# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.009 0.050 0.066 0.108 0.190 0.073 0.492 2 K 0.024 0.006 0.055 0.038 0.070 0.158 0.105 0.544 3 Y 0.008 0.004 0.059 0.066 0.062 0.181 0.110 0.509 4 K 0.002 0.002 0.447 0.072 0.152 0.076 0.105 0.144 5 A 0.002 0.001 0.525 0.061 0.130 0.030 0.127 0.125 6 A 0.001 0.001 0.795 0.083 0.054 0.009 0.024 0.033 7 I 0.002 0.001 0.730 0.062 0.086 0.021 0.039 0.060 8 F 0.004 0.001 0.675 0.041 0.065 0.071 0.048 0.095 9 D 0.106 0.003 0.314 0.019 0.027 0.194 0.120 0.217 10 M 0.097 0.008 0.069 0.008 0.011 0.259 0.109 0.439 11 D 0.014 0.006 0.056 0.004 0.020 0.249 0.045 0.605 12 G 0.025 0.008 0.202 0.023 0.088 0.149 0.157 0.348 13 T 0.023 0.012 0.240 0.115 0.119 0.087 0.183 0.221 14 I 0.013 0.018 0.246 0.063 0.098 0.084 0.107 0.371 15 L 0.029 0.039 0.198 0.090 0.103 0.126 0.049 0.367 16 D 0.075 0.126 0.102 0.033 0.038 0.129 0.084 0.413 17 T 0.129 0.550 0.011 0.003 0.005 0.046 0.063 0.192 18 S 0.071 0.168 0.009 0.002 0.003 0.031 0.598 0.119 19 A 0.013 0.187 0.004 0.002 0.002 0.026 0.701 0.065 20 D 0.009 0.905 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.031 21 L 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 22 T 0.007 0.617 0.002 0.001 0.002 0.005 0.349 0.017 23 S 0.005 0.833 0.002 0.001 0.001 0.005 0.144 0.010 24 A 0.006 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.004 25 L 0.005 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 26 N 0.004 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 27 Y 0.016 0.926 0.013 0.001 0.001 0.004 0.023 0.017 28 A 0.022 0.080 0.065 0.002 0.001 0.010 0.801 0.018 29 F 0.068 0.125 0.065 0.002 0.002 0.033 0.597 0.108 30 E 0.348 0.098 0.027 0.001 0.002 0.044 0.053 0.427 31 Q 0.061 0.021 0.023 0.003 0.003 0.067 0.034 0.789 32 T 0.024 0.012 0.013 0.003 0.006 0.125 0.024 0.792 33 G 0.050 0.012 0.015 0.005 0.008 0.133 0.035 0.742 34 H 0.069 0.017 0.024 0.012 0.010 0.154 0.032 0.682 35 R 0.051 0.021 0.025 0.007 0.009 0.123 0.072 0.692 36 H 0.054 0.081 0.028 0.008 0.010 0.109 0.078 0.633 37 D 0.101 0.250 0.041 0.009 0.012 0.084 0.063 0.439 38 F 0.054 0.347 0.028 0.014 0.015 0.075 0.056 0.410 39 T 0.049 0.629 0.016 0.009 0.016 0.042 0.047 0.193 40 V 0.074 0.622 0.016 0.013 0.018 0.039 0.065 0.153 41 E 0.042 0.323 0.033 0.033 0.046 0.064 0.210 0.248 42 D 0.085 0.341 0.022 0.028 0.042 0.061 0.197 0.224 43 I 0.114 0.258 0.025 0.032 0.050 0.076 0.135 0.311 44 K 0.066 0.094 0.030 0.041 0.078 0.101 0.069 0.520 45 N 0.051 0.036 0.026 0.040 0.064 0.117 0.149 0.518 46 F 0.041 0.053 0.028 0.035 0.048 0.154 0.106 0.535 47 F 0.105 0.076 0.024 0.020 0.035 0.138 0.049 0.553 48 G 0.093 0.178 0.015 0.017 0.020 0.099 0.047 0.530 49 S 0.047 0.489 0.010 0.008 0.017 0.056 0.033 0.340 50 G 0.035 0.625 0.023 0.014 0.027 0.042 0.058 0.176 51 V 0.044 0.611 0.017 0.032 0.038 0.039 0.076 0.144 52 V 0.027 0.159 0.039 0.028 0.035 0.035 0.550 0.127 53 V 0.023 0.487 0.023 0.032 0.040 0.040 0.230 0.125 54 A 0.061 0.536 0.036 0.028 0.048 0.034 0.073 0.185 55 V 0.046 0.474 0.025 0.039 0.040 0.047 0.056 0.273 56 T 0.096 0.474 0.029 0.019 0.026 0.041 0.078 0.237 57 R 0.125 0.491 0.015 0.011 0.010 0.052 0.040 0.256 58 A 0.093 0.374 0.030 0.009 0.009 0.063 0.047 0.375 59 L 0.123 0.369 0.022 0.006 0.007 0.060 0.054 0.359 60 A 0.149 0.250 0.038 0.008 0.009 0.063 0.107 0.376 61 Y 0.129 0.101 0.037 0.008 0.008 0.080 0.135 0.502 62 E 0.071 0.062 0.026 0.008 0.009 0.103 0.150 0.570 63 A 0.056 0.065 0.017 0.005 0.007 0.116 0.052 0.682 64 G 0.119 0.088 0.013 0.005 0.008 0.106 0.043 0.618 65 S 0.085 0.090 0.010 0.006 0.008 0.099 0.097 0.606 66 S 0.072 0.196 0.014 0.008 0.013 0.110 0.094 0.493 67 R 0.066 0.256 0.019 0.013 0.022 0.100 0.070 0.454 68 E 0.050 0.277 0.028 0.022 0.031 0.096 0.058 0.437 69 S 0.043 0.288 0.055 0.030 0.056 0.077 0.107 0.344 70 L 0.071 0.213 0.057 0.040 0.060 0.092 0.109 0.357 71 V 0.059 0.056 0.071 0.046 0.051 0.085 0.319 0.312 72 A 0.048 0.100 0.038 0.030 0.039 0.118 0.210 0.417 73 F 0.071 0.149 0.033 0.016 0.031 0.104 0.076 0.520 74 G 0.080 0.127 0.023 0.019 0.025 0.111 0.056 0.560 75 T 0.108 0.140 0.024 0.017 0.022 0.087 0.129 0.472 76 K 0.195 0.178 0.014 0.012 0.019 0.090 0.090 0.402 77 D 0.165 0.117 0.020 0.010 0.014 0.099 0.093 0.480 78 E 0.023 0.096 0.023 0.015 0.019 0.131 0.042 0.652 79 Q 0.026 0.111 0.032 0.009 0.017 0.101 0.042 0.663 80 I 0.288 0.266 0.021 0.011 0.010 0.070 0.080 0.253 81 P 0.121 0.109 0.027 0.008 0.009 0.062 0.369 0.295 82 E 0.068 0.234 0.014 0.005 0.009 0.077 0.122 0.471 83 A 0.069 0.144 0.018 0.007 0.010 0.110 0.121 0.520 84 V 0.041 0.281 0.016 0.008 0.009 0.103 0.082 0.459 85 T 0.089 0.588 0.005 0.002 0.004 0.037 0.062 0.212 86 Q 0.054 0.463 0.011 0.004 0.004 0.052 0.187 0.225 87 T 0.025 0.680 0.009 0.004 0.005 0.039 0.112 0.127 88 E 0.021 0.896 0.003 0.001 0.001 0.010 0.022 0.045 89 V 0.014 0.929 0.003 0.001 0.001 0.007 0.015 0.030 90 N 0.017 0.888 0.011 0.002 0.002 0.007 0.043 0.031 91 R 0.028 0.834 0.009 0.003 0.003 0.013 0.059 0.051 92 V 0.093 0.557 0.044 0.005 0.005 0.022 0.196 0.077 93 L 0.151 0.532 0.015 0.004 0.005 0.029 0.100 0.162 94 E 0.107 0.232 0.020 0.004 0.006 0.053 0.085 0.492 95 V 0.018 0.185 0.015 0.006 0.006 0.091 0.068 0.611 96 F 0.041 0.442 0.011 0.004 0.006 0.064 0.052 0.380 97 K 0.113 0.644 0.006 0.003 0.003 0.032 0.042 0.155 98 P 0.047 0.651 0.014 0.004 0.005 0.036 0.070 0.173 99 Y 0.042 0.615 0.023 0.006 0.008 0.035 0.112 0.158 100 Y 0.066 0.636 0.029 0.009 0.010 0.035 0.076 0.140 101 A 0.105 0.425 0.038 0.012 0.014 0.050 0.089 0.268 102 D 0.088 0.285 0.035 0.016 0.019 0.069 0.115 0.373 103 H 0.088 0.136 0.033 0.016 0.023 0.093 0.124 0.487 104 C 0.065 0.036 0.037 0.032 0.042 0.097 0.215 0.475 105 Q 0.134 0.021 0.016 0.022 0.037 0.097 0.134 0.539 106 I 0.114 0.009 0.012 0.017 0.019 0.101 0.034 0.694 107 K 0.016 0.004 0.012 0.013 0.032 0.102 0.022 0.798 108 T 0.040 0.008 0.011 0.008 0.015 0.114 0.025 0.778 109 G 0.017 0.012 0.039 0.048 0.031 0.197 0.059 0.596 110 P 0.061 0.075 0.012 0.004 0.005 0.069 0.022 0.752 111 F 0.398 0.345 0.006 0.003 0.002 0.021 0.142 0.084 112 P 0.023 0.420 0.018 0.005 0.004 0.054 0.070 0.404 113 G 0.011 0.906 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 0.049 114 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 115 L 0.011 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 116 D 0.012 0.543 0.006 0.001 0.001 0.004 0.413 0.020 117 L 0.012 0.910 0.004 0.001 0.001 0.003 0.067 0.005 118 M 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 119 K 0.006 0.917 0.012 0.002 0.001 0.003 0.011 0.048 120 N 0.048 0.818 0.015 0.001 0.001 0.012 0.033 0.073 121 L 0.201 0.012 0.236 0.003 0.001 0.009 0.509 0.029 122 R 0.943 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.037 123 Q 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.923 124 K 0.001 0.001 0.037 0.001 0.003 0.218 0.005 0.735 125 G 0.004 0.001 0.036 0.001 0.006 0.065 0.020 0.868 126 V 0.013 0.001 0.080 0.030 0.008 0.192 0.037 0.639 127 K 0.001 0.001 0.852 0.009 0.014 0.024 0.032 0.067 128 L 0.002 0.001 0.642 0.039 0.064 0.024 0.123 0.106 129 A 0.001 0.001 0.938 0.014 0.016 0.002 0.022 0.008 130 V 0.002 0.001 0.825 0.052 0.055 0.009 0.017 0.040 131 V 0.008 0.001 0.656 0.098 0.092 0.034 0.031 0.082 132 S 0.008 0.004 0.238 0.030 0.070 0.146 0.079 0.425 133 N 0.055 0.019 0.039 0.010 0.021 0.228 0.034 0.594 134 K 0.113 0.094 0.016 0.008 0.008 0.163 0.070 0.529 135 P 0.089 0.600 0.003 0.002 0.003 0.043 0.044 0.216 136 N 0.057 0.792 0.004 0.002 0.003 0.018 0.048 0.077 137 E 0.014 0.842 0.003 0.007 0.007 0.018 0.030 0.078 138 A 0.017 0.883 0.004 0.003 0.008 0.010 0.032 0.042 139 V 0.018 0.830 0.006 0.010 0.013 0.012 0.078 0.033 140 Q 0.022 0.830 0.014 0.013 0.019 0.010 0.054 0.039 141 V 0.069 0.672 0.028 0.020 0.023 0.025 0.055 0.108 142 L 0.068 0.154 0.189 0.062 0.054 0.057 0.218 0.199 143 V 0.407 0.089 0.026 0.020 0.022 0.047 0.086 0.303 144 E 0.335 0.013 0.012 0.006 0.006 0.050 0.072 0.506 145 E 0.008 0.004 0.007 0.006 0.007 0.100 0.025 0.843 146 L 0.017 0.004 0.005 0.002 0.004 0.081 0.026 0.861 147 F 0.271 0.019 0.007 0.007 0.005 0.109 0.066 0.516 148 P 0.110 0.028 0.018 0.005 0.009 0.118 0.055 0.657 149 G 0.041 0.031 0.055 0.010 0.035 0.189 0.062 0.577 150 S 0.020 0.024 0.148 0.025 0.058 0.128 0.103 0.495 151 F 0.020 0.022 0.205 0.098 0.094 0.117 0.106 0.338 152 D 0.006 0.011 0.340 0.074 0.145 0.069 0.111 0.243 153 F 0.007 0.011 0.472 0.106 0.173 0.043 0.064 0.124 154 A 0.006 0.008 0.474 0.127 0.182 0.032 0.041 0.129 155 L 0.008 0.006 0.380 0.172 0.206 0.040 0.057 0.130 156 G 0.034 0.019 0.193 0.117 0.191 0.079 0.170 0.197 157 E 0.114 0.036 0.058 0.057 0.086 0.138 0.078 0.433 158 K 0.093 0.024 0.027 0.024 0.044 0.122 0.049 0.616 159 S 0.033 0.021 0.033 0.030 0.056 0.115 0.081 0.632 160 G 0.121 0.019 0.026 0.046 0.089 0.103 0.073 0.524 161 I 0.115 0.006 0.020 0.083 0.077 0.092 0.062 0.545 162 R 0.020 0.002 0.014 0.039 0.066 0.095 0.021 0.743 163 R 0.021 0.003 0.012 0.018 0.039 0.107 0.017 0.782 164 K 0.012 0.005 0.014 0.030 0.027 0.179 0.011 0.722 165 P 0.060 0.036 0.007 0.004 0.006 0.090 0.016 0.782 166 A 0.234 0.113 0.003 0.002 0.002 0.041 0.422 0.183 167 P 0.027 0.075 0.002 0.001 0.001 0.017 0.811 0.067 168 D 0.026 0.427 0.002 0.001 0.001 0.023 0.439 0.081 169 M 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.030 170 T 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 171 S 0.005 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.008 172 E 0.004 0.982 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 173 C 0.094 0.805 0.053 0.001 0.001 0.006 0.028 0.011 174 V 0.086 0.023 0.628 0.004 0.002 0.009 0.227 0.021 175 K 0.819 0.009 0.026 0.001 0.001 0.009 0.006 0.130 176 V 0.195 0.001 0.020 0.001 0.001 0.022 0.007 0.755 177 L 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.113 0.004 0.869 178 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.044 0.001 0.949 179 V 0.004 0.001 0.007 0.004 0.001 0.099 0.006 0.880 180 P 0.662 0.018 0.023 0.005 0.002 0.054 0.079 0.157 181 R 0.477 0.013 0.008 0.001 0.002 0.093 0.036 0.371 182 D 0.009 0.005 0.065 0.003 0.010 0.108 0.038 0.762 183 K 0.005 0.005 0.457 0.031 0.101 0.082 0.110 0.209 184 C 0.004 0.003 0.261 0.056 0.119 0.087 0.129 0.341 185 V 0.003 0.001 0.702 0.094 0.095 0.023 0.024 0.057 186 Y 0.015 0.003 0.425 0.085 0.155 0.061 0.061 0.195 187 I 0.035 0.007 0.312 0.084 0.105 0.120 0.099 0.238 188 G 0.045 0.013 0.067 0.017 0.038 0.172 0.042 0.605 189 D 0.076 0.054 0.035 0.012 0.016 0.148 0.084 0.576 190 S 0.090 0.422 0.016 0.008 0.011 0.074 0.050 0.329 191 E 0.069 0.502 0.016 0.005 0.010 0.064 0.064 0.270 192 I 0.017 0.257 0.016 0.017 0.019 0.056 0.415 0.203 193 D 0.015 0.821 0.004 0.002 0.004 0.011 0.118 0.024 194 I 0.016 0.921 0.002 0.001 0.002 0.007 0.029 0.022 195 Q 0.017 0.487 0.064 0.025 0.025 0.020 0.301 0.062 196 T 0.038 0.267 0.026 0.006 0.011 0.025 0.576 0.050 197 A 0.172 0.136 0.072 0.007 0.006 0.028 0.503 0.076 198 R 0.420 0.116 0.013 0.010 0.011 0.047 0.087 0.296 199 N 0.023 0.015 0.004 0.001 0.002 0.050 0.032 0.872 200 S 0.011 0.016 0.044 0.007 0.011 0.213 0.049 0.649 201 E 0.145 0.033 0.065 0.013 0.020 0.167 0.146 0.411 202 M 0.051 0.011 0.040 0.007 0.007 0.179 0.064 0.642 203 D 0.013 0.012 0.339 0.016 0.058 0.129 0.091 0.342 204 E 0.006 0.006 0.361 0.031 0.075 0.055 0.144 0.322 205 I 0.001 0.002 0.801 0.045 0.041 0.022 0.031 0.057 206 A 0.003 0.003 0.730 0.039 0.062 0.025 0.037 0.101 207 V 0.021 0.005 0.533 0.096 0.072 0.056 0.046 0.171 208 N 0.126 0.011 0.223 0.036 0.059 0.105 0.101 0.339 209 W 0.060 0.007 0.074 0.026 0.051 0.143 0.077 0.561 210 G 0.037 0.011 0.051 0.021 0.051 0.120 0.056 0.652 211 F 0.049 0.015 0.029 0.027 0.033 0.122 0.048 0.676 212 R 0.015 0.034 0.028 0.053 0.052 0.125 0.034 0.660 213 S 0.049 0.273 0.010 0.009 0.017 0.065 0.020 0.558 214 V 0.159 0.605 0.013 0.010 0.007 0.029 0.052 0.124 215 P 0.064 0.633 0.029 0.018 0.011 0.028 0.050 0.167 216 F 0.199 0.474 0.020 0.008 0.010 0.027 0.104 0.158 217 L 0.297 0.085 0.077 0.017 0.012 0.044 0.286 0.182 218 Q 0.448 0.042 0.009 0.008 0.011 0.046 0.074 0.363 219 K 0.043 0.005 0.005 0.001 0.002 0.043 0.027 0.872 220 H 0.015 0.006 0.014 0.004 0.008 0.163 0.020 0.770 221 G 0.056 0.014 0.014 0.005 0.009 0.105 0.036 0.760 222 A 0.030 0.020 0.039 0.019 0.027 0.163 0.071 0.629 223 T 0.017 0.015 0.249 0.031 0.082 0.084 0.112 0.410 224 V 0.008 0.010 0.314 0.141 0.125 0.050 0.103 0.248 225 I 0.007 0.036 0.481 0.039 0.055 0.045 0.055 0.282 226 V 0.034 0.092 0.354 0.062 0.046 0.058 0.075 0.279 227 D 0.021 0.116 0.202 0.035 0.017 0.079 0.088 0.442 228 T 0.064 0.842 0.006 0.001 0.001 0.008 0.028 0.049 229 A 0.196 0.742 0.004 0.001 0.001 0.007 0.020 0.031 230 E 0.036 0.707 0.009 0.004 0.003 0.021 0.055 0.165 231 K 0.012 0.882 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.082 232 L 0.040 0.912 0.004 0.001 0.001 0.005 0.020 0.017 233 E 0.097 0.772 0.015 0.003 0.002 0.013 0.039 0.059 234 E 0.112 0.221 0.061 0.006 0.006 0.031 0.192 0.371 235 A 0.516 0.062 0.040 0.004 0.004 0.064 0.054 0.257 236 I 0.458 0.009 0.017 0.004 0.003 0.057 0.049 0.402 237 L 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.005 0.935 238 G 0.017 0.005 0.007 0.002 0.006 0.071 0.023 0.868 239 E 0.053 0.014 0.014 0.032 0.021 0.172 0.034 0.660