# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2277 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.042 0.048 0.060 0.151 0.038 0.642 2 S 0.026 0.004 0.052 0.031 0.050 0.160 0.083 0.594 3 R 0.002 0.001 0.103 0.044 0.071 0.217 0.075 0.486 4 T 0.001 0.001 0.639 0.058 0.122 0.026 0.096 0.058 5 L 0.001 0.001 0.565 0.079 0.099 0.019 0.109 0.128 6 V 0.001 0.001 0.888 0.047 0.030 0.005 0.011 0.018 7 L 0.002 0.001 0.719 0.061 0.095 0.022 0.037 0.063 8 F 0.003 0.001 0.713 0.036 0.056 0.066 0.039 0.086 9 D 0.131 0.004 0.244 0.018 0.026 0.201 0.129 0.249 10 I 0.127 0.011 0.064 0.009 0.012 0.250 0.118 0.409 11 D 0.016 0.007 0.051 0.006 0.026 0.240 0.042 0.612 12 G 0.029 0.011 0.146 0.030 0.106 0.139 0.114 0.426 13 T 0.022 0.024 0.208 0.168 0.187 0.076 0.102 0.215 14 L 0.018 0.035 0.144 0.061 0.103 0.082 0.043 0.515 15 L 0.012 0.021 0.223 0.202 0.178 0.076 0.066 0.221 16 K 0.063 0.102 0.066 0.032 0.045 0.128 0.123 0.442 17 V 0.147 0.300 0.021 0.009 0.009 0.040 0.348 0.127 18 E 0.059 0.609 0.008 0.006 0.007 0.037 0.081 0.193 19 S 0.045 0.707 0.005 0.003 0.004 0.027 0.063 0.145 20 M 0.008 0.908 0.001 0.002 0.002 0.008 0.030 0.040 21 N 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 22 R 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 23 R 0.003 0.909 0.003 0.001 0.001 0.003 0.073 0.007 24 V 0.010 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.036 0.005 25 L 0.012 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 26 A 0.014 0.893 0.006 0.001 0.001 0.004 0.055 0.027 27 D 0.009 0.879 0.005 0.001 0.001 0.008 0.048 0.050 28 A 0.039 0.827 0.023 0.002 0.001 0.012 0.048 0.049 29 L 0.180 0.473 0.046 0.004 0.004 0.030 0.138 0.125 30 I 0.221 0.088 0.065 0.003 0.003 0.054 0.157 0.408 31 E 0.278 0.026 0.025 0.003 0.003 0.058 0.061 0.545 32 V 0.077 0.006 0.021 0.003 0.004 0.091 0.036 0.762 33 Y 0.015 0.002 0.016 0.003 0.008 0.157 0.011 0.787 34 G 0.018 0.001 0.014 0.005 0.009 0.098 0.016 0.839 35 T 0.035 0.005 0.022 0.023 0.016 0.138 0.069 0.692 36 E 0.046 0.010 0.032 0.014 0.021 0.183 0.045 0.649 37 G 0.068 0.007 0.018 0.014 0.017 0.103 0.054 0.720 38 S 0.124 0.028 0.026 0.018 0.018 0.109 0.082 0.595 39 T 0.091 0.051 0.025 0.012 0.023 0.134 0.050 0.615 40 G 0.083 0.047 0.019 0.023 0.039 0.121 0.033 0.635 41 S 0.094 0.044 0.022 0.026 0.047 0.101 0.128 0.539 42 H 0.038 0.038 0.030 0.050 0.101 0.137 0.122 0.485 43 D 0.085 0.028 0.040 0.082 0.165 0.114 0.065 0.421 44 F 0.046 0.016 0.034 0.075 0.100 0.111 0.038 0.579 45 S 0.021 0.027 0.054 0.051 0.125 0.126 0.037 0.560 46 G 0.037 0.061 0.034 0.046 0.082 0.113 0.057 0.571 47 K 0.072 0.143 0.022 0.039 0.031 0.114 0.040 0.537 48 M 0.083 0.501 0.009 0.012 0.014 0.045 0.086 0.250 49 D 0.022 0.883 0.002 0.002 0.003 0.010 0.026 0.052 50 G 0.008 0.899 0.004 0.003 0.004 0.008 0.035 0.039 51 A 0.005 0.920 0.004 0.008 0.006 0.006 0.025 0.026 52 I 0.012 0.934 0.005 0.003 0.005 0.005 0.025 0.011 53 I 0.021 0.927 0.003 0.002 0.003 0.003 0.032 0.010 54 Y 0.031 0.411 0.017 0.008 0.009 0.012 0.444 0.068 55 E 0.012 0.304 0.022 0.013 0.010 0.028 0.481 0.129 56 V 0.135 0.480 0.032 0.008 0.011 0.049 0.126 0.159 57 L 0.251 0.140 0.055 0.018 0.015 0.068 0.146 0.307 58 S 0.124 0.070 0.007 0.003 0.005 0.062 0.026 0.702 59 N 0.102 0.059 0.012 0.003 0.004 0.073 0.047 0.700 60 V 0.033 0.092 0.023 0.008 0.007 0.170 0.032 0.635 61 G 0.087 0.142 0.029 0.005 0.008 0.093 0.046 0.589 62 L 0.064 0.268 0.029 0.009 0.006 0.082 0.036 0.507 63 E 0.077 0.663 0.023 0.003 0.004 0.027 0.047 0.157 64 R 0.067 0.762 0.011 0.002 0.002 0.017 0.034 0.105 65 A 0.039 0.733 0.017 0.003 0.003 0.021 0.048 0.136 66 E 0.060 0.761 0.015 0.002 0.002 0.016 0.049 0.096 67 I 0.077 0.801 0.004 0.001 0.001 0.009 0.059 0.048 68 A 0.085 0.658 0.009 0.001 0.001 0.016 0.112 0.119 69 D 0.017 0.727 0.006 0.001 0.001 0.021 0.052 0.174 70 K 0.015 0.915 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 0.051 71 F 0.029 0.927 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.019 72 D 0.045 0.845 0.002 0.001 0.001 0.007 0.053 0.046 73 K 0.004 0.040 0.002 0.001 0.001 0.004 0.934 0.016 74 A 0.006 0.803 0.002 0.001 0.001 0.005 0.168 0.016 75 K 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.018 76 E 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 77 T 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.008 78 Y 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 79 I 0.004 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 80 A 0.002 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 81 L 0.005 0.955 0.009 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 82 F 0.022 0.926 0.017 0.001 0.001 0.002 0.023 0.008 83 R 0.065 0.784 0.015 0.001 0.001 0.009 0.060 0.065 84 E 0.066 0.590 0.031 0.002 0.001 0.020 0.077 0.213 85 R 0.132 0.339 0.025 0.003 0.002 0.057 0.088 0.354 86 A 0.080 0.073 0.051 0.005 0.003 0.076 0.125 0.587 87 R 0.290 0.059 0.008 0.002 0.002 0.048 0.060 0.531 88 R 0.230 0.023 0.008 0.001 0.002 0.060 0.088 0.589 89 E 0.024 0.014 0.012 0.004 0.005 0.117 0.021 0.804 90 D 0.016 0.013 0.020 0.006 0.017 0.074 0.042 0.811 91 I 0.079 0.036 0.022 0.011 0.009 0.129 0.031 0.683 92 T 0.016 0.031 0.130 0.039 0.028 0.138 0.089 0.529 93 L 0.042 0.108 0.011 0.003 0.003 0.064 0.027 0.742 94 L 0.337 0.471 0.008 0.002 0.001 0.014 0.119 0.048 95 E 0.022 0.568 0.010 0.003 0.002 0.040 0.064 0.290 96 G 0.012 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.036 97 V 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 98 R 0.006 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 99 E 0.005 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 100 L 0.031 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 101 L 0.069 0.363 0.024 0.001 0.001 0.005 0.515 0.022 102 D 0.012 0.132 0.014 0.001 0.001 0.010 0.708 0.122 103 A 0.092 0.355 0.027 0.001 0.001 0.035 0.179 0.311 104 L 0.240 0.044 0.061 0.007 0.004 0.068 0.274 0.302 105 S 0.235 0.006 0.005 0.002 0.002 0.042 0.060 0.648 106 S 0.079 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 0.874 107 R 0.027 0.002 0.019 0.002 0.004 0.215 0.015 0.716 108 S 0.035 0.003 0.059 0.008 0.020 0.167 0.039 0.669 109 D 0.008 0.002 0.114 0.007 0.014 0.134 0.028 0.693 110 V 0.001 0.001 0.692 0.016 0.021 0.066 0.028 0.176 111 L 0.001 0.001 0.751 0.044 0.041 0.031 0.049 0.083 112 L 0.001 0.001 0.728 0.042 0.051 0.017 0.066 0.095 113 G 0.001 0.001 0.867 0.030 0.056 0.004 0.030 0.012 114 L 0.003 0.001 0.637 0.103 0.147 0.015 0.032 0.061 115 L 0.013 0.002 0.596 0.129 0.114 0.034 0.029 0.083 116 T 0.023 0.020 0.193 0.045 0.111 0.133 0.057 0.419 117 G 0.045 0.039 0.064 0.015 0.040 0.218 0.038 0.542 118 N 0.057 0.049 0.031 0.012 0.014 0.139 0.189 0.508 119 F 0.099 0.294 0.011 0.008 0.007 0.062 0.353 0.167 120 E 0.092 0.617 0.007 0.004 0.006 0.037 0.067 0.169 121 A 0.040 0.513 0.007 0.013 0.019 0.048 0.052 0.307 122 S 0.026 0.725 0.007 0.007 0.014 0.027 0.052 0.141 123 G 0.042 0.790 0.005 0.008 0.013 0.021 0.054 0.067 124 R 0.053 0.542 0.031 0.032 0.032 0.035 0.152 0.124 125 H 0.049 0.675 0.016 0.021 0.032 0.025 0.052 0.130 126 K 0.263 0.287 0.051 0.020 0.033 0.055 0.070 0.221 127 L 0.040 0.046 0.135 0.077 0.049 0.090 0.131 0.431 128 K 0.153 0.044 0.015 0.008 0.011 0.061 0.029 0.678 129 L 0.377 0.019 0.017 0.005 0.006 0.066 0.075 0.436 130 P 0.018 0.010 0.018 0.009 0.009 0.147 0.028 0.761 131 G 0.045 0.016 0.015 0.004 0.007 0.063 0.046 0.803 132 I 0.180 0.032 0.019 0.013 0.009 0.099 0.060 0.588 133 D 0.237 0.019 0.043 0.011 0.012 0.089 0.112 0.477 134 H 0.025 0.013 0.039 0.007 0.014 0.166 0.061 0.675 135 Y 0.010 0.006 0.107 0.007 0.017 0.166 0.047 0.641 136 F 0.042 0.013 0.136 0.044 0.037 0.195 0.114 0.419 137 P 0.008 0.012 0.307 0.026 0.058 0.099 0.115 0.375 138 F 0.005 0.012 0.645 0.026 0.080 0.043 0.064 0.125 139 G 0.004 0.010 0.650 0.076 0.085 0.029 0.049 0.096 140 A 0.006 0.014 0.685 0.077 0.067 0.031 0.031 0.090 141 F 0.065 0.101 0.417 0.046 0.082 0.063 0.096 0.129 142 A 0.136 0.148 0.127 0.029 0.041 0.118 0.091 0.310 143 D 0.077 0.065 0.067 0.018 0.027 0.113 0.081 0.552 144 D 0.129 0.075 0.036 0.025 0.033 0.106 0.144 0.452 145 A 0.143 0.026 0.024 0.028 0.045 0.101 0.127 0.507 146 L 0.105 0.009 0.013 0.028 0.037 0.100 0.054 0.656 147 D 0.050 0.005 0.005 0.016 0.027 0.086 0.026 0.784 148 R 0.023 0.003 0.005 0.007 0.012 0.107 0.017 0.825 149 N 0.018 0.013 0.011 0.016 0.022 0.176 0.024 0.720 150 E 0.039 0.065 0.006 0.005 0.006 0.091 0.024 0.765 151 L 0.097 0.744 0.003 0.003 0.002 0.021 0.030 0.100 152 P 0.019 0.899 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 0.052 153 H 0.010 0.940 0.003 0.001 0.001 0.004 0.023 0.018 154 I 0.008 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.008 155 A 0.007 0.939 0.004 0.001 0.001 0.002 0.044 0.004 156 L 0.004 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 157 E 0.009 0.954 0.011 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 158 R 0.220 0.696 0.010 0.001 0.001 0.008 0.035 0.030 159 A 0.026 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 0.935 0.019 160 R 0.019 0.079 0.008 0.002 0.001 0.043 0.348 0.500 161 R 0.113 0.067 0.010 0.001 0.002 0.072 0.021 0.715 162 M 0.060 0.014 0.027 0.011 0.006 0.144 0.086 0.652 163 T 0.317 0.011 0.006 0.002 0.004 0.061 0.027 0.572 164 G 0.203 0.004 0.006 0.001 0.002 0.077 0.025 0.682 165 A 0.013 0.002 0.029 0.008 0.007 0.187 0.018 0.736 166 N 0.009 0.001 0.016 0.003 0.008 0.106 0.017 0.840 167 Y 0.009 0.001 0.039 0.006 0.004 0.150 0.020 0.772 168 S 0.338 0.024 0.081 0.008 0.005 0.092 0.086 0.366 169 P 0.195 0.025 0.021 0.004 0.006 0.147 0.061 0.541 170 S 0.009 0.009 0.068 0.006 0.024 0.155 0.047 0.682 171 Q 0.008 0.008 0.378 0.053 0.156 0.084 0.131 0.182 172 I 0.005 0.005 0.281 0.071 0.145 0.075 0.135 0.283 173 V 0.003 0.002 0.633 0.109 0.133 0.025 0.031 0.064 174 I 0.015 0.003 0.418 0.109 0.179 0.054 0.074 0.149 175 I 0.044 0.009 0.274 0.081 0.101 0.121 0.100 0.270 176 G 0.035 0.011 0.069 0.023 0.052 0.196 0.043 0.571 177 D 0.037 0.022 0.034 0.011 0.015 0.145 0.067 0.668 178 T 0.213 0.287 0.017 0.010 0.012 0.077 0.067 0.316 179 E 0.135 0.365 0.016 0.007 0.011 0.076 0.068 0.321 180 H 0.027 0.397 0.015 0.019 0.033 0.069 0.070 0.370 181 D 0.024 0.820 0.007 0.005 0.012 0.020 0.040 0.072 182 I 0.013 0.882 0.006 0.008 0.007 0.013 0.026 0.045 183 R 0.012 0.811 0.056 0.023 0.023 0.009 0.030 0.035 184 C 0.065 0.803 0.019 0.008 0.012 0.010 0.049 0.035 185 A 0.170 0.133 0.208 0.016 0.012 0.018 0.384 0.059 186 R 0.401 0.154 0.016 0.025 0.015 0.031 0.080 0.277 187 E 0.062 0.015 0.008 0.002 0.003 0.041 0.030 0.839 188 L 0.010 0.007 0.038 0.010 0.014 0.199 0.066 0.655 189 D 0.079 0.017 0.029 0.012 0.022 0.130 0.145 0.565 190 A 0.022 0.008 0.017 0.007 0.008 0.126 0.047 0.765 191 R 0.007 0.008 0.372 0.042 0.115 0.133 0.094 0.227 192 S 0.014 0.006 0.258 0.042 0.099 0.058 0.174 0.351 193 I 0.002 0.001 0.708 0.083 0.056 0.024 0.049 0.077 194 A 0.003 0.002 0.667 0.041 0.079 0.031 0.052 0.124 195 V 0.019 0.003 0.367 0.142 0.124 0.077 0.084 0.184 196 A 0.067 0.005 0.157 0.030 0.052 0.126 0.061 0.503 197 T 0.093 0.007 0.035 0.020 0.033 0.138 0.100 0.572 198 G 0.035 0.015 0.023 0.010 0.019 0.152 0.047 0.699 199 N 0.047 0.042 0.015 0.010 0.018 0.133 0.031 0.704 200 F 0.035 0.120 0.017 0.027 0.019 0.108 0.030 0.643 201 T 0.059 0.722 0.005 0.004 0.006 0.024 0.023 0.156 202 M 0.108 0.805 0.005 0.002 0.002 0.010 0.020 0.047 203 E 0.072 0.657 0.027 0.015 0.010 0.022 0.063 0.134 204 E 0.139 0.397 0.033 0.010 0.012 0.037 0.153 0.219 205 L 0.419 0.141 0.041 0.010 0.011 0.051 0.129 0.198 206 A 0.306 0.066 0.012 0.010 0.013 0.060 0.069 0.465 207 R 0.010 0.009 0.006 0.002 0.004 0.048 0.022 0.900 208 H 0.034 0.010 0.014 0.005 0.008 0.147 0.042 0.741 209 K 0.344 0.039 0.014 0.009 0.007 0.103 0.085 0.400 210 P 0.031 0.037 0.017 0.005 0.012 0.143 0.038 0.717 211 G 0.020 0.032 0.114 0.015 0.067 0.100 0.064 0.589 212 T 0.011 0.030 0.300 0.145 0.105 0.057 0.118 0.234 213 L 0.020 0.112 0.341 0.050 0.045 0.055 0.064 0.314 214 F 0.083 0.121 0.368 0.049 0.044 0.048 0.062 0.225 215 K 0.048 0.063 0.154 0.021 0.016 0.092 0.080 0.525 216 N 0.063 0.106 0.024 0.003 0.003 0.028 0.612 0.160 217 F 0.169 0.378 0.013 0.002 0.002 0.037 0.240 0.159 218 A 0.052 0.413 0.010 0.004 0.004 0.056 0.077 0.384 219 E 0.011 0.692 0.003 0.001 0.001 0.020 0.022 0.249 220 T 0.019 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.014 221 D 0.037 0.913 0.003 0.001 0.001 0.005 0.027 0.016 222 E 0.036 0.508 0.026 0.002 0.002 0.019 0.333 0.075 223 V 0.063 0.453 0.048 0.002 0.002 0.029 0.329 0.073 224 L 0.334 0.330 0.058 0.002 0.003 0.034 0.103 0.136 225 A 0.136 0.077 0.045 0.004 0.005 0.053 0.088 0.593 226 S 0.033 0.028 0.013 0.002 0.003 0.077 0.051 0.793 227 I 0.038 0.025 0.032 0.009 0.009 0.167 0.047 0.673 228 L 0.073 0.011 0.019 0.008 0.010 0.122 0.031 0.726 229 T 0.160 0.012 0.016 0.008 0.009 0.108 0.066 0.621 230 P 0.051 0.007 0.021 0.007 0.011 0.128 0.043 0.732 231 K 0.062 0.006 0.019 0.008 0.013 0.110 0.036 0.745 232 H 0.062 0.006 0.014 0.009 0.011 0.106 0.031 0.761 233 S 0.054 0.012 0.020 0.012 0.022 0.115 0.036 0.729