# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.011 0.005 0.001 0.047 0.150 0.110 0.095 0.002 0.001 0.031 0.547 2 K 0.019 0.017 0.001 0.079 0.114 0.143 0.088 0.003 0.001 0.046 0.489 3 V 0.020 0.009 0.001 0.053 0.109 0.083 0.084 0.003 0.001 0.056 0.582 4 E 0.010 0.049 0.002 0.160 0.119 0.160 0.086 0.007 0.001 0.061 0.344 5 S 0.221 0.191 0.007 0.064 0.038 0.057 0.055 0.008 0.003 0.085 0.273 6 M 0.045 0.219 0.005 0.135 0.059 0.049 0.063 0.007 0.002 0.065 0.350 7 N 0.022 0.703 0.001 0.010 0.007 0.014 0.028 0.005 0.001 0.015 0.196 8 R 0.024 0.737 0.002 0.025 0.012 0.011 0.021 0.006 0.001 0.033 0.127 9 R 0.012 0.754 0.004 0.015 0.011 0.014 0.023 0.002 0.001 0.075 0.090 10 V 0.009 0.899 0.002 0.004 0.006 0.005 0.007 0.002 0.001 0.032 0.034 11 L 0.005 0.958 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.016 12 A 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.015 13 D 0.007 0.895 0.004 0.004 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.042 0.036 14 A 0.048 0.746 0.010 0.006 0.003 0.004 0.021 0.008 0.002 0.105 0.046 15 L 0.056 0.566 0.020 0.022 0.007 0.013 0.036 0.010 0.007 0.158 0.105 16 I 0.120 0.262 0.007 0.044 0.014 0.023 0.095 0.006 0.002 0.145 0.282 17 E 0.055 0.050 0.003 0.088 0.019 0.039 0.109 0.003 0.001 0.290 0.343 18 V 0.028 0.042 0.006 0.117 0.023 0.042 0.169 0.004 0.002 0.156 0.410 19 Y 0.087 0.030 0.008 0.140 0.023 0.056 0.166 0.008 0.004 0.125 0.353 20 G 0.085 0.017 0.005 0.101 0.017 0.043 0.141 0.006 0.003 0.144 0.439 21 T 0.088 0.025 0.003 0.061 0.019 0.053 0.143 0.004 0.002 0.122 0.480 22 E 0.073 0.021 0.003 0.064 0.015 0.042 0.158 0.004 0.002 0.081 0.537 23 G 0.051 0.014 0.003 0.071 0.031 0.060 0.170 0.005 0.002 0.122 0.470 24 S 0.060 0.023 0.003 0.064 0.040 0.084 0.144 0.006 0.002 0.151 0.424 25 T 0.097 0.017 0.004 0.054 0.030 0.057 0.143 0.005 0.002 0.085 0.506 26 G 0.048 0.013 0.002 0.046 0.064 0.112 0.160 0.008 0.001 0.077 0.469 27 S 0.077 0.017 0.002 0.035 0.031 0.067 0.154 0.003 0.001 0.075 0.537 28 H 0.036 0.010 0.003 0.056 0.040 0.086 0.163 0.008 0.001 0.082 0.516 29 D 0.083 0.032 0.002 0.039 0.035 0.066 0.136 0.007 0.001 0.104 0.494 30 F 0.072 0.021 0.002 0.055 0.053 0.088 0.135 0.007 0.001 0.108 0.458 31 S 0.026 0.009 0.002 0.069 0.051 0.095 0.150 0.003 0.001 0.081 0.513 32 G 0.052 0.015 0.004 0.095 0.060 0.114 0.139 0.003 0.002 0.112 0.405 33 K 0.125 0.022 0.003 0.073 0.060 0.089 0.137 0.004 0.002 0.119 0.365 34 M 0.073 0.131 0.002 0.039 0.019 0.049 0.153 0.007 0.001 0.056 0.472 35 D 0.035 0.358 0.002 0.018 0.010 0.020 0.095 0.004 0.001 0.059 0.398 36 G 0.004 0.653 0.001 0.033 0.031 0.049 0.040 0.002 0.001 0.052 0.136 37 A 0.003 0.788 0.001 0.018 0.024 0.044 0.013 0.001 0.001 0.046 0.062 38 I 0.001 0.876 0.001 0.018 0.046 0.019 0.004 0.001 0.001 0.013 0.021 39 I 0.004 0.940 0.001 0.008 0.008 0.011 0.003 0.002 0.001 0.011 0.013 40 Y 0.008 0.164 0.001 0.017 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.752 0.022 41 E 0.008 0.210 0.015 0.018 0.013 0.016 0.017 0.003 0.004 0.650 0.045 42 V 0.121 0.414 0.058 0.014 0.014 0.018 0.037 0.018 0.019 0.166 0.120 43 L 0.113 0.053 0.162 0.019 0.013 0.015 0.054 0.017 0.139 0.083 0.331 44 S 0.324 0.061 0.001 0.004 0.004 0.009 0.058 0.006 0.001 0.018 0.513 45 N 0.090 0.055 0.002 0.006 0.002 0.008 0.062 0.005 0.002 0.030 0.737 46 V 0.032 0.034 0.003 0.007 0.005 0.012 0.153 0.008 0.001 0.019 0.726 47 G 0.066 0.106 0.003 0.013 0.008 0.016 0.098 0.003 0.002 0.028 0.658 48 L 0.070 0.163 0.004 0.018 0.018 0.014 0.107 0.007 0.001 0.034 0.564 49 E 0.044 0.682 0.001 0.009 0.005 0.007 0.038 0.010 0.001 0.013 0.190 50 R 0.073 0.823 0.002 0.003 0.002 0.003 0.011 0.009 0.001 0.008 0.066 51 A 0.026 0.755 0.003 0.009 0.004 0.006 0.023 0.005 0.001 0.036 0.131 52 E 0.028 0.680 0.016 0.005 0.006 0.008 0.026 0.007 0.004 0.087 0.133 53 I 0.080 0.783 0.004 0.002 0.003 0.003 0.013 0.018 0.001 0.022 0.071 54 A 0.069 0.621 0.004 0.005 0.003 0.005 0.023 0.007 0.002 0.054 0.206 55 D 0.015 0.737 0.005 0.005 0.002 0.004 0.023 0.002 0.002 0.030 0.174 56 K 0.008 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.009 0.047 57 F 0.030 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.014 0.040 58 D 0.042 0.832 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.029 0.078 59 K 0.030 0.310 0.009 0.006 0.001 0.003 0.037 0.003 0.003 0.440 0.158 60 A 0.018 0.763 0.006 0.003 0.001 0.002 0.026 0.006 0.001 0.099 0.074 61 K 0.020 0.866 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.029 0.067 62 E 0.005 0.900 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.021 0.056 63 T 0.005 0.945 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.012 0.025 64 Y 0.003 0.969 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.012 65 I 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 66 A 0.008 0.958 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 67 L 0.018 0.775 0.028 0.005 0.002 0.002 0.013 0.008 0.009 0.092 0.049 68 F 0.118 0.590 0.028 0.006 0.002 0.003 0.025 0.026 0.012 0.126 0.065 69 R 0.142 0.350 0.027 0.008 0.004 0.008 0.041 0.019 0.022 0.102 0.277 70 E 0.109 0.196 0.008 0.007 0.005 0.010 0.078 0.005 0.005 0.040 0.538 71 R 0.059 0.108 0.011 0.011 0.008 0.023 0.078 0.004 0.006 0.040 0.650 72 A 0.061 0.055 0.011 0.010 0.008 0.017 0.087 0.007 0.004 0.037 0.703 73 R 0.297 0.085 0.003 0.009 0.007 0.016 0.065 0.013 0.002 0.047 0.456 74 R 0.153 0.046 0.005 0.017 0.004 0.009 0.078 0.004 0.001 0.053 0.629 75 E 0.034 0.033 0.003 0.041 0.019 0.046 0.111 0.005 0.001 0.055 0.653 76 D 0.040 0.025 0.002 0.071 0.041 0.071 0.117 0.004 0.001 0.068 0.560 77 I 0.031 0.013 0.002 0.106 0.096 0.092 0.115 0.004 0.001 0.064 0.476 78 T 0.038 0.015 0.002 0.097 0.071 0.103 0.123 0.003 0.001 0.059 0.489 79 L 0.038 0.011 0.002 0.071 0.042 0.072 0.128 0.006 0.001 0.047 0.582