# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 784 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.012 0.041 0.049 0.069 0.116 0.019 0.573 2 S 0.106 0.007 0.056 0.074 0.089 0.163 0.020 0.485 3 R 0.053 0.003 0.153 0.100 0.142 0.131 0.010 0.409 4 T 0.028 0.003 0.193 0.154 0.198 0.184 0.007 0.233 5 L 0.011 0.001 0.583 0.119 0.162 0.043 0.003 0.078 6 V 0.002 0.001 0.730 0.137 0.104 0.008 0.001 0.016 7 L 0.001 0.001 0.820 0.071 0.082 0.003 0.001 0.023 8 F 0.001 0.001 0.734 0.088 0.129 0.007 0.001 0.040 9 D 0.001 0.001 0.471 0.128 0.238 0.028 0.001 0.131 10 I 0.003 0.002 0.319 0.052 0.158 0.141 0.003 0.323 11 D 0.006 0.001 0.028 0.008 0.024 0.671 0.005 0.258 12 G 0.215 0.011 0.044 0.026 0.016 0.139 0.048 0.501 13 T 0.244 0.007 0.024 0.006 0.014 0.580 0.009 0.115 14 L 0.092 0.051 0.091 0.072 0.114 0.216 0.014 0.350 15 L 0.059 0.200 0.053 0.117 0.231 0.102 0.007 0.230 16 K 0.041 0.131 0.042 0.077 0.157 0.164 0.014 0.373 17 V 0.097 0.211 0.033 0.032 0.083 0.080 0.011 0.454 18 E 0.057 0.253 0.017 0.020 0.056 0.147 0.012 0.438 19 S 0.043 0.250 0.009 0.010 0.015 0.124 0.011 0.538 20 M 0.059 0.545 0.008 0.005 0.009 0.107 0.009 0.257 21 N 0.059 0.733 0.008 0.004 0.007 0.052 0.009 0.127 22 R 0.022 0.856 0.007 0.002 0.004 0.019 0.004 0.085 23 R 0.009 0.891 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.075 24 V 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.041 25 L 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 26 A 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 27 D 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 28 A 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 29 L 0.013 0.931 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.042 30 I 0.016 0.923 0.003 0.002 0.002 0.003 0.006 0.045 31 E 0.075 0.826 0.007 0.002 0.001 0.003 0.028 0.058 32 V 0.091 0.775 0.035 0.004 0.002 0.003 0.041 0.048 33 Y 0.158 0.383 0.079 0.019 0.013 0.019 0.070 0.259 34 G 0.094 0.131 0.287 0.031 0.029 0.046 0.031 0.350 35 T 0.078 0.057 0.079 0.019 0.027 0.099 0.016 0.626 36 E 0.034 0.026 0.051 0.008 0.011 0.059 0.006 0.804 37 G 0.048 0.040 0.045 0.015 0.020 0.220 0.010 0.602 38 S 0.096 0.030 0.034 0.011 0.020 0.165 0.012 0.630 39 T 0.039 0.037 0.014 0.008 0.018 0.091 0.005 0.789 40 G 0.055 0.067 0.013 0.011 0.020 0.243 0.009 0.582 41 S 0.186 0.191 0.019 0.017 0.035 0.210 0.013 0.329 42 H 0.117 0.387 0.026 0.032 0.067 0.053 0.012 0.305 43 D 0.059 0.419 0.041 0.063 0.090 0.052 0.016 0.259 44 F 0.114 0.323 0.065 0.056 0.080 0.046 0.030 0.287 45 S 0.137 0.315 0.057 0.073 0.105 0.049 0.026 0.237 46 G 0.150 0.124 0.079 0.077 0.094 0.059 0.041 0.375 47 K 0.133 0.068 0.099 0.047 0.065 0.108 0.024 0.456 48 M 0.063 0.036 0.050 0.023 0.038 0.128 0.012 0.650 49 D 0.023 0.024 0.013 0.008 0.014 0.090 0.005 0.823 50 G 0.044 0.028 0.015 0.007 0.014 0.088 0.008 0.798 51 A 0.054 0.057 0.015 0.007 0.012 0.279 0.005 0.570 52 I 0.058 0.182 0.008 0.010 0.015 0.248 0.006 0.474 53 I 0.035 0.734 0.009 0.010 0.018 0.044 0.003 0.147 54 Y 0.010 0.872 0.007 0.008 0.018 0.012 0.002 0.072 55 E 0.006 0.933 0.003 0.006 0.008 0.006 0.002 0.036 56 V 0.009 0.959 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.016 57 L 0.018 0.948 0.003 0.003 0.006 0.002 0.005 0.015 58 S 0.035 0.885 0.006 0.005 0.007 0.006 0.015 0.040 59 N 0.162 0.612 0.012 0.005 0.005 0.009 0.048 0.147 60 V 0.303 0.421 0.036 0.007 0.007 0.024 0.053 0.149 61 G 0.172 0.281 0.033 0.010 0.009 0.066 0.058 0.371 62 L 0.108 0.200 0.152 0.015 0.022 0.072 0.019 0.413 63 E 0.055 0.164 0.042 0.013 0.020 0.226 0.011 0.471 64 R 0.087 0.205 0.049 0.009 0.022 0.116 0.010 0.502 65 A 0.049 0.337 0.029 0.008 0.014 0.089 0.008 0.467 66 E 0.096 0.249 0.019 0.006 0.010 0.241 0.018 0.360 67 I 0.191 0.500 0.017 0.005 0.010 0.060 0.012 0.205 68 A 0.088 0.526 0.010 0.004 0.009 0.077 0.012 0.274 69 D 0.116 0.384 0.013 0.003 0.007 0.062 0.016 0.399 70 K 0.124 0.402 0.008 0.002 0.004 0.075 0.015 0.369 71 F 0.123 0.436 0.009 0.002 0.004 0.137 0.015 0.272 72 D 0.058 0.622 0.008 0.002 0.004 0.056 0.008 0.242 73 K 0.020 0.652 0.005 0.001 0.004 0.032 0.003 0.283 74 A 0.020 0.701 0.003 0.001 0.002 0.070 0.004 0.199 75 K 0.022 0.894 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.058 76 E 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 77 T 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 78 Y 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 79 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 80 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 81 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 F 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 R 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 84 E 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 85 R 0.012 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 86 A 0.021 0.946 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.018 87 R 0.070 0.818 0.008 0.005 0.006 0.007 0.024 0.061 88 R 0.139 0.604 0.025 0.008 0.012 0.019 0.035 0.157 89 E 0.128 0.348 0.034 0.010 0.012 0.051 0.042 0.373 90 D 0.190 0.174 0.035 0.010 0.009 0.052 0.050 0.479 91 I 0.330 0.107 0.093 0.012 0.015 0.044 0.032 0.366 92 T 0.067 0.058 0.229 0.044 0.033 0.087 0.017 0.465 93 L 0.018 0.023 0.064 0.011 0.020 0.066 0.004 0.794 94 L 0.066 0.119 0.146 0.033 0.102 0.192 0.007 0.336 95 E 0.008 0.025 0.013 0.003 0.006 0.076 0.002 0.867 96 G 0.058 0.058 0.008 0.003 0.006 0.258 0.007 0.603 97 V 0.347 0.161 0.015 0.003 0.006 0.074 0.015 0.380 98 R 0.018 0.562 0.023 0.003 0.006 0.043 0.005 0.341 99 E 0.015 0.546 0.003 0.001 0.004 0.090 0.003 0.338 100 L 0.022 0.851 0.001 0.001 0.002 0.020 0.003 0.101 101 L 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 102 D 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 103 A 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 104 L 0.068 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 105 S 0.113 0.757 0.009 0.004 0.006 0.006 0.024 0.080 106 S 0.192 0.503 0.023 0.006 0.006 0.009 0.059 0.202 107 R 0.274 0.314 0.068 0.006 0.007 0.024 0.092 0.215 108 S 0.160 0.138 0.084 0.019 0.010 0.085 0.091 0.413 109 D 0.079 0.021 0.126 0.019 0.013 0.084 0.063 0.596 110 V 0.178 0.005 0.343 0.031 0.034 0.160 0.016 0.233 111 L 0.006 0.003 0.577 0.065 0.044 0.059 0.002 0.245 112 L 0.003 0.002 0.382 0.095 0.170 0.038 0.001 0.309 113 G 0.002 0.001 0.820 0.078 0.075 0.006 0.001 0.018 114 L 0.002 0.001 0.674 0.107 0.112 0.013 0.001 0.092 115 L 0.001 0.001 0.752 0.090 0.112 0.010 0.001 0.033 116 T 0.003 0.003 0.402 0.093 0.183 0.061 0.002 0.254 117 G 0.014 0.002 0.165 0.037 0.105 0.101 0.008 0.567 118 N 0.026 0.001 0.018 0.005 0.011 0.477 0.005 0.457 119 F 0.057 0.003 0.009 0.005 0.008 0.134 0.006 0.777 120 E 0.043 0.023 0.014 0.009 0.023 0.391 0.005 0.491 121 A 0.027 0.050 0.008 0.008 0.015 0.208 0.005 0.680 122 S 0.059 0.312 0.007 0.011 0.019 0.144 0.006 0.440 123 G 0.097 0.565 0.011 0.013 0.026 0.049 0.010 0.228 124 R 0.035 0.750 0.017 0.012 0.026 0.032 0.005 0.124 125 H 0.024 0.803 0.006 0.010 0.018 0.026 0.007 0.105 126 K 0.050 0.853 0.007 0.006 0.011 0.008 0.009 0.056 127 L 0.051 0.863 0.012 0.009 0.011 0.005 0.014 0.034 128 K 0.131 0.622 0.030 0.014 0.020 0.021 0.074 0.089 129 L 0.180 0.340 0.095 0.023 0.029 0.017 0.031 0.286 130 P 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.987 131 G 0.153 0.020 0.032 0.021 0.031 0.089 0.040 0.614 132 I 0.271 0.045 0.221 0.024 0.025 0.053 0.017 0.343 133 D 0.038 0.039 0.069 0.031 0.051 0.118 0.008 0.646 134 H 0.135 0.028 0.042 0.021 0.032 0.136 0.014 0.591 135 Y 0.255 0.055 0.096 0.023 0.033 0.184 0.032 0.322 136 F 0.168 0.057 0.193 0.076 0.078 0.127 0.025 0.276 137 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.987 138 F 0.010 0.013 0.104 0.074 0.153 0.087 0.006 0.554 139 G 0.158 0.041 0.197 0.112 0.122 0.049 0.017 0.303 140 A 0.036 0.022 0.488 0.120 0.136 0.030 0.008 0.161 141 F 0.033 0.026 0.229 0.130 0.163 0.067 0.006 0.347 142 A 0.049 0.024 0.246 0.075 0.192 0.070 0.006 0.337 143 D 0.024 0.032 0.078 0.063 0.105 0.152 0.010 0.536 144 D 0.103 0.022 0.038 0.020 0.042 0.152 0.019 0.603 145 A 0.202 0.054 0.038 0.027 0.053 0.187 0.014 0.423 146 L 0.084 0.102 0.032 0.033 0.055 0.203 0.018 0.472 147 D 0.133 0.141 0.027 0.028 0.045 0.144 0.021 0.460 148 R 0.181 0.124 0.022 0.011 0.019 0.101 0.026 0.517 149 N 0.250 0.134 0.029 0.014 0.022 0.148 0.027 0.375 150 E 0.014 0.025 0.007 0.002 0.003 0.033 0.008 0.908 151 L 0.097 0.073 0.021 0.010 0.016 0.123 0.007 0.653 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.012 0.031 0.006 0.006 0.012 0.180 0.002 0.750 154 I 0.090 0.186 0.010 0.003 0.005 0.111 0.003 0.591 155 A 0.026 0.788 0.004 0.003 0.008 0.047 0.001 0.123 156 L 0.007 0.954 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.027 157 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 158 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 159 A 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 160 R 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 161 R 0.032 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 162 M 0.032 0.926 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 163 T 0.035 0.841 0.016 0.003 0.004 0.005 0.029 0.067 164 G 0.145 0.512 0.073 0.007 0.006 0.015 0.055 0.187 165 A 0.254 0.345 0.129 0.013 0.009 0.047 0.056 0.147 166 N 0.215 0.067 0.055 0.010 0.009 0.057 0.075 0.510 167 Y 0.204 0.041 0.331 0.030 0.035 0.051 0.026 0.283 168 S 0.015 0.010 0.043 0.044 0.043 0.208 0.004 0.633 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 170 S 0.006 0.002 0.021 0.020 0.053 0.539 0.003 0.357 171 Q 0.683 0.001 0.015 0.006 0.005 0.203 0.015 0.072 172 I 0.469 0.038 0.221 0.042 0.047 0.041 0.007 0.137 173 V 0.007 0.008 0.768 0.071 0.071 0.015 0.002 0.057 174 I 0.006 0.007 0.491 0.085 0.119 0.037 0.003 0.252 175 I 0.004 0.008 0.616 0.076 0.194 0.019 0.002 0.081 176 G 0.004 0.012 0.330 0.061 0.113 0.079 0.004 0.396 177 D 0.019 0.006 0.156 0.021 0.042 0.136 0.008 0.611 178 T 0.034 0.007 0.029 0.006 0.012 0.247 0.004 0.659 179 E 0.036 0.011 0.014 0.003 0.009 0.354 0.005 0.568 180 H 0.033 0.023 0.005 0.002 0.003 0.547 0.004 0.382 181 D 0.073 0.172 0.005 0.002 0.004 0.473 0.007 0.263 182 I 0.011 0.906 0.006 0.003 0.005 0.011 0.001 0.057 183 R 0.009 0.802 0.004 0.003 0.010 0.075 0.004 0.094 184 C 0.016 0.945 0.001 0.002 0.004 0.009 0.002 0.021 185 A 0.014 0.969 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 186 R 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 187 E 0.038 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 188 L 0.278 0.582 0.011 0.005 0.003 0.001 0.103 0.016 189 D 0.777 0.018 0.007 0.006 0.003 0.003 0.148 0.040 190 A 0.026 0.007 0.846 0.014 0.013 0.015 0.009 0.070 191 R 0.014 0.009 0.437 0.145 0.127 0.084 0.008 0.176 192 S 0.004 0.002 0.501 0.024 0.034 0.037 0.003 0.394 193 I 0.001 0.001 0.936 0.030 0.020 0.004 0.001 0.008 194 A 0.001 0.001 0.937 0.023 0.016 0.003 0.001 0.020 195 V 0.001 0.001 0.829 0.042 0.084 0.005 0.001 0.037 196 A 0.001 0.001 0.861 0.032 0.052 0.014 0.001 0.039 197 T 0.004 0.004 0.360 0.046 0.107 0.068 0.003 0.408 198 G 0.036 0.004 0.257 0.025 0.070 0.114 0.012 0.481 199 N 0.105 0.004 0.068 0.013 0.020 0.172 0.017 0.602 200 F 0.197 0.006 0.070 0.018 0.020 0.208 0.018 0.462 201 T 0.066 0.010 0.022 0.009 0.017 0.379 0.007 0.491 202 M 0.024 0.021 0.021 0.005 0.033 0.054 0.003 0.839 203 E 0.011 0.021 0.007 0.002 0.009 0.254 0.002 0.693 204 E 0.027 0.044 0.001 0.001 0.003 0.685 0.003 0.236 205 L 0.048 0.873 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.067 206 A 0.014 0.897 0.002 0.002 0.004 0.008 0.004 0.070 207 R 0.206 0.616 0.004 0.004 0.004 0.009 0.038 0.119 208 H 0.431 0.404 0.009 0.003 0.004 0.004 0.094 0.051 209 K 0.366 0.205 0.035 0.017 0.019 0.021 0.052 0.285 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 211 G 0.049 0.027 0.101 0.038 0.050 0.142 0.013 0.580 212 T 0.385 0.033 0.281 0.021 0.022 0.049 0.012 0.197 213 L 0.075 0.061 0.289 0.039 0.066 0.080 0.007 0.383 214 F 0.070 0.069 0.466 0.060 0.083 0.041 0.005 0.206 215 K 0.040 0.052 0.176 0.034 0.054 0.187 0.009 0.449 216 N 0.120 0.048 0.045 0.011 0.032 0.194 0.017 0.533 217 F 0.151 0.071 0.039 0.005 0.034 0.049 0.013 0.638 218 A 0.024 0.027 0.013 0.003 0.005 0.496 0.008 0.423 219 E 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 0.854 0.004 0.085 220 T 0.388 0.350 0.004 0.001 0.003 0.032 0.006 0.217 221 D 0.007 0.547 0.012 0.001 0.005 0.019 0.002 0.407 222 E 0.012 0.347 0.007 0.002 0.005 0.091 0.005 0.531 223 V 0.048 0.791 0.001 0.001 0.004 0.035 0.004 0.115 224 L 0.010 0.960 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 225 A 0.009 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.035 226 S 0.205 0.648 0.005 0.002 0.001 0.003 0.079 0.056 227 I 0.597 0.272 0.015 0.003 0.002 0.002 0.070 0.039 228 L 0.166 0.265 0.238 0.022 0.026 0.033 0.059 0.191 229 T 0.052 0.137 0.175 0.048 0.060 0.118 0.019 0.390 230 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 231 K 0.017 0.010 0.024 0.006 0.010 0.639 0.007 0.287 232 H 0.579 0.013 0.025 0.004 0.003 0.133 0.023 0.220 233 S 0.153 0.143 0.074 0.027 0.028 0.197 0.009 0.369