 0.934 0.012 160 R 0.018 0.284 0.013 0.001 0.001 0.025 0.406 0.252 161 R 0.141 0.338 0.015 0.001 0.001 0.052 0.024 0.428 162 M 0.099 0.037 0.082 0.011 0.005 0.113 0.237 0.415 163 T 0.363 0.020 0.015 0.002 0.004 0.068 0.037 0.491 164 G 0.237 0.004 0.009 0.001 0.002 0.064 0.025 0.659 165 A 0.011 0.002 0.026 0.004 0.004 0.186 0.016 0.751 166 N 0.009 0.002 0.021 0.003 0.009 0.124 0.017 0.816 167 Y 0.006 0.001 0.028 0.004 0.003 0.145 0.019 0.795 168 S 0.405 0.030 0.085 0.007 0.005 0.095 0.119 0.254 169 P 0.249 0.026 0.019 0.003 0.004 0.147 0.063 0.489 170 S 0.007 0.008 0.071 0.005 0.018 0.165 0.048 0.679 171 Q 0.005 0.006 0.480 0.035 0.115 0.078 0.133 0.149 172 I 0.004 0.004 0.324 0.066 0.121 0.073 0.159 0.249 173 V 0.003 0.002 0.725 0.078 0.088 0.021 0.029 0.055 174 I 0.012 0.003 0.493 0.089 0.155 0.050 0.069 0.129 175 I 0.034 0.008 0.339 0.072 0.100 0.120 0.090 0.237 176 G 0.033 0.013 0.099 0.025 0.057 0.203 0.053 0.519 177 D 0.045 0.040 0.043 0.012 0.018 0.156 0.071 0.615 178 T 0.182 0.399 0.016 0.008 0.010 0.067 0.058 0.260 179 E 0.084 0.506 0.015 0.007 0.010 0.063 0.059 0.256 180 H 0.021 0.576 0.010 0.014 0.024 0.045 0.077 0.234 181 D 0.016 0.897 0.004 0.002 0.005 0.010 0.038 0.029 182 I 0.008 0.934 0.003 0.004 0.004 0.006 0.022 0.020 183 R 0.009 0.878 0.032 0.014 0.015 0.005 0.025 0.022 184 C 0.065 0.814 0.017 0.006 0.009 0.009 0.053 0.027 185 A 0.178 0.132 0.180 0.013 0.009 0.016 0.417 0.054 186 R 0.388 0.164 0.014 0.016 0.010 0.030 0.078 0.301 187 E 0.058 0.017 0.007 0.001 0.002 0.040 0.028 0.848 188 L 0.012 0.009 0.034 0.009 0.010 0.187 0.071 0.668 189 D 0.081 0.024 0.026 0.009 0.017 0.120 0.144 0.580 190 A 0.026 0.013 0.018 0.006 0.006 0.135 0.050 0.746 191 R 0.009 0.016 0.381 0.033 0.082 0.140 0.098 0.240 192 S 0.015 0.012 0.268 0.032 0.074 0.067 0.181 0.351 193 I 0.002 0.002 0.773 0.047 0.036 0.022 0.062 0.056 194 A 0.003 0.004 0.729 0.028 0.057 0.026 0.068 0.085 195 V 0.022 0.005 0.467 0.118 0.102 0.061 0.100 0.126 196 A 0.051 0.006 0.258 0.036 0.072 0.116 0.079 0.383 197 T 0.051 0.006 0.067 0.031 0.063 0.141 0.114 0.528 198 G 0.027 0.014 0.043 0.015 0.034 0.173 0.062 0.631 199 N 0.036 0.035 0.024 0.017 0.027 0.160 0.030 0.670 200 F 0.026 0.103 0.020 0.026 0.019 0.108 0.026 0.671 201 T 0.045 0.832 0.003 0.002 0.003 0.014 0.014 0.086 202 M 0.075 0.881 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.022 203 E 0.048 0.806 0.018 0.007 0.004 0.011 0.037 0.069 204 E 0.156 0.487 0.033 0.005 0.006 0.023 0.165 0.125 205 L 0.494 0.169 0.036 0.005 0.005 0.035 0.136 0.120 206 A 0.336 0.083 0.010 0.006 0.006 0.044 0.078 0.437 207 R 0.010 0.011 0.005 0.001 0.002 0.038 0.023 0.911 208 H 0.033 0.013 0.011 0.003 0.004 0.135 0.049 0.752 209 K 0.392 0.049 0.010 0.005 0.004 0.093 0.075 0.373 210 P 0.040 0.050 0.014 0.003 0.007 0.141 0.041 0.704 211 G 0.022 0.044 0.121 0.010 0.042 0.108 0.072 0.580 212 T 0.013 0.038 0.361 0.083 0.068 0.059 0.137 0.241 213 L 0.021 0.123 0.411 0.033 0.027 0.051 0.063 0.271 214 F 0.081 0.122 0.425 0.029 0.027 0.045 0.057 0.213 215 K 0.046 0.069 0.174 0.015 0.011 0.092 0.073 0.522 216 N 0.057 0.102 0.024 0.002 0.002 0.025 0.630 0.157 217 F 0.188 0.373 0.013 0.002 0.001 0.035 0.247 0.141 218 A 0.047 0.397 0.009 0.003 0.003 0.054 0.096 0.391 219 E 0.010 0.741 0.003 0.001 0.001 0.016 0.017 0.211 220 T 0.021 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.013 221 D 0.041 0.898 0.004 0.001 0.001 0.005 0.035 0.016 222 E 0.065 0.492 0.039 0.003 0.002 0.025 0.278 0.096 223 V 0.084 0.267 0.090 0.002 0.002 0.040 0.409 0.105 224 L 0.456 0.153 0.064 0.002 0.002 0.043 0.086 0.194 225 A 0.143 0.025 0.031 0.002 0.003 0.053 0.061 0.682 226 S 0.014 0.010 0.010 0.001 0.002 0.081 0.035 0.847 227 I 0.015 0.010 0.051 0.011 0.016 0.240 0.040 0.618 228 L 0.038 0.003 0.025 0.009 0.011 0.110 0.027 0.776 229 T 0.313 0.013 0.028 0.014 0.013 0.102 0.089 0.429 230 P 0.040 0.005 0.026 0.007 0.013 0.140 0.028 0.740 231 K 0.024 0.003 0.022 0.010 0.020 0.135 0.020 0.766 232 H 0.046 0.007 0.020 0.013 0.016 0.106 0.041 0.752 233 S 0.093 0.029 0.024 0.023 0.031 0.129 0.059 0.613