# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.675 0.179 0.072 0.046 0.021 0.007 0.001 2 K 0.713 0.170 0.057 0.034 0.017 0.007 0.001 3 V 0.457 0.185 0.155 0.128 0.057 0.016 0.001 4 E 0.619 0.229 0.093 0.039 0.015 0.005 0.001 5 S 0.646 0.219 0.088 0.033 0.011 0.003 0.001 6 M 0.362 0.196 0.212 0.146 0.067 0.017 0.002 7 N 0.251 0.218 0.217 0.171 0.104 0.036 0.004 8 R 0.114 0.157 0.171 0.245 0.206 0.095 0.012 9 R 0.134 0.217 0.228 0.216 0.148 0.052 0.006 10 V 0.047 0.047 0.095 0.214 0.300 0.245 0.052 11 L 0.029 0.033 0.029 0.063 0.141 0.455 0.248 12 A 0.031 0.074 0.108 0.204 0.253 0.254 0.077 13 D 0.020 0.119 0.259 0.343 0.184 0.061 0.015 14 A 0.007 0.015 0.041 0.166 0.336 0.361 0.075 15 L 0.007 0.016 0.025 0.080 0.240 0.471 0.161 16 I 0.024 0.106 0.199 0.260 0.235 0.142 0.034 17 E 0.034 0.120 0.242 0.316 0.195 0.079 0.015 18 V 0.022 0.039 0.062 0.135 0.250 0.353 0.140 19 Y 0.046 0.088 0.113 0.191 0.238 0.245 0.078 20 G 0.111 0.161 0.173 0.185 0.177 0.137 0.056 21 T 0.106 0.117 0.136 0.203 0.204 0.160 0.074 22 E 0.200 0.222 0.180 0.172 0.110 0.079 0.038 23 G 0.279 0.228 0.146 0.130 0.105 0.074 0.037 24 S 0.245 0.220 0.193 0.166 0.103 0.054 0.019 25 T 0.178 0.159 0.149 0.170 0.175 0.123 0.045 26 G 0.252 0.236 0.201 0.162 0.086 0.046 0.017 27 S 0.257 0.251 0.176 0.148 0.101 0.054 0.014 28 H 0.108 0.118 0.166 0.238 0.213 0.123 0.034 29 D 0.185 0.220 0.215 0.189 0.118 0.060 0.014 30 F 0.079 0.062 0.078 0.131 0.200 0.306 0.144 31 S 0.102 0.108 0.125 0.188 0.205 0.195 0.078 32 G 0.131 0.211 0.211 0.178 0.126 0.099 0.044 33 K 0.080 0.111 0.147 0.222 0.211 0.160 0.069 34 M 0.029 0.063 0.102 0.152 0.214 0.302 0.138 35 D 0.029 0.038 0.055 0.117 0.228 0.364 0.168 36 G 0.051 0.115 0.181 0.225 0.193 0.166 0.068 37 A 0.051 0.105 0.169 0.219 0.210 0.183 0.065 38 I 0.021 0.034 0.063 0.143 0.248 0.369 0.121 39 I 0.016 0.024 0.043 0.100 0.216 0.429 0.172 40 Y 0.060 0.097 0.136 0.216 0.243 0.203 0.044 41 E 0.062 0.207 0.270 0.264 0.139 0.052 0.005 42 V 0.037 0.065 0.119 0.266 0.330 0.170 0.012 43 L 0.058 0.096 0.173 0.293 0.284 0.093 0.004 44 S 0.355 0.366 0.183 0.071 0.021 0.004 0.001 45 N 0.462 0.300 0.160 0.062 0.013 0.002 0.001 46 V 0.324 0.294 0.217 0.122 0.037 0.006 0.001 47 G 0.533 0.301 0.108 0.043 0.012 0.002 0.001 48 L 0.123 0.112 0.196 0.311 0.215 0.041 0.001 49 E 0.604 0.310 0.070 0.014 0.002 0.001 0.001 50 R 0.379 0.377 0.177 0.058 0.008 0.001 0.001 51 A 0.779 0.175 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 52 E 0.234 0.430 0.250 0.074 0.011 0.001 0.001 53 I 0.028 0.049 0.131 0.397 0.333 0.060 0.001 54 A 0.180 0.332 0.311 0.139 0.034 0.004 0.001 55 D 0.516 0.362 0.090 0.025 0.006 0.001 0.001 56 K 0.107 0.210 0.307 0.260 0.096 0.020 0.001 57 F 0.033 0.039 0.099 0.291 0.413 0.122 0.003 58 D 0.458 0.388 0.126 0.024 0.002 0.001 0.001 59 K 0.457 0.396 0.113 0.028 0.005 0.001 0.001 60 A 0.162 0.104 0.156 0.292 0.229 0.056 0.001 61 K 0.161 0.225 0.269 0.247 0.085 0.013 0.001 62 E 0.596 0.307 0.075 0.019 0.003 0.001 0.001 63 T 0.263 0.250 0.254 0.165 0.056 0.011 0.001 64 Y 0.205 0.151 0.164 0.196 0.197 0.084 0.003 65 I 0.162 0.167 0.220 0.255 0.146 0.048 0.002 66 A 0.367 0.403 0.152 0.059 0.016 0.003 0.001 67 L 0.178 0.129 0.240 0.305 0.128 0.020 0.001 68 F 0.202 0.081 0.078 0.181 0.297 0.156 0.006 69 R 0.324 0.298 0.241 0.111 0.023 0.002 0.001 70 E 0.682 0.270 0.039 0.007 0.001 0.001 0.001 71 R 0.336 0.257 0.218 0.146 0.038 0.005 0.001 72 A 0.274 0.206 0.179 0.213 0.106 0.022 0.001 73 R 0.711 0.222 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 74 R 0.618 0.233 0.095 0.044 0.009 0.001 0.001 75 E 0.584 0.264 0.091 0.042 0.014 0.004 0.001 76 D 0.320 0.258 0.203 0.147 0.059 0.013 0.001 77 I 0.240 0.164 0.180 0.210 0.154 0.049 0.003 78 T 0.533 0.263 0.117 0.057 0.021 0.007 0.001 79 L 0.477 0.185 0.144 0.116 0.059 0.018 0.002