# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4931 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.989 2 K 0.087 0.025 0.002 0.002 0.009 0.009 0.867 3 Y 0.254 0.008 0.003 0.001 0.073 0.009 0.652 4 K 0.627 0.001 0.004 0.001 0.146 0.014 0.208 5 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 6 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 7 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 9 D 0.452 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.534 10 M 0.116 0.005 0.006 0.002 0.302 0.296 0.274 11 D 0.015 0.003 0.011 0.003 0.139 0.797 0.032 12 G 0.053 0.003 0.026 0.005 0.372 0.447 0.093 13 T 0.161 0.052 0.019 0.015 0.131 0.046 0.576 14 I 0.605 0.111 0.024 0.014 0.064 0.040 0.142 15 L 0.511 0.067 0.028 0.014 0.081 0.040 0.258 16 D 0.225 0.047 0.026 0.008 0.091 0.085 0.519 17 T 0.055 0.019 0.041 0.018 0.341 0.126 0.399 18 S 0.019 0.011 0.094 0.126 0.203 0.128 0.418 19 A 0.004 0.002 0.122 0.624 0.076 0.114 0.058 20 D 0.004 0.009 0.062 0.800 0.021 0.058 0.047 21 L 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.009 0.007 22 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.005 0.004 23 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 24 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.002 25 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 29 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 30 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.014 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.008 0.907 0.002 0.080 0.003 32 T 0.001 0.001 0.013 0.625 0.011 0.327 0.022 33 G 0.001 0.002 0.017 0.158 0.065 0.588 0.169 34 H 0.005 0.006 0.025 0.047 0.156 0.161 0.600 35 R 0.008 0.006 0.065 0.028 0.280 0.215 0.397 36 H 0.019 0.011 0.064 0.018 0.338 0.271 0.279 37 D 0.048 0.030 0.041 0.017 0.284 0.114 0.467 38 F 0.047 0.047 0.002 0.009 0.145 0.007 0.741 39 T 0.040 0.033 0.002 0.012 0.030 0.004 0.878 40 V 0.005 0.003 0.067 0.885 0.004 0.017 0.019 41 E 0.004 0.001 0.096 0.868 0.003 0.021 0.007 42 D 0.005 0.002 0.124 0.837 0.002 0.014 0.016 43 I 0.009 0.002 0.083 0.854 0.006 0.024 0.022 44 K 0.015 0.003 0.089 0.791 0.014 0.062 0.026 45 N 0.018 0.001 0.073 0.748 0.015 0.111 0.033 46 F 0.029 0.005 0.051 0.675 0.050 0.083 0.106 47 F 0.027 0.010 0.040 0.540 0.087 0.184 0.112 48 G 0.017 0.004 0.020 0.372 0.158 0.265 0.164 49 S 0.011 0.003 0.008 0.608 0.123 0.113 0.135 50 G 0.019 0.004 0.006 0.676 0.064 0.075 0.157 51 V 0.023 0.003 0.002 0.869 0.013 0.010 0.081 52 V 0.029 0.002 0.001 0.933 0.005 0.003 0.026 53 V 0.024 0.001 0.001 0.960 0.004 0.002 0.008 54 A 0.025 0.001 0.002 0.958 0.003 0.004 0.008 55 V 0.027 0.001 0.003 0.950 0.004 0.007 0.009 56 T 0.015 0.001 0.005 0.962 0.004 0.008 0.006 57 R 0.010 0.001 0.009 0.950 0.003 0.020 0.008 58 A 0.005 0.001 0.009 0.934 0.004 0.033 0.014 59 L 0.007 0.002 0.015 0.879 0.014 0.050 0.032 60 A 0.011 0.003 0.033 0.784 0.022 0.083 0.065 61 Y 0.007 0.001 0.056 0.682 0.040 0.130 0.083 62 E 0.012 0.005 0.058 0.548 0.072 0.190 0.115 63 A 0.018 0.011 0.050 0.453 0.063 0.247 0.159 64 G 0.015 0.007 0.022 0.328 0.139 0.224 0.266 65 S 0.015 0.008 0.016 0.213 0.115 0.093 0.540 66 S 0.013 0.007 0.037 0.524 0.074 0.149 0.196 67 R 0.013 0.003 0.038 0.718 0.036 0.116 0.075 68 E 0.018 0.003 0.035 0.821 0.028 0.041 0.055 69 S 0.032 0.005 0.021 0.862 0.013 0.019 0.048 70 L 0.029 0.004 0.016 0.917 0.006 0.014 0.014 71 V 0.030 0.002 0.021 0.903 0.007 0.023 0.014 72 A 0.023 0.002 0.019 0.867 0.008 0.055 0.026 73 F 0.019 0.002 0.017 0.803 0.017 0.083 0.058 74 G 0.018 0.005 0.018 0.681 0.052 0.115 0.111 75 T 0.019 0.005 0.041 0.574 0.051 0.142 0.168 76 K 0.019 0.004 0.042 0.585 0.077 0.160 0.113 77 D 0.022 0.005 0.093 0.526 0.064 0.153 0.136 78 E 0.023 0.007 0.140 0.437 0.088 0.166 0.138 79 Q 0.030 0.010 0.103 0.464 0.057 0.173 0.164 80 I 0.034 0.020 0.051 0.241 0.129 0.058 0.467 81 P 0.019 0.011 0.142 0.149 0.066 0.158 0.456 82 E 0.025 0.006 0.124 0.094 0.181 0.383 0.187 83 A 0.022 0.007 0.034 0.029 0.205 0.118 0.585 84 V 0.026 0.056 0.003 0.013 0.161 0.013 0.729 85 T 0.008 0.016 0.001 0.012 0.051 0.004 0.910 86 Q 0.001 0.001 0.017 0.972 0.001 0.008 0.002 87 T 0.001 0.001 0.013 0.982 0.001 0.004 0.001 88 E 0.001 0.001 0.017 0.978 0.001 0.003 0.002 89 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 90 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 91 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 92 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 93 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.007 0.001 94 E 0.001 0.001 0.009 0.956 0.001 0.032 0.001 95 V 0.001 0.001 0.011 0.901 0.003 0.079 0.006 96 F 0.001 0.001 0.012 0.831 0.014 0.114 0.028 97 K 0.002 0.002 0.027 0.705 0.066 0.058 0.139 98 P 0.002 0.001 0.073 0.774 0.031 0.079 0.041 99 Y 0.004 0.003 0.062 0.778 0.020 0.099 0.034 100 Y 0.009 0.007 0.066 0.771 0.021 0.080 0.046 101 A 0.013 0.004 0.064 0.735 0.027 0.097 0.060 102 D 0.011 0.001 0.052 0.687 0.032 0.176 0.041 103 H 0.020 0.006 0.058 0.613 0.041 0.187 0.075 104 C 0.073 0.017 0.058 0.397 0.099 0.145 0.212 105 Q 0.138 0.018 0.071 0.247 0.072 0.137 0.317 106 I 0.139 0.030 0.088 0.241 0.113 0.131 0.257 107 K 0.100 0.032 0.073 0.139 0.156 0.202 0.297 108 T 0.068 0.017 0.049 0.047 0.266 0.196 0.357 109 G 0.038 0.023 0.022 0.018 0.250 0.123 0.526 110 P 0.020 0.030 0.019 0.028 0.285 0.120 0.497 111 F 0.008 0.013 0.005 0.023 0.287 0.019 0.644 112 P 0.003 0.006 0.040 0.446 0.102 0.342 0.061 113 G 0.004 0.020 0.023 0.564 0.075 0.206 0.108 114 I 0.001 0.001 0.005 0.966 0.002 0.007 0.019 115 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 116 D 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.008 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.007 0.920 0.001 0.071 0.001 124 K 0.001 0.001 0.005 0.117 0.004 0.873 0.001 125 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 126 V 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.977 127 K 0.702 0.003 0.001 0.001 0.058 0.001 0.235 128 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 V 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 132 S 0.534 0.002 0.003 0.001 0.061 0.014 0.385 133 N 0.051 0.007 0.002 0.001 0.744 0.014 0.183 134 K 0.017 0.008 0.002 0.001 0.627 0.012 0.332 135 P 0.011 0.008 0.030 0.060 0.217 0.139 0.535 136 N 0.003 0.004 0.079 0.588 0.085 0.131 0.111 137 E 0.002 0.001 0.025 0.903 0.023 0.031 0.015 138 A 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.008 0.006 139 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 140 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 141 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 142 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 143 V 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.006 0.001 144 E 0.001 0.001 0.029 0.945 0.001 0.024 0.001 145 E 0.001 0.001 0.029 0.858 0.001 0.108 0.002 146 L 0.001 0.002 0.028 0.671 0.072 0.195 0.032 147 F 0.001 0.003 0.009 0.036 0.303 0.038 0.609 148 P 0.001 0.002 0.165 0.061 0.088 0.575 0.108 149 G 0.008 0.004 0.144 0.042 0.143 0.592 0.068 150 S 0.091 0.023 0.181 0.041 0.245 0.211 0.207 151 F 0.275 0.021 0.027 0.016 0.182 0.040 0.439 152 D 0.245 0.005 0.027 0.031 0.357 0.040 0.296 153 F 0.810 0.008 0.030 0.036 0.034 0.030 0.053 154 A 0.927 0.009 0.004 0.023 0.003 0.004 0.030 155 L 0.950 0.007 0.002 0.013 0.005 0.003 0.020 156 G 0.795 0.006 0.004 0.015 0.017 0.014 0.150 157 E 0.366 0.009 0.016 0.024 0.108 0.073 0.405 158 K 0.137 0.012 0.048 0.035 0.334 0.159 0.275 159 S 0.072 0.011 0.110 0.052 0.238 0.244 0.274 160 G 0.100 0.020 0.097 0.062 0.208 0.200 0.313 161 I 0.120 0.033 0.113 0.081 0.132 0.160 0.361 162 R 0.132 0.040 0.093 0.045 0.193 0.171 0.326 163 R 0.141 0.020 0.040 0.030 0.174 0.148 0.446 164 K 0.042 0.023 0.004 0.004 0.188 0.019 0.719 165 P 0.020 0.049 0.004 0.005 0.128 0.023 0.771 166 A 0.004 0.011 0.003 0.005 0.162 0.009 0.804 167 P 0.001 0.001 0.126 0.663 0.015 0.175 0.020 168 D 0.001 0.001 0.067 0.874 0.004 0.051 0.004 169 M 0.001 0.001 0.040 0.936 0.001 0.013 0.009 170 T 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 171 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 172 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 173 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 174 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 175 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 176 V 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.031 0.001 177 L 0.001 0.001 0.002 0.450 0.006 0.540 0.003 178 G 0.001 0.002 0.002 0.012 0.052 0.847 0.084 179 V 0.005 0.011 0.001 0.001 0.098 0.001 0.884 180 P 0.013 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.966 181 R 0.012 0.008 0.776 0.013 0.021 0.133 0.037 182 D 0.011 0.001 0.690 0.004 0.071 0.208 0.017 183 K 0.157 0.002 0.567 0.008 0.065 0.115 0.086 184 C 0.915 0.010 0.007 0.008 0.002 0.003 0.054 185 V 0.983 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 186 Y 0.981 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 187 I 0.854 0.003 0.002 0.007 0.010 0.019 0.105 188 G 0.282 0.008 0.007 0.003 0.252 0.124 0.324 189 D 0.092 0.020 0.015 0.008 0.383 0.112 0.368 190 S 0.087 0.015 0.039 0.075 0.339 0.118 0.328 191 E 0.007 0.003 0.129 0.688 0.043 0.095 0.035 192 I 0.004 0.003 0.106 0.765 0.012 0.085 0.024 193 D 0.004 0.002 0.050 0.859 0.006 0.042 0.036 194 I 0.001 0.001 0.011 0.977 0.002 0.006 0.003 195 Q 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.002 196 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 197 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 198 R 0.001 0.001 0.005 0.965 0.001 0.026 0.001 199 N 0.002 0.001 0.015 0.798 0.009 0.170 0.006 200 S 0.003 0.001 0.012 0.280 0.032 0.641 0.031 201 E 0.006 0.004 0.006 0.005 0.027 0.853 0.100 202 M 0.060 0.005 0.002 0.001 0.024 0.004 0.904 203 D 0.258 0.002 0.004 0.001 0.335 0.006 0.395 204 E 0.970 0.001 0.003 0.001 0.005 0.003 0.018 205 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 206 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 207 V 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 208 N 0.504 0.003 0.001 0.001 0.062 0.014 0.414 209 W 0.132 0.009 0.010 0.003 0.410 0.091 0.344 210 G 0.053 0.018 0.035 0.005 0.321 0.164 0.404 211 F 0.030 0.018 0.095 0.018 0.276 0.239 0.325 212 R 0.024 0.033 0.075 0.037 0.228 0.239 0.364 213 S 0.031 0.014 0.072 0.084 0.172 0.107 0.521 214 V 0.013 0.003 0.074 0.635 0.074 0.028 0.172 215 P 0.003 0.002 0.065 0.863 0.013 0.027 0.028 216 F 0.002 0.001 0.031 0.937 0.004 0.015 0.009 217 L 0.007 0.004 0.025 0.943 0.004 0.010 0.008 218 Q 0.003 0.001 0.024 0.944 0.002 0.025 0.003 219 K 0.005 0.001 0.021 0.847 0.009 0.112 0.006 220 H 0.004 0.003 0.017 0.281 0.038 0.634 0.023 221 G 0.012 0.002 0.006 0.019 0.073 0.711 0.177 222 A 0.064 0.005 0.004 0.005 0.049 0.014 0.859 223 T 0.526 0.025 0.014 0.008 0.079 0.013 0.335 224 V 0.767 0.017 0.012 0.007 0.037 0.006 0.154 225 I 0.872 0.010 0.012 0.008 0.012 0.005 0.080 226 V 0.734 0.029 0.021 0.013 0.031 0.009 0.164 227 D 0.363 0.025 0.016 0.008 0.176 0.041 0.373 228 T 0.116 0.017 0.016 0.008 0.276 0.020 0.546 229 A 0.005 0.002 0.284 0.624 0.010 0.040 0.037 230 E 0.001 0.001 0.248 0.694 0.006 0.045 0.005 231 K 0.001 0.002 0.213 0.736 0.004 0.032 0.012 232 L 0.001 0.001 0.046 0.936 0.001 0.008 0.008 233 E 0.001 0.001 0.020 0.971 0.001 0.005 0.002 234 E 0.001 0.001 0.021 0.964 0.001 0.012 0.001 235 A 0.001 0.001 0.014 0.963 0.002 0.017 0.004 236 I 0.004 0.004 0.022 0.880 0.016 0.061 0.013 237 L 0.003 0.003 0.018 0.507 0.024 0.427 0.018 238 G 0.003 0.001 0.016 0.178 0.062 0.683 0.058 239 E 0.006 0.004 0.004 0.031 0.147 0.021 0.787