# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 K 0.045 0.046 0.004 0.038 0.007 0.013 0.846 3 V 0.050 0.025 0.037 0.257 0.068 0.052 0.511 4 E 0.030 0.003 0.066 0.374 0.077 0.104 0.345 5 S 0.010 0.001 0.048 0.793 0.059 0.043 0.046 6 M 0.009 0.003 0.018 0.882 0.018 0.026 0.044 7 N 0.003 0.001 0.013 0.921 0.007 0.021 0.033 8 R 0.002 0.001 0.006 0.968 0.005 0.008 0.011 9 R 0.002 0.001 0.005 0.981 0.003 0.005 0.003 10 V 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.008 0.002 11 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.013 0.003 12 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.013 0.003 13 D 0.002 0.001 0.007 0.954 0.004 0.028 0.005 14 A 0.005 0.001 0.014 0.899 0.007 0.061 0.013 15 L 0.012 0.003 0.015 0.914 0.007 0.036 0.015 16 I 0.031 0.001 0.026 0.884 0.015 0.027 0.016 17 E 0.044 0.001 0.020 0.869 0.009 0.037 0.020 18 V 0.094 0.010 0.018 0.724 0.020 0.083 0.052 19 Y 0.155 0.041 0.017 0.368 0.057 0.210 0.152 20 G 0.080 0.007 0.018 0.063 0.152 0.309 0.371 21 T 0.082 0.016 0.021 0.023 0.238 0.232 0.388 22 E 0.079 0.034 0.024 0.024 0.292 0.270 0.277 23 G 0.053 0.011 0.021 0.014 0.375 0.162 0.365 24 S 0.089 0.031 0.021 0.016 0.174 0.093 0.576 25 T 0.106 0.048 0.054 0.039 0.222 0.219 0.312 26 G 0.139 0.017 0.047 0.042 0.258 0.250 0.247 27 S 0.257 0.026 0.034 0.044 0.210 0.102 0.325 28 H 0.329 0.078 0.025 0.041 0.173 0.062 0.291 29 D 0.250 0.021 0.037 0.033 0.141 0.123 0.394 30 F 0.195 0.028 0.063 0.049 0.180 0.257 0.228 31 S 0.183 0.030 0.064 0.080 0.166 0.255 0.222 32 G 0.168 0.017 0.067 0.087 0.264 0.212 0.185 33 K 0.122 0.018 0.068 0.234 0.094 0.224 0.240 34 M 0.118 0.030 0.046 0.176 0.114 0.163 0.352 35 D 0.059 0.010 0.021 0.257 0.156 0.230 0.267 36 G 0.081 0.002 0.008 0.390 0.177 0.256 0.085 37 A 0.183 0.004 0.002 0.691 0.028 0.016 0.076 38 I 0.318 0.005 0.001 0.646 0.005 0.003 0.021 39 I 0.301 0.002 0.001 0.670 0.004 0.002 0.021 40 Y 0.304 0.001 0.003 0.665 0.006 0.003 0.018 41 E 0.117 0.001 0.006 0.835 0.009 0.010 0.021 42 V 0.101 0.003 0.011 0.821 0.011 0.023 0.031 43 L 0.098 0.005 0.020 0.792 0.023 0.033 0.029 44 S 0.054 0.003 0.030 0.761 0.033 0.090 0.029 45 N 0.018 0.003 0.030 0.699 0.090 0.122 0.038 46 V 0.008 0.005 0.031 0.346 0.087 0.464 0.059 47 G 0.007 0.005 0.019 0.064 0.111 0.678 0.117 48 L 0.026 0.025 0.018 0.034 0.107 0.049 0.740 49 E 0.056 0.031 0.040 0.084 0.087 0.054 0.647 50 R 0.025 0.006 0.070 0.531 0.097 0.062 0.209 51 A 0.011 0.002 0.043 0.779 0.046 0.047 0.073 52 E 0.010 0.005 0.051 0.821 0.018 0.037 0.057 53 I 0.006 0.003 0.027 0.898 0.007 0.026 0.032 54 A 0.004 0.001 0.038 0.896 0.009 0.032 0.020 55 D 0.002 0.001 0.030 0.888 0.008 0.060 0.012 56 K 0.001 0.001 0.029 0.877 0.010 0.057 0.025 57 F 0.001 0.001 0.008 0.921 0.017 0.016 0.036 58 D 0.001 0.001 0.005 0.971 0.003 0.017 0.005 59 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.014 0.002 60 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.008 0.004 61 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 62 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 65 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 69 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.011 0.002 70 E 0.001 0.001 0.003 0.954 0.002 0.038 0.002 71 R 0.001 0.001 0.004 0.873 0.005 0.102 0.014 72 A 0.007 0.016 0.006 0.642 0.055 0.088 0.185 73 R 0.020 0.017 0.014 0.271 0.068 0.085 0.526 74 R 0.003 0.001 0.138 0.689 0.023 0.114 0.034 75 E 0.003 0.001 0.205 0.543 0.043 0.181 0.025 76 D 0.009 0.003 0.338 0.325 0.054 0.192 0.080 77 I 0.081 0.052 0.088 0.277 0.088 0.191 0.224 78 T 0.147 0.051 0.042 0.129 0.027 0.191 0.413 79 L 0.037 0.004 0.003 0.013 0.013 0.005 0.925