# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4931 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.013 0.041 0.073 0.076 0.094 0.024 0.562 2 K 0.131 0.004 0.046 0.068 0.076 0.140 0.025 0.511 3 Y 0.041 0.001 0.138 0.091 0.124 0.096 0.006 0.502 4 K 0.010 0.001 0.243 0.268 0.265 0.070 0.003 0.140 5 A 0.004 0.001 0.461 0.147 0.226 0.028 0.001 0.132 6 A 0.001 0.001 0.821 0.093 0.078 0.002 0.001 0.005 7 I 0.001 0.001 0.860 0.066 0.056 0.002 0.001 0.016 8 F 0.001 0.001 0.853 0.053 0.073 0.003 0.001 0.017 9 D 0.001 0.001 0.599 0.106 0.195 0.020 0.001 0.080 10 M 0.001 0.001 0.386 0.044 0.174 0.113 0.002 0.279 11 D 0.003 0.001 0.027 0.006 0.022 0.692 0.004 0.246 12 G 0.177 0.003 0.047 0.034 0.018 0.174 0.055 0.493 13 T 0.338 0.002 0.029 0.008 0.019 0.510 0.007 0.086 14 I 0.064 0.011 0.140 0.150 0.187 0.172 0.008 0.268 15 L 0.039 0.031 0.070 0.192 0.397 0.092 0.004 0.175 16 D 0.025 0.022 0.064 0.151 0.300 0.102 0.008 0.328 17 T 0.052 0.026 0.035 0.041 0.108 0.130 0.007 0.600 18 S 0.032 0.014 0.010 0.010 0.044 0.547 0.006 0.338 19 A 0.049 0.026 0.005 0.004 0.009 0.242 0.006 0.659 20 D 0.036 0.120 0.005 0.003 0.005 0.410 0.006 0.416 21 L 0.084 0.473 0.012 0.004 0.010 0.108 0.007 0.301 22 T 0.028 0.725 0.006 0.002 0.008 0.058 0.004 0.169 23 S 0.018 0.810 0.003 0.002 0.004 0.038 0.003 0.123 24 A 0.016 0.935 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.034 25 L 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 26 N 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 27 Y 0.004 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 28 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 29 F 0.007 0.970 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 30 E 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 31 Q 0.028 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 32 T 0.087 0.860 0.005 0.002 0.001 0.001 0.033 0.011 33 G 0.487 0.223 0.050 0.010 0.006 0.006 0.134 0.083 34 H 0.099 0.130 0.504 0.015 0.019 0.041 0.029 0.163 35 R 0.037 0.092 0.106 0.011 0.021 0.064 0.014 0.656 36 H 0.107 0.072 0.121 0.011 0.012 0.076 0.028 0.574 37 D 0.175 0.016 0.089 0.005 0.004 0.067 0.026 0.618 38 F 0.098 0.013 0.427 0.015 0.012 0.099 0.008 0.328 39 T 0.023 0.011 0.036 0.014 0.029 0.381 0.003 0.504 40 V 0.012 0.016 0.022 0.006 0.044 0.030 0.001 0.869 41 E 0.009 0.017 0.007 0.002 0.010 0.393 0.001 0.560 42 D 0.028 0.021 0.001 0.001 0.001 0.821 0.003 0.124 43 I 0.082 0.824 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.081 44 K 0.006 0.934 0.002 0.002 0.004 0.006 0.002 0.045 45 N 0.094 0.695 0.006 0.005 0.006 0.010 0.032 0.152 46 F 0.341 0.532 0.008 0.004 0.006 0.006 0.035 0.069 47 F 0.113 0.604 0.034 0.016 0.019 0.020 0.036 0.158 48 G 0.082 0.295 0.061 0.013 0.015 0.060 0.051 0.422 49 S 0.134 0.161 0.053 0.010 0.010 0.076 0.022 0.533 50 G 0.068 0.100 0.034 0.010 0.009 0.083 0.014 0.682 51 V 0.082 0.096 0.057 0.014 0.020 0.139 0.009 0.584 52 V 0.020 0.224 0.042 0.023 0.032 0.080 0.004 0.575 53 V 0.020 0.367 0.017 0.021 0.040 0.089 0.003 0.443 54 A 0.016 0.786 0.007 0.013 0.020 0.039 0.003 0.116 55 V 0.015 0.907 0.005 0.005 0.012 0.008 0.003 0.044 56 T 0.006 0.961 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.018 57 R 0.015 0.948 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.021 58 A 0.035 0.933 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.014 59 L 0.049 0.867 0.009 0.006 0.007 0.006 0.019 0.037 60 A 0.093 0.701 0.019 0.007 0.009 0.012 0.032 0.127 61 Y 0.143 0.514 0.041 0.009 0.012 0.024 0.041 0.215 62 E 0.173 0.444 0.042 0.014 0.013 0.058 0.040 0.216 63 A 0.132 0.320 0.137 0.021 0.029 0.063 0.027 0.271 64 G 0.169 0.185 0.069 0.030 0.030 0.075 0.028 0.412 65 S 0.107 0.155 0.120 0.026 0.032 0.092 0.019 0.449 66 S 0.065 0.101 0.045 0.012 0.033 0.089 0.012 0.643 67 R 0.048 0.066 0.021 0.006 0.016 0.406 0.012 0.425 68 E 0.139 0.117 0.011 0.005 0.007 0.354 0.016 0.350 69 S 0.156 0.500 0.016 0.007 0.009 0.123 0.010 0.179 70 L 0.064 0.612 0.028 0.014 0.028 0.053 0.011 0.190 71 V 0.033 0.710 0.023 0.020 0.038 0.030 0.007 0.140 72 A 0.027 0.771 0.017 0.023 0.035 0.021 0.009 0.097 73 F 0.086 0.670 0.015 0.024 0.034 0.015 0.023 0.133 74 G 0.174 0.437 0.047 0.031 0.037 0.031 0.042 0.200 75 T 0.171 0.278 0.066 0.041 0.047 0.082 0.032 0.285 76 K 0.096 0.150 0.029 0.019 0.030 0.066 0.021 0.589 77 D 0.078 0.108 0.024 0.017 0.031 0.079 0.016 0.648 78 E 0.097 0.094 0.039 0.020 0.029 0.113 0.020 0.588 79 Q 0.139 0.122 0.031 0.021 0.033 0.235 0.040 0.380 80 I 0.230 0.143 0.055 0.031 0.054 0.090 0.017 0.381 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 82 E 0.039 0.034 0.026 0.030 0.061 0.171 0.014 0.624 83 A 0.431 0.019 0.013 0.007 0.007 0.034 0.023 0.466 84 V 0.260 0.048 0.083 0.021 0.029 0.083 0.008 0.468 85 T 0.034 0.020 0.024 0.011 0.020 0.252 0.004 0.636 86 Q 0.018 0.022 0.010 0.002 0.013 0.029 0.002 0.904 87 T 0.012 0.029 0.003 0.001 0.004 0.302 0.002 0.647 88 E 0.024 0.042 0.001 0.001 0.001 0.782 0.002 0.148 89 V 0.016 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 90 N 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 91 R 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 92 V 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 93 L 0.006 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 94 E 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 95 V 0.028 0.930 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.026 96 F 0.048 0.885 0.006 0.001 0.002 0.003 0.020 0.035 97 K 0.059 0.735 0.028 0.007 0.008 0.013 0.014 0.135 98 P 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.981 99 Y 0.048 0.361 0.012 0.007 0.011 0.072 0.014 0.474 100 Y 0.148 0.578 0.020 0.005 0.005 0.023 0.020 0.203 101 A 0.046 0.608 0.027 0.008 0.012 0.036 0.010 0.253 102 D 0.081 0.517 0.015 0.007 0.009 0.049 0.014 0.308 103 H 0.187 0.554 0.020 0.007 0.008 0.037 0.022 0.165 104 C 0.107 0.680 0.031 0.015 0.014 0.024 0.020 0.108 105 Q 0.102 0.436 0.085 0.026 0.037 0.053 0.035 0.227 106 I 0.121 0.348 0.075 0.036 0.039 0.046 0.027 0.307 107 K 0.117 0.189 0.065 0.025 0.034 0.076 0.032 0.462 108 T 0.146 0.135 0.062 0.017 0.026 0.064 0.040 0.510 109 G 0.100 0.038 0.071 0.022 0.019 0.056 0.020 0.675 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 111 F 0.093 0.019 0.053 0.021 0.065 0.192 0.007 0.551 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 113 G 0.011 0.010 0.003 0.003 0.008 0.258 0.001 0.706 114 I 0.350 0.058 0.009 0.002 0.004 0.084 0.006 0.487 115 L 0.037 0.476 0.011 0.002 0.006 0.031 0.002 0.434 116 D 0.021 0.459 0.003 0.001 0.003 0.103 0.002 0.409 117 L 0.020 0.828 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.126 118 M 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 119 K 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 N 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 121 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 122 R 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 123 Q 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 124 K 0.172 0.669 0.005 0.002 0.001 0.001 0.139 0.011 125 G 0.847 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.139 0.006 126 V 0.009 0.001 0.968 0.004 0.002 0.004 0.002 0.010 127 K 0.001 0.002 0.616 0.063 0.058 0.030 0.002 0.227 128 L 0.002 0.001 0.534 0.027 0.073 0.020 0.001 0.342 129 A 0.001 0.001 0.969 0.018 0.010 0.001 0.001 0.002 130 V 0.001 0.001 0.927 0.022 0.013 0.003 0.001 0.033 131 V 0.001 0.001 0.879 0.043 0.057 0.004 0.001 0.016 132 S 0.001 0.001 0.543 0.089 0.137 0.048 0.001 0.179 133 N 0.009 0.001 0.212 0.033 0.106 0.077 0.010 0.550 134 K 0.018 0.001 0.016 0.004 0.010 0.648 0.002 0.302 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 136 N 0.008 0.004 0.004 0.004 0.012 0.212 0.002 0.754 137 E 0.060 0.024 0.006 0.004 0.006 0.171 0.005 0.725 138 A 0.088 0.181 0.004 0.005 0.011 0.202 0.004 0.505 139 V 0.085 0.636 0.007 0.009 0.022 0.053 0.004 0.184 140 Q 0.008 0.884 0.005 0.003 0.006 0.010 0.001 0.083 141 V 0.006 0.911 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.066 142 L 0.010 0.955 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 143 V 0.008 0.967 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 144 E 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 145 E 0.101 0.822 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.037 146 L 0.161 0.725 0.011 0.002 0.002 0.002 0.061 0.036 147 F 0.123 0.461 0.072 0.016 0.023 0.021 0.042 0.243 148 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 149 G 0.033 0.062 0.024 0.015 0.018 0.088 0.017 0.742 150 S 0.422 0.054 0.045 0.007 0.006 0.054 0.034 0.380 151 F 0.121 0.090 0.231 0.037 0.039 0.095 0.015 0.371 152 D 0.056 0.066 0.177 0.090 0.088 0.120 0.011 0.392 153 F 0.084 0.066 0.216 0.079 0.126 0.104 0.015 0.310 154 A 0.114 0.099 0.285 0.124 0.153 0.081 0.017 0.127 155 L 0.052 0.053 0.412 0.157 0.157 0.042 0.014 0.113 156 G 0.038 0.039 0.191 0.141 0.193 0.049 0.015 0.334 157 E 0.034 0.019 0.199 0.076 0.182 0.065 0.013 0.412 158 K 0.021 0.011 0.047 0.035 0.073 0.115 0.011 0.688 159 S 0.034 0.007 0.022 0.020 0.033 0.096 0.009 0.778 160 G 0.102 0.014 0.036 0.032 0.042 0.122 0.017 0.635 161 I 0.104 0.016 0.038 0.024 0.042 0.188 0.010 0.578 162 R 0.111 0.035 0.083 0.099 0.124 0.127 0.013 0.408 163 R 0.143 0.049 0.029 0.030 0.069 0.118 0.032 0.530 164 K 0.317 0.027 0.122 0.070 0.086 0.084 0.014 0.281 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 166 A 0.014 0.009 0.025 0.032 0.143 0.169 0.003 0.606 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 168 D 0.018 0.012 0.002 0.004 0.009 0.162 0.001 0.790 169 M 0.268 0.076 0.005 0.002 0.003 0.135 0.004 0.507 170 T 0.078 0.595 0.008 0.003 0.007 0.063 0.004 0.243 171 S 0.012 0.882 0.003 0.002 0.004 0.013 0.001 0.083 172 E 0.008 0.874 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.104 173 C 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 174 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 175 K 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 176 V 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 177 L 0.026 0.940 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 0.006 178 G 0.672 0.033 0.008 0.003 0.001 0.002 0.229 0.052 179 V 0.081 0.021 0.793 0.025 0.013 0.010 0.011 0.046 180 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 181 R 0.001 0.001 0.007 0.002 0.008 0.009 0.001 0.973 182 D 0.049 0.002 0.063 0.015 0.014 0.184 0.010 0.663 183 K 0.624 0.001 0.087 0.012 0.011 0.157 0.013 0.093 184 C 0.294 0.007 0.391 0.068 0.067 0.044 0.007 0.122 185 V 0.002 0.002 0.853 0.053 0.051 0.007 0.001 0.033 186 Y 0.002 0.002 0.518 0.101 0.143 0.030 0.001 0.202 187 I 0.002 0.002 0.743 0.051 0.122 0.013 0.001 0.066 188 G 0.002 0.005 0.420 0.050 0.097 0.088 0.002 0.335 189 D 0.018 0.003 0.190 0.019 0.047 0.140 0.006 0.577 190 S 0.030 0.004 0.036 0.006 0.013 0.234 0.004 0.672 191 E 0.046 0.006 0.014 0.003 0.009 0.471 0.006 0.445 192 I 0.059 0.018 0.007 0.002 0.003 0.580 0.005 0.325 193 D 0.074 0.140 0.006 0.003 0.005 0.486 0.007 0.280 194 I 0.027 0.786 0.012 0.004 0.010 0.020 0.003 0.138 195 Q 0.018 0.529 0.008 0.004 0.016 0.176 0.006 0.242 196 T 0.048 0.786 0.002 0.003 0.008 0.066 0.004 0.083 197 A 0.022 0.955 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 198 R 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 199 N 0.100 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 200 S 0.453 0.374 0.020 0.007 0.005 0.003 0.105 0.033 201 E 0.673 0.034 0.015 0.010 0.007 0.008 0.142 0.111 202 M 0.041 0.016 0.733 0.019 0.026 0.030 0.010 0.125 203 D 0.011 0.018 0.187 0.072 0.080 0.130 0.007 0.495 204 E 0.014 0.006 0.204 0.022 0.035 0.062 0.004 0.653 205 I 0.017 0.013 0.700 0.089 0.067 0.036 0.004 0.075 206 A 0.013 0.011 0.647 0.076 0.083 0.034 0.003 0.134 207 V 0.008 0.015 0.434 0.146 0.222 0.020 0.004 0.151 208 N 0.008 0.024 0.268 0.096 0.193 0.073 0.005 0.332 209 W 0.026 0.017 0.103 0.045 0.088 0.087 0.013 0.622 210 G 0.103 0.016 0.053 0.023 0.035 0.164 0.022 0.583 211 F 0.238 0.015 0.053 0.019 0.030 0.143 0.020 0.483 212 R 0.075 0.032 0.040 0.027 0.031 0.125 0.015 0.655 213 S 0.095 0.030 0.028 0.013 0.028 0.124 0.021 0.661 214 V 0.071 0.030 0.027 0.017 0.028 0.079 0.005 0.743 215 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 216 F 0.013 0.053 0.009 0.016 0.046 0.204 0.003 0.656 217 L 0.231 0.368 0.014 0.012 0.031 0.049 0.009 0.286 218 Q 0.107 0.615 0.009 0.014 0.027 0.036 0.010 0.182 219 K 0.225 0.529 0.012 0.011 0.013 0.026 0.023 0.162 220 H 0.258 0.473 0.026 0.015 0.013 0.017 0.058 0.139 221 G 0.410 0.096 0.033 0.024 0.019 0.028 0.108 0.281 222 A 0.060 0.022 0.262 0.026 0.026 0.055 0.023 0.526 223 T 0.069 0.026 0.349 0.070 0.081 0.096 0.015 0.295 224 V 0.035 0.011 0.649 0.058 0.072 0.030 0.004 0.141 225 I 0.013 0.011 0.537 0.053 0.097 0.064 0.003 0.221 226 V 0.007 0.007 0.781 0.048 0.048 0.019 0.002 0.089 227 D 0.013 0.010 0.265 0.040 0.064 0.188 0.004 0.417 228 T 0.041 0.008 0.060 0.011 0.046 0.387 0.006 0.441 229 A 0.034 0.018 0.031 0.003 0.037 0.119 0.005 0.753 230 E 0.020 0.009 0.004 0.001 0.003 0.412 0.004 0.549 231 K 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.924 0.001 0.053 232 L 0.115 0.725 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.150 233 E 0.004 0.830 0.002 0.001 0.006 0.014 0.002 0.142 234 E 0.018 0.837 0.003 0.002 0.003 0.009 0.007 0.122 235 A 0.081 0.871 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.032 236 I 0.147 0.768 0.004 0.003 0.006 0.004 0.018 0.051 237 L 0.077 0.740 0.033 0.007 0.008 0.010 0.022 0.103 238 G 0.210 0.300 0.023 0.007 0.007 0.018 0.070 0.366 239 E 0.279 0.155 0.076 0.008 0.007 0.030 0.061 0.385