# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2277 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.978 2 S 0.178 0.023 0.005 0.004 0.007 0.029 0.754 3 R 0.270 0.005 0.004 0.001 0.063 0.020 0.637 4 T 0.588 0.001 0.003 0.001 0.242 0.053 0.114 5 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 6 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 9 D 0.568 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.415 10 I 0.215 0.009 0.006 0.001 0.201 0.160 0.408 11 D 0.051 0.012 0.019 0.003 0.197 0.639 0.079 12 G 0.067 0.003 0.031 0.003 0.297 0.507 0.091 13 T 0.218 0.039 0.031 0.009 0.226 0.094 0.383 14 L 0.462 0.109 0.035 0.012 0.081 0.111 0.189 15 L 0.314 0.031 0.030 0.017 0.112 0.085 0.410 16 K 0.217 0.044 0.020 0.029 0.094 0.072 0.525 17 V 0.044 0.016 0.051 0.225 0.173 0.116 0.376 18 E 0.008 0.003 0.025 0.643 0.096 0.053 0.171 19 S 0.002 0.001 0.012 0.919 0.018 0.023 0.025 20 M 0.002 0.001 0.006 0.965 0.006 0.009 0.012 21 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.004 0.005 22 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 23 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 25 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.002 26 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.011 0.001 27 D 0.001 0.001 0.002 0.957 0.002 0.037 0.002 28 A 0.001 0.001 0.003 0.916 0.003 0.065 0.013 29 L 0.001 0.001 0.005 0.898 0.009 0.045 0.040 30 I 0.002 0.001 0.019 0.932 0.010 0.022 0.016 31 E 0.002 0.001 0.030 0.905 0.009 0.032 0.022 32 V 0.002 0.001 0.022 0.882 0.011 0.068 0.013 33 Y 0.003 0.005 0.016 0.479 0.028 0.438 0.030 34 G 0.006 0.003 0.015 0.056 0.146 0.543 0.230 35 T 0.021 0.010 0.011 0.020 0.284 0.064 0.589 36 E 0.040 0.035 0.013 0.018 0.167 0.091 0.634 37 G 0.023 0.019 0.015 0.016 0.141 0.051 0.735 38 S 0.025 0.014 0.032 0.021 0.085 0.053 0.770 39 T 0.023 0.016 0.188 0.079 0.150 0.329 0.215 40 G 0.028 0.014 0.157 0.069 0.120 0.324 0.288 41 S 0.043 0.018 0.140 0.078 0.107 0.155 0.459 42 H 0.050 0.014 0.082 0.072 0.102 0.097 0.584 43 D 0.076 0.012 0.123 0.111 0.111 0.175 0.391 44 F 0.094 0.032 0.147 0.193 0.123 0.196 0.215 45 S 0.076 0.021 0.098 0.172 0.126 0.250 0.257 46 G 0.057 0.010 0.061 0.090 0.210 0.236 0.336 47 K 0.039 0.012 0.038 0.139 0.217 0.144 0.410 48 M 0.027 0.019 0.026 0.170 0.191 0.127 0.439 49 D 0.010 0.005 0.023 0.497 0.076 0.102 0.286 50 G 0.004 0.001 0.010 0.856 0.032 0.040 0.057 51 A 0.004 0.001 0.006 0.949 0.010 0.012 0.019 52 I 0.006 0.001 0.004 0.971 0.002 0.006 0.010 53 I 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.003 0.004 54 Y 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.011 0.004 57 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.007 0.003 58 S 0.001 0.001 0.007 0.953 0.002 0.034 0.003 59 N 0.001 0.001 0.011 0.865 0.007 0.111 0.005 60 V 0.001 0.002 0.011 0.507 0.030 0.427 0.023 61 G 0.002 0.003 0.009 0.087 0.089 0.644 0.165 62 L 0.011 0.010 0.017 0.077 0.141 0.044 0.701 63 E 0.032 0.023 0.039 0.182 0.058 0.048 0.618 64 R 0.017 0.004 0.054 0.624 0.049 0.042 0.209 65 A 0.007 0.001 0.041 0.859 0.021 0.022 0.049 66 E 0.006 0.002 0.052 0.883 0.011 0.024 0.022 67 I 0.006 0.002 0.036 0.905 0.005 0.027 0.019 68 A 0.008 0.002 0.036 0.888 0.008 0.034 0.024 69 D 0.003 0.001 0.028 0.891 0.009 0.058 0.011 70 K 0.001 0.001 0.016 0.890 0.010 0.069 0.012 71 F 0.001 0.001 0.005 0.923 0.013 0.033 0.024 72 D 0.001 0.001 0.008 0.939 0.006 0.033 0.014 73 K 0.002 0.001 0.012 0.945 0.005 0.025 0.011 74 A 0.001 0.001 0.012 0.959 0.002 0.017 0.009 75 K 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.004 76 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.008 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 79 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 83 R 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.018 0.003 84 E 0.001 0.001 0.008 0.936 0.002 0.048 0.004 85 R 0.001 0.001 0.015 0.849 0.007 0.104 0.022 86 A 0.006 0.005 0.021 0.709 0.039 0.126 0.094 87 R 0.013 0.008 0.040 0.515 0.091 0.188 0.144 88 R 0.013 0.002 0.072 0.419 0.088 0.227 0.180 89 E 0.013 0.002 0.049 0.182 0.149 0.247 0.357 90 D 0.039 0.011 0.077 0.096 0.070 0.363 0.344 91 I 0.146 0.020 0.018 0.038 0.078 0.022 0.679 92 T 0.220 0.039 0.026 0.041 0.033 0.023 0.617 93 L 0.190 0.049 0.030 0.089 0.074 0.031 0.537 94 L 0.055 0.011 0.015 0.059 0.051 0.017 0.793 95 E 0.009 0.003 0.059 0.419 0.107 0.371 0.032 96 G 0.004 0.004 0.026 0.335 0.055 0.507 0.069 97 V 0.001 0.001 0.008 0.918 0.006 0.014 0.052 98 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.002 0.007 99 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.021 0.001 104 L 0.001 0.001 0.005 0.929 0.004 0.047 0.013 105 S 0.001 0.001 0.016 0.840 0.007 0.123 0.013 106 S 0.001 0.001 0.016 0.565 0.009 0.399 0.010 107 R 0.001 0.001 0.033 0.154 0.085 0.580 0.146 108 S 0.002 0.001 0.023 0.017 0.282 0.481 0.195 109 D 0.028 0.009 0.020 0.001 0.368 0.211 0.364 110 V 0.209 0.013 0.001 0.001 0.127 0.003 0.648 111 L 0.519 0.001 0.001 0.001 0.119 0.004 0.358 112 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 113 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 114 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 L 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 116 T 0.462 0.002 0.001 0.001 0.047 0.009 0.479 117 G 0.061 0.005 0.001 0.001 0.715 0.019 0.198 118 N 0.037 0.030 0.004 0.009 0.441 0.037 0.441 119 F 0.028 0.009 0.064 0.309 0.144 0.144 0.303 120 E 0.009 0.003 0.060 0.720 0.041 0.088 0.080 121 A 0.009 0.001 0.042 0.855 0.023 0.039 0.032 122 S 0.009 0.003 0.016 0.911 0.006 0.032 0.023 123 G 0.014 0.002 0.009 0.909 0.006 0.024 0.036 124 R 0.025 0.001 0.019 0.896 0.010 0.019 0.029 125 H 0.035 0.001 0.021 0.907 0.006 0.018 0.012 126 K 0.023 0.002 0.022 0.907 0.007 0.027 0.013 127 L 0.027 0.016 0.022 0.822 0.027 0.064 0.022 128 K 0.014 0.004 0.024 0.604 0.028 0.281 0.045 129 L 0.015 0.006 0.048 0.283 0.202 0.190 0.256 130 P 0.005 0.004 0.073 0.094 0.116 0.523 0.185 131 G 0.003 0.006 0.052 0.019 0.117 0.662 0.140 132 I 0.014 0.020 0.135 0.044 0.137 0.075 0.575 133 D 0.021 0.013 0.331 0.049 0.077 0.117 0.392 134 H 0.042 0.007 0.322 0.061 0.142 0.288 0.137 135 Y 0.101 0.026 0.237 0.043 0.163 0.203 0.226 136 F 0.201 0.016 0.032 0.008 0.192 0.018 0.532 137 P 0.174 0.003 0.019 0.016 0.394 0.064 0.330 138 F 0.836 0.004 0.017 0.017 0.029 0.054 0.042 139 G 0.947 0.007 0.002 0.013 0.003 0.003 0.024 140 A 0.957 0.006 0.002 0.010 0.004 0.002 0.019 141 F 0.798 0.004 0.003 0.014 0.018 0.010 0.154 142 A 0.220 0.006 0.061 0.083 0.090 0.096 0.445 143 D 0.058 0.005 0.163 0.121 0.214 0.206 0.233 144 D 0.036 0.017 0.288 0.178 0.096 0.189 0.196 145 A 0.046 0.015 0.224 0.222 0.106 0.188 0.199 146 L 0.023 0.017 0.175 0.301 0.089 0.226 0.170 147 D 0.018 0.008 0.117 0.250 0.144 0.309 0.154 148 R 0.015 0.007 0.089 0.165 0.166 0.400 0.157 149 N 0.021 0.016 0.022 0.061 0.423 0.087 0.370 150 E 0.018 0.030 0.021 0.073 0.141 0.202 0.514 151 L 0.005 0.009 0.006 0.072 0.095 0.040 0.774 152 P 0.001 0.002 0.008 0.863 0.019 0.030 0.077 153 H 0.001 0.001 0.005 0.972 0.006 0.009 0.008 154 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 155 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 157 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 158 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.010 0.001 159 A 0.001 0.001 0.013 0.956 0.002 0.027 0.002 160 R 0.001 0.001 0.028 0.787 0.004 0.171 0.008 161 R 0.001 0.001 0.028 0.645 0.009 0.286 0.030 162 M 0.004 0.011 0.019 0.174 0.240 0.081 0.471 163 T 0.002 0.003 0.073 0.135 0.080 0.563 0.145 164 G 0.005 0.002 0.102 0.053 0.127 0.642 0.069 165 A 0.017 0.006 0.110 0.026 0.205 0.495 0.141 166 N 0.036 0.016 0.034 0.004 0.276 0.269 0.365 167 Y 0.057 0.067 0.004 0.001 0.136 0.008 0.727 168 S 0.044 0.030 0.001 0.001 0.013 0.002 0.909 169 P 0.031 0.012 0.540 0.026 0.048 0.269 0.075 170 S 0.043 0.002 0.407 0.010 0.095 0.353 0.090 171 Q 0.276 0.003 0.255 0.012 0.148 0.084 0.222 172 I 0.920 0.007 0.004 0.004 0.006 0.004 0.056 173 V 0.976 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 174 I 0.984 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 175 I 0.938 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.043 176 G 0.615 0.006 0.006 0.005 0.113 0.063 0.192 177 D 0.188 0.024 0.007 0.006 0.263 0.057 0.456 178 T 0.036 0.012 0.006 0.011 0.408 0.040 0.487 179 E 0.003 0.001 0.071 0.748 0.049 0.095 0.033 180 H 0.001 0.001 0.041 0.886 0.009 0.054 0.009 181 D 0.002 0.001 0.029 0.930 0.002 0.021 0.014 182 I 0.002 0.001 0.005 0.977 0.002 0.008 0.006 183 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 184 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 185 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 186 R 0.002 0.001 0.003 0.983 0.002 0.009 0.001 187 E 0.002 0.001 0.008 0.924 0.006 0.057 0.002 188 L 0.002 0.001 0.003 0.294 0.013 0.682 0.005 189 D 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.932 0.040 190 A 0.038 0.005 0.001 0.001 0.025 0.004 0.928 191 R 0.388 0.002 0.002 0.001 0.313 0.005 0.291 192 S 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.027 193 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 194 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 195 V 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 196 A 0.571 0.005 0.001 0.001 0.066 0.013 0.343 197 T 0.141 0.008 0.009 0.003 0.358 0.075 0.405 198 G 0.048 0.011 0.021 0.004 0.405 0.223 0.286 199 N 0.039 0.017 0.031 0.010 0.323 0.238 0.342 200 F 0.038 0.037 0.011 0.018 0.455 0.050 0.391 201 T 0.055 0.032 0.009 0.033 0.082 0.028 0.762 202 M 0.008 0.003 0.084 0.810 0.011 0.035 0.048 203 E 0.003 0.001 0.095 0.862 0.006 0.020 0.013 204 E 0.001 0.001 0.141 0.828 0.003 0.019 0.007 205 L 0.003 0.001 0.110 0.836 0.004 0.040 0.007 206 A 0.005 0.003 0.109 0.758 0.010 0.104 0.011 207 R 0.005 0.001 0.075 0.625 0.013 0.265 0.015 208 H 0.011 0.002 0.029 0.385 0.179 0.292 0.102 209 K 0.033 0.007 0.005 0.012 0.350 0.042 0.552 210 P 0.054 0.006 0.022 0.013 0.116 0.211 0.577 211 G 0.282 0.004 0.019 0.009 0.382 0.195 0.109 212 T 0.907 0.003 0.007 0.004 0.016 0.006 0.058 213 L 0.974 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 214 F 0.933 0.010 0.002 0.003 0.007 0.002 0.044 215 K 0.667 0.010 0.004 0.003 0.114 0.010 0.194 216 N 0.215 0.019 0.006 0.002 0.206 0.015 0.538 217 F 0.005 0.002 0.689 0.181 0.013 0.056 0.055 218 A 0.001 0.001 0.668 0.236 0.012 0.072 0.010 219 E 0.001 0.001 0.624 0.274 0.009 0.074 0.016 220 T 0.003 0.004 0.114 0.720 0.043 0.037 0.080 221 D 0.001 0.001 0.039 0.917 0.004 0.022 0.017 222 E 0.001 0.001 0.021 0.948 0.004 0.022 0.005 223 V 0.001 0.001 0.016 0.961 0.002 0.014 0.005 224 L 0.001 0.001 0.018 0.956 0.003 0.016 0.005 225 A 0.001 0.001 0.020 0.926 0.003 0.047 0.003 226 S 0.001 0.001 0.018 0.816 0.004 0.154 0.007 227 I 0.001 0.003 0.027 0.585 0.029 0.281 0.074 228 L 0.004 0.012 0.022 0.236 0.196 0.247 0.283 229 T 0.005 0.004 0.017 0.032 0.164 0.064 0.712 230 P 0.008 0.004 0.061 0.039 0.223 0.166 0.499 231 K 0.014 0.009 0.061 0.041 0.185 0.226 0.463 232 H 0.017 0.017 0.015 0.016 0.052 0.024 0.860 233 S 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.988