# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4532 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.980 2 S 0.156 0.023 0.004 0.003 0.006 0.027 0.780 3 R 0.259 0.006 0.005 0.001 0.078 0.025 0.627 4 T 0.562 0.001 0.003 0.001 0.245 0.060 0.130 5 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 6 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 9 D 0.585 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.402 10 I 0.215 0.009 0.007 0.001 0.205 0.198 0.364 11 D 0.043 0.009 0.017 0.002 0.182 0.682 0.066 12 G 0.065 0.003 0.031 0.003 0.321 0.490 0.088 13 T 0.254 0.041 0.025 0.010 0.211 0.085 0.374 14 L 0.564 0.096 0.022 0.011 0.080 0.082 0.144 15 L 0.457 0.039 0.024 0.018 0.120 0.072 0.270 16 K 0.323 0.040 0.018 0.023 0.111 0.062 0.423 17 V 0.085 0.017 0.088 0.157 0.162 0.125 0.365 18 E 0.031 0.007 0.102 0.349 0.130 0.114 0.268 19 S 0.010 0.002 0.083 0.641 0.066 0.109 0.088 20 M 0.011 0.006 0.047 0.784 0.030 0.062 0.060 21 N 0.005 0.003 0.016 0.886 0.013 0.030 0.047 22 R 0.001 0.001 0.005 0.954 0.007 0.014 0.019 23 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.008 0.005 24 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.006 0.004 25 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 30 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 31 E 0.001 0.001 0.004 0.939 0.001 0.052 0.003 32 V 0.001 0.001 0.007 0.721 0.006 0.251 0.013 33 Y 0.001 0.002 0.009 0.297 0.041 0.560 0.090 34 G 0.005 0.004 0.022 0.065 0.195 0.168 0.540 35 T 0.016 0.007 0.056 0.052 0.283 0.121 0.466 36 E 0.020 0.011 0.078 0.059 0.273 0.239 0.319 37 G 0.028 0.010 0.086 0.055 0.257 0.185 0.377 38 S 0.051 0.021 0.092 0.085 0.187 0.174 0.390 39 T 0.092 0.032 0.114 0.106 0.142 0.180 0.335 40 G 0.162 0.022 0.100 0.092 0.125 0.189 0.311 41 S 0.247 0.024 0.074 0.115 0.077 0.117 0.346 42 H 0.265 0.024 0.069 0.118 0.092 0.106 0.327 43 D 0.191 0.009 0.076 0.145 0.116 0.165 0.299 44 F 0.166 0.017 0.087 0.187 0.139 0.213 0.191 45 S 0.101 0.013 0.085 0.137 0.138 0.239 0.287 46 G 0.066 0.008 0.079 0.088 0.178 0.284 0.297 47 K 0.056 0.016 0.072 0.145 0.178 0.192 0.341 48 M 0.045 0.023 0.049 0.172 0.166 0.168 0.377 49 D 0.027 0.009 0.034 0.219 0.148 0.245 0.318 50 G 0.027 0.005 0.024 0.330 0.160 0.176 0.279 51 A 0.030 0.005 0.012 0.633 0.111 0.040 0.169 52 I 0.032 0.011 0.007 0.830 0.018 0.015 0.087 53 I 0.009 0.002 0.004 0.960 0.002 0.005 0.018 54 Y 0.004 0.001 0.005 0.979 0.002 0.003 0.007 55 E 0.003 0.001 0.004 0.984 0.001 0.005 0.003 56 V 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.008 0.003 57 L 0.004 0.001 0.008 0.963 0.003 0.016 0.005 58 S 0.003 0.001 0.011 0.896 0.006 0.078 0.006 59 N 0.002 0.001 0.017 0.752 0.013 0.202 0.014 60 V 0.002 0.002 0.016 0.434 0.044 0.449 0.052 61 G 0.003 0.004 0.020 0.130 0.100 0.544 0.201 62 L 0.009 0.010 0.047 0.094 0.173 0.105 0.563 63 E 0.018 0.016 0.078 0.148 0.092 0.119 0.528 64 R 0.018 0.007 0.107 0.447 0.093 0.075 0.255 65 A 0.013 0.003 0.071 0.656 0.074 0.039 0.144 66 E 0.010 0.006 0.098 0.704 0.025 0.060 0.097 67 I 0.008 0.003 0.064 0.796 0.014 0.047 0.067 68 A 0.008 0.003 0.060 0.820 0.014 0.041 0.054 69 D 0.003 0.001 0.042 0.859 0.016 0.053 0.025 70 K 0.002 0.001 0.024 0.893 0.011 0.050 0.019 71 F 0.002 0.001 0.007 0.925 0.013 0.026 0.025 72 D 0.001 0.001 0.007 0.935 0.006 0.039 0.012 73 K 0.002 0.001 0.008 0.940 0.006 0.033 0.011 74 A 0.001 0.001 0.009 0.943 0.003 0.023 0.020 75 K 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.011 0.007 76 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.010 0.003 77 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.002 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 79 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 81 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 82 F 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.013 0.004 83 R 0.002 0.001 0.008 0.961 0.002 0.022 0.005 84 E 0.002 0.001 0.011 0.937 0.004 0.040 0.005 85 R 0.003 0.001 0.014 0.882 0.007 0.081 0.013 86 A 0.011 0.006 0.014 0.759 0.024 0.119 0.066 87 R 0.035 0.010 0.030 0.423 0.059 0.180 0.261 88 R 0.030 0.003 0.095 0.521 0.062 0.146 0.143 89 E 0.026 0.003 0.109 0.408 0.090 0.270 0.094 90 D 0.034 0.007 0.126 0.215 0.084 0.374 0.159 91 I 0.127 0.015 0.028 0.102 0.086 0.040 0.602 92 T 0.205 0.037 0.036 0.095 0.031 0.042 0.554 93 L 0.180 0.049 0.029 0.145 0.083 0.047 0.467 94 L 0.049 0.012 0.016 0.137 0.062 0.022 0.701 95 E 0.005 0.001 0.040 0.622 0.050 0.267 0.015 96 G 0.003 0.002 0.020 0.504 0.032 0.398 0.042 97 V 0.001 0.001 0.005 0.942 0.004 0.012 0.035 98 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.005 99 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.019 0.001 104 L 0.001 0.001 0.004 0.938 0.003 0.043 0.010 105 S 0.001 0.001 0.014 0.853 0.006 0.115 0.012 106 S 0.001 0.001 0.013 0.564 0.009 0.404 0.009 107 R 0.001 0.001 0.025 0.153 0.077 0.621 0.123 108 S 0.003 0.001 0.020 0.015 0.299 0.375 0.288 109 D 0.031 0.008 0.019 0.001 0.334 0.156 0.450 110 V 0.259 0.011 0.001 0.001 0.124 0.005 0.601 111 L 0.622 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 0.296 112 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 114 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 L 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 116 T 0.498 0.002 0.001 0.001 0.040 0.007 0.451 117 G 0.084 0.006 0.001 0.001 0.668 0.026 0.214 118 N 0.045 0.031 0.005 0.008 0.444 0.049 0.417 119 F 0.035 0.010 0.059 0.206 0.176 0.140 0.375 120 E 0.013 0.004 0.070 0.630 0.057 0.107 0.118 121 A 0.013 0.002 0.053 0.780 0.039 0.057 0.056 122 S 0.013 0.004 0.022 0.876 0.009 0.040 0.036 123 G 0.017 0.002 0.013 0.887 0.007 0.030 0.043 124 R 0.029 0.001 0.028 0.864 0.012 0.028 0.039 125 H 0.039 0.001 0.031 0.877 0.009 0.025 0.018 126 K 0.025 0.003 0.030 0.886 0.008 0.031 0.017 127 L 0.027 0.016 0.026 0.815 0.026 0.066 0.025 128 K 0.014 0.004 0.026 0.637 0.025 0.251 0.042 129 L 0.016 0.005 0.045 0.324 0.186 0.197 0.227 130 P 0.006 0.004 0.050 0.102 0.116 0.545 0.177 131 G 0.004 0.006 0.030 0.015 0.120 0.670 0.155 132 I 0.017 0.017 0.063 0.028 0.118 0.046 0.711 133 D 0.033 0.013 0.226 0.046 0.074 0.083 0.525 134 H 0.060 0.013 0.311 0.075 0.138 0.219 0.186 135 Y 0.133 0.022 0.214 0.091 0.146 0.163 0.232 136 F 0.221 0.028 0.077 0.062 0.173 0.044 0.395 137 P 0.191 0.008 0.061 0.083 0.135 0.130 0.391 138 F 0.390 0.011 0.085 0.099 0.082 0.169 0.165 139 G 0.623 0.023 0.033 0.093 0.047 0.063 0.117 140 A 0.677 0.021 0.022 0.083 0.044 0.041 0.112 141 F 0.554 0.017 0.014 0.083 0.051 0.050 0.231 142 A 0.219 0.013 0.041 0.183 0.089 0.086 0.369 143 D 0.078 0.006 0.104 0.246 0.155 0.176 0.235 144 D 0.048 0.007 0.182 0.326 0.103 0.183 0.151 145 A 0.052 0.013 0.154 0.365 0.095 0.158 0.163 146 L 0.027 0.016 0.163 0.366 0.075 0.186 0.166 147 D 0.020 0.009 0.118 0.316 0.098 0.312 0.128 148 R 0.014 0.005 0.096 0.201 0.123 0.439 0.121 149 N 0.021 0.011 0.021 0.082 0.348 0.081 0.436 150 E 0.019 0.027 0.019 0.092 0.118 0.172 0.553 151 L 0.006 0.008 0.005 0.083 0.091 0.030 0.779 152 P 0.001 0.001 0.007 0.909 0.010 0.023 0.049 153 H 0.001 0.001 0.004 0.979 0.004 0.007 0.005 154 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 155 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 157 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 158 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 159 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.012 0.002 160 R 0.001 0.001 0.008 0.915 0.003 0.068 0.005 161 R 0.001 0.001 0.011 0.805 0.005 0.154 0.024 162 M 0.001 0.008 0.017 0.576 0.054 0.190 0.154 163 T 0.001 0.003 0.028 0.329 0.068 0.455 0.118 164 G 0.002 0.001 0.080 0.129 0.171 0.447 0.169 165 A 0.003 0.001 0.099 0.042 0.171 0.567 0.117 166 N 0.007 0.005 0.047 0.007 0.267 0.442 0.225 167 Y 0.026 0.055 0.004 0.002 0.217 0.008 0.688 168 S 0.022 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.941 169 P 0.026 0.012 0.520 0.031 0.053 0.286 0.072 170 S 0.042 0.002 0.385 0.012 0.091 0.384 0.083 171 Q 0.297 0.004 0.227 0.013 0.143 0.083 0.233 172 I 0.902 0.008 0.004 0.006 0.006 0.004 0.070 173 V 0.970 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.020 174 I 0.978 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 175 I 0.913 0.002 0.002 0.008 0.006 0.011 0.059 176 G 0.530 0.009 0.007 0.006 0.143 0.090 0.216 177 D 0.166 0.025 0.009 0.007 0.285 0.073 0.434 178 T 0.049 0.015 0.016 0.019 0.384 0.074 0.443 179 E 0.004 0.001 0.147 0.642 0.041 0.135 0.031 180 H 0.002 0.001 0.089 0.792 0.012 0.091 0.013 181 D 0.003 0.001 0.056 0.886 0.003 0.031 0.020 182 I 0.001 0.001 0.009 0.974 0.002 0.008 0.006 183 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 184 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 186 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 187 E 0.001 0.001 0.006 0.917 0.004 0.070 0.001 188 L 0.001 0.001 0.003 0.320 0.012 0.657 0.006 189 D 0.002 0.002 0.001 0.003 0.027 0.910 0.056 190 A 0.040 0.005 0.001 0.001 0.037 0.006 0.911 191 R 0.387 0.003 0.003 0.001 0.308 0.007 0.293 192 S 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.030 193 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 194 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 195 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 196 A 0.637 0.004 0.001 0.002 0.057 0.014 0.285 197 T 0.191 0.007 0.011 0.005 0.345 0.102 0.338 198 G 0.066 0.009 0.024 0.007 0.421 0.238 0.235 199 N 0.069 0.019 0.036 0.015 0.304 0.239 0.318 200 F 0.071 0.045 0.011 0.025 0.368 0.049 0.432 201 T 0.079 0.029 0.008 0.036 0.069 0.023 0.755 202 M 0.007 0.002 0.054 0.866 0.008 0.027 0.036 203 E 0.002 0.001 0.055 0.914 0.004 0.015 0.009 204 E 0.001 0.001 0.103 0.873 0.002 0.015 0.006 205 L 0.002 0.001 0.087 0.870 0.003 0.032 0.005 206 A 0.005 0.003 0.093 0.782 0.008 0.101 0.009 207 R 0.004 0.001 0.061 0.641 0.012 0.270 0.011 208 H 0.010 0.002 0.023 0.387 0.166 0.294 0.118 209 K 0.026 0.006 0.005 0.015 0.259 0.043 0.645 210 P 0.048 0.006 0.030 0.019 0.132 0.229 0.536 211 G 0.237 0.005 0.027 0.012 0.349 0.243 0.128 212 T 0.876 0.005 0.010 0.006 0.021 0.009 0.072 213 L 0.959 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.023 214 F 0.892 0.014 0.005 0.005 0.012 0.003 0.069 215 K 0.582 0.012 0.006 0.004 0.165 0.014 0.217 216 N 0.195 0.023 0.007 0.002 0.230 0.014 0.528 217 F 0.005 0.003 0.583 0.286 0.013 0.055 0.055 218 A 0.001 0.001 0.544 0.360 0.013 0.071 0.011 219 E 0.001 0.001 0.512 0.391 0.009 0.070 0.016 220 T 0.002 0.003 0.097 0.805 0.022 0.029 0.043 221 D 0.001 0.001 0.035 0.930 0.003 0.018 0.013 222 E 0.001 0.001 0.016 0.955 0.003 0.021 0.004 223 V 0.001 0.001 0.012 0.965 0.002 0.015 0.005 224 L 0.001 0.001 0.015 0.959 0.003 0.015 0.006 225 A 0.001 0.001 0.019 0.932 0.003 0.042 0.003 226 S 0.001 0.001 0.018 0.832 0.003 0.140 0.006 227 I 0.001 0.002 0.028 0.611 0.021 0.278 0.058 228 L 0.003 0.011 0.024 0.278 0.176 0.274 0.233 229 T 0.004 0.004 0.014 0.030 0.180 0.056 0.711 230 P 0.006 0.004 0.084 0.051 0.171 0.215 0.469 231 K 0.008 0.007 0.079 0.051 0.165 0.284 0.406 232 H 0.012 0.017 0.037 0.034 0.094 0.072 0.733 233 S 0.005 0.003 0.006 0.008 0.017 0.007 0.955