# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.250 0.101 0.054 0.090 0.074 0.073 0.103 0.081 0.081 0.056 0.037 2 K 0.324 0.346 0.069 0.126 0.064 0.033 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 3 V 0.210 0.128 0.044 0.099 0.086 0.078 0.091 0.072 0.081 0.062 0.047 4 E 0.410 0.234 0.048 0.117 0.078 0.051 0.035 0.012 0.008 0.004 0.002 5 S 0.197 0.190 0.157 0.235 0.118 0.057 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 6 M 0.216 0.130 0.050 0.106 0.083 0.093 0.134 0.080 0.058 0.032 0.018 7 N 0.046 0.077 0.063 0.111 0.101 0.124 0.177 0.110 0.103 0.058 0.029 8 R 0.024 0.030 0.052 0.078 0.087 0.139 0.243 0.126 0.113 0.077 0.032 9 R 0.054 0.078 0.182 0.295 0.202 0.105 0.054 0.016 0.010 0.004 0.002 10 V 0.006 0.030 0.128 0.096 0.063 0.073 0.176 0.134 0.141 0.093 0.059 11 L 0.001 0.003 0.024 0.021 0.020 0.027 0.100 0.137 0.250 0.245 0.172 12 A 0.002 0.007 0.120 0.061 0.077 0.139 0.275 0.123 0.101 0.063 0.031 13 D 0.003 0.015 0.250 0.257 0.200 0.135 0.086 0.027 0.015 0.008 0.003 14 A 0.001 0.001 0.014 0.011 0.013 0.028 0.148 0.153 0.238 0.226 0.167 15 L 0.001 0.002 0.020 0.014 0.009 0.014 0.068 0.101 0.215 0.275 0.282 16 I 0.001 0.007 0.102 0.083 0.126 0.193 0.231 0.117 0.080 0.040 0.018 17 E 0.011 0.046 0.244 0.215 0.189 0.145 0.102 0.027 0.012 0.006 0.004 18 V 0.001 0.003 0.008 0.010 0.012 0.027 0.129 0.154 0.245 0.252 0.158 19 Y 0.008 0.016 0.023 0.049 0.052 0.083 0.188 0.146 0.166 0.144 0.126 20 G 0.113 0.154 0.140 0.150 0.108 0.087 0.082 0.046 0.042 0.037 0.041 21 T 0.036 0.080 0.074 0.130 0.114 0.113 0.160 0.102 0.083 0.060 0.048 22 E 0.325 0.196 0.078 0.169 0.092 0.054 0.041 0.016 0.012 0.009 0.008 23 G 0.156 0.070 0.025 0.082 0.083 0.096 0.129 0.085 0.098 0.089 0.087 24 S 0.209 0.212 0.088 0.200 0.105 0.060 0.046 0.023 0.023 0.016 0.018 25 T 0.141 0.091 0.036 0.091 0.081 0.092 0.119 0.090 0.095 0.085 0.079 26 G 0.235 0.179 0.065 0.151 0.115 0.090 0.070 0.033 0.028 0.019 0.015 27 S 0.182 0.209 0.107 0.179 0.109 0.069 0.055 0.030 0.026 0.018 0.014 28 H 0.108 0.079 0.058 0.121 0.122 0.120 0.124 0.079 0.082 0.062 0.046 29 D 0.203 0.200 0.107 0.198 0.116 0.068 0.051 0.023 0.017 0.010 0.007 30 F 0.052 0.032 0.028 0.057 0.059 0.074 0.140 0.126 0.165 0.147 0.119 31 S 0.144 0.104 0.049 0.100 0.087 0.085 0.118 0.089 0.089 0.070 0.066 32 G 0.289 0.122 0.056 0.115 0.088 0.086 0.092 0.049 0.047 0.035 0.024 33 K 0.133 0.152 0.083 0.178 0.142 0.110 0.089 0.043 0.032 0.021 0.016 34 M 0.082 0.074 0.055 0.077 0.067 0.071 0.107 0.092 0.125 0.114 0.137 35 D 0.034 0.077 0.043 0.111 0.105 0.111 0.182 0.113 0.107 0.069 0.048 36 G 0.079 0.065 0.039 0.148 0.176 0.170 0.161 0.070 0.050 0.028 0.014 37 A 0.112 0.097 0.111 0.196 0.143 0.114 0.104 0.044 0.035 0.025 0.019 38 I 0.004 0.008 0.010 0.036 0.047 0.073 0.188 0.178 0.199 0.156 0.100 39 I 0.001 0.003 0.005 0.015 0.016 0.025 0.095 0.146 0.265 0.244 0.184 40 Y 0.002 0.006 0.022 0.075 0.137 0.189 0.216 0.130 0.117 0.073 0.034 41 E 0.023 0.051 0.201 0.225 0.177 0.130 0.103 0.044 0.028 0.013 0.005 42 V 0.001 0.005 0.013 0.029 0.035 0.063 0.219 0.210 0.217 0.139 0.068 43 L 0.001 0.004 0.014 0.021 0.022 0.032 0.093 0.135 0.244 0.263 0.172 44 S 0.019 0.073 0.161 0.313 0.249 0.114 0.052 0.013 0.005 0.002 0.001 45 N 0.180 0.182 0.228 0.196 0.107 0.064 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 46 V 0.078 0.052 0.029 0.083 0.093 0.144 0.274 0.124 0.075 0.036 0.013 47 G 0.542 0.232 0.047 0.094 0.042 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 48 L 0.007 0.005 0.003 0.006 0.010 0.021 0.092 0.144 0.258 0.234 0.219 49 E 0.081 0.653 0.100 0.120 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.079 0.126 0.077 0.209 0.199 0.158 0.101 0.031 0.014 0.005 0.002 51 A 0.842 0.085 0.035 0.021 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.040 0.101 0.248 0.388 0.141 0.055 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 53 I 0.008 0.009 0.015 0.018 0.025 0.069 0.265 0.202 0.184 0.131 0.074 54 A 0.014 0.029 0.212 0.226 0.212 0.181 0.098 0.018 0.007 0.002 0.001 55 D 0.034 0.058 0.798 0.076 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 K 0.007 0.026 0.151 0.109 0.136 0.197 0.231 0.074 0.044 0.018 0.007 57 F 0.002 0.007 0.057 0.019 0.023 0.053 0.267 0.196 0.190 0.128 0.058 58 D 0.034 0.052 0.621 0.186 0.071 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.036 0.085 0.628 0.160 0.059 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.004 0.008 0.065 0.019 0.022 0.046 0.199 0.171 0.234 0.156 0.077 61 K 0.002 0.007 0.074 0.060 0.086 0.176 0.390 0.116 0.057 0.024 0.007 62 E 0.009 0.038 0.825 0.094 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.009 0.030 0.150 0.156 0.197 0.231 0.175 0.036 0.012 0.004 0.001 64 Y 0.001 0.005 0.034 0.014 0.010 0.016 0.102 0.141 0.284 0.250 0.143 65 I 0.001 0.005 0.042 0.048 0.107 0.223 0.346 0.119 0.068 0.031 0.011 66 A 0.018 0.047 0.767 0.129 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.004 0.014 0.063 0.075 0.117 0.204 0.334 0.113 0.052 0.019 0.005 68 F 0.002 0.007 0.050 0.019 0.017 0.030 0.129 0.149 0.239 0.215 0.142 69 R 0.005 0.021 0.191 0.206 0.223 0.185 0.124 0.029 0.012 0.004 0.001 70 E 0.035 0.076 0.680 0.134 0.048 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.037 0.049 0.105 0.100 0.119 0.192 0.261 0.077 0.041 0.015 0.005 72 A 0.025 0.014 0.028 0.020 0.023 0.051 0.173 0.162 0.194 0.172 0.139 73 R 0.081 0.197 0.380 0.176 0.082 0.043 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 74 R 0.129 0.139 0.297 0.219 0.118 0.060 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 75 E 0.373 0.179 0.093 0.108 0.080 0.068 0.055 0.019 0.013 0.007 0.004 76 D 0.041 0.088 0.094 0.192 0.154 0.129 0.141 0.070 0.047 0.027 0.016 77 I 0.054 0.051 0.060 0.070 0.081 0.119 0.186 0.124 0.123 0.085 0.047 78 T 0.131 0.227 0.202 0.217 0.113 0.056 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 79 L 0.099 0.068 0.055 0.081 0.074 0.089 0.143 0.108 0.121 0.098 0.064