# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.077 0.009 0.007 0.055 0.180 0.672 2 K 0.128 0.028 0.009 0.053 0.156 0.626 3 V 0.148 0.020 0.022 0.125 0.213 0.473 4 E 0.081 0.007 0.029 0.197 0.181 0.505 5 S 0.045 0.007 0.061 0.481 0.172 0.234 6 M 0.014 0.007 0.070 0.701 0.110 0.097 7 N 0.009 0.005 0.066 0.754 0.078 0.088 8 R 0.002 0.001 0.049 0.876 0.037 0.035 9 R 0.001 0.001 0.034 0.916 0.022 0.027 10 V 0.001 0.001 0.031 0.955 0.007 0.006 11 L 0.001 0.001 0.007 0.986 0.002 0.004 12 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 15 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 17 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.009 0.005 18 V 0.001 0.001 0.004 0.968 0.015 0.011 19 Y 0.003 0.006 0.006 0.876 0.039 0.069 20 G 0.008 0.003 0.003 0.220 0.168 0.597 21 T 0.023 0.010 0.006 0.048 0.241 0.672 22 E 0.057 0.030 0.007 0.037 0.226 0.644 23 G 0.054 0.043 0.015 0.044 0.288 0.557 24 S 0.036 0.018 0.017 0.031 0.378 0.520 25 T 0.064 0.014 0.136 0.106 0.423 0.257 26 G 0.090 0.011 0.127 0.092 0.488 0.192 27 S 0.162 0.026 0.154 0.088 0.416 0.154 28 H 0.229 0.053 0.080 0.091 0.294 0.253 29 D 0.142 0.045 0.100 0.106 0.363 0.244 30 F 0.086 0.025 0.134 0.135 0.452 0.169 31 S 0.070 0.022 0.106 0.125 0.433 0.244 32 G 0.053 0.023 0.071 0.152 0.528 0.173 33 K 0.027 0.018 0.044 0.159 0.482 0.270 34 M 0.034 0.062 0.017 0.146 0.347 0.395 35 D 0.019 0.019 0.007 0.352 0.251 0.353 36 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.008 0.005 37 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 45 N 0.001 0.001 0.004 0.979 0.011 0.006 46 V 0.001 0.001 0.008 0.902 0.033 0.056 47 G 0.001 0.001 0.002 0.020 0.065 0.912 48 L 0.001 0.003 0.001 0.008 0.083 0.904 49 E 0.005 0.004 0.003 0.014 0.122 0.851 50 R 0.005 0.002 0.108 0.666 0.133 0.086 51 A 0.008 0.001 0.115 0.735 0.088 0.054 52 E 0.002 0.001 0.157 0.776 0.050 0.014 53 I 0.002 0.001 0.040 0.919 0.022 0.015 54 A 0.001 0.001 0.068 0.894 0.028 0.008 55 D 0.001 0.001 0.057 0.904 0.027 0.010 56 K 0.001 0.001 0.053 0.883 0.030 0.033 57 F 0.001 0.001 0.011 0.952 0.014 0.022 58 D 0.001 0.001 0.010 0.939 0.025 0.026 59 K 0.001 0.001 0.014 0.955 0.019 0.011 60 A 0.001 0.001 0.017 0.961 0.014 0.006 61 K 0.001 0.001 0.007 0.971 0.012 0.008 62 E 0.001 0.001 0.004 0.978 0.009 0.009 63 T 0.001 0.001 0.003 0.968 0.009 0.019 64 Y 0.001 0.001 0.002 0.974 0.005 0.017 65 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 66 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.002 67 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 68 F 0.001 0.001 0.007 0.975 0.012 0.004 69 R 0.001 0.001 0.021 0.941 0.032 0.006 70 E 0.001 0.001 0.027 0.902 0.053 0.018 71 R 0.001 0.001 0.027 0.748 0.134 0.089 72 A 0.005 0.011 0.021 0.239 0.282 0.442 73 R 0.010 0.012 0.010 0.050 0.350 0.567 74 R 0.020 0.004 0.313 0.073 0.472 0.117 75 E 0.044 0.003 0.370 0.047 0.428 0.109 76 D 0.101 0.010 0.484 0.049 0.244 0.113 77 I 0.235 0.040 0.059 0.046 0.190 0.430 78 T 0.153 0.044 0.018 0.053 0.102 0.631 79 L 0.004 0.003 0.001 0.007 0.022 0.964