# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.57999 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.115 0.039 0.023 0.080 0.072 0.115 0.073 0.005 0.001 0.009 0.469 2 K 0.043 0.014 0.008 0.056 0.072 0.083 0.167 0.003 0.001 0.005 0.549 3 V 0.028 0.008 0.016 0.045 0.031 0.062 0.051 0.001 0.001 0.004 0.754 4 E 0.013 0.013 0.002 0.110 0.049 0.102 0.203 0.001 0.001 0.003 0.503 5 S 0.060 0.016 0.002 0.026 0.010 0.016 0.178 0.001 0.001 0.010 0.682 6 M 0.086 0.105 0.005 0.039 0.017 0.029 0.258 0.001 0.001 0.010 0.450 7 N 0.042 0.157 0.003 0.026 0.015 0.030 0.342 0.003 0.001 0.010 0.372 8 R 0.048 0.409 0.002 0.010 0.005 0.008 0.110 0.002 0.001 0.007 0.398 9 R 0.037 0.592 0.002 0.001 0.001 0.002 0.083 0.002 0.001 0.003 0.276 10 V 0.035 0.825 0.003 0.001 0.001 0.002 0.038 0.003 0.001 0.001 0.091 11 L 0.018 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.020 12 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 D 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 14 A 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 15 L 0.008 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 16 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 17 E 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 18 V 0.051 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.028 19 Y 0.052 0.839 0.026 0.003 0.003 0.004 0.002 0.024 0.001 0.001 0.047 20 G 0.086 0.554 0.043 0.017 0.017 0.033 0.018 0.059 0.001 0.001 0.171 21 T 0.169 0.213 0.046 0.027 0.023 0.028 0.035 0.026 0.001 0.002 0.432 22 E 0.055 0.058 0.024 0.040 0.019 0.027 0.051 0.010 0.001 0.003 0.713 23 G 0.068 0.031 0.025 0.063 0.041 0.059 0.178 0.007 0.001 0.014 0.514 24 S 0.195 0.035 0.012 0.035 0.027 0.031 0.201 0.004 0.001 0.013 0.446 25 T 0.068 0.032 0.007 0.036 0.025 0.033 0.079 0.002 0.001 0.008 0.709 26 G 0.075 0.025 0.005 0.048 0.063 0.087 0.282 0.002 0.001 0.016 0.395 27 S 0.143 0.026 0.006 0.025 0.032 0.053 0.195 0.003 0.001 0.016 0.503 28 H 0.107 0.054 0.009 0.068 0.075 0.106 0.104 0.004 0.001 0.011 0.462 29 D 0.054 0.023 0.004 0.019 0.044 0.057 0.240 0.002 0.001 0.009 0.548 30 F 0.060 0.023 0.006 0.022 0.045 0.059 0.094 0.002 0.001 0.009 0.680 31 S 0.072 0.033 0.003 0.035 0.058 0.102 0.229 0.004 0.001 0.015 0.449 32 G 0.245 0.027 0.007 0.023 0.051 0.051 0.174 0.006 0.001 0.025 0.391 33 K 0.188 0.054 0.017 0.038 0.044 0.065 0.133 0.004 0.001 0.013 0.444 34 M 0.031 0.025 0.012 0.058 0.068 0.109 0.103 0.002 0.001 0.006 0.586 35 D 0.028 0.016 0.004 0.059 0.070 0.125 0.110 0.001 0.001 0.008 0.578 36 G 0.067 0.014 0.005 0.044 0.038 0.056 0.084 0.002 0.001 0.009 0.682 37 A 0.107 0.036 0.012 0.106 0.045 0.091 0.147 0.001 0.001 0.013 0.441 38 I 0.039 0.049 0.006 0.196 0.142 0.169 0.134 0.001 0.001 0.006 0.259 39 I 0.007 0.129 0.002 0.219 0.119 0.353 0.066 0.001 0.001 0.002 0.104 40 Y 0.006 0.307 0.001 0.165 0.144 0.267 0.018 0.001 0.001 0.001 0.089 41 E 0.014 0.582 0.001 0.041 0.054 0.094 0.048 0.001 0.001 0.002 0.162 42 V 0.022 0.627 0.003 0.024 0.041 0.095 0.031 0.005 0.001 0.002 0.150 43 L 0.030 0.738 0.007 0.024 0.029 0.071 0.017 0.004 0.001 0.001 0.078 44 S 0.013 0.806 0.002 0.021 0.029 0.045 0.008 0.010 0.001 0.001 0.065 45 N 0.132 0.673 0.004 0.002 0.003 0.011 0.008 0.019 0.001 0.001 0.147 46 V 0.166 0.620 0.018 0.003 0.006 0.005 0.014 0.033 0.001 0.001 0.134 47 G 0.294 0.330 0.022 0.008 0.005 0.007 0.045 0.061 0.001 0.009 0.220 48 L 0.049 0.112 0.584 0.006 0.003 0.006 0.040 0.002 0.001 0.002 0.195 49 E 0.019 0.122 0.005 0.025 0.013 0.018 0.097 0.006 0.001 0.001 0.694 50 R 0.092 0.103 0.005 0.015 0.003 0.006 0.042 0.002 0.001 0.003 0.728 51 A 0.032 0.284 0.002 0.010 0.004 0.005 0.085 0.001 0.001 0.002 0.575 52 E 0.059 0.326 0.001 0.007 0.004 0.007 0.191 0.003 0.001 0.003 0.398 53 I 0.069 0.758 0.002 0.005 0.002 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.134 54 A 0.039 0.874 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.004 0.001 0.001 0.063 55 D 0.060 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.114 56 K 0.085 0.756 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.132 57 F 0.059 0.899 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.029 58 D 0.004 0.822 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.150 59 K 0.018 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.123 60 A 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.023 61 K 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 62 E 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 63 T 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 64 Y 0.015 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 65 I 0.005 0.975 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 66 A 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.020 67 L 0.022 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 68 F 0.017 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 69 R 0.010 0.942 0.005 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.027 70 E 0.025 0.881 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.073 71 R 0.126 0.778 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.070 72 A 0.105 0.745 0.025 0.003 0.004 0.006 0.006 0.021 0.001 0.001 0.084 73 R 0.096 0.502 0.032 0.012 0.020 0.028 0.022 0.041 0.001 0.002 0.245 74 R 0.122 0.268 0.036 0.017 0.014 0.037 0.021 0.016 0.001 0.002 0.467 75 E 0.082 0.141 0.008 0.040 0.032 0.036 0.030 0.025 0.001 0.001 0.605 76 D 0.241 0.061 0.013 0.037 0.026 0.030 0.063 0.016 0.001 0.007 0.505 77 I 0.130 0.053 0.051 0.088 0.065 0.084 0.072 0.007 0.001 0.006 0.444 78 T 0.043 0.023 0.009 0.123 0.107 0.145 0.168 0.002 0.001 0.005 0.375 79 L 0.029 0.011 0.010 0.070 0.046 0.076 0.058 0.001 0.001 0.003 0.696