# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.176 0.217 0.035 0.007 0.422 0.010 0.019 0.024 0.023 0.031 0.037 2 K 0.208 0.183 0.062 0.009 0.421 0.004 0.005 0.010 0.006 0.026 0.065 3 V 0.145 0.113 0.041 0.045 0.201 0.034 0.032 0.108 0.109 0.106 0.067 4 E 0.011 0.060 0.070 0.194 0.030 0.158 0.141 0.192 0.075 0.059 0.010 5 S 0.084 0.066 0.044 0.024 0.099 0.020 0.034 0.160 0.086 0.265 0.118 6 M 0.026 0.177 0.096 0.030 0.054 0.026 0.029 0.307 0.130 0.094 0.032 7 N 0.059 0.112 0.061 0.016 0.080 0.005 0.006 0.400 0.111 0.102 0.046 8 R 0.005 0.016 0.004 0.002 0.010 0.003 0.009 0.793 0.143 0.014 0.003 9 R 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.003 0.013 0.875 0.080 0.011 0.002 10 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.918 0.058 0.007 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.056 0.007 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.050 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.030 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.049 0.003 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.117 0.007 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.839 0.140 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.131 0.769 0.079 0.013 0.001 18 V 0.008 0.011 0.004 0.007 0.011 0.051 0.419 0.317 0.086 0.079 0.006 19 Y 0.060 0.352 0.086 0.033 0.165 0.016 0.036 0.059 0.044 0.104 0.044 20 G 0.062 0.048 0.055 0.121 0.045 0.043 0.025 0.062 0.098 0.350 0.091 21 T 0.055 0.154 0.130 0.068 0.134 0.031 0.065 0.144 0.100 0.082 0.037 22 E 0.072 0.092 0.044 0.043 0.108 0.042 0.089 0.143 0.126 0.167 0.074 23 G 0.074 0.145 0.101 0.091 0.128 0.051 0.053 0.083 0.090 0.131 0.054 24 S 0.119 0.203 0.127 0.034 0.251 0.018 0.016 0.046 0.048 0.082 0.057 25 T 0.166 0.087 0.030 0.018 0.150 0.016 0.034 0.105 0.184 0.133 0.078 26 G 0.055 0.111 0.076 0.046 0.118 0.029 0.079 0.146 0.137 0.159 0.045 27 S 0.105 0.118 0.053 0.044 0.166 0.039 0.065 0.129 0.098 0.125 0.060 28 H 0.085 0.250 0.152 0.061 0.210 0.032 0.024 0.055 0.045 0.049 0.037 29 D 0.147 0.108 0.066 0.024 0.177 0.028 0.066 0.122 0.108 0.081 0.074 30 F 0.071 0.050 0.033 0.021 0.072 0.016 0.028 0.146 0.216 0.287 0.060 31 S 0.026 0.174 0.092 0.074 0.084 0.056 0.115 0.152 0.103 0.098 0.025 32 G 0.035 0.059 0.091 0.155 0.048 0.075 0.029 0.071 0.080 0.299 0.057 33 K 0.054 0.108 0.073 0.024 0.122 0.017 0.063 0.273 0.156 0.074 0.035 34 M 0.038 0.147 0.119 0.034 0.058 0.025 0.022 0.143 0.124 0.231 0.059 35 D 0.031 0.095 0.029 0.015 0.110 0.008 0.026 0.435 0.206 0.034 0.010 36 G 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.015 0.612 0.284 0.069 0.003 37 A 0.003 0.015 0.005 0.002 0.011 0.002 0.031 0.805 0.110 0.015 0.002 38 I 0.004 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.929 0.037 0.002 0.001 39 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.896 0.068 0.014 0.004 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.888 0.097 0.006 0.001 41 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.046 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.052 0.002 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.895 0.077 0.012 0.001 44 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.756 0.169 0.018 0.002 45 N 0.002 0.010 0.002 0.002 0.005 0.009 0.143 0.665 0.128 0.032 0.002 46 V 0.002 0.563 0.366 0.007 0.043 0.004 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 47 G 0.097 0.011 0.007 0.011 0.020 0.005 0.006 0.008 0.014 0.432 0.387 48 L 0.079 0.388 0.177 0.012 0.208 0.007 0.007 0.020 0.017 0.044 0.041 49 E 0.015 0.554 0.274 0.026 0.072 0.004 0.002 0.014 0.007 0.018 0.015 50 R 0.030 0.031 0.012 0.003 0.065 0.008 0.015 0.515 0.295 0.017 0.007 51 A 0.002 0.006 0.005 0.004 0.004 0.008 0.015 0.732 0.190 0.029 0.004 52 E 0.005 0.011 0.003 0.001 0.014 0.001 0.023 0.816 0.084 0.040 0.003 53 I 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.817 0.133 0.030 0.002 54 A 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.807 0.165 0.006 0.001 55 D 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.873 0.093 0.003 0.001 56 K 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.020 0.637 0.158 0.167 0.005 57 F 0.015 0.047 0.007 0.001 0.031 0.002 0.004 0.691 0.158 0.032 0.011 58 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 0.874 0.102 0.004 0.001 59 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.869 0.090 0.028 0.001 60 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.074 0.007 0.001 61 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.059 0.003 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.939 0.043 0.003 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.040 0.006 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.003 0.001 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.064 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.039 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.927 0.046 0.006 0.001 68 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.840 0.134 0.010 0.001 69 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.761 0.190 0.018 0.001 70 E 0.002 0.019 0.013 0.005 0.009 0.026 0.236 0.556 0.109 0.022 0.002 71 R 0.049 0.013 0.003 0.002 0.028 0.005 0.072 0.148 0.113 0.513 0.054 72 A 0.082 0.414 0.093 0.009 0.259 0.007 0.017 0.023 0.024 0.043 0.030 73 R 0.021 0.519 0.298 0.035 0.085 0.004 0.002 0.009 0.006 0.014 0.008 74 R 0.007 0.011 0.005 0.004 0.017 0.010 0.043 0.404 0.482 0.013 0.003 75 E 0.003 0.008 0.008 0.009 0.005 0.019 0.051 0.415 0.412 0.066 0.004 76 D 0.057 0.040 0.006 0.002 0.109 0.004 0.031 0.116 0.167 0.410 0.056 77 I 0.263 0.119 0.013 0.002 0.370 0.003 0.005 0.044 0.052 0.071 0.059 78 T 0.099 0.208 0.083 0.014 0.348 0.009 0.030 0.096 0.049 0.029 0.035 79 L 0.163 0.141 0.051 0.016 0.211 0.014 0.020 0.111 0.072 0.125 0.075