# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 784 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.544 0.313 0.107 0.031 0.004 0.001 0.001 2 S 0.354 0.447 0.139 0.049 0.010 0.001 0.001 3 R 0.006 0.042 0.124 0.297 0.391 0.135 0.005 4 T 0.005 0.056 0.154 0.317 0.289 0.162 0.017 5 L 0.001 0.001 0.003 0.023 0.130 0.501 0.342 6 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.288 0.668 7 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.246 0.718 8 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.216 0.751 9 D 0.001 0.003 0.012 0.035 0.101 0.324 0.524 10 I 0.001 0.002 0.005 0.020 0.087 0.307 0.579 11 D 0.002 0.011 0.028 0.071 0.151 0.308 0.429 12 G 0.006 0.016 0.037 0.085 0.136 0.319 0.401 13 T 0.008 0.013 0.021 0.050 0.113 0.343 0.453 14 L 0.004 0.005 0.011 0.037 0.115 0.367 0.460 15 L 0.004 0.010 0.022 0.050 0.140 0.360 0.415 16 K 0.005 0.019 0.049 0.118 0.191 0.341 0.276 17 V 0.003 0.011 0.021 0.065 0.191 0.437 0.271 18 E 0.006 0.041 0.102 0.222 0.315 0.237 0.076 19 S 0.026 0.131 0.234 0.302 0.194 0.092 0.021 20 M 0.002 0.011 0.045 0.153 0.325 0.344 0.120 21 N 0.001 0.001 0.003 0.014 0.091 0.516 0.375 22 R 0.001 0.008 0.043 0.160 0.370 0.356 0.064 23 R 0.002 0.041 0.214 0.375 0.239 0.119 0.010 24 V 0.001 0.001 0.004 0.029 0.180 0.557 0.228 25 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.512 0.428 26 A 0.001 0.027 0.154 0.370 0.285 0.151 0.012 27 D 0.004 0.061 0.194 0.367 0.295 0.076 0.003 28 A 0.001 0.002 0.010 0.063 0.298 0.558 0.069 29 L 0.002 0.011 0.055 0.236 0.433 0.248 0.016 30 I 0.088 0.423 0.298 0.143 0.038 0.009 0.001 31 E 0.195 0.384 0.234 0.134 0.042 0.009 0.001 32 V 0.047 0.121 0.248 0.314 0.207 0.059 0.005 33 Y 0.295 0.322 0.202 0.108 0.055 0.017 0.001 34 G 0.147 0.171 0.188 0.260 0.172 0.055 0.007 35 T 0.299 0.316 0.195 0.120 0.053 0.015 0.002 36 E 0.202 0.196 0.192 0.194 0.146 0.061 0.008 37 G 0.259 0.220 0.173 0.169 0.116 0.053 0.010 38 S 0.296 0.257 0.184 0.144 0.080 0.032 0.007 39 T 0.314 0.263 0.179 0.138 0.072 0.029 0.006 40 G 0.326 0.293 0.172 0.113 0.061 0.029 0.006 41 S 0.120 0.167 0.204 0.227 0.174 0.091 0.017 42 H 0.072 0.083 0.123 0.210 0.268 0.210 0.036 43 D 0.155 0.205 0.206 0.194 0.138 0.085 0.017 44 F 0.148 0.152 0.154 0.185 0.180 0.146 0.035 45 S 0.059 0.060 0.085 0.159 0.244 0.292 0.102 46 G 0.083 0.086 0.119 0.177 0.223 0.231 0.081 47 K 0.137 0.162 0.166 0.188 0.172 0.132 0.044 48 M 0.157 0.165 0.153 0.185 0.174 0.126 0.039 49 D 0.102 0.152 0.158 0.186 0.184 0.153 0.064 50 G 0.039 0.070 0.100 0.173 0.241 0.268 0.110 51 A 0.116 0.206 0.210 0.195 0.144 0.099 0.030 52 I 0.055 0.146 0.208 0.239 0.196 0.127 0.029 53 I 0.012 0.021 0.034 0.092 0.245 0.473 0.123 54 Y 0.014 0.040 0.092 0.214 0.303 0.286 0.051 55 E 0.070 0.220 0.241 0.197 0.144 0.110 0.017 56 V 0.019 0.066 0.157 0.296 0.293 0.154 0.014 57 L 0.012 0.020 0.045 0.140 0.320 0.409 0.053 58 S 0.076 0.160 0.202 0.238 0.197 0.114 0.014 59 N 0.259 0.335 0.186 0.122 0.065 0.030 0.004 60 V 0.178 0.212 0.217 0.205 0.123 0.056 0.008 61 G 0.401 0.218 0.147 0.115 0.077 0.038 0.004 62 L 0.492 0.216 0.121 0.092 0.053 0.022 0.003 63 E 0.543 0.217 0.114 0.076 0.036 0.012 0.001 64 R 0.493 0.235 0.128 0.084 0.042 0.016 0.002 65 A 0.500 0.209 0.123 0.094 0.051 0.020 0.003 66 E 0.561 0.207 0.104 0.073 0.039 0.014 0.002 67 I 0.443 0.224 0.144 0.109 0.058 0.019 0.003 68 A 0.468 0.252 0.132 0.088 0.043 0.015 0.002 69 D 0.402 0.254 0.151 0.111 0.057 0.022 0.004 70 K 0.501 0.250 0.117 0.074 0.039 0.017 0.003 71 F 0.214 0.249 0.206 0.176 0.109 0.040 0.006 72 D 0.121 0.176 0.215 0.232 0.171 0.076 0.010 73 K 0.323 0.296 0.172 0.118 0.061 0.027 0.004 74 A 0.249 0.304 0.216 0.133 0.065 0.028 0.005 75 K 0.044 0.077 0.123 0.228 0.307 0.197 0.023 76 E 0.058 0.110 0.176 0.256 0.241 0.140 0.020 77 T 0.292 0.321 0.184 0.110 0.057 0.031 0.005 78 Y 0.143 0.233 0.234 0.202 0.124 0.057 0.008 79 I 0.039 0.052 0.092 0.198 0.310 0.270 0.039 80 A 0.105 0.155 0.199 0.237 0.190 0.100 0.014 81 L 0.288 0.307 0.183 0.120 0.068 0.031 0.004 82 F 0.127 0.180 0.193 0.220 0.173 0.095 0.012 83 R 0.070 0.091 0.139 0.235 0.272 0.173 0.019 84 E 0.214 0.214 0.184 0.181 0.133 0.065 0.008 85 R 0.372 0.279 0.156 0.109 0.057 0.025 0.003 86 A 0.261 0.228 0.187 0.172 0.104 0.043 0.005 87 R 0.172 0.175 0.192 0.222 0.165 0.066 0.007 88 R 0.325 0.224 0.171 0.153 0.092 0.031 0.003 89 E 0.446 0.281 0.144 0.084 0.034 0.010 0.001 90 D 0.292 0.273 0.185 0.143 0.075 0.029 0.003 91 I 0.078 0.096 0.137 0.249 0.270 0.155 0.014 92 T 0.146 0.255 0.236 0.195 0.116 0.046 0.006 93 L 0.040 0.101 0.150 0.282 0.281 0.135 0.011 94 L 0.012 0.090 0.244 0.337 0.251 0.063 0.003 95 E 0.157 0.403 0.267 0.123 0.038 0.010 0.001 96 G 0.007 0.087 0.244 0.372 0.219 0.062 0.009 97 V 0.001 0.002 0.009 0.052 0.331 0.542 0.064 98 R 0.003 0.087 0.344 0.377 0.148 0.038 0.003 99 E 0.012 0.242 0.410 0.267 0.057 0.011 0.001 100 L 0.001 0.002 0.006 0.045 0.299 0.574 0.074 101 L 0.001 0.001 0.008 0.079 0.388 0.495 0.028 102 D 0.007 0.284 0.453 0.210 0.040 0.005 0.001 103 A 0.009 0.121 0.379 0.366 0.110 0.015 0.001 104 L 0.001 0.005 0.019 0.139 0.527 0.302 0.008 105 S 0.027 0.216 0.367 0.292 0.085 0.012 0.001 106 S 0.501 0.415 0.069 0.013 0.002 0.001 0.001 107 R 0.093 0.328 0.309 0.194 0.069 0.007 0.001 108 S 0.172 0.315 0.294 0.177 0.040 0.003 0.001 109 D 0.202 0.466 0.231 0.080 0.019 0.002 0.001 110 V 0.003 0.030 0.116 0.349 0.381 0.117 0.004 111 L 0.001 0.024 0.106 0.329 0.377 0.157 0.006 112 L 0.001 0.001 0.002 0.015 0.108 0.578 0.297 113 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.301 0.670 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.208 0.774 115 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.049 0.356 0.584 116 T 0.001 0.007 0.030 0.111 0.270 0.427 0.155 117 G 0.009 0.058 0.133 0.243 0.300 0.210 0.046 118 N 0.071 0.224 0.228 0.195 0.161 0.096 0.025 119 F 0.061 0.177 0.238 0.273 0.176 0.066 0.009 120 E 0.065 0.168 0.275 0.262 0.162 0.062 0.006 121 A 0.279 0.351 0.200 0.101 0.045 0.021 0.002 122 S 0.054 0.194 0.266 0.253 0.167 0.057 0.008 123 G 0.013 0.029 0.071 0.194 0.385 0.283 0.026 124 R 0.051 0.217 0.309 0.270 0.116 0.033 0.003 125 H 0.117 0.354 0.261 0.164 0.075 0.027 0.002 126 K 0.015 0.056 0.135 0.288 0.336 0.161 0.009 127 L 0.013 0.027 0.086 0.257 0.374 0.224 0.018 128 K 0.215 0.464 0.222 0.077 0.017 0.004 0.001 129 L 0.154 0.307 0.272 0.180 0.070 0.016 0.001 130 P 0.060 0.149 0.214 0.281 0.213 0.077 0.006 131 G 0.131 0.328 0.282 0.167 0.071 0.019 0.002 132 I 0.025 0.033 0.078 0.235 0.364 0.238 0.027 133 D 0.075 0.210 0.253 0.258 0.154 0.046 0.004 134 H 0.091 0.221 0.228 0.207 0.161 0.078 0.014 135 Y 0.025 0.083 0.156 0.245 0.250 0.196 0.045 136 F 0.016 0.030 0.058 0.159 0.314 0.339 0.083 137 P 0.064 0.168 0.222 0.222 0.176 0.115 0.033 138 F 0.077 0.086 0.111 0.174 0.222 0.249 0.080 139 G 0.046 0.046 0.065 0.133 0.209 0.338 0.162 140 A 0.054 0.067 0.090 0.153 0.226 0.292 0.118 141 F 0.098 0.115 0.133 0.171 0.207 0.206 0.070 142 A 0.103 0.150 0.146 0.203 0.202 0.145 0.050 143 D 0.168 0.206 0.200 0.188 0.132 0.082 0.024 144 D 0.231 0.248 0.215 0.163 0.091 0.043 0.009 145 A 0.198 0.206 0.186 0.191 0.139 0.067 0.013 146 L 0.277 0.225 0.187 0.159 0.101 0.043 0.008 147 D 0.404 0.249 0.171 0.103 0.050 0.020 0.003 148 R 0.277 0.256 0.169 0.162 0.091 0.038 0.006 149 N 0.085 0.143 0.174 0.223 0.214 0.137 0.025 150 E 0.069 0.127 0.166 0.229 0.233 0.145 0.030 151 L 0.073 0.275 0.275 0.207 0.108 0.053 0.008 152 P 0.038 0.122 0.218 0.284 0.224 0.101 0.012 153 H 0.191 0.390 0.270 0.102 0.033 0.012 0.001 154 I 0.018 0.096 0.192 0.317 0.265 0.096 0.015 155 A 0.015 0.023 0.038 0.128 0.337 0.396 0.063 156 L 0.036 0.219 0.339 0.289 0.097 0.019 0.001 157 E 0.062 0.430 0.332 0.139 0.033 0.004 0.001 158 R 0.009 0.030 0.085 0.288 0.401 0.180 0.007 159 A 0.007 0.023 0.094 0.341 0.390 0.140 0.005 160 R 0.224 0.546 0.180 0.041 0.008 0.001 0.001 161 R 0.300 0.438 0.190 0.057 0.012 0.002 0.001 162 M 0.035 0.118 0.272 0.336 0.195 0.039 0.004 163 T 0.209 0.328 0.264 0.130 0.056 0.012 0.001 164 G 0.329 0.280 0.178 0.145 0.055 0.012 0.002 165 A 0.129 0.220 0.231 0.239 0.132 0.043 0.006 166 N 0.232 0.255 0.196 0.164 0.102 0.044 0.007 167 Y 0.052 0.067 0.083 0.188 0.328 0.234 0.048 168 S 0.146 0.278 0.271 0.196 0.081 0.025 0.003 169 P 0.068 0.140 0.184 0.266 0.229 0.102 0.012 170 S 0.030 0.174 0.257 0.302 0.171 0.060 0.006 171 Q 0.004 0.042 0.124 0.279 0.339 0.192 0.020 172 I 0.001 0.001 0.005 0.028 0.143 0.544 0.279 173 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.316 0.637 174 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.175 0.804 175 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.034 0.237 0.719 176 G 0.001 0.004 0.012 0.036 0.099 0.318 0.531 177 D 0.001 0.005 0.014 0.048 0.163 0.405 0.363 178 T 0.003 0.024 0.061 0.128 0.275 0.345 0.163 179 E 0.020 0.085 0.172 0.240 0.224 0.197 0.063 180 H 0.040 0.114 0.157 0.225 0.239 0.164 0.063 181 D 0.011 0.033 0.067 0.144 0.246 0.340 0.159 182 I 0.004 0.016 0.045 0.135 0.292 0.373 0.135 183 R 0.028 0.127 0.193 0.252 0.209 0.140 0.052 184 C 0.008 0.027 0.068 0.171 0.272 0.351 0.101 185 A 0.003 0.005 0.011 0.039 0.179 0.527 0.236 186 R 0.015 0.083 0.185 0.327 0.232 0.129 0.028 187 E 0.044 0.162 0.222 0.248 0.212 0.100 0.012 188 L 0.008 0.041 0.083 0.213 0.368 0.259 0.029 189 D 0.012 0.097 0.195 0.263 0.242 0.176 0.016 190 A 0.001 0.002 0.014 0.072 0.235 0.545 0.131 191 R 0.001 0.004 0.022 0.117 0.342 0.419 0.094 192 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.311 0.652 193 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.142 0.849 194 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.146 0.835 195 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.185 0.784 196 A 0.001 0.003 0.010 0.030 0.110 0.397 0.449 197 T 0.004 0.017 0.046 0.107 0.215 0.377 0.233 198 G 0.012 0.044 0.082 0.166 0.280 0.307 0.108 199 N 0.041 0.108 0.174 0.218 0.230 0.187 0.042 200 F 0.074 0.170 0.206 0.244 0.188 0.099 0.019 201 T 0.184 0.278 0.219 0.165 0.103 0.044 0.007 202 M 0.181 0.249 0.230 0.216 0.097 0.024 0.003 203 E 0.507 0.356 0.097 0.031 0.008 0.002 0.001 204 E 0.219 0.333 0.244 0.143 0.048 0.012 0.001 205 L 0.054 0.078 0.134 0.268 0.322 0.135 0.008 206 A 0.205 0.326 0.259 0.153 0.046 0.010 0.001 207 R 0.419 0.365 0.138 0.055 0.018 0.005 0.001 208 H 0.072 0.173 0.245 0.289 0.175 0.043 0.003 209 K 0.133 0.346 0.287 0.159 0.056 0.018 0.002 210 P 0.016 0.036 0.079 0.208 0.353 0.273 0.034 211 G 0.042 0.133 0.230 0.289 0.218 0.080 0.007 212 T 0.014 0.042 0.087 0.191 0.295 0.316 0.055 213 L 0.004 0.012 0.027 0.094 0.240 0.483 0.140 214 F 0.003 0.015 0.045 0.158 0.331 0.370 0.078 215 K 0.023 0.142 0.226 0.242 0.204 0.128 0.035 216 N 0.017 0.109 0.210 0.325 0.225 0.101 0.013 217 F 0.003 0.019 0.055 0.174 0.373 0.344 0.033 218 A 0.079 0.344 0.342 0.164 0.056 0.014 0.001 219 E 0.054 0.288 0.345 0.224 0.072 0.015 0.002 220 T 0.005 0.010 0.021 0.095 0.370 0.470 0.029 221 D 0.014 0.120 0.288 0.359 0.191 0.028 0.001 222 E 0.178 0.586 0.194 0.037 0.005 0.001 0.001 223 V 0.022 0.068 0.260 0.446 0.180 0.022 0.001 224 L 0.054 0.053 0.071 0.218 0.423 0.177 0.005 225 A 0.273 0.455 0.200 0.061 0.010 0.001 0.001 226 S 0.513 0.356 0.106 0.022 0.003 0.001 0.001 227 I 0.169 0.241 0.268 0.198 0.104 0.019 0.001 228 L 0.251 0.258 0.243 0.172 0.067 0.009 0.001 229 T 0.610 0.247 0.096 0.038 0.008 0.001 0.001 230 P 0.710 0.210 0.054 0.019 0.005 0.001 0.001 231 K 0.502 0.237 0.140 0.085 0.029 0.006 0.001 232 H 0.608 0.207 0.101 0.058 0.022 0.004 0.001 233 S 0.646 0.194 0.082 0.052 0.021 0.005 0.001