# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.026 0.390 0.448 0.023 0.055 0.030 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 2 K 0.024 0.398 0.377 0.014 0.019 0.120 0.009 0.001 0.036 0.002 0.001 3 V 0.232 0.368 0.240 0.036 0.022 0.064 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 4 E 0.771 0.041 0.045 0.107 0.011 0.008 0.006 0.002 0.005 0.003 0.001 5 S 0.533 0.094 0.072 0.131 0.078 0.021 0.040 0.012 0.011 0.006 0.002 6 M 0.827 0.063 0.046 0.044 0.006 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 7 N 0.793 0.023 0.057 0.045 0.005 0.038 0.017 0.003 0.017 0.002 0.001 8 R 0.984 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.974 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.980 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.975 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.901 0.011 0.005 0.076 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 Y 0.267 0.051 0.044 0.558 0.007 0.009 0.033 0.003 0.029 0.001 0.001 20 G 0.110 0.014 0.145 0.055 0.082 0.010 0.120 0.290 0.002 0.171 0.001 21 T 0.258 0.249 0.204 0.155 0.077 0.023 0.005 0.003 0.017 0.009 0.001 22 E 0.292 0.073 0.166 0.340 0.028 0.038 0.025 0.006 0.027 0.006 0.001 23 G 0.105 0.023 0.135 0.049 0.161 0.005 0.032 0.175 0.003 0.312 0.001 24 S 0.202 0.141 0.226 0.213 0.077 0.052 0.033 0.016 0.025 0.011 0.004 25 T 0.240 0.161 0.205 0.183 0.112 0.018 0.035 0.016 0.016 0.010 0.002 26 G 0.179 0.063 0.126 0.065 0.214 0.007 0.030 0.147 0.005 0.164 0.001 27 S 0.192 0.266 0.194 0.188 0.084 0.033 0.014 0.005 0.018 0.004 0.003 28 H 0.115 0.312 0.174 0.112 0.127 0.052 0.044 0.010 0.043 0.009 0.001 29 D 0.203 0.157 0.222 0.138 0.045 0.103 0.070 0.006 0.050 0.005 0.001 30 F 0.416 0.101 0.081 0.229 0.050 0.032 0.044 0.016 0.022 0.008 0.002 31 S 0.385 0.098 0.153 0.239 0.047 0.012 0.035 0.009 0.012 0.008 0.001 32 G 0.255 0.020 0.062 0.045 0.100 0.003 0.043 0.265 0.002 0.203 0.001 33 K 0.480 0.116 0.148 0.167 0.030 0.026 0.012 0.004 0.010 0.005 0.001 34 M 0.353 0.183 0.159 0.145 0.033 0.046 0.035 0.005 0.033 0.007 0.001 35 D 0.467 0.065 0.221 0.085 0.018 0.070 0.037 0.002 0.029 0.004 0.002 36 G 0.900 0.006 0.017 0.042 0.006 0.002 0.007 0.015 0.001 0.004 0.001 37 A 0.910 0.020 0.022 0.033 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 38 I 0.935 0.031 0.016 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.948 0.026 0.009 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 Y 0.986 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.990 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.979 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.978 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 N 0.910 0.006 0.008 0.063 0.002 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 46 V 0.377 0.008 0.014 0.596 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.054 0.001 0.008 0.022 0.006 0.002 0.283 0.557 0.003 0.063 0.001 48 L 0.117 0.157 0.582 0.057 0.026 0.047 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 49 E 0.141 0.198 0.468 0.045 0.042 0.073 0.006 0.002 0.019 0.006 0.001 50 R 0.932 0.014 0.023 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 A 0.965 0.003 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.958 0.003 0.006 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 I 0.968 0.002 0.003 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 K 0.916 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.883 0.007 0.016 0.083 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 58 D 0.975 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.973 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.941 0.003 0.007 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.988 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.981 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.982 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.969 0.004 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.969 0.004 0.006 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.938 0.007 0.018 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.651 0.009 0.022 0.296 0.003 0.005 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 72 A 0.292 0.083 0.367 0.138 0.032 0.026 0.023 0.014 0.021 0.004 0.001 73 R 0.152 0.180 0.419 0.070 0.056 0.071 0.013 0.004 0.023 0.011 0.001 74 R 0.730 0.049 0.102 0.075 0.013 0.012 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 75 E 0.749 0.030 0.048 0.142 0.010 0.006 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 76 D 0.253 0.070 0.100 0.424 0.019 0.055 0.043 0.002 0.032 0.001 0.001 77 I 0.069 0.531 0.252 0.045 0.033 0.031 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 78 T 0.054 0.381 0.316 0.028 0.013 0.125 0.008 0.001 0.073 0.001 0.001 79 L 0.095 0.311 0.423 0.055 0.021 0.056 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001