# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.065 0.051 0.031 0.061 0.067 0.087 0.137 0.140 0.149 0.123 0.089 2 K 0.290 0.366 0.074 0.132 0.068 0.033 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 3 V 0.106 0.062 0.025 0.071 0.081 0.092 0.137 0.128 0.131 0.101 0.066 4 E 0.379 0.219 0.058 0.131 0.094 0.056 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 5 S 0.167 0.191 0.174 0.260 0.121 0.050 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 6 M 0.170 0.066 0.062 0.096 0.083 0.104 0.166 0.105 0.073 0.047 0.028 7 N 0.009 0.018 0.057 0.077 0.093 0.137 0.233 0.147 0.116 0.075 0.038 8 R 0.006 0.017 0.104 0.069 0.082 0.136 0.271 0.151 0.097 0.047 0.020 9 R 0.027 0.044 0.217 0.342 0.196 0.099 0.045 0.016 0.008 0.005 0.002 10 V 0.005 0.015 0.073 0.048 0.062 0.086 0.232 0.174 0.149 0.099 0.057 11 L 0.001 0.002 0.052 0.018 0.015 0.018 0.081 0.114 0.219 0.245 0.235 12 A 0.002 0.005 0.125 0.066 0.104 0.163 0.291 0.115 0.071 0.041 0.018 13 D 0.004 0.017 0.327 0.259 0.182 0.113 0.064 0.020 0.009 0.004 0.002 14 A 0.001 0.002 0.018 0.009 0.012 0.029 0.169 0.167 0.227 0.208 0.159 15 L 0.001 0.002 0.015 0.012 0.010 0.014 0.065 0.108 0.209 0.279 0.286 16 I 0.002 0.008 0.134 0.076 0.120 0.154 0.216 0.131 0.088 0.049 0.023 17 E 0.008 0.032 0.212 0.160 0.168 0.173 0.140 0.054 0.028 0.016 0.009 18 V 0.003 0.004 0.013 0.012 0.016 0.027 0.116 0.160 0.249 0.243 0.156 19 Y 0.010 0.017 0.020 0.063 0.078 0.108 0.208 0.173 0.149 0.102 0.071 20 G 0.083 0.097 0.107 0.112 0.105 0.099 0.126 0.079 0.076 0.062 0.055 21 T 0.046 0.063 0.059 0.110 0.100 0.102 0.150 0.119 0.103 0.087 0.061 22 E 0.285 0.208 0.066 0.144 0.103 0.066 0.064 0.027 0.017 0.011 0.009 23 G 0.185 0.083 0.032 0.078 0.073 0.082 0.109 0.090 0.097 0.092 0.079 24 S 0.209 0.213 0.060 0.150 0.104 0.069 0.066 0.036 0.035 0.028 0.029 25 T 0.120 0.073 0.036 0.086 0.078 0.090 0.126 0.093 0.113 0.096 0.089 26 G 0.241 0.139 0.048 0.128 0.117 0.100 0.088 0.050 0.039 0.028 0.021 27 S 0.183 0.182 0.091 0.185 0.115 0.076 0.067 0.036 0.028 0.019 0.016 28 H 0.106 0.063 0.036 0.092 0.104 0.117 0.143 0.101 0.098 0.076 0.064 29 D 0.241 0.211 0.102 0.200 0.106 0.060 0.041 0.018 0.012 0.007 0.005 30 F 0.035 0.025 0.020 0.047 0.060 0.083 0.154 0.145 0.170 0.144 0.117 31 S 0.087 0.075 0.046 0.108 0.101 0.096 0.148 0.107 0.096 0.071 0.065 32 G 0.233 0.115 0.064 0.126 0.093 0.099 0.105 0.058 0.048 0.035 0.025 33 K 0.072 0.122 0.086 0.208 0.172 0.136 0.105 0.045 0.027 0.017 0.010 34 M 0.052 0.036 0.034 0.052 0.052 0.058 0.108 0.116 0.156 0.157 0.179 35 D 0.018 0.064 0.068 0.146 0.163 0.142 0.197 0.095 0.061 0.032 0.016 36 G 0.110 0.131 0.077 0.184 0.151 0.121 0.123 0.049 0.029 0.016 0.009 37 A 0.062 0.060 0.075 0.172 0.165 0.159 0.151 0.073 0.043 0.026 0.014 38 I 0.002 0.005 0.007 0.022 0.033 0.056 0.174 0.175 0.205 0.190 0.131 39 I 0.001 0.003 0.006 0.018 0.023 0.040 0.128 0.163 0.230 0.218 0.169 40 Y 0.002 0.007 0.025 0.069 0.111 0.153 0.225 0.149 0.132 0.085 0.042 41 E 0.022 0.045 0.150 0.200 0.178 0.140 0.132 0.071 0.039 0.016 0.007 42 V 0.002 0.005 0.012 0.028 0.036 0.053 0.181 0.197 0.222 0.173 0.091 43 L 0.001 0.003 0.014 0.023 0.029 0.038 0.111 0.153 0.235 0.234 0.159 44 S 0.014 0.044 0.168 0.265 0.247 0.141 0.084 0.025 0.009 0.003 0.001 45 N 0.137 0.153 0.246 0.196 0.125 0.077 0.046 0.013 0.005 0.002 0.001 46 V 0.074 0.057 0.025 0.085 0.092 0.130 0.239 0.151 0.080 0.051 0.016 47 G 0.501 0.229 0.060 0.105 0.047 0.026 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 48 L 0.005 0.007 0.006 0.010 0.018 0.032 0.128 0.176 0.232 0.221 0.165 49 E 0.133 0.564 0.151 0.114 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.071 0.133 0.107 0.214 0.195 0.150 0.095 0.024 0.008 0.003 0.001 51 A 0.916 0.047 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.050 0.074 0.301 0.351 0.146 0.055 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 53 I 0.009 0.009 0.054 0.020 0.025 0.085 0.315 0.220 0.144 0.090 0.030 54 A 0.003 0.009 0.361 0.206 0.172 0.148 0.079 0.015 0.005 0.001 0.001 55 D 0.008 0.016 0.903 0.050 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 K 0.002 0.015 0.222 0.129 0.155 0.205 0.176 0.053 0.024 0.013 0.004 57 F 0.001 0.005 0.261 0.016 0.020 0.036 0.223 0.154 0.152 0.091 0.039 58 D 0.010 0.026 0.712 0.160 0.068 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.022 0.044 0.817 0.072 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.003 0.007 0.193 0.026 0.026 0.049 0.198 0.141 0.174 0.123 0.060 61 K 0.002 0.005 0.100 0.047 0.080 0.157 0.407 0.123 0.052 0.021 0.007 62 E 0.007 0.023 0.829 0.105 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.012 0.042 0.211 0.144 0.188 0.207 0.151 0.032 0.009 0.003 0.001 64 Y 0.001 0.003 0.035 0.010 0.009 0.016 0.096 0.142 0.270 0.253 0.166 65 I 0.001 0.002 0.043 0.040 0.105 0.210 0.401 0.115 0.052 0.022 0.009 66 A 0.019 0.034 0.836 0.092 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.002 0.007 0.059 0.060 0.114 0.214 0.344 0.120 0.052 0.022 0.006 68 F 0.001 0.003 0.041 0.011 0.010 0.016 0.082 0.138 0.249 0.248 0.200 69 R 0.002 0.012 0.265 0.184 0.220 0.164 0.118 0.025 0.008 0.003 0.001 70 E 0.020 0.047 0.745 0.128 0.039 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.029 0.030 0.101 0.076 0.098 0.176 0.307 0.102 0.051 0.020 0.008 72 A 0.013 0.010 0.049 0.025 0.031 0.064 0.213 0.176 0.174 0.147 0.098 73 R 0.048 0.127 0.491 0.163 0.084 0.041 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 74 R 0.062 0.080 0.323 0.249 0.160 0.076 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 75 E 0.397 0.175 0.177 0.095 0.059 0.041 0.033 0.011 0.006 0.003 0.002 76 D 0.027 0.067 0.154 0.188 0.154 0.139 0.155 0.060 0.035 0.016 0.006 77 I 0.028 0.026 0.051 0.046 0.066 0.101 0.196 0.165 0.149 0.115 0.057 78 T 0.089 0.202 0.253 0.224 0.122 0.054 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 79 L 0.072 0.059 0.059 0.078 0.087 0.087 0.140 0.120 0.127 0.103 0.068