# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.045 0.007 0.017 0.024 0.019 0.031 0.028 0.002 0.001 0.003 0.825 2 K 0.026 0.003 0.004 0.034 0.041 0.043 0.113 0.001 0.001 0.003 0.733 3 V 0.049 0.002 0.011 0.035 0.022 0.044 0.047 0.001 0.001 0.005 0.784 4 E 0.016 0.007 0.001 0.128 0.071 0.114 0.207 0.001 0.001 0.002 0.453 5 S 0.052 0.009 0.001 0.042 0.015 0.024 0.128 0.001 0.001 0.007 0.721 6 M 0.082 0.061 0.003 0.096 0.035 0.063 0.236 0.001 0.001 0.012 0.410 7 N 0.042 0.058 0.002 0.040 0.028 0.052 0.345 0.002 0.001 0.017 0.413 8 R 0.102 0.193 0.005 0.045 0.021 0.037 0.147 0.003 0.001 0.017 0.429 9 R 0.052 0.314 0.005 0.020 0.017 0.025 0.163 0.003 0.001 0.008 0.394 10 V 0.046 0.536 0.007 0.015 0.020 0.029 0.089 0.003 0.001 0.004 0.251 11 L 0.024 0.797 0.003 0.013 0.019 0.040 0.020 0.002 0.001 0.001 0.082 12 A 0.008 0.886 0.001 0.006 0.006 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.064 13 D 0.026 0.837 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.121 14 A 0.039 0.891 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.009 0.001 0.001 0.042 15 L 0.024 0.898 0.006 0.003 0.004 0.013 0.005 0.013 0.001 0.001 0.033 16 I 0.021 0.878 0.008 0.004 0.009 0.012 0.003 0.015 0.001 0.001 0.051 17 E 0.049 0.843 0.003 0.006 0.008 0.012 0.003 0.018 0.001 0.001 0.057 18 V 0.131 0.656 0.017 0.009 0.014 0.016 0.006 0.034 0.001 0.001 0.117 19 Y 0.073 0.506 0.052 0.046 0.061 0.070 0.016 0.027 0.001 0.001 0.147 20 G 0.046 0.197 0.021 0.089 0.095 0.164 0.065 0.035 0.001 0.004 0.283 21 T 0.151 0.089 0.032 0.054 0.062 0.080 0.122 0.015 0.001 0.006 0.389 22 E 0.027 0.023 0.014 0.030 0.015 0.024 0.079 0.003 0.001 0.004 0.779 23 G 0.053 0.013 0.008 0.037 0.031 0.044 0.349 0.003 0.001 0.028 0.435 24 S 0.319 0.027 0.014 0.020 0.014 0.017 0.232 0.002 0.001 0.030 0.325 25 T 0.083 0.064 0.007 0.031 0.031 0.036 0.115 0.003 0.001 0.010 0.620 26 G 0.083 0.039 0.007 0.038 0.066 0.102 0.249 0.002 0.001 0.015 0.398 27 S 0.114 0.044 0.006 0.023 0.032 0.062 0.139 0.003 0.001 0.009 0.568 28 H 0.060 0.056 0.007 0.044 0.060 0.090 0.082 0.004 0.001 0.007 0.591 29 D 0.048 0.028 0.003 0.011 0.033 0.045 0.266 0.002 0.001 0.008 0.555 30 F 0.097 0.060 0.007 0.024 0.041 0.057 0.123 0.003 0.001 0.012 0.578 31 S 0.089 0.121 0.005 0.040 0.051 0.091 0.193 0.006 0.001 0.013 0.391 32 G 0.202 0.074 0.005 0.018 0.041 0.046 0.153 0.012 0.001 0.019 0.429 33 K 0.327 0.139 0.021 0.019 0.027 0.041 0.065 0.006 0.001 0.008 0.347 34 M 0.035 0.064 0.012 0.029 0.043 0.057 0.052 0.005 0.001 0.003 0.700 35 D 0.032 0.029 0.004 0.029 0.050 0.089 0.094 0.003 0.001 0.007 0.663 36 G 0.147 0.027 0.006 0.028 0.029 0.045 0.091 0.004 0.001 0.012 0.611 37 A 0.238 0.074 0.021 0.078 0.032 0.054 0.115 0.003 0.001 0.013 0.372 38 I 0.056 0.068 0.014 0.182 0.148 0.161 0.116 0.001 0.001 0.006 0.247 39 I 0.007 0.100 0.003 0.223 0.144 0.377 0.053 0.001 0.001 0.002 0.091 40 Y 0.006 0.177 0.001 0.187 0.185 0.354 0.015 0.001 0.001 0.001 0.073 41 E 0.011 0.347 0.001 0.102 0.120 0.202 0.042 0.002 0.001 0.002 0.171 42 V 0.022 0.386 0.003 0.055 0.082 0.169 0.043 0.005 0.001 0.003 0.231 43 L 0.032 0.459 0.009 0.082 0.082 0.187 0.036 0.005 0.001 0.002 0.106 44 S 0.017 0.562 0.002 0.059 0.066 0.114 0.029 0.011 0.001 0.002 0.138 45 N 0.148 0.500 0.006 0.009 0.012 0.030 0.024 0.022 0.001 0.004 0.246 46 V 0.180 0.520 0.025 0.006 0.012 0.013 0.041 0.021 0.001 0.002 0.180 47 G 0.203 0.294 0.023 0.010 0.008 0.010 0.105 0.036 0.001 0.011 0.300 48 L 0.063 0.181 0.357 0.009 0.005 0.010 0.063 0.003 0.001 0.004 0.304 49 E 0.027 0.222 0.005 0.023 0.018 0.027 0.139 0.007 0.001 0.002 0.531 50 R 0.123 0.226 0.006 0.011 0.004 0.009 0.051 0.004 0.001 0.004 0.561 51 A 0.033 0.505 0.002 0.007 0.004 0.004 0.044 0.002 0.001 0.001 0.397 52 E 0.051 0.443 0.002 0.004 0.004 0.006 0.142 0.006 0.001 0.003 0.338 53 I 0.061 0.804 0.003 0.004 0.002 0.005 0.017 0.003 0.001 0.001 0.101 54 A 0.032 0.895 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.050 55 D 0.049 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.099 56 K 0.066 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.123 57 F 0.053 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.026 58 D 0.009 0.838 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.123 59 K 0.030 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.125 60 A 0.035 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.033 61 K 0.013 0.936 0.002 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.026 62 E 0.025 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.037 63 T 0.048 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.042 64 Y 0.038 0.911 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.026 65 I 0.007 0.920 0.011 0.005 0.003 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.035 66 A 0.008 0.919 0.001 0.006 0.003 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.047 67 L 0.021 0.890 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.068 68 F 0.018 0.932 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.029 69 R 0.012 0.916 0.003 0.003 0.003 0.007 0.005 0.006 0.001 0.001 0.043 70 E 0.031 0.870 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.080 71 R 0.107 0.803 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.065 72 A 0.088 0.777 0.019 0.002 0.004 0.005 0.004 0.026 0.001 0.001 0.074 73 R 0.106 0.531 0.031 0.009 0.017 0.022 0.020 0.051 0.001 0.002 0.211 74 R 0.123 0.272 0.047 0.018 0.014 0.032 0.021 0.020 0.001 0.002 0.450 75 E 0.079 0.128 0.013 0.050 0.032 0.040 0.042 0.023 0.001 0.002 0.590 76 D 0.202 0.056 0.019 0.043 0.025 0.031 0.070 0.011 0.001 0.007 0.535 77 I 0.106 0.059 0.034 0.103 0.067 0.089 0.077 0.006 0.001 0.006 0.454 78 T 0.047 0.031 0.008 0.130 0.104 0.151 0.161 0.003 0.001 0.006 0.359 79 L 0.044 0.021 0.009 0.078 0.057 0.093 0.071 0.001 0.001 0.005 0.622