# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2277 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.578 0.289 0.094 0.031 0.007 0.001 0.001 2 S 0.347 0.438 0.159 0.048 0.007 0.001 0.001 3 R 0.004 0.030 0.136 0.407 0.361 0.062 0.001 4 T 0.035 0.161 0.308 0.313 0.152 0.030 0.002 5 L 0.001 0.001 0.004 0.030 0.209 0.655 0.102 6 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.403 0.567 7 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.192 0.776 8 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.148 0.834 9 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.344 0.602 10 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.052 0.317 0.620 11 D 0.001 0.006 0.020 0.056 0.119 0.334 0.465 12 G 0.002 0.008 0.032 0.099 0.212 0.344 0.304 13 T 0.001 0.004 0.010 0.030 0.110 0.465 0.379 14 L 0.002 0.006 0.012 0.048 0.168 0.442 0.323 15 L 0.002 0.009 0.021 0.059 0.153 0.455 0.300 16 K 0.005 0.039 0.111 0.249 0.288 0.234 0.074 17 V 0.005 0.017 0.043 0.114 0.269 0.406 0.145 18 E 0.033 0.141 0.212 0.262 0.202 0.121 0.029 19 S 0.127 0.251 0.216 0.168 0.130 0.086 0.023 20 M 0.027 0.080 0.160 0.260 0.262 0.178 0.034 21 N 0.040 0.047 0.061 0.124 0.231 0.344 0.153 22 R 0.013 0.064 0.159 0.286 0.274 0.184 0.021 23 R 0.030 0.088 0.227 0.305 0.249 0.088 0.012 24 V 0.010 0.021 0.026 0.044 0.153 0.491 0.255 25 L 0.001 0.002 0.005 0.026 0.144 0.528 0.293 26 A 0.002 0.037 0.156 0.318 0.284 0.164 0.038 27 D 0.006 0.064 0.219 0.400 0.245 0.060 0.006 28 A 0.001 0.004 0.015 0.071 0.264 0.559 0.085 29 L 0.002 0.008 0.037 0.192 0.482 0.260 0.020 30 I 0.062 0.345 0.377 0.171 0.041 0.004 0.001 31 E 0.204 0.422 0.243 0.104 0.023 0.003 0.001 32 V 0.067 0.156 0.235 0.290 0.185 0.064 0.003 33 Y 0.093 0.187 0.279 0.276 0.141 0.024 0.001 34 G 0.527 0.274 0.117 0.058 0.020 0.004 0.001 35 T 0.337 0.252 0.194 0.139 0.062 0.015 0.001 36 E 0.463 0.321 0.138 0.055 0.018 0.005 0.001 37 G 0.272 0.186 0.194 0.214 0.106 0.026 0.002 38 S 0.531 0.253 0.119 0.061 0.027 0.009 0.001 39 T 0.451 0.275 0.152 0.085 0.031 0.006 0.001 40 G 0.447 0.255 0.152 0.096 0.039 0.010 0.001 41 S 0.292 0.276 0.202 0.142 0.064 0.021 0.002 42 H 0.196 0.245 0.252 0.191 0.088 0.025 0.002 43 D 0.228 0.284 0.220 0.159 0.076 0.028 0.004 44 F 0.071 0.093 0.153 0.257 0.254 0.147 0.025 45 S 0.139 0.184 0.191 0.211 0.157 0.101 0.017 46 G 0.173 0.227 0.213 0.186 0.120 0.069 0.013 47 K 0.216 0.221 0.184 0.166 0.123 0.074 0.017 48 M 0.164 0.210 0.193 0.182 0.138 0.093 0.021 49 D 0.110 0.149 0.179 0.217 0.191 0.127 0.028 50 G 0.105 0.217 0.263 0.224 0.127 0.055 0.009 51 A 0.113 0.287 0.280 0.179 0.097 0.037 0.007 52 I 0.010 0.028 0.059 0.151 0.311 0.374 0.067 53 I 0.006 0.015 0.037 0.131 0.310 0.408 0.092 54 Y 0.027 0.150 0.290 0.297 0.156 0.070 0.009 55 E 0.016 0.090 0.234 0.340 0.229 0.082 0.009 56 V 0.005 0.008 0.019 0.077 0.275 0.513 0.103 57 L 0.010 0.037 0.114 0.286 0.360 0.178 0.014 58 S 0.164 0.344 0.258 0.144 0.063 0.023 0.004 59 N 0.091 0.233 0.283 0.230 0.115 0.043 0.006 60 V 0.054 0.088 0.178 0.291 0.263 0.117 0.009 61 G 0.292 0.291 0.190 0.125 0.069 0.029 0.003 62 L 0.179 0.173 0.206 0.227 0.157 0.054 0.004 63 E 0.414 0.299 0.152 0.079 0.039 0.015 0.002 64 R 0.233 0.234 0.220 0.184 0.097 0.031 0.002 65 A 0.444 0.248 0.143 0.095 0.052 0.017 0.001 66 E 0.482 0.260 0.135 0.081 0.034 0.008 0.001 67 I 0.182 0.192 0.250 0.249 0.106 0.020 0.001 68 A 0.440 0.276 0.160 0.089 0.030 0.005 0.001 69 D 0.520 0.297 0.127 0.044 0.010 0.001 0.001 70 K 0.402 0.328 0.167 0.078 0.022 0.003 0.001 71 F 0.031 0.106 0.265 0.371 0.190 0.036 0.001 72 D 0.568 0.309 0.087 0.027 0.007 0.001 0.001 73 K 0.442 0.379 0.132 0.039 0.007 0.001 0.001 74 A 0.035 0.058 0.130 0.361 0.327 0.086 0.002 75 K 0.064 0.264 0.336 0.230 0.084 0.021 0.001 76 E 0.361 0.428 0.159 0.042 0.008 0.002 0.001 77 T 0.047 0.158 0.281 0.290 0.169 0.051 0.003 78 Y 0.013 0.025 0.057 0.170 0.360 0.346 0.029 79 I 0.025 0.105 0.241 0.337 0.210 0.075 0.006 80 A 0.204 0.422 0.250 0.093 0.024 0.006 0.001 81 L 0.025 0.070 0.157 0.321 0.294 0.126 0.007 82 F 0.017 0.024 0.056 0.174 0.369 0.334 0.026 83 R 0.120 0.270 0.304 0.209 0.083 0.014 0.001 84 E 0.293 0.417 0.195 0.073 0.018 0.004 0.001 85 R 0.094 0.204 0.247 0.253 0.151 0.048 0.003 86 A 0.085 0.157 0.242 0.295 0.174 0.044 0.002 87 R 0.483 0.301 0.134 0.060 0.019 0.003 0.001 88 R 0.359 0.305 0.216 0.096 0.022 0.003 0.001 89 E 0.504 0.319 0.115 0.045 0.013 0.003 0.001 90 D 0.237 0.349 0.246 0.120 0.039 0.008 0.001 91 I 0.021 0.056 0.179 0.357 0.307 0.078 0.003 92 T 0.144 0.415 0.268 0.121 0.042 0.010 0.001 93 L 0.009 0.051 0.132 0.300 0.355 0.146 0.007 94 L 0.005 0.044 0.145 0.352 0.339 0.110 0.005 95 E 0.092 0.453 0.309 0.105 0.032 0.007 0.001 96 G 0.004 0.079 0.305 0.394 0.179 0.037 0.002 97 V 0.001 0.001 0.003 0.036 0.290 0.608 0.062 98 R 0.002 0.063 0.306 0.412 0.184 0.031 0.001 99 E 0.013 0.284 0.417 0.218 0.058 0.010 0.001 100 L 0.001 0.002 0.012 0.083 0.352 0.519 0.032 101 L 0.001 0.004 0.028 0.186 0.501 0.268 0.012 102 D 0.046 0.520 0.331 0.088 0.013 0.002 0.001 103 A 0.006 0.134 0.397 0.379 0.077 0.006 0.001 104 L 0.001 0.006 0.041 0.266 0.508 0.175 0.002 105 S 0.066 0.385 0.356 0.160 0.031 0.002 0.001 106 S 0.478 0.424 0.084 0.013 0.001 0.001 0.001 107 R 0.114 0.327 0.399 0.144 0.015 0.001 0.001 108 S 0.387 0.433 0.144 0.031 0.003 0.001 0.001 109 D 0.140 0.510 0.266 0.075 0.009 0.001 0.001 110 V 0.001 0.002 0.022 0.205 0.554 0.215 0.003 111 L 0.001 0.006 0.036 0.186 0.448 0.290 0.033 112 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.530 0.416 113 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.191 0.799 114 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.103 0.890 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.128 0.863 116 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.333 0.633 117 G 0.001 0.002 0.011 0.072 0.271 0.463 0.182 118 N 0.005 0.064 0.153 0.234 0.249 0.212 0.083 119 F 0.015 0.065 0.128 0.249 0.286 0.214 0.044 120 E 0.037 0.134 0.208 0.237 0.211 0.145 0.027 121 A 0.125 0.229 0.256 0.196 0.126 0.056 0.013 122 S 0.059 0.198 0.276 0.239 0.147 0.069 0.012 123 G 0.010 0.014 0.036 0.129 0.330 0.416 0.066 124 R 0.031 0.127 0.236 0.304 0.194 0.096 0.012 125 H 0.083 0.273 0.275 0.211 0.109 0.044 0.005 126 K 0.027 0.117 0.246 0.323 0.216 0.066 0.005 127 L 0.014 0.018 0.052 0.186 0.395 0.304 0.031 128 K 0.185 0.423 0.261 0.100 0.024 0.006 0.001 129 L 0.172 0.302 0.250 0.176 0.075 0.023 0.002 130 P 0.163 0.219 0.221 0.207 0.136 0.049 0.005 131 G 0.174 0.300 0.257 0.164 0.072 0.028 0.004 132 I 0.038 0.041 0.086 0.230 0.336 0.237 0.032 133 D 0.134 0.301 0.269 0.177 0.083 0.031 0.005 134 H 0.119 0.315 0.270 0.168 0.084 0.035 0.008 135 Y 0.018 0.052 0.107 0.229 0.316 0.233 0.045 136 F 0.007 0.019 0.058 0.152 0.281 0.359 0.125 137 P 0.047 0.156 0.220 0.240 0.169 0.124 0.044 138 F 0.012 0.024 0.057 0.137 0.261 0.374 0.135 139 G 0.008 0.014 0.025 0.061 0.171 0.449 0.272 140 A 0.008 0.011 0.019 0.047 0.132 0.416 0.367 141 F 0.014 0.027 0.046 0.116 0.221 0.358 0.218 142 A 0.017 0.033 0.058 0.132 0.256 0.345 0.158 143 D 0.083 0.191 0.217 0.217 0.161 0.099 0.032 144 D 0.098 0.235 0.250 0.214 0.132 0.057 0.013 145 A 0.069 0.090 0.134 0.227 0.283 0.170 0.027 146 L 0.174 0.211 0.223 0.193 0.130 0.059 0.011 147 D 0.281 0.275 0.201 0.137 0.069 0.030 0.006 148 R 0.186 0.264 0.213 0.183 0.101 0.045 0.008 149 N 0.049 0.088 0.147 0.233 0.261 0.185 0.037 150 E 0.132 0.276 0.229 0.164 0.097 0.073 0.030 151 L 0.022 0.058 0.108 0.200 0.264 0.255 0.093 152 P 0.030 0.116 0.207 0.273 0.234 0.118 0.023 153 H 0.217 0.280 0.230 0.150 0.080 0.035 0.008 154 I 0.055 0.097 0.132 0.179 0.239 0.246 0.052 155 A 0.016 0.017 0.022 0.086 0.271 0.458 0.131 156 L 0.027 0.110 0.247 0.338 0.190 0.078 0.011 157 E 0.065 0.281 0.319 0.232 0.083 0.018 0.002 158 R 0.018 0.031 0.058 0.153 0.321 0.382 0.037 159 A 0.027 0.043 0.103 0.247 0.357 0.206 0.018 160 R 0.176 0.449 0.256 0.093 0.022 0.004 0.001 161 R 0.171 0.307 0.300 0.173 0.044 0.004 0.001 162 M 0.067 0.115 0.223 0.323 0.224 0.047 0.002 163 T 0.567 0.282 0.107 0.033 0.009 0.002 0.001 164 G 0.809 0.144 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 165 A 0.276 0.315 0.239 0.128 0.033 0.008 0.001 166 N 0.389 0.294 0.146 0.110 0.049 0.012 0.001 167 Y 0.057 0.098 0.212 0.330 0.249 0.051 0.002 168 S 0.309 0.448 0.171 0.055 0.014 0.003 0.001 169 P 0.084 0.180 0.255 0.322 0.138 0.020 0.001 170 S 0.115 0.333 0.272 0.189 0.074 0.016 0.001 171 Q 0.006 0.046 0.170 0.388 0.304 0.081 0.006 172 I 0.001 0.001 0.009 0.048 0.201 0.591 0.150 173 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.421 0.539 174 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.059 0.320 0.609 175 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.245 0.728 176 G 0.001 0.002 0.009 0.047 0.172 0.440 0.330 177 D 0.001 0.005 0.022 0.083 0.253 0.477 0.159 178 T 0.003 0.023 0.071 0.171 0.317 0.335 0.080 179 E 0.087 0.227 0.247 0.220 0.138 0.065 0.015 180 H 0.019 0.089 0.181 0.245 0.230 0.182 0.054 181 D 0.013 0.038 0.069 0.151 0.272 0.338 0.120 182 I 0.007 0.022 0.061 0.150 0.258 0.365 0.137 183 R 0.059 0.187 0.212 0.206 0.166 0.124 0.046 184 C 0.006 0.014 0.039 0.122 0.262 0.404 0.153 185 A 0.005 0.008 0.016 0.067 0.248 0.460 0.196 186 R 0.020 0.178 0.280 0.272 0.154 0.076 0.019 187 E 0.024 0.173 0.236 0.295 0.192 0.070 0.010 188 L 0.003 0.025 0.088 0.222 0.371 0.247 0.044 189 D 0.007 0.143 0.314 0.340 0.137 0.049 0.010 190 A 0.001 0.001 0.005 0.045 0.275 0.543 0.131 191 R 0.001 0.003 0.030 0.182 0.427 0.300 0.059 192 S 0.001 0.001 0.002 0.008 0.051 0.455 0.483 193 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.191 0.795 194 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.224 0.739 195 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.303 0.654 196 A 0.001 0.003 0.019 0.097 0.272 0.470 0.138 197 T 0.002 0.026 0.096 0.240 0.347 0.256 0.033 198 G 0.035 0.118 0.206 0.277 0.230 0.119 0.016 199 N 0.190 0.254 0.217 0.177 0.109 0.048 0.006 200 F 0.064 0.109 0.188 0.271 0.233 0.120 0.015 201 T 0.285 0.319 0.192 0.110 0.060 0.030 0.004 202 M 0.090 0.185 0.271 0.274 0.141 0.037 0.002 203 E 0.487 0.313 0.121 0.052 0.019 0.006 0.001 204 E 0.271 0.351 0.231 0.105 0.034 0.008 0.001 205 L 0.063 0.093 0.173 0.321 0.264 0.082 0.003 206 A 0.307 0.356 0.213 0.094 0.025 0.004 0.001 207 R 0.494 0.301 0.128 0.054 0.017 0.005 0.001 208 H 0.203 0.210 0.232 0.220 0.107 0.026 0.002 209 K 0.247 0.311 0.224 0.139 0.058 0.019 0.002 210 P 0.070 0.088 0.153 0.265 0.271 0.138 0.015 211 G 0.125 0.300 0.286 0.175 0.080 0.030 0.004 212 T 0.029 0.067 0.132 0.241 0.301 0.202 0.029 213 L 0.010 0.044 0.110 0.228 0.318 0.257 0.033 214 F 0.010 0.022 0.058 0.159 0.336 0.363 0.052 215 K 0.068 0.249 0.286 0.237 0.116 0.039 0.006 216 N 0.020 0.111 0.200 0.278 0.243 0.134 0.015 217 F 0.005 0.023 0.067 0.215 0.380 0.281 0.030 218 A 0.161 0.377 0.253 0.133 0.055 0.019 0.003 219 E 0.035 0.183 0.333 0.299 0.118 0.029 0.002 220 T 0.007 0.012 0.028 0.121 0.369 0.426 0.036 221 D 0.036 0.157 0.325 0.332 0.127 0.023 0.001 222 E 0.201 0.511 0.217 0.058 0.012 0.002 0.001 223 V 0.016 0.055 0.178 0.361 0.300 0.087 0.003 224 L 0.030 0.027 0.064 0.234 0.419 0.216 0.009 225 A 0.207 0.389 0.272 0.108 0.022 0.002 0.001 226 S 0.351 0.377 0.188 0.068 0.014 0.002 0.001 227 I 0.068 0.128 0.214 0.303 0.219 0.066 0.003 228 L 0.226 0.234 0.236 0.197 0.085 0.021 0.001 229 T 0.668 0.216 0.070 0.033 0.011 0.002 0.001 230 P 0.741 0.175 0.055 0.021 0.006 0.001 0.001 231 K 0.774 0.161 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 232 H 0.728 0.179 0.064 0.023 0.006 0.001 0.001 233 S 0.795 0.144 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001