# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4931 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.499 0.353 0.113 0.030 0.005 0.001 0.001 2 K 0.258 0.501 0.189 0.046 0.005 0.001 0.001 3 Y 0.001 0.006 0.048 0.309 0.512 0.122 0.002 4 K 0.008 0.076 0.246 0.375 0.240 0.052 0.003 5 A 0.001 0.001 0.002 0.016 0.140 0.702 0.140 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.321 0.664 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.141 0.845 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.124 0.864 9 D 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.332 0.628 10 M 0.001 0.001 0.001 0.008 0.050 0.318 0.622 11 D 0.001 0.004 0.016 0.050 0.121 0.365 0.444 12 G 0.001 0.004 0.020 0.081 0.231 0.403 0.262 13 T 0.001 0.002 0.006 0.019 0.095 0.494 0.383 14 I 0.001 0.003 0.006 0.029 0.142 0.511 0.308 15 L 0.002 0.010 0.025 0.077 0.214 0.485 0.188 16 D 0.008 0.055 0.147 0.287 0.292 0.173 0.038 17 T 0.017 0.081 0.178 0.278 0.273 0.149 0.024 18 S 0.096 0.255 0.238 0.202 0.130 0.067 0.013 19 A 0.205 0.259 0.209 0.164 0.105 0.049 0.008 20 D 0.092 0.230 0.281 0.219 0.117 0.052 0.009 21 L 0.028 0.033 0.061 0.159 0.283 0.333 0.103 22 T 0.037 0.143 0.233 0.264 0.182 0.121 0.021 23 S 0.070 0.233 0.290 0.219 0.127 0.053 0.009 24 A 0.010 0.023 0.053 0.144 0.332 0.368 0.070 25 L 0.003 0.006 0.015 0.050 0.186 0.507 0.233 26 N 0.011 0.089 0.227 0.327 0.228 0.106 0.012 27 Y 0.013 0.098 0.261 0.341 0.219 0.061 0.007 28 A 0.004 0.011 0.022 0.068 0.223 0.517 0.155 29 F 0.004 0.012 0.038 0.160 0.377 0.365 0.045 30 E 0.046 0.295 0.378 0.209 0.060 0.010 0.002 31 Q 0.044 0.209 0.284 0.279 0.140 0.039 0.005 32 T 0.014 0.057 0.135 0.298 0.323 0.165 0.009 33 G 0.124 0.234 0.244 0.222 0.134 0.039 0.003 34 H 0.329 0.291 0.210 0.122 0.041 0.008 0.001 35 R 0.369 0.316 0.186 0.090 0.030 0.008 0.001 36 H 0.297 0.272 0.220 0.140 0.054 0.015 0.001 37 D 0.340 0.305 0.178 0.102 0.054 0.019 0.002 38 F 0.046 0.056 0.119 0.271 0.318 0.169 0.021 39 T 0.158 0.261 0.234 0.189 0.102 0.047 0.010 40 V 0.115 0.189 0.225 0.232 0.151 0.075 0.013 41 E 0.278 0.258 0.183 0.144 0.089 0.038 0.009 42 D 0.107 0.193 0.234 0.207 0.144 0.092 0.023 43 I 0.064 0.063 0.090 0.182 0.256 0.283 0.062 44 K 0.117 0.194 0.221 0.228 0.146 0.078 0.016 45 N 0.184 0.227 0.204 0.175 0.109 0.076 0.025 46 F 0.064 0.078 0.102 0.182 0.237 0.250 0.088 47 F 0.103 0.106 0.146 0.186 0.191 0.192 0.075 48 G 0.206 0.211 0.177 0.159 0.119 0.091 0.038 49 S 0.228 0.209 0.169 0.150 0.118 0.087 0.039 50 G 0.147 0.176 0.161 0.168 0.157 0.139 0.052 51 V 0.049 0.067 0.101 0.169 0.230 0.268 0.117 52 V 0.050 0.111 0.170 0.228 0.218 0.170 0.054 53 V 0.056 0.148 0.199 0.209 0.189 0.145 0.055 54 A 0.017 0.041 0.075 0.153 0.271 0.329 0.113 55 V 0.010 0.018 0.041 0.111 0.241 0.417 0.163 56 T 0.029 0.105 0.186 0.248 0.216 0.171 0.045 57 R 0.026 0.117 0.218 0.262 0.203 0.131 0.042 58 A 0.011 0.020 0.038 0.110 0.267 0.410 0.144 59 L 0.034 0.078 0.136 0.213 0.242 0.223 0.074 60 A 0.166 0.238 0.198 0.161 0.109 0.090 0.038 61 Y 0.109 0.166 0.210 0.219 0.169 0.099 0.028 62 E 0.187 0.172 0.174 0.177 0.147 0.109 0.034 63 A 0.167 0.147 0.135 0.162 0.164 0.167 0.057 64 G 0.217 0.177 0.145 0.157 0.143 0.116 0.045 65 S 0.187 0.210 0.183 0.162 0.123 0.094 0.041 66 S 0.162 0.170 0.152 0.167 0.150 0.139 0.061 67 R 0.175 0.193 0.198 0.174 0.129 0.090 0.041 68 E 0.130 0.186 0.211 0.196 0.151 0.096 0.030 69 S 0.126 0.093 0.100 0.154 0.207 0.230 0.090 70 L 0.073 0.084 0.113 0.187 0.240 0.233 0.070 71 V 0.048 0.107 0.169 0.211 0.212 0.189 0.064 72 A 0.060 0.136 0.183 0.224 0.206 0.141 0.050 73 F 0.041 0.072 0.132 0.216 0.267 0.220 0.053 74 G 0.148 0.170 0.196 0.224 0.165 0.087 0.011 75 T 0.403 0.278 0.159 0.098 0.046 0.014 0.002 76 K 0.404 0.264 0.165 0.105 0.048 0.013 0.001 77 D 0.363 0.254 0.183 0.128 0.054 0.016 0.001 78 E 0.561 0.270 0.104 0.047 0.014 0.003 0.001 79 Q 0.537 0.245 0.125 0.067 0.022 0.003 0.001 80 I 0.173 0.235 0.296 0.211 0.074 0.010 0.001 81 P 0.405 0.281 0.172 0.096 0.037 0.008 0.001 82 E 0.612 0.239 0.096 0.040 0.011 0.002 0.001 83 A 0.410 0.284 0.169 0.092 0.037 0.007 0.001 84 V 0.023 0.068 0.188 0.391 0.267 0.060 0.002 85 T 0.305 0.417 0.187 0.070 0.018 0.003 0.001 86 Q 0.296 0.395 0.211 0.077 0.017 0.003 0.001 87 T 0.602 0.256 0.083 0.037 0.017 0.005 0.001 88 E 0.043 0.226 0.342 0.257 0.106 0.025 0.001 89 V 0.007 0.021 0.074 0.307 0.413 0.171 0.008 90 N 0.114 0.400 0.328 0.129 0.026 0.004 0.001 91 R 0.086 0.367 0.350 0.153 0.037 0.006 0.001 92 V 0.006 0.010 0.029 0.152 0.409 0.367 0.027 93 L 0.006 0.032 0.145 0.356 0.342 0.113 0.006 94 E 0.174 0.513 0.229 0.066 0.015 0.004 0.001 95 V 0.038 0.152 0.271 0.319 0.165 0.050 0.004 96 F 0.013 0.029 0.068 0.173 0.336 0.346 0.035 97 K 0.098 0.236 0.281 0.237 0.111 0.033 0.003 98 P 0.424 0.327 0.145 0.067 0.027 0.009 0.002 99 Y 0.144 0.218 0.230 0.203 0.133 0.063 0.009 100 Y 0.125 0.105 0.142 0.234 0.229 0.146 0.018 101 A 0.269 0.248 0.200 0.159 0.084 0.034 0.005 102 D 0.403 0.277 0.162 0.095 0.044 0.016 0.003 103 H 0.178 0.178 0.179 0.210 0.162 0.079 0.014 104 C 0.114 0.115 0.168 0.234 0.221 0.127 0.021 105 Q 0.224 0.248 0.205 0.160 0.100 0.053 0.009 106 I 0.247 0.230 0.201 0.164 0.106 0.044 0.008 107 K 0.225 0.233 0.197 0.171 0.112 0.053 0.009 108 T 0.122 0.143 0.175 0.218 0.196 0.123 0.024 109 G 0.103 0.195 0.217 0.205 0.162 0.094 0.023 110 P 0.047 0.137 0.181 0.244 0.237 0.135 0.019 111 F 0.017 0.083 0.170 0.301 0.280 0.130 0.019 112 P 0.115 0.296 0.270 0.168 0.095 0.046 0.010 113 G 0.018 0.174 0.337 0.284 0.135 0.046 0.008 114 I 0.001 0.001 0.005 0.049 0.283 0.548 0.113 115 L 0.003 0.054 0.233 0.396 0.244 0.067 0.004 116 D 0.023 0.299 0.390 0.207 0.065 0.015 0.001 117 L 0.001 0.003 0.021 0.108 0.367 0.469 0.031 118 M 0.001 0.001 0.008 0.065 0.374 0.503 0.049 119 K 0.029 0.361 0.396 0.173 0.036 0.005 0.001 120 N 0.006 0.175 0.429 0.326 0.059 0.005 0.001 121 L 0.001 0.002 0.017 0.148 0.494 0.330 0.008 122 R 0.013 0.199 0.427 0.292 0.066 0.004 0.001 123 Q 0.502 0.410 0.075 0.011 0.001 0.001 0.001 124 K 0.172 0.398 0.315 0.101 0.013 0.001 0.001 125 G 0.142 0.527 0.241 0.079 0.010 0.001 0.001 126 V 0.001 0.009 0.066 0.341 0.490 0.092 0.002 127 K 0.002 0.034 0.154 0.363 0.327 0.109 0.010 128 L 0.001 0.001 0.001 0.011 0.108 0.677 0.203 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.370 0.610 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.170 0.818 131 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.141 0.852 132 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.448 0.493 133 N 0.001 0.004 0.027 0.149 0.365 0.363 0.091 134 K 0.016 0.159 0.257 0.285 0.178 0.082 0.023 135 P 0.088 0.216 0.229 0.243 0.153 0.063 0.009 136 N 0.105 0.257 0.284 0.205 0.107 0.038 0.004 137 E 0.275 0.347 0.227 0.097 0.039 0.011 0.002 138 A 0.040 0.167 0.256 0.257 0.178 0.089 0.013 139 V 0.006 0.014 0.037 0.154 0.356 0.378 0.056 140 Q 0.035 0.217 0.336 0.270 0.103 0.034 0.004 141 V 0.069 0.318 0.320 0.195 0.072 0.024 0.003 142 L 0.005 0.022 0.072 0.217 0.381 0.278 0.024 143 V 0.006 0.013 0.048 0.193 0.409 0.305 0.027 144 E 0.153 0.428 0.283 0.107 0.024 0.004 0.001 145 E 0.173 0.387 0.261 0.131 0.039 0.009 0.001 146 L 0.016 0.055 0.138 0.297 0.326 0.156 0.012 147 F 0.078 0.197 0.294 0.263 0.129 0.035 0.004 148 P 0.524 0.315 0.100 0.040 0.015 0.004 0.001 149 G 0.189 0.342 0.246 0.141 0.060 0.020 0.003 150 S 0.039 0.123 0.191 0.277 0.234 0.121 0.015 151 F 0.012 0.029 0.077 0.200 0.305 0.292 0.084 152 D 0.025 0.097 0.194 0.275 0.229 0.148 0.033 153 F 0.014 0.025 0.063 0.148 0.279 0.361 0.110 154 A 0.013 0.020 0.027 0.054 0.173 0.457 0.256 155 L 0.011 0.019 0.034 0.087 0.213 0.403 0.233 156 G 0.029 0.060 0.100 0.210 0.286 0.246 0.068 157 E 0.068 0.178 0.233 0.266 0.182 0.064 0.009 158 K 0.354 0.329 0.183 0.092 0.031 0.009 0.002 159 S 0.368 0.280 0.173 0.108 0.050 0.018 0.003 160 G 0.248 0.211 0.193 0.175 0.113 0.052 0.008 161 I 0.151 0.189 0.201 0.203 0.150 0.086 0.019 162 R 0.103 0.161 0.209 0.220 0.181 0.103 0.023 163 R 0.077 0.177 0.217 0.218 0.165 0.117 0.028 164 K 0.011 0.037 0.082 0.177 0.294 0.324 0.075 165 P 0.014 0.058 0.136 0.248 0.291 0.214 0.040 166 A 0.056 0.161 0.225 0.234 0.190 0.110 0.024 167 P 0.226 0.263 0.192 0.160 0.098 0.051 0.010 168 D 0.314 0.353 0.194 0.087 0.037 0.014 0.003 169 M 0.021 0.046 0.098 0.209 0.334 0.263 0.029 170 T 0.020 0.037 0.054 0.159 0.305 0.356 0.069 171 S 0.037 0.214 0.350 0.274 0.097 0.025 0.002 172 E 0.024 0.113 0.322 0.367 0.151 0.021 0.001 173 C 0.008 0.009 0.017 0.067 0.287 0.565 0.047 174 V 0.005 0.021 0.100 0.330 0.416 0.124 0.004 175 K 0.110 0.463 0.294 0.102 0.025 0.005 0.001 176 V 0.048 0.185 0.312 0.307 0.123 0.023 0.001 177 L 0.005 0.024 0.085 0.254 0.385 0.229 0.017 178 G 0.208 0.429 0.210 0.094 0.041 0.015 0.002 179 V 0.048 0.096 0.191 0.336 0.267 0.060 0.003 180 P 0.329 0.387 0.170 0.078 0.029 0.007 0.001 181 R 0.136 0.293 0.290 0.212 0.059 0.008 0.001 182 D 0.147 0.333 0.261 0.165 0.074 0.018 0.002 183 K 0.018 0.100 0.243 0.365 0.223 0.048 0.003 184 C 0.001 0.003 0.021 0.106 0.319 0.483 0.067 185 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.067 0.549 0.370 186 Y 0.001 0.001 0.005 0.024 0.107 0.404 0.458 187 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.325 0.621 188 G 0.001 0.005 0.018 0.078 0.227 0.432 0.240 189 D 0.001 0.006 0.026 0.098 0.281 0.467 0.120 190 S 0.005 0.035 0.088 0.174 0.290 0.329 0.079 191 E 0.072 0.192 0.252 0.237 0.159 0.074 0.014 192 I 0.022 0.089 0.188 0.250 0.230 0.174 0.046 193 D 0.016 0.035 0.059 0.130 0.265 0.366 0.130 194 I 0.011 0.028 0.071 0.163 0.261 0.363 0.103 195 Q 0.060 0.206 0.264 0.244 0.147 0.064 0.014 196 T 0.009 0.013 0.035 0.123 0.297 0.420 0.103 197 A 0.006 0.009 0.016 0.067 0.247 0.466 0.189 198 R 0.033 0.203 0.286 0.255 0.133 0.073 0.016 199 N 0.026 0.153 0.240 0.293 0.195 0.078 0.014 200 S 0.005 0.030 0.081 0.182 0.329 0.286 0.087 201 E 0.033 0.219 0.261 0.252 0.138 0.077 0.020 202 M 0.001 0.006 0.024 0.101 0.308 0.428 0.132 203 D 0.004 0.034 0.121 0.264 0.317 0.211 0.049 204 E 0.002 0.008 0.030 0.083 0.205 0.458 0.215 205 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.056 0.347 0.580 206 A 0.001 0.002 0.006 0.026 0.111 0.367 0.487 207 V 0.001 0.002 0.006 0.025 0.121 0.420 0.425 208 N 0.006 0.032 0.082 0.198 0.291 0.298 0.093 209 W 0.014 0.067 0.153 0.272 0.286 0.177 0.031 210 G 0.095 0.167 0.181 0.201 0.182 0.141 0.033 211 F 0.089 0.112 0.169 0.251 0.242 0.122 0.015 212 R 0.139 0.208 0.234 0.201 0.132 0.071 0.014 213 S 0.172 0.222 0.212 0.186 0.133 0.066 0.009 214 V 0.114 0.196 0.255 0.241 0.143 0.047 0.004 215 P 0.409 0.343 0.147 0.066 0.026 0.008 0.001 216 F 0.122 0.229 0.263 0.226 0.121 0.036 0.003 217 L 0.038 0.085 0.182 0.333 0.272 0.086 0.003 218 Q 0.388 0.376 0.166 0.055 0.013 0.002 0.001 219 K 0.585 0.264 0.099 0.039 0.011 0.002 0.001 220 H 0.228 0.220 0.237 0.202 0.092 0.020 0.001 221 G 0.312 0.365 0.203 0.088 0.025 0.006 0.001 222 A 0.043 0.080 0.182 0.317 0.272 0.100 0.007 223 T 0.073 0.233 0.294 0.219 0.126 0.050 0.005 224 V 0.011 0.029 0.074 0.193 0.351 0.302 0.038 225 I 0.007 0.033 0.095 0.220 0.332 0.281 0.032 226 V 0.012 0.040 0.107 0.223 0.341 0.257 0.020 227 D 0.079 0.289 0.286 0.206 0.108 0.029 0.003 228 T 0.023 0.129 0.235 0.301 0.221 0.086 0.006 229 A 0.006 0.025 0.083 0.287 0.411 0.182 0.006 230 E 0.248 0.476 0.207 0.058 0.010 0.001 0.001 231 K 0.059 0.286 0.418 0.204 0.030 0.003 0.001 232 L 0.013 0.011 0.025 0.159 0.457 0.327 0.008 233 E 0.047 0.188 0.364 0.301 0.092 0.008 0.001 234 E 0.392 0.473 0.112 0.021 0.003 0.001 0.001 235 A 0.084 0.176 0.299 0.298 0.117 0.026 0.001 236 I 0.150 0.117 0.180 0.271 0.221 0.060 0.001 237 L 0.498 0.297 0.135 0.054 0.014 0.003 0.001 238 G 0.663 0.234 0.075 0.022 0.005 0.001 0.001 239 E 0.535 0.202 0.153 0.077 0.027 0.005 0.001