# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.012 0.677 0.003 0.003 0.009 0.002 0.001 0.009 0.088 0.009 0.150 0.029 2 K 0.005 0.040 0.727 0.001 0.004 0.016 0.002 0.001 0.013 0.020 0.008 0.019 0.143 3 V 0.005 0.032 0.552 0.008 0.055 0.160 0.003 0.002 0.014 0.044 0.038 0.024 0.062 4 E 0.004 0.004 0.251 0.029 0.117 0.298 0.002 0.002 0.014 0.130 0.100 0.026 0.023 5 S 0.001 0.003 0.123 0.002 0.131 0.526 0.001 0.001 0.010 0.075 0.095 0.010 0.022 6 M 0.002 0.012 0.050 0.001 0.033 0.817 0.001 0.001 0.011 0.019 0.031 0.007 0.016 7 N 0.001 0.003 0.029 0.002 0.009 0.914 0.001 0.001 0.004 0.011 0.018 0.003 0.004 8 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 17 E 0.002 0.001 0.003 0.001 0.022 0.932 0.001 0.002 0.001 0.005 0.027 0.001 0.002 18 V 0.003 0.001 0.005 0.001 0.011 0.938 0.001 0.006 0.003 0.003 0.023 0.002 0.003 19 Y 0.004 0.016 0.029 0.002 0.005 0.735 0.003 0.012 0.011 0.036 0.136 0.003 0.008 20 G 0.003 0.020 0.299 0.020 0.005 0.130 0.001 0.004 0.013 0.215 0.261 0.022 0.008 21 T 0.002 0.017 0.596 0.005 0.008 0.030 0.001 0.001 0.012 0.156 0.140 0.007 0.025 22 E 0.005 0.053 0.265 0.007 0.031 0.034 0.002 0.002 0.013 0.210 0.338 0.015 0.026 23 G 0.006 0.062 0.276 0.005 0.025 0.031 0.002 0.003 0.014 0.349 0.161 0.043 0.024 24 S 0.002 0.043 0.427 0.004 0.032 0.039 0.001 0.002 0.010 0.228 0.170 0.008 0.033 25 T 0.005 0.046 0.344 0.010 0.056 0.058 0.002 0.002 0.004 0.164 0.275 0.010 0.024 26 G 0.008 0.037 0.290 0.004 0.058 0.062 0.002 0.001 0.004 0.226 0.262 0.030 0.019 27 S 0.011 0.044 0.352 0.004 0.067 0.071 0.002 0.001 0.003 0.193 0.180 0.010 0.061 28 H 0.017 0.072 0.339 0.006 0.051 0.058 0.002 0.001 0.003 0.238 0.108 0.080 0.024 29 D 0.004 0.035 0.506 0.006 0.052 0.046 0.001 0.001 0.001 0.153 0.119 0.007 0.070 30 F 0.004 0.038 0.325 0.006 0.117 0.061 0.001 0.001 0.001 0.135 0.270 0.027 0.017 31 S 0.002 0.032 0.251 0.007 0.098 0.088 0.001 0.001 0.001 0.148 0.348 0.005 0.018 32 G 0.001 0.016 0.247 0.001 0.098 0.093 0.001 0.001 0.001 0.362 0.163 0.010 0.006 33 K 0.001 0.008 0.121 0.002 0.082 0.204 0.001 0.001 0.001 0.104 0.466 0.002 0.008 34 M 0.011 0.044 0.150 0.002 0.070 0.203 0.003 0.004 0.003 0.101 0.382 0.012 0.016 35 D 0.005 0.013 0.406 0.006 0.026 0.236 0.001 0.002 0.005 0.147 0.121 0.009 0.021 36 G 0.004 0.001 0.113 0.031 0.029 0.378 0.001 0.002 0.002 0.244 0.186 0.005 0.003 37 A 0.051 0.010 0.083 0.003 0.006 0.520 0.031 0.158 0.037 0.028 0.018 0.023 0.032 38 I 0.088 0.016 0.022 0.001 0.003 0.577 0.072 0.124 0.038 0.005 0.005 0.015 0.034 39 I 0.030 0.002 0.008 0.002 0.002 0.793 0.023 0.087 0.037 0.001 0.003 0.004 0.007 40 Y 0.023 0.001 0.020 0.009 0.006 0.810 0.013 0.049 0.045 0.003 0.007 0.007 0.008 41 E 0.012 0.002 0.024 0.002 0.012 0.865 0.004 0.007 0.023 0.006 0.013 0.012 0.018 42 V 0.006 0.004 0.027 0.003 0.016 0.893 0.002 0.001 0.006 0.010 0.013 0.005 0.013 43 L 0.002 0.005 0.018 0.002 0.029 0.898 0.001 0.002 0.004 0.008 0.025 0.003 0.004 44 S 0.002 0.003 0.017 0.003 0.045 0.849 0.001 0.001 0.001 0.015 0.060 0.002 0.003 45 N 0.001 0.001 0.023 0.001 0.072 0.742 0.001 0.001 0.001 0.014 0.144 0.001 0.001 46 V 0.001 0.002 0.017 0.001 0.040 0.433 0.001 0.001 0.001 0.037 0.468 0.001 0.001 47 G 0.001 0.003 0.088 0.001 0.016 0.089 0.001 0.001 0.001 0.051 0.748 0.001 0.001 48 L 0.001 0.027 0.566 0.001 0.029 0.090 0.001 0.001 0.004 0.147 0.114 0.006 0.015 49 E 0.002 0.022 0.609 0.001 0.033 0.099 0.001 0.001 0.005 0.113 0.089 0.012 0.015 50 R 0.001 0.003 0.094 0.001 0.121 0.684 0.001 0.001 0.003 0.025 0.058 0.001 0.009 51 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.084 0.841 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.116 0.825 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.002 53 I 0.001 0.002 0.017 0.001 0.038 0.909 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.001 0.002 54 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.038 0.898 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.001 0.001 55 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.027 0.886 0.001 0.001 0.001 0.014 0.051 0.001 0.001 56 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.032 0.885 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 0.001 0.001 57 F 0.001 0.001 0.064 0.001 0.012 0.875 0.001 0.001 0.001 0.032 0.014 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 61 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 65 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.916 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.030 0.776 0.001 0.001 0.001 0.013 0.158 0.001 0.001 72 A 0.001 0.014 0.188 0.001 0.019 0.516 0.001 0.001 0.004 0.126 0.124 0.002 0.005 73 R 0.001 0.024 0.529 0.003 0.033 0.223 0.001 0.001 0.004 0.079 0.094 0.004 0.006 74 R 0.001 0.004 0.156 0.002 0.202 0.352 0.001 0.001 0.003 0.052 0.224 0.002 0.004 75 E 0.001 0.002 0.038 0.002 0.152 0.114 0.001 0.001 0.002 0.099 0.589 0.001 0.001 76 D 0.001 0.005 0.134 0.006 0.141 0.045 0.001 0.001 0.010 0.083 0.559 0.004 0.011 77 I 0.006 0.055 0.531 0.002 0.015 0.026 0.005 0.009 0.079 0.100 0.027 0.073 0.071 78 T 0.010 0.078 0.597 0.007 0.007 0.018 0.006 0.012 0.071 0.030 0.030 0.037 0.096 79 L 0.004 0.025 0.681 0.012 0.039 0.039 0.003 0.006 0.028 0.061 0.047 0.017 0.039