# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.068 0.264 0.512 0.038 0.045 0.040 0.010 0.003 0.018 0.002 0.001 2 K 0.042 0.258 0.453 0.023 0.025 0.129 0.019 0.003 0.043 0.005 0.001 3 V 0.344 0.260 0.209 0.053 0.027 0.059 0.005 0.002 0.037 0.002 0.001 4 E 0.819 0.030 0.043 0.080 0.008 0.007 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 5 S 0.520 0.082 0.080 0.173 0.052 0.024 0.033 0.012 0.017 0.005 0.002 6 M 0.777 0.071 0.069 0.052 0.010 0.005 0.006 0.003 0.004 0.003 0.001 7 N 0.879 0.011 0.038 0.025 0.004 0.017 0.015 0.004 0.005 0.002 0.001 8 R 0.984 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.956 0.001 0.002 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.956 0.004 0.005 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.962 0.010 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.981 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.955 0.007 0.004 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.846 0.021 0.011 0.114 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 Y 0.324 0.095 0.060 0.429 0.014 0.013 0.017 0.004 0.043 0.001 0.001 20 G 0.124 0.014 0.144 0.031 0.097 0.013 0.096 0.263 0.005 0.212 0.001 21 T 0.334 0.157 0.193 0.209 0.057 0.028 0.003 0.003 0.012 0.005 0.001 22 E 0.288 0.086 0.142 0.380 0.023 0.028 0.023 0.007 0.019 0.003 0.001 23 G 0.155 0.030 0.138 0.050 0.134 0.007 0.044 0.169 0.006 0.265 0.001 24 S 0.233 0.131 0.213 0.204 0.075 0.058 0.025 0.019 0.025 0.014 0.003 25 T 0.235 0.193 0.203 0.191 0.086 0.020 0.026 0.014 0.020 0.010 0.002 26 G 0.169 0.082 0.128 0.076 0.192 0.008 0.036 0.145 0.006 0.159 0.001 27 S 0.156 0.293 0.212 0.158 0.087 0.034 0.017 0.007 0.026 0.008 0.003 28 H 0.098 0.374 0.174 0.106 0.106 0.048 0.032 0.008 0.045 0.009 0.001 29 D 0.124 0.176 0.263 0.096 0.039 0.153 0.066 0.004 0.074 0.004 0.001 30 F 0.391 0.074 0.075 0.290 0.032 0.036 0.053 0.018 0.025 0.004 0.001 31 S 0.300 0.107 0.164 0.247 0.068 0.014 0.046 0.021 0.017 0.013 0.001 32 G 0.180 0.033 0.073 0.054 0.133 0.005 0.044 0.275 0.004 0.200 0.001 33 K 0.328 0.140 0.217 0.177 0.033 0.037 0.034 0.009 0.016 0.008 0.001 34 M 0.236 0.203 0.222 0.129 0.071 0.030 0.037 0.020 0.026 0.027 0.001 35 D 0.359 0.080 0.336 0.093 0.039 0.033 0.027 0.006 0.013 0.012 0.002 36 G 0.797 0.014 0.039 0.063 0.015 0.003 0.014 0.044 0.001 0.009 0.001 37 A 0.835 0.051 0.052 0.034 0.013 0.005 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 38 I 0.885 0.056 0.037 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 I 0.897 0.053 0.024 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 Y 0.945 0.028 0.013 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 E 0.954 0.018 0.013 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.958 0.015 0.008 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.956 0.011 0.009 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.933 0.016 0.010 0.028 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 N 0.821 0.012 0.012 0.123 0.003 0.009 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 46 V 0.359 0.022 0.025 0.587 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 G 0.062 0.002 0.012 0.026 0.009 0.004 0.326 0.473 0.004 0.082 0.001 48 L 0.109 0.192 0.560 0.045 0.030 0.048 0.004 0.001 0.009 0.003 0.001 49 E 0.121 0.219 0.460 0.035 0.038 0.087 0.005 0.002 0.029 0.004 0.001 50 R 0.925 0.013 0.024 0.024 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 51 A 0.952 0.007 0.010 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.949 0.003 0.007 0.029 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 53 I 0.946 0.003 0.006 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.982 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.975 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 K 0.927 0.002 0.002 0.064 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.879 0.008 0.014 0.088 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 58 D 0.972 0.002 0.004 0.008 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.973 0.003 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.956 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.986 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.973 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.984 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.944 0.007 0.007 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.937 0.009 0.011 0.029 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 70 E 0.892 0.017 0.028 0.048 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.594 0.013 0.028 0.341 0.004 0.007 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 72 A 0.205 0.133 0.321 0.187 0.035 0.043 0.030 0.017 0.027 0.004 0.001 73 R 0.080 0.210 0.514 0.030 0.052 0.063 0.011 0.002 0.031 0.007 0.001 74 R 0.779 0.035 0.077 0.059 0.009 0.013 0.011 0.005 0.008 0.004 0.001 75 E 0.679 0.038 0.071 0.164 0.010 0.012 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 76 D 0.393 0.031 0.041 0.439 0.011 0.033 0.028 0.004 0.019 0.001 0.001 77 I 0.110 0.489 0.261 0.042 0.028 0.028 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 78 T 0.082 0.386 0.339 0.028 0.023 0.064 0.012 0.001 0.063 0.001 0.002 79 L 0.212 0.190 0.439 0.059 0.024 0.045 0.005 0.002 0.019 0.002 0.002