# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4532 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.008 0.039 0.051 0.068 0.109 0.018 0.608 2 S 0.088 0.003 0.046 0.061 0.071 0.149 0.017 0.565 3 R 0.032 0.001 0.119 0.071 0.096 0.102 0.006 0.572 4 T 0.020 0.001 0.217 0.158 0.198 0.191 0.005 0.208 5 L 0.009 0.001 0.625 0.103 0.144 0.042 0.002 0.074 6 V 0.001 0.001 0.809 0.099 0.078 0.005 0.001 0.009 7 L 0.001 0.001 0.872 0.055 0.058 0.002 0.001 0.013 8 F 0.001 0.001 0.840 0.055 0.079 0.004 0.001 0.022 9 D 0.001 0.001 0.578 0.110 0.203 0.021 0.001 0.086 10 I 0.001 0.001 0.379 0.050 0.181 0.107 0.002 0.279 11 D 0.004 0.001 0.036 0.008 0.030 0.645 0.004 0.272 12 G 0.188 0.004 0.043 0.028 0.017 0.161 0.051 0.508 13 T 0.324 0.003 0.028 0.009 0.018 0.506 0.008 0.103 14 L 0.069 0.023 0.098 0.110 0.160 0.181 0.010 0.349 15 L 0.044 0.074 0.060 0.187 0.372 0.086 0.005 0.172 16 K 0.035 0.057 0.047 0.118 0.253 0.136 0.011 0.343 17 V 0.074 0.093 0.043 0.054 0.147 0.075 0.009 0.505 18 E 0.055 0.126 0.025 0.036 0.086 0.185 0.012 0.476 19 S 0.069 0.105 0.013 0.017 0.024 0.144 0.018 0.610 20 M 0.128 0.264 0.023 0.012 0.020 0.114 0.014 0.426 21 N 0.099 0.337 0.025 0.009 0.019 0.160 0.015 0.336 22 R 0.074 0.436 0.020 0.005 0.014 0.113 0.011 0.327 23 R 0.027 0.603 0.006 0.002 0.004 0.094 0.004 0.259 24 V 0.027 0.787 0.002 0.001 0.002 0.063 0.003 0.114 25 L 0.014 0.932 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.042 26 A 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 27 D 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 28 A 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 29 L 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 30 I 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 31 E 0.027 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 32 V 0.070 0.871 0.009 0.002 0.001 0.001 0.027 0.019 33 Y 0.165 0.570 0.043 0.011 0.008 0.010 0.061 0.131 34 G 0.128 0.252 0.160 0.019 0.019 0.039 0.049 0.334 35 T 0.132 0.122 0.075 0.015 0.018 0.072 0.031 0.535 36 E 0.043 0.037 0.038 0.006 0.008 0.047 0.012 0.809 37 G 0.062 0.040 0.060 0.016 0.020 0.169 0.017 0.616 38 S 0.062 0.023 0.042 0.013 0.016 0.126 0.011 0.708 39 T 0.047 0.028 0.023 0.016 0.027 0.090 0.005 0.765 40 G 0.083 0.054 0.037 0.033 0.057 0.175 0.009 0.552 41 S 0.134 0.094 0.045 0.056 0.103 0.146 0.010 0.412 42 H 0.093 0.118 0.041 0.072 0.132 0.068 0.010 0.466 43 D 0.073 0.160 0.044 0.096 0.147 0.085 0.017 0.379 44 F 0.145 0.127 0.052 0.062 0.093 0.073 0.026 0.422 45 S 0.112 0.116 0.044 0.070 0.096 0.128 0.020 0.414 46 G 0.136 0.052 0.032 0.041 0.060 0.080 0.027 0.573 47 K 0.166 0.072 0.076 0.040 0.068 0.161 0.016 0.401 48 M 0.045 0.052 0.031 0.025 0.036 0.172 0.010 0.628 49 D 0.040 0.072 0.022 0.015 0.025 0.086 0.007 0.732 50 G 0.088 0.083 0.026 0.013 0.024 0.097 0.016 0.653 51 A 0.146 0.073 0.024 0.010 0.017 0.291 0.010 0.429 52 I 0.054 0.138 0.008 0.009 0.013 0.209 0.006 0.563 53 I 0.064 0.518 0.013 0.012 0.032 0.088 0.006 0.267 54 Y 0.015 0.697 0.013 0.008 0.020 0.034 0.003 0.210 55 E 0.014 0.757 0.004 0.004 0.009 0.038 0.004 0.170 56 V 0.012 0.941 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.036 57 L 0.007 0.967 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.018 58 S 0.011 0.958 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.019 59 N 0.124 0.791 0.004 0.002 0.001 0.002 0.033 0.043 60 V 0.239 0.632 0.024 0.003 0.002 0.004 0.054 0.041 61 G 0.265 0.301 0.047 0.010 0.008 0.028 0.086 0.255 62 L 0.093 0.153 0.338 0.015 0.019 0.054 0.018 0.310 63 E 0.051 0.104 0.045 0.009 0.016 0.202 0.011 0.562 64 R 0.107 0.121 0.083 0.006 0.015 0.128 0.010 0.529 65 A 0.038 0.206 0.030 0.005 0.008 0.176 0.007 0.530 66 E 0.088 0.182 0.014 0.004 0.006 0.195 0.012 0.500 67 I 0.133 0.515 0.012 0.004 0.008 0.082 0.009 0.237 68 A 0.044 0.689 0.008 0.002 0.008 0.043 0.006 0.199 69 D 0.036 0.692 0.006 0.002 0.003 0.035 0.007 0.219 70 K 0.075 0.757 0.004 0.001 0.002 0.031 0.009 0.120 71 F 0.045 0.874 0.005 0.001 0.002 0.009 0.006 0.058 72 D 0.017 0.872 0.005 0.001 0.003 0.016 0.005 0.081 73 K 0.019 0.891 0.003 0.001 0.001 0.014 0.004 0.066 74 A 0.026 0.916 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.041 75 K 0.031 0.887 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.063 76 E 0.012 0.907 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.059 77 T 0.024 0.906 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.050 78 Y 0.015 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.027 79 I 0.006 0.949 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.030 80 A 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.026 81 L 0.015 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.023 82 F 0.021 0.938 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.025 83 R 0.023 0.899 0.007 0.003 0.003 0.009 0.007 0.050 84 E 0.029 0.870 0.006 0.003 0.003 0.014 0.011 0.063 85 R 0.061 0.838 0.009 0.004 0.004 0.009 0.016 0.060 86 A 0.045 0.845 0.019 0.009 0.008 0.008 0.012 0.054 87 R 0.060 0.594 0.047 0.025 0.031 0.029 0.025 0.188 88 R 0.095 0.376 0.052 0.020 0.041 0.036 0.025 0.353 89 E 0.105 0.248 0.047 0.019 0.027 0.088 0.029 0.438 90 D 0.137 0.129 0.034 0.014 0.013 0.076 0.036 0.561 91 I 0.307 0.097 0.078 0.015 0.020 0.052 0.028 0.403 92 T 0.087 0.066 0.163 0.048 0.040 0.110 0.019 0.467 93 L 0.036 0.034 0.052 0.013 0.025 0.087 0.006 0.747 94 L 0.088 0.138 0.103 0.027 0.098 0.204 0.008 0.336 95 E 0.010 0.032 0.011 0.003 0.007 0.085 0.002 0.850 96 G 0.063 0.067 0.006 0.003 0.005 0.252 0.007 0.599 97 V 0.301 0.184 0.011 0.002 0.004 0.082 0.015 0.401 98 R 0.015 0.644 0.014 0.002 0.004 0.031 0.004 0.286 99 E 0.010 0.643 0.002 0.001 0.003 0.064 0.002 0.275 100 L 0.019 0.855 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.099 101 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 102 D 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 103 A 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 L 0.025 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 105 S 0.043 0.912 0.002 0.002 0.003 0.002 0.010 0.026 106 S 0.137 0.735 0.010 0.003 0.002 0.003 0.049 0.062 107 R 0.345 0.351 0.032 0.003 0.002 0.010 0.169 0.088 108 S 0.481 0.064 0.048 0.009 0.003 0.014 0.188 0.192 109 D 0.057 0.009 0.451 0.019 0.011 0.074 0.038 0.342 110 V 0.032 0.003 0.365 0.035 0.048 0.177 0.007 0.333 111 L 0.008 0.001 0.641 0.073 0.073 0.063 0.002 0.139 112 L 0.003 0.001 0.625 0.088 0.117 0.031 0.001 0.135 113 G 0.001 0.001 0.897 0.049 0.040 0.003 0.001 0.011 114 L 0.001 0.001 0.762 0.087 0.098 0.006 0.001 0.045 115 L 0.001 0.001 0.770 0.082 0.111 0.009 0.001 0.027 116 T 0.001 0.001 0.499 0.087 0.183 0.050 0.001 0.177 117 G 0.008 0.001 0.216 0.032 0.100 0.108 0.005 0.530 118 N 0.019 0.001 0.019 0.004 0.010 0.571 0.004 0.372 119 F 0.069 0.003 0.010 0.005 0.008 0.176 0.007 0.722 120 E 0.038 0.017 0.013 0.007 0.015 0.319 0.005 0.586 121 A 0.025 0.038 0.008 0.007 0.012 0.212 0.005 0.692 122 S 0.077 0.208 0.008 0.010 0.020 0.201 0.008 0.468 123 G 0.112 0.478 0.013 0.015 0.032 0.061 0.011 0.279 124 R 0.042 0.644 0.020 0.014 0.034 0.049 0.005 0.191 125 H 0.032 0.704 0.006 0.012 0.021 0.048 0.008 0.168 126 K 0.063 0.821 0.006 0.007 0.012 0.012 0.008 0.071 127 L 0.054 0.856 0.010 0.008 0.013 0.006 0.012 0.041 128 K 0.121 0.640 0.020 0.011 0.018 0.021 0.064 0.105 129 L 0.194 0.380 0.069 0.018 0.022 0.015 0.032 0.270 130 P 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.983 131 G 0.207 0.017 0.028 0.017 0.023 0.073 0.047 0.588 132 I 0.259 0.039 0.257 0.022 0.022 0.053 0.016 0.334 133 D 0.026 0.029 0.053 0.020 0.036 0.099 0.005 0.731 134 H 0.117 0.025 0.040 0.017 0.027 0.141 0.012 0.622 135 Y 0.277 0.044 0.072 0.016 0.024 0.216 0.029 0.323 136 F 0.182 0.061 0.188 0.052 0.062 0.134 0.022 0.298 137 P 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 0.985 138 F 0.016 0.017 0.079 0.060 0.113 0.096 0.008 0.610 139 G 0.230 0.042 0.163 0.077 0.089 0.050 0.021 0.328 140 A 0.044 0.024 0.507 0.121 0.122 0.032 0.009 0.143 141 F 0.031 0.025 0.223 0.115 0.145 0.064 0.005 0.391 142 A 0.036 0.021 0.253 0.074 0.188 0.057 0.005 0.365 143 D 0.015 0.019 0.065 0.045 0.084 0.122 0.006 0.645 144 D 0.060 0.017 0.032 0.017 0.038 0.135 0.013 0.687 145 A 0.203 0.064 0.044 0.029 0.064 0.200 0.014 0.383 146 L 0.090 0.109 0.025 0.027 0.046 0.211 0.019 0.472 147 D 0.187 0.151 0.031 0.028 0.039 0.113 0.025 0.426 148 R 0.266 0.103 0.017 0.009 0.015 0.113 0.038 0.439 149 N 0.403 0.107 0.039 0.015 0.022 0.102 0.025 0.287 150 E 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.970 151 L 0.067 0.063 0.018 0.011 0.023 0.124 0.006 0.687 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.013 0.032 0.004 0.004 0.008 0.202 0.002 0.736 154 I 0.108 0.311 0.008 0.003 0.004 0.118 0.003 0.445 155 A 0.023 0.830 0.003 0.001 0.005 0.027 0.001 0.111 156 L 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 157 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 158 R 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 159 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 160 R 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 161 R 0.039 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 162 M 0.084 0.858 0.010 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 163 T 0.077 0.674 0.038 0.006 0.008 0.010 0.049 0.138 164 G 0.148 0.314 0.067 0.007 0.007 0.023 0.061 0.374 165 A 0.294 0.179 0.100 0.010 0.005 0.039 0.075 0.298 166 N 0.113 0.023 0.054 0.005 0.004 0.036 0.040 0.725 167 Y 0.130 0.013 0.353 0.025 0.032 0.061 0.018 0.368 168 S 0.012 0.004 0.049 0.047 0.045 0.193 0.002 0.648 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 170 S 0.005 0.001 0.029 0.018 0.044 0.599 0.002 0.303 171 Q 0.631 0.001 0.022 0.007 0.007 0.258 0.013 0.062 172 I 0.428 0.022 0.270 0.041 0.052 0.044 0.006 0.137 173 V 0.003 0.003 0.839 0.057 0.054 0.010 0.001 0.032 174 I 0.005 0.005 0.477 0.091 0.130 0.038 0.002 0.252 175 I 0.003 0.004 0.647 0.068 0.208 0.014 0.002 0.055 176 G 0.004 0.007 0.327 0.067 0.129 0.088 0.004 0.374 177 D 0.024 0.004 0.185 0.023 0.052 0.132 0.009 0.570 178 T 0.032 0.004 0.027 0.006 0.013 0.241 0.004 0.673 179 E 0.041 0.007 0.015 0.003 0.009 0.367 0.005 0.552 180 H 0.038 0.014 0.005 0.002 0.003 0.580 0.005 0.354 181 D 0.099 0.083 0.005 0.002 0.003 0.546 0.008 0.254 182 I 0.024 0.814 0.012 0.004 0.007 0.019 0.002 0.117 183 R 0.012 0.595 0.008 0.004 0.014 0.166 0.005 0.197 184 C 0.034 0.840 0.002 0.003 0.008 0.053 0.003 0.057 185 A 0.016 0.966 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 186 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 187 E 0.055 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 188 L 0.308 0.574 0.011 0.005 0.004 0.001 0.084 0.014 189 D 0.735 0.029 0.010 0.009 0.005 0.004 0.159 0.049 190 A 0.030 0.010 0.817 0.018 0.018 0.016 0.011 0.082 191 R 0.017 0.012 0.442 0.134 0.134 0.082 0.009 0.169 192 S 0.006 0.002 0.437 0.029 0.041 0.037 0.003 0.445 193 I 0.001 0.001 0.900 0.050 0.032 0.005 0.001 0.010 194 A 0.001 0.001 0.847 0.041 0.034 0.009 0.001 0.067 195 V 0.001 0.001 0.728 0.077 0.128 0.008 0.001 0.055 196 A 0.002 0.003 0.613 0.067 0.115 0.044 0.001 0.154 197 T 0.007 0.005 0.183 0.037 0.103 0.085 0.005 0.575 198 G 0.054 0.005 0.099 0.017 0.040 0.137 0.015 0.633 199 N 0.162 0.005 0.034 0.009 0.012 0.200 0.021 0.557 200 F 0.183 0.010 0.046 0.014 0.014 0.196 0.016 0.520 201 T 0.060 0.020 0.021 0.010 0.020 0.319 0.006 0.543 202 M 0.018 0.021 0.013 0.004 0.023 0.049 0.002 0.869 203 E 0.014 0.035 0.007 0.003 0.013 0.293 0.003 0.633 204 E 0.042 0.093 0.002 0.002 0.005 0.576 0.005 0.276 205 L 0.051 0.878 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.057 206 A 0.025 0.873 0.003 0.003 0.006 0.010 0.007 0.073 207 R 0.200 0.574 0.008 0.007 0.008 0.014 0.043 0.146 208 H 0.333 0.458 0.013 0.007 0.011 0.008 0.087 0.084 209 K 0.231 0.188 0.033 0.024 0.029 0.034 0.037 0.423 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 G 0.067 0.018 0.089 0.045 0.057 0.118 0.018 0.588 212 T 0.507 0.012 0.225 0.026 0.024 0.034 0.012 0.160 213 L 0.040 0.017 0.176 0.039 0.061 0.054 0.004 0.610 214 F 0.048 0.022 0.434 0.088 0.138 0.044 0.003 0.223 215 K 0.024 0.016 0.148 0.034 0.053 0.167 0.004 0.554 216 N 0.067 0.024 0.039 0.014 0.044 0.205 0.008 0.598 217 F 0.113 0.047 0.035 0.006 0.041 0.062 0.008 0.689 218 A 0.026 0.025 0.009 0.002 0.005 0.494 0.007 0.432 219 E 0.056 0.014 0.001 0.001 0.001 0.824 0.004 0.100 220 T 0.280 0.488 0.003 0.001 0.003 0.022 0.005 0.197 221 D 0.007 0.623 0.009 0.001 0.005 0.020 0.002 0.333 222 E 0.012 0.541 0.007 0.002 0.005 0.069 0.005 0.358 223 V 0.028 0.893 0.001 0.001 0.003 0.016 0.003 0.055 224 L 0.011 0.963 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 225 A 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 226 S 0.123 0.789 0.002 0.001 0.001 0.002 0.037 0.045 227 I 0.409 0.470 0.013 0.002 0.002 0.002 0.067 0.035 228 L 0.212 0.446 0.079 0.012 0.014 0.017 0.100 0.120 229 T 0.122 0.179 0.144 0.039 0.038 0.080 0.030 0.368 230 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 231 K 0.020 0.016 0.028 0.011 0.025 0.257 0.007 0.637 232 H 0.320 0.015 0.028 0.005 0.005 0.108 0.020 0.499 233 S 0.112 0.055 0.026 0.015 0.015 0.108 0.009 0.659