# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.152 0.300 0.046 0.004 0.433 0.003 0.004 0.014 0.007 0.009 0.029 2 K 0.220 0.267 0.071 0.003 0.365 0.002 0.004 0.012 0.003 0.007 0.046 3 V 0.241 0.054 0.011 0.008 0.149 0.011 0.012 0.183 0.137 0.088 0.106 4 E 0.007 0.054 0.029 0.058 0.018 0.113 0.095 0.528 0.075 0.019 0.003 5 S 0.049 0.048 0.022 0.010 0.097 0.008 0.018 0.592 0.067 0.057 0.033 6 M 0.006 0.018 0.009 0.004 0.011 0.008 0.010 0.873 0.050 0.009 0.002 7 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.919 0.050 0.016 0.002 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.017 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.002 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.055 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.943 0.040 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.868 0.102 0.020 0.001 15 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.842 0.133 0.009 0.002 16 I 0.002 0.011 0.001 0.001 0.008 0.006 0.024 0.796 0.144 0.005 0.001 17 E 0.009 0.007 0.004 0.002 0.015 0.004 0.067 0.779 0.094 0.018 0.002 18 V 0.030 0.028 0.012 0.010 0.044 0.035 0.189 0.486 0.101 0.052 0.014 19 Y 0.058 0.159 0.035 0.023 0.105 0.023 0.094 0.140 0.072 0.227 0.065 20 G 0.081 0.085 0.056 0.036 0.098 0.029 0.028 0.058 0.053 0.364 0.112 21 T 0.079 0.197 0.118 0.044 0.228 0.028 0.040 0.085 0.064 0.080 0.037 22 E 0.045 0.056 0.054 0.063 0.058 0.054 0.135 0.168 0.181 0.143 0.044 23 G 0.022 0.071 0.128 0.223 0.042 0.089 0.061 0.084 0.080 0.165 0.034 24 S 0.078 0.150 0.081 0.030 0.171 0.023 0.047 0.142 0.122 0.111 0.045 25 T 0.057 0.109 0.037 0.021 0.079 0.045 0.085 0.192 0.196 0.130 0.049 26 G 0.049 0.095 0.098 0.085 0.073 0.046 0.047 0.086 0.103 0.258 0.059 27 S 0.100 0.136 0.052 0.028 0.170 0.025 0.047 0.141 0.115 0.137 0.049 28 H 0.060 0.141 0.068 0.039 0.101 0.031 0.035 0.147 0.182 0.139 0.057 29 D 0.138 0.080 0.038 0.021 0.179 0.025 0.079 0.164 0.102 0.088 0.085 30 F 0.092 0.066 0.025 0.009 0.093 0.009 0.021 0.217 0.197 0.227 0.044 31 S 0.047 0.089 0.044 0.037 0.071 0.032 0.054 0.234 0.194 0.162 0.035 32 G 0.019 0.108 0.114 0.151 0.056 0.099 0.044 0.192 0.111 0.090 0.015 33 K 0.084 0.052 0.041 0.015 0.074 0.014 0.093 0.305 0.139 0.129 0.055 34 M 0.037 0.071 0.062 0.038 0.048 0.047 0.063 0.316 0.140 0.132 0.046 35 D 0.015 0.213 0.104 0.073 0.063 0.054 0.062 0.331 0.059 0.019 0.008 36 G 0.007 0.006 0.008 0.011 0.006 0.019 0.024 0.512 0.258 0.132 0.016 37 A 0.019 0.082 0.047 0.005 0.068 0.006 0.014 0.658 0.076 0.014 0.010 38 I 0.026 0.024 0.004 0.001 0.049 0.001 0.004 0.798 0.081 0.009 0.006 39 I 0.016 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.853 0.095 0.007 0.007 40 Y 0.005 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.938 0.032 0.001 0.001 41 E 0.008 0.008 0.002 0.002 0.014 0.005 0.018 0.921 0.019 0.002 0.001 42 V 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.007 0.941 0.026 0.005 0.001 43 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.920 0.055 0.006 0.001 44 S 0.003 0.029 0.008 0.002 0.005 0.003 0.043 0.793 0.106 0.006 0.003 45 N 0.007 0.005 0.003 0.003 0.005 0.009 0.106 0.731 0.083 0.041 0.007 46 V 0.002 0.546 0.402 0.007 0.032 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 47 G 0.060 0.020 0.031 0.060 0.012 0.033 0.010 0.055 0.015 0.350 0.354 48 L 0.087 0.448 0.057 0.007 0.257 0.008 0.008 0.039 0.013 0.036 0.041 49 E 0.024 0.393 0.228 0.015 0.092 0.010 0.008 0.158 0.027 0.033 0.012 50 R 0.013 0.013 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 0.733 0.179 0.029 0.007 51 A 0.001 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.889 0.083 0.004 0.001 52 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.916 0.040 0.026 0.002 53 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.886 0.080 0.026 0.001 54 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.883 0.095 0.010 0.001 55 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.908 0.065 0.007 0.001 56 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.868 0.067 0.040 0.001 57 F 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.815 0.119 0.038 0.004 58 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.911 0.065 0.004 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.857 0.091 0.043 0.001 60 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.918 0.063 0.009 0.001 61 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.058 0.004 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.958 0.028 0.002 0.001 63 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.038 0.010 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.041 0.007 0.001 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.011 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.018 0.002 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.903 0.077 0.009 0.001 69 R 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.835 0.133 0.009 0.001 70 E 0.002 0.014 0.009 0.004 0.006 0.014 0.123 0.740 0.075 0.012 0.001 71 R 0.017 0.018 0.010 0.007 0.013 0.015 0.081 0.268 0.123 0.412 0.035 72 A 0.112 0.289 0.067 0.011 0.175 0.011 0.027 0.133 0.059 0.076 0.040 73 R 0.018 0.531 0.195 0.012 0.069 0.005 0.006 0.059 0.037 0.059 0.009 74 R 0.022 0.035 0.019 0.006 0.047 0.006 0.022 0.472 0.337 0.022 0.012 75 E 0.005 0.032 0.014 0.006 0.018 0.015 0.053 0.685 0.148 0.019 0.005 76 D 0.059 0.029 0.004 0.001 0.086 0.001 0.009 0.171 0.151 0.460 0.030 77 I 0.244 0.102 0.014 0.001 0.353 0.002 0.003 0.127 0.065 0.046 0.044 78 T 0.126 0.178 0.033 0.004 0.366 0.006 0.027 0.086 0.045 0.082 0.047 79 L 0.145 0.209 0.065 0.009 0.279 0.007 0.022 0.091 0.044 0.079 0.049