# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.118 0.344 0.065 0.010 0.333 0.010 0.010 0.033 0.017 0.023 0.037 2 K 0.240 0.213 0.082 0.004 0.341 0.002 0.005 0.028 0.008 0.019 0.058 3 V 0.129 0.035 0.013 0.010 0.084 0.010 0.014 0.299 0.197 0.138 0.072 4 E 0.008 0.056 0.033 0.058 0.021 0.070 0.069 0.560 0.095 0.026 0.005 5 S 0.059 0.035 0.015 0.005 0.071 0.006 0.016 0.540 0.088 0.123 0.042 6 M 0.006 0.029 0.018 0.004 0.016 0.007 0.015 0.833 0.058 0.011 0.002 7 N 0.010 0.008 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 0.865 0.052 0.040 0.008 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.932 0.060 0.003 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.023 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.028 0.002 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.047 0.003 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.044 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.939 0.039 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.896 0.081 0.015 0.001 15 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.871 0.114 0.007 0.001 16 I 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.016 0.856 0.105 0.004 0.001 17 E 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.004 0.067 0.836 0.067 0.008 0.002 18 V 0.015 0.017 0.010 0.013 0.021 0.040 0.195 0.579 0.076 0.027 0.006 19 Y 0.044 0.220 0.056 0.034 0.091 0.024 0.059 0.134 0.078 0.213 0.048 20 G 0.075 0.083 0.077 0.064 0.068 0.039 0.039 0.074 0.059 0.305 0.115 21 T 0.056 0.223 0.144 0.055 0.166 0.032 0.042 0.110 0.067 0.074 0.031 22 E 0.054 0.083 0.070 0.066 0.077 0.052 0.094 0.142 0.155 0.159 0.049 23 G 0.029 0.085 0.142 0.205 0.044 0.088 0.070 0.088 0.082 0.126 0.040 24 S 0.081 0.160 0.106 0.040 0.147 0.026 0.043 0.120 0.092 0.131 0.054 25 T 0.056 0.109 0.047 0.043 0.080 0.058 0.100 0.167 0.174 0.119 0.045 26 G 0.038 0.079 0.098 0.112 0.057 0.049 0.043 0.099 0.113 0.253 0.059 27 S 0.096 0.142 0.047 0.028 0.175 0.025 0.051 0.162 0.102 0.124 0.047 28 H 0.073 0.144 0.077 0.037 0.134 0.032 0.036 0.124 0.131 0.144 0.067 29 D 0.155 0.094 0.054 0.024 0.179 0.024 0.068 0.140 0.080 0.095 0.085 30 F 0.095 0.079 0.038 0.016 0.099 0.012 0.025 0.212 0.161 0.194 0.067 31 S 0.030 0.076 0.053 0.048 0.051 0.049 0.075 0.214 0.219 0.160 0.025 32 G 0.026 0.092 0.100 0.154 0.054 0.091 0.060 0.193 0.120 0.086 0.024 33 K 0.080 0.052 0.040 0.015 0.077 0.016 0.067 0.277 0.136 0.177 0.062 34 M 0.036 0.111 0.112 0.049 0.056 0.058 0.075 0.243 0.111 0.111 0.039 35 D 0.022 0.159 0.071 0.055 0.080 0.035 0.075 0.398 0.070 0.022 0.013 36 G 0.009 0.013 0.010 0.010 0.012 0.011 0.014 0.482 0.240 0.181 0.017 37 A 0.012 0.060 0.020 0.003 0.046 0.005 0.026 0.737 0.074 0.011 0.006 38 I 0.034 0.018 0.003 0.001 0.047 0.001 0.007 0.800 0.070 0.009 0.011 39 I 0.016 0.005 0.001 0.002 0.014 0.004 0.012 0.820 0.106 0.014 0.006 40 Y 0.009 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.907 0.055 0.002 0.002 41 E 0.006 0.007 0.002 0.001 0.011 0.006 0.031 0.900 0.033 0.002 0.001 42 V 0.005 0.008 0.005 0.002 0.006 0.002 0.014 0.914 0.035 0.007 0.002 43 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.875 0.088 0.009 0.002 44 S 0.002 0.023 0.014 0.003 0.003 0.006 0.033 0.777 0.131 0.005 0.002 45 N 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.008 0.110 0.711 0.096 0.055 0.005 46 V 0.003 0.553 0.376 0.010 0.047 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 47 G 0.035 0.019 0.041 0.094 0.008 0.039 0.011 0.048 0.028 0.391 0.286 48 L 0.095 0.382 0.111 0.010 0.240 0.010 0.010 0.034 0.017 0.046 0.046 49 E 0.014 0.377 0.224 0.026 0.078 0.011 0.011 0.166 0.035 0.049 0.010 50 R 0.035 0.022 0.013 0.003 0.039 0.002 0.004 0.639 0.195 0.027 0.021 51 A 0.002 0.012 0.005 0.002 0.007 0.004 0.010 0.803 0.138 0.015 0.002 52 E 0.007 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.863 0.069 0.040 0.005 53 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.834 0.118 0.035 0.001 54 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.850 0.121 0.009 0.001 55 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.901 0.064 0.009 0.001 56 K 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.862 0.071 0.039 0.001 57 F 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.876 0.087 0.019 0.002 58 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.918 0.066 0.003 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.921 0.051 0.017 0.001 60 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.910 0.066 0.014 0.001 61 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 0.059 0.005 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.952 0.030 0.003 0.001 63 T 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.936 0.035 0.008 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.043 0.008 0.001 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.944 0.049 0.002 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.969 0.023 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.961 0.026 0.002 0.001 68 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.875 0.098 0.015 0.001 69 R 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.010 0.779 0.173 0.017 0.001 70 E 0.002 0.015 0.010 0.004 0.007 0.012 0.117 0.711 0.103 0.016 0.002 71 R 0.012 0.017 0.009 0.005 0.013 0.012 0.099 0.300 0.181 0.332 0.020 72 A 0.107 0.289 0.071 0.008 0.191 0.007 0.024 0.116 0.067 0.081 0.039 73 R 0.018 0.471 0.259 0.018 0.074 0.005 0.007 0.056 0.033 0.049 0.010 74 R 0.015 0.029 0.012 0.008 0.028 0.011 0.035 0.488 0.346 0.019 0.009 75 E 0.007 0.025 0.015 0.008 0.018 0.013 0.049 0.532 0.257 0.066 0.011 76 D 0.039 0.022 0.002 0.001 0.054 0.001 0.009 0.169 0.202 0.478 0.022 77 I 0.242 0.075 0.010 0.001 0.328 0.001 0.005 0.109 0.085 0.078 0.065 78 T 0.082 0.216 0.084 0.012 0.260 0.012 0.035 0.124 0.062 0.085 0.029 79 L 0.134 0.202 0.067 0.013 0.230 0.009 0.025 0.127 0.055 0.084 0.054