# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.152 0.092 0.127 0.222 0.231 0.151 0.026 2 K 0.358 0.266 0.174 0.109 0.062 0.027 0.004 3 V 0.210 0.141 0.144 0.220 0.180 0.089 0.017 4 E 0.211 0.304 0.219 0.154 0.079 0.028 0.005 5 S 0.191 0.275 0.224 0.175 0.092 0.035 0.008 6 M 0.038 0.066 0.112 0.206 0.302 0.218 0.059 7 N 0.033 0.078 0.113 0.201 0.256 0.266 0.053 8 R 0.012 0.085 0.198 0.288 0.284 0.120 0.014 9 R 0.055 0.201 0.263 0.265 0.161 0.051 0.005 10 V 0.007 0.030 0.066 0.168 0.296 0.342 0.090 11 L 0.002 0.006 0.010 0.045 0.170 0.538 0.229 12 A 0.003 0.044 0.192 0.386 0.280 0.090 0.005 13 D 0.019 0.103 0.248 0.368 0.202 0.057 0.002 14 A 0.002 0.006 0.013 0.061 0.283 0.504 0.130 15 L 0.001 0.002 0.008 0.055 0.234 0.566 0.134 16 I 0.008 0.128 0.298 0.351 0.170 0.041 0.004 17 E 0.028 0.139 0.251 0.353 0.184 0.041 0.005 18 V 0.010 0.026 0.049 0.107 0.269 0.428 0.111 19 Y 0.046 0.103 0.174 0.291 0.255 0.118 0.012 20 G 0.224 0.369 0.211 0.124 0.051 0.017 0.005 21 T 0.214 0.227 0.194 0.187 0.111 0.050 0.016 22 E 0.271 0.281 0.205 0.143 0.073 0.023 0.004 23 G 0.295 0.217 0.179 0.173 0.097 0.034 0.006 24 S 0.402 0.290 0.144 0.100 0.046 0.015 0.003 25 T 0.241 0.190 0.178 0.181 0.139 0.060 0.011 26 G 0.319 0.280 0.183 0.133 0.059 0.022 0.005 27 S 0.269 0.228 0.168 0.158 0.108 0.055 0.014 28 H 0.159 0.154 0.155 0.210 0.198 0.103 0.021 29 D 0.202 0.262 0.217 0.164 0.098 0.046 0.011 30 F 0.142 0.116 0.139 0.208 0.203 0.141 0.050 31 S 0.115 0.092 0.080 0.121 0.180 0.273 0.139 32 G 0.102 0.112 0.131 0.189 0.202 0.187 0.077 33 K 0.110 0.136 0.145 0.174 0.187 0.162 0.086 34 M 0.058 0.061 0.068 0.120 0.190 0.286 0.217 35 D 0.034 0.041 0.055 0.102 0.168 0.352 0.246 36 G 0.022 0.050 0.095 0.172 0.236 0.290 0.134 37 A 0.032 0.068 0.102 0.200 0.249 0.248 0.102 38 I 0.005 0.010 0.018 0.052 0.167 0.371 0.376 39 I 0.007 0.011 0.019 0.052 0.109 0.373 0.430 40 Y 0.011 0.048 0.109 0.261 0.287 0.218 0.066 41 E 0.024 0.073 0.109 0.174 0.281 0.274 0.065 42 V 0.005 0.016 0.049 0.169 0.336 0.382 0.043 43 L 0.018 0.051 0.105 0.266 0.367 0.178 0.016 44 S 0.178 0.393 0.274 0.118 0.031 0.006 0.001 45 N 0.258 0.307 0.213 0.156 0.055 0.010 0.001 46 V 0.288 0.380 0.221 0.087 0.021 0.004 0.001 47 G 0.564 0.303 0.096 0.030 0.006 0.001 0.001 48 L 0.091 0.140 0.250 0.314 0.177 0.027 0.001 49 E 0.420 0.373 0.150 0.048 0.008 0.001 0.001 50 R 0.464 0.367 0.126 0.037 0.006 0.001 0.001 51 A 0.671 0.266 0.052 0.010 0.001 0.001 0.001 52 E 0.179 0.362 0.268 0.149 0.039 0.004 0.001 53 I 0.031 0.088 0.209 0.375 0.251 0.045 0.001 54 A 0.218 0.389 0.255 0.109 0.025 0.003 0.001 55 D 0.468 0.379 0.113 0.031 0.007 0.001 0.001 56 K 0.029 0.112 0.215 0.351 0.238 0.053 0.002 57 F 0.016 0.064 0.152 0.307 0.328 0.128 0.006 58 D 0.203 0.474 0.234 0.072 0.015 0.002 0.001 59 K 0.078 0.340 0.390 0.159 0.029 0.003 0.001 60 A 0.007 0.016 0.035 0.165 0.467 0.301 0.009 61 K 0.006 0.062 0.183 0.373 0.291 0.082 0.004 62 E 0.151 0.529 0.236 0.067 0.014 0.002 0.001 63 T 0.014 0.093 0.334 0.404 0.135 0.019 0.001 64 Y 0.006 0.011 0.015 0.068 0.313 0.544 0.042 65 I 0.010 0.078 0.222 0.384 0.248 0.056 0.003 66 A 0.114 0.485 0.278 0.096 0.023 0.004 0.001 67 L 0.010 0.052 0.215 0.424 0.245 0.051 0.002 68 F 0.006 0.014 0.026 0.118 0.401 0.410 0.025 69 R 0.068 0.188 0.268 0.302 0.145 0.027 0.001 70 E 0.249 0.468 0.188 0.069 0.019 0.005 0.001 71 R 0.074 0.201 0.341 0.272 0.093 0.018 0.001 72 A 0.037 0.063 0.146 0.338 0.334 0.081 0.002 73 R 0.447 0.353 0.139 0.049 0.011 0.001 0.001 74 R 0.568 0.215 0.133 0.065 0.016 0.002 0.001 75 E 0.686 0.238 0.058 0.016 0.002 0.001 0.001 76 D 0.543 0.282 0.122 0.042 0.010 0.001 0.001 77 I 0.269 0.144 0.193 0.258 0.114 0.021 0.001 78 T 0.720 0.211 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 79 L 0.570 0.196 0.121 0.072 0.034 0.006 0.001