# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.57999 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.011 0.006 0.002 0.074 0.188 0.123 0.084 0.002 0.001 0.029 0.480 2 K 0.039 0.034 0.001 0.086 0.099 0.155 0.091 0.005 0.001 0.061 0.429 3 V 0.046 0.020 0.002 0.039 0.065 0.056 0.086 0.004 0.001 0.107 0.574 4 E 0.016 0.115 0.002 0.067 0.060 0.091 0.100 0.012 0.001 0.070 0.467 5 S 0.172 0.389 0.006 0.023 0.017 0.027 0.046 0.006 0.002 0.079 0.234 6 M 0.028 0.411 0.006 0.050 0.031 0.026 0.050 0.006 0.002 0.107 0.283 7 N 0.010 0.901 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.010 0.060 8 R 0.009 0.938 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.026 9 R 0.006 0.882 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.066 0.028 10 V 0.004 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 0.016 11 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 12 A 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 13 D 0.003 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 0.018 14 A 0.035 0.822 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.003 0.083 0.026 15 L 0.053 0.633 0.029 0.009 0.002 0.003 0.021 0.013 0.013 0.159 0.064 16 I 0.141 0.303 0.010 0.014 0.004 0.006 0.089 0.005 0.005 0.112 0.309 17 E 0.081 0.065 0.003 0.039 0.008 0.017 0.113 0.004 0.001 0.262 0.407 18 V 0.036 0.060 0.006 0.070 0.008 0.019 0.166 0.005 0.002 0.186 0.441 19 Y 0.099 0.025 0.009 0.118 0.014 0.037 0.168 0.010 0.004 0.147 0.370 20 G 0.081 0.014 0.005 0.102 0.013 0.036 0.140 0.006 0.003 0.110 0.491 21 T 0.099 0.010 0.002 0.060 0.018 0.043 0.139 0.003 0.001 0.094 0.532 22 E 0.050 0.008 0.002 0.076 0.014 0.040 0.163 0.002 0.001 0.068 0.575 23 G 0.036 0.005 0.002 0.074 0.016 0.037 0.187 0.004 0.001 0.072 0.565 24 S 0.082 0.015 0.002 0.077 0.030 0.059 0.149 0.007 0.001 0.144 0.433 25 T 0.103 0.011 0.002 0.048 0.017 0.031 0.153 0.003 0.001 0.075 0.555 26 G 0.027 0.007 0.001 0.043 0.052 0.101 0.175 0.006 0.001 0.067 0.520 27 S 0.059 0.011 0.002 0.041 0.028 0.059 0.166 0.003 0.001 0.079 0.552 28 H 0.035 0.007 0.002 0.056 0.043 0.084 0.168 0.007 0.001 0.087 0.509 29 D 0.100 0.025 0.002 0.039 0.035 0.060 0.132 0.007 0.001 0.106 0.495 30 F 0.065 0.015 0.002 0.052 0.047 0.075 0.147 0.007 0.001 0.101 0.489 31 S 0.019 0.006 0.001 0.080 0.044 0.089 0.168 0.004 0.001 0.076 0.513 32 G 0.052 0.015 0.003 0.115 0.061 0.105 0.147 0.002 0.001 0.119 0.380 33 K 0.078 0.029 0.003 0.095 0.064 0.094 0.145 0.003 0.001 0.108 0.378 34 M 0.059 0.251 0.001 0.037 0.015 0.041 0.131 0.006 0.001 0.053 0.405 35 D 0.031 0.618 0.002 0.012 0.005 0.011 0.056 0.004 0.001 0.055 0.205 36 G 0.003 0.872 0.001 0.009 0.006 0.010 0.015 0.001 0.001 0.030 0.052 37 A 0.002 0.929 0.001 0.004 0.007 0.011 0.005 0.001 0.001 0.021 0.020 38 I 0.001 0.965 0.001 0.004 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 39 I 0.002 0.979 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 40 Y 0.007 0.316 0.001 0.008 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.633 0.016 41 E 0.008 0.328 0.017 0.007 0.007 0.009 0.011 0.003 0.004 0.578 0.030 42 V 0.084 0.552 0.059 0.007 0.007 0.009 0.025 0.017 0.019 0.133 0.088 43 L 0.085 0.052 0.247 0.009 0.006 0.007 0.037 0.016 0.222 0.070 0.248 44 S 0.441 0.035 0.001 0.002 0.002 0.005 0.046 0.006 0.001 0.018 0.442 45 N 0.074 0.022 0.001 0.005 0.001 0.005 0.056 0.004 0.001 0.026 0.804 46 V 0.024 0.009 0.002 0.006 0.002 0.007 0.144 0.003 0.001 0.014 0.788 47 G 0.028 0.021 0.001 0.012 0.006 0.011 0.103 0.001 0.001 0.019 0.797 48 L 0.038 0.046 0.001 0.013 0.014 0.010 0.128 0.005 0.001 0.027 0.717 49 E 0.053 0.564 0.001 0.016 0.005 0.007 0.057 0.011 0.001 0.017 0.268 50 R 0.092 0.784 0.002 0.004 0.002 0.003 0.014 0.014 0.001 0.007 0.079 51 A 0.032 0.751 0.003 0.009 0.004 0.005 0.023 0.005 0.001 0.031 0.136 52 E 0.047 0.560 0.024 0.007 0.008 0.010 0.037 0.010 0.007 0.108 0.182 53 I 0.148 0.657 0.004 0.003 0.004 0.003 0.021 0.023 0.001 0.035 0.100 54 A 0.107 0.507 0.006 0.005 0.004 0.006 0.032 0.009 0.003 0.042 0.281 55 D 0.015 0.679 0.003 0.006 0.002 0.005 0.028 0.001 0.001 0.018 0.242 56 K 0.005 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.010 0.058 57 F 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.016 58 D 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.021 59 K 0.009 0.189 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.757 0.031 60 A 0.006 0.694 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.244 0.032 61 K 0.010 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.023 62 E 0.005 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.027 0.030 63 T 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 64 Y 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.009 65 I 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.008 66 A 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 0.027 67 L 0.031 0.633 0.059 0.003 0.001 0.001 0.027 0.010 0.017 0.129 0.088 68 F 0.193 0.511 0.023 0.006 0.002 0.002 0.037 0.037 0.009 0.102 0.078 69 R 0.162 0.322 0.013 0.007 0.003 0.007 0.044 0.017 0.012 0.058 0.354 70 E 0.084 0.176 0.005 0.006 0.005 0.010 0.076 0.003 0.002 0.023 0.610 71 R 0.041 0.142 0.008 0.011 0.012 0.032 0.082 0.004 0.004 0.037 0.626 72 A 0.065 0.086 0.020 0.010 0.010 0.019 0.084 0.009 0.007 0.041 0.650 73 R 0.415 0.111 0.004 0.008 0.010 0.016 0.049 0.018 0.003 0.049 0.316 74 R 0.187 0.045 0.005 0.014 0.004 0.010 0.068 0.004 0.002 0.047 0.617 75 E 0.028 0.027 0.003 0.037 0.019 0.047 0.100 0.004 0.001 0.039 0.696 76 D 0.036 0.023 0.002 0.055 0.043 0.066 0.116 0.003 0.001 0.060 0.595 77 I 0.032 0.010 0.002 0.065 0.095 0.078 0.117 0.005 0.001 0.058 0.538 78 T 0.041 0.014 0.001 0.071 0.065 0.088 0.123 0.003 0.001 0.051 0.541 79 L 0.030 0.008 0.002 0.052 0.037 0.063 0.123 0.005 0.001 0.038 0.642