# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.57999 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.009 0.009 0.009 0.015 0.019 0.031 0.080 0.129 0.212 0.242 0.246 2 K 0.097 0.340 0.132 0.225 0.116 0.049 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 3 V 0.057 0.037 0.024 0.058 0.072 0.093 0.160 0.147 0.157 0.115 0.080 4 E 0.316 0.198 0.062 0.151 0.113 0.074 0.054 0.017 0.009 0.004 0.002 5 S 0.141 0.170 0.120 0.254 0.146 0.076 0.053 0.019 0.012 0.005 0.003 6 M 0.023 0.019 0.018 0.033 0.038 0.059 0.136 0.145 0.181 0.180 0.168 7 N 0.007 0.017 0.037 0.063 0.094 0.163 0.276 0.150 0.104 0.056 0.031 8 R 0.015 0.036 0.145 0.172 0.160 0.163 0.174 0.069 0.040 0.018 0.007 9 R 0.037 0.050 0.128 0.263 0.203 0.153 0.100 0.036 0.017 0.008 0.004 10 V 0.001 0.004 0.028 0.020 0.020 0.029 0.112 0.158 0.236 0.217 0.177 11 L 0.001 0.001 0.007 0.005 0.008 0.017 0.110 0.155 0.236 0.249 0.214 12 A 0.001 0.005 0.198 0.145 0.179 0.203 0.170 0.052 0.029 0.013 0.005 13 D 0.001 0.009 0.116 0.150 0.191 0.222 0.215 0.060 0.023 0.010 0.004 14 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.006 0.053 0.109 0.245 0.301 0.276 15 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.012 0.072 0.125 0.210 0.288 0.275 16 I 0.001 0.005 0.209 0.130 0.180 0.172 0.148 0.078 0.045 0.022 0.010 17 E 0.001 0.008 0.056 0.048 0.094 0.215 0.316 0.127 0.070 0.041 0.024 18 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.006 0.010 0.059 0.127 0.259 0.307 0.217 19 Y 0.006 0.012 0.014 0.042 0.059 0.098 0.223 0.190 0.155 0.115 0.086 20 G 0.072 0.091 0.155 0.147 0.125 0.100 0.106 0.066 0.058 0.044 0.036 21 T 0.050 0.077 0.071 0.133 0.129 0.134 0.165 0.100 0.068 0.047 0.026 22 E 0.238 0.155 0.054 0.132 0.102 0.079 0.098 0.052 0.039 0.028 0.023 23 G 0.135 0.057 0.026 0.055 0.056 0.070 0.112 0.106 0.131 0.132 0.121 24 S 0.235 0.220 0.062 0.143 0.094 0.065 0.065 0.035 0.033 0.024 0.023 25 T 0.137 0.082 0.040 0.099 0.084 0.095 0.114 0.086 0.099 0.087 0.077 26 G 0.239 0.139 0.044 0.119 0.108 0.091 0.090 0.057 0.048 0.036 0.028 27 S 0.201 0.159 0.080 0.159 0.103 0.076 0.079 0.048 0.042 0.029 0.024 28 H 0.095 0.053 0.026 0.072 0.086 0.100 0.135 0.113 0.121 0.105 0.094 29 D 0.229 0.213 0.087 0.197 0.109 0.062 0.046 0.023 0.016 0.010 0.007 30 F 0.066 0.043 0.030 0.076 0.097 0.120 0.168 0.125 0.122 0.088 0.064 31 S 0.106 0.081 0.036 0.102 0.096 0.092 0.146 0.111 0.098 0.072 0.059 32 G 0.277 0.110 0.048 0.115 0.087 0.093 0.095 0.057 0.050 0.039 0.029 33 K 0.072 0.099 0.065 0.174 0.165 0.143 0.133 0.064 0.043 0.027 0.016 34 M 0.029 0.031 0.027 0.049 0.050 0.059 0.117 0.133 0.174 0.163 0.168 35 D 0.009 0.038 0.037 0.094 0.124 0.132 0.224 0.141 0.105 0.063 0.035 36 G 0.077 0.100 0.062 0.167 0.158 0.141 0.147 0.066 0.043 0.025 0.014 37 A 0.062 0.062 0.079 0.174 0.164 0.160 0.153 0.072 0.040 0.022 0.012 38 I 0.001 0.003 0.007 0.016 0.019 0.031 0.120 0.159 0.227 0.237 0.180 39 I 0.001 0.001 0.004 0.009 0.013 0.026 0.112 0.157 0.233 0.242 0.202 40 Y 0.001 0.005 0.036 0.093 0.142 0.180 0.220 0.128 0.101 0.063 0.031 41 E 0.007 0.020 0.115 0.137 0.157 0.172 0.200 0.102 0.056 0.024 0.010 42 V 0.001 0.001 0.007 0.014 0.018 0.029 0.131 0.183 0.245 0.230 0.141 43 L 0.001 0.001 0.009 0.012 0.016 0.024 0.092 0.141 0.234 0.268 0.203 44 S 0.003 0.019 0.146 0.240 0.287 0.164 0.098 0.029 0.010 0.003 0.001 45 N 0.115 0.131 0.304 0.188 0.124 0.078 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 46 V 0.048 0.045 0.022 0.090 0.101 0.145 0.271 0.150 0.073 0.043 0.012 47 G 0.509 0.226 0.047 0.094 0.048 0.030 0.028 0.008 0.005 0.002 0.002 48 L 0.002 0.003 0.003 0.005 0.011 0.023 0.100 0.156 0.230 0.245 0.222 49 E 0.096 0.668 0.123 0.088 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.089 0.138 0.073 0.216 0.211 0.155 0.088 0.021 0.007 0.002 0.001 51 A 0.946 0.036 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.026 0.057 0.187 0.349 0.207 0.114 0.050 0.007 0.002 0.001 0.001 53 I 0.004 0.004 0.022 0.012 0.017 0.058 0.259 0.243 0.189 0.137 0.055 54 A 0.002 0.008 0.231 0.218 0.218 0.200 0.096 0.019 0.006 0.002 0.001 55 D 0.010 0.019 0.879 0.064 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 K 0.001 0.007 0.085 0.068 0.103 0.215 0.299 0.110 0.061 0.036 0.014 57 F 0.001 0.003 0.093 0.009 0.013 0.028 0.232 0.204 0.212 0.138 0.066 58 D 0.011 0.030 0.712 0.171 0.059 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.026 0.056 0.765 0.089 0.042 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.001 0.002 0.054 0.010 0.010 0.024 0.157 0.163 0.253 0.206 0.120 61 K 0.001 0.002 0.031 0.030 0.076 0.190 0.465 0.128 0.050 0.020 0.007 62 E 0.005 0.017 0.869 0.083 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.005 0.020 0.114 0.142 0.221 0.268 0.184 0.034 0.009 0.003 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.004 0.047 0.110 0.272 0.306 0.245 65 I 0.001 0.001 0.036 0.058 0.171 0.283 0.337 0.076 0.025 0.009 0.003 66 A 0.017 0.028 0.882 0.060 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.001 0.003 0.029 0.041 0.093 0.227 0.414 0.125 0.045 0.018 0.005 68 F 0.001 0.002 0.023 0.005 0.004 0.007 0.061 0.130 0.259 0.275 0.232 69 R 0.001 0.008 0.236 0.211 0.255 0.166 0.091 0.021 0.006 0.002 0.001 70 E 0.020 0.048 0.773 0.109 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.025 0.025 0.075 0.070 0.101 0.190 0.340 0.105 0.046 0.017 0.006 72 A 0.008 0.007 0.031 0.015 0.021 0.046 0.188 0.174 0.192 0.182 0.134 73 R 0.045 0.150 0.474 0.171 0.082 0.037 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 74 R 0.111 0.094 0.380 0.229 0.117 0.046 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 75 E 0.392 0.164 0.173 0.093 0.061 0.048 0.043 0.014 0.007 0.004 0.002 76 D 0.043 0.080 0.217 0.218 0.144 0.115 0.109 0.038 0.022 0.010 0.004 77 I 0.022 0.022 0.058 0.045 0.071 0.124 0.229 0.168 0.132 0.090 0.039 78 T 0.083 0.233 0.334 0.216 0.086 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 79 L 0.065 0.050 0.058 0.068 0.084 0.088 0.148 0.123 0.133 0.110 0.073