# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2251 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.001 0.053 0.934 2 K 0.075 0.008 0.002 0.001 0.063 0.852 3 Y 0.236 0.010 0.001 0.001 0.076 0.677 4 K 0.638 0.004 0.001 0.001 0.053 0.304 5 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 6 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 9 D 0.822 0.002 0.001 0.001 0.075 0.099 10 M 0.247 0.006 0.006 0.003 0.495 0.244 11 D 0.063 0.008 0.020 0.004 0.757 0.147 12 G 0.123 0.012 0.039 0.011 0.729 0.086 13 T 0.322 0.018 0.052 0.028 0.398 0.182 14 I 0.576 0.024 0.044 0.037 0.211 0.110 15 L 0.482 0.061 0.030 0.079 0.163 0.186 16 D 0.205 0.042 0.010 0.088 0.251 0.405 17 T 0.034 0.010 0.004 0.168 0.186 0.597 18 S 0.011 0.004 0.008 0.662 0.109 0.206 19 A 0.001 0.001 0.006 0.966 0.019 0.007 20 D 0.001 0.001 0.009 0.953 0.020 0.015 21 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 22 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 23 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 24 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 30 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 32 T 0.001 0.001 0.004 0.923 0.012 0.060 33 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.959 34 H 0.002 0.005 0.003 0.003 0.121 0.867 35 R 0.018 0.014 0.013 0.004 0.338 0.613 36 H 0.025 0.016 0.020 0.011 0.415 0.512 37 D 0.030 0.016 0.019 0.011 0.370 0.555 38 F 0.035 0.032 0.006 0.012 0.204 0.710 39 T 0.022 0.014 0.001 0.024 0.055 0.885 40 V 0.001 0.001 0.008 0.982 0.004 0.005 41 E 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.001 42 D 0.001 0.001 0.008 0.987 0.004 0.001 43 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.002 44 K 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 45 N 0.001 0.001 0.011 0.961 0.017 0.010 46 F 0.002 0.001 0.011 0.904 0.039 0.043 47 F 0.003 0.004 0.010 0.805 0.067 0.111 48 G 0.005 0.005 0.011 0.329 0.221 0.430 49 S 0.004 0.002 0.008 0.476 0.168 0.341 50 G 0.008 0.004 0.006 0.564 0.099 0.319 51 V 0.007 0.002 0.003 0.939 0.017 0.032 52 V 0.007 0.001 0.002 0.970 0.007 0.012 53 V 0.010 0.001 0.002 0.974 0.007 0.006 54 A 0.016 0.001 0.004 0.961 0.010 0.007 55 V 0.012 0.001 0.007 0.965 0.009 0.006 56 T 0.011 0.001 0.015 0.950 0.013 0.011 57 R 0.011 0.001 0.017 0.925 0.020 0.026 58 A 0.010 0.003 0.017 0.868 0.030 0.072 59 L 0.015 0.007 0.026 0.673 0.085 0.194 60 A 0.011 0.004 0.061 0.614 0.153 0.156 61 Y 0.016 0.005 0.138 0.521 0.207 0.114 62 E 0.017 0.011 0.124 0.515 0.257 0.076 63 A 0.015 0.008 0.096 0.395 0.359 0.127 64 G 0.010 0.005 0.047 0.199 0.427 0.312 65 S 0.017 0.010 0.030 0.109 0.400 0.435 66 S 0.035 0.017 0.022 0.153 0.288 0.485 67 R 0.044 0.013 0.037 0.441 0.183 0.281 68 E 0.059 0.008 0.036 0.633 0.119 0.145 69 S 0.063 0.007 0.035 0.754 0.082 0.059 70 L 0.088 0.008 0.029 0.733 0.076 0.065 71 V 0.099 0.008 0.029 0.736 0.065 0.063 72 A 0.093 0.007 0.036 0.732 0.065 0.067 73 F 0.073 0.005 0.044 0.665 0.093 0.120 74 G 0.068 0.011 0.040 0.400 0.169 0.313 75 T 0.053 0.022 0.040 0.282 0.219 0.385 76 K 0.054 0.023 0.070 0.325 0.230 0.298 77 D 0.024 0.007 0.191 0.371 0.259 0.149 78 E 0.019 0.006 0.226 0.404 0.240 0.105 79 Q 0.026 0.009 0.184 0.405 0.254 0.122 80 I 0.030 0.013 0.088 0.398 0.275 0.195 81 P 0.021 0.007 0.161 0.410 0.229 0.173 82 E 0.028 0.008 0.206 0.426 0.219 0.112 83 A 0.021 0.007 0.162 0.465 0.226 0.119 84 V 0.018 0.012 0.051 0.444 0.206 0.270 85 T 0.017 0.009 0.019 0.398 0.127 0.431 86 Q 0.004 0.001 0.023 0.863 0.049 0.060 87 T 0.004 0.001 0.017 0.912 0.037 0.030 88 E 0.004 0.001 0.013 0.938 0.023 0.021 89 V 0.003 0.001 0.007 0.973 0.007 0.010 90 N 0.003 0.001 0.011 0.969 0.009 0.009 91 R 0.003 0.001 0.011 0.968 0.008 0.008 92 V 0.002 0.001 0.007 0.976 0.007 0.007 93 L 0.002 0.001 0.011 0.970 0.008 0.008 94 E 0.002 0.001 0.023 0.949 0.016 0.010 95 V 0.003 0.001 0.018 0.930 0.022 0.026 96 F 0.002 0.001 0.009 0.937 0.016 0.035 97 K 0.003 0.002 0.019 0.824 0.049 0.104 98 P 0.002 0.001 0.036 0.885 0.046 0.031 99 Y 0.003 0.001 0.049 0.880 0.043 0.023 100 Y 0.002 0.001 0.024 0.942 0.020 0.011 101 A 0.003 0.001 0.035 0.912 0.029 0.019 102 D 0.003 0.001 0.044 0.854 0.056 0.042 103 H 0.008 0.003 0.074 0.762 0.088 0.066 104 C 0.015 0.005 0.060 0.672 0.129 0.119 105 Q 0.022 0.005 0.091 0.576 0.149 0.156 106 I 0.030 0.006 0.064 0.581 0.129 0.189 107 K 0.044 0.014 0.057 0.333 0.189 0.363 108 T 0.041 0.025 0.013 0.045 0.162 0.715 109 G 0.051 0.020 0.009 0.011 0.142 0.768 110 P 0.036 0.045 0.007 0.008 0.135 0.769 111 F 0.014 0.027 0.008 0.009 0.838 0.104 112 P 0.002 0.004 0.026 0.061 0.836 0.070 113 G 0.001 0.001 0.033 0.288 0.594 0.082 114 I 0.003 0.006 0.010 0.895 0.079 0.007 115 L 0.003 0.003 0.002 0.952 0.012 0.027 116 D 0.004 0.004 0.005 0.966 0.011 0.010 117 L 0.005 0.001 0.010 0.968 0.008 0.008 118 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 119 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 124 K 0.001 0.001 0.011 0.858 0.022 0.108 125 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.986 126 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.029 0.959 127 K 0.648 0.001 0.001 0.001 0.031 0.320 128 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 132 S 0.435 0.002 0.001 0.001 0.140 0.421 133 N 0.023 0.003 0.003 0.003 0.330 0.638 134 K 0.010 0.015 0.006 0.009 0.394 0.566 135 P 0.009 0.014 0.032 0.170 0.328 0.447 136 N 0.006 0.005 0.066 0.655 0.151 0.117 137 E 0.002 0.001 0.030 0.923 0.031 0.013 138 A 0.002 0.001 0.010 0.971 0.009 0.007 139 V 0.003 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 140 Q 0.006 0.001 0.005 0.980 0.005 0.004 141 V 0.004 0.001 0.004 0.985 0.005 0.003 142 L 0.002 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 143 V 0.001 0.001 0.011 0.980 0.004 0.004 144 E 0.001 0.001 0.044 0.939 0.010 0.006 145 E 0.001 0.001 0.037 0.924 0.017 0.019 146 L 0.002 0.005 0.028 0.804 0.044 0.118 147 F 0.004 0.009 0.019 0.075 0.309 0.584 148 P 0.002 0.001 0.235 0.032 0.521 0.209 149 G 0.008 0.001 0.314 0.017 0.535 0.125 150 S 0.037 0.017 0.422 0.029 0.411 0.085 151 F 0.109 0.017 0.037 0.015 0.405 0.418 152 D 0.164 0.002 0.012 0.007 0.317 0.498 153 F 0.842 0.009 0.004 0.003 0.054 0.088 154 A 0.966 0.005 0.001 0.003 0.009 0.017 155 L 0.953 0.010 0.001 0.004 0.005 0.027 156 G 0.740 0.010 0.002 0.008 0.080 0.160 157 E 0.146 0.003 0.135 0.043 0.514 0.159 158 K 0.054 0.002 0.221 0.022 0.615 0.087 159 S 0.029 0.009 0.337 0.038 0.535 0.052 160 G 0.061 0.023 0.133 0.049 0.467 0.266 161 I 0.144 0.076 0.112 0.070 0.243 0.355 162 R 0.139 0.051 0.126 0.064 0.273 0.346 163 R 0.168 0.060 0.052 0.039 0.239 0.442 164 K 0.059 0.037 0.011 0.014 0.240 0.639 165 P 0.028 0.030 0.003 0.019 0.179 0.741 166 A 0.007 0.009 0.001 0.029 0.121 0.832 167 P 0.001 0.001 0.006 0.890 0.048 0.055 168 D 0.001 0.001 0.008 0.961 0.020 0.009 169 M 0.001 0.001 0.009 0.983 0.006 0.003 170 T 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 171 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 172 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 173 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 174 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 175 K 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 176 V 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.003 177 L 0.001 0.001 0.009 0.921 0.018 0.051 178 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.958 179 V 0.011 0.020 0.003 0.001 0.103 0.862 180 P 0.041 0.016 0.007 0.001 0.183 0.753 181 R 0.010 0.002 0.760 0.014 0.173 0.042 182 D 0.025 0.001 0.721 0.012 0.201 0.041 183 K 0.146 0.002 0.554 0.024 0.231 0.042 184 C 0.683 0.010 0.017 0.039 0.081 0.170 185 V 0.888 0.014 0.002 0.015 0.018 0.062 186 Y 0.949 0.005 0.001 0.007 0.018 0.021 187 I 0.869 0.008 0.001 0.006 0.045 0.070 188 G 0.289 0.012 0.004 0.007 0.310 0.377 189 D 0.062 0.010 0.002 0.006 0.352 0.568 190 S 0.016 0.006 0.004 0.056 0.190 0.728 191 E 0.003 0.002 0.014 0.919 0.039 0.023 192 I 0.001 0.001 0.009 0.975 0.011 0.003 193 D 0.002 0.001 0.010 0.970 0.010 0.008 194 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 195 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 196 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 197 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.003 198 R 0.001 0.001 0.010 0.980 0.006 0.004 199 N 0.002 0.001 0.027 0.937 0.019 0.015 200 S 0.003 0.001 0.032 0.802 0.046 0.117 201 E 0.002 0.001 0.002 0.005 0.038 0.952 202 M 0.029 0.002 0.002 0.001 0.095 0.871 203 D 0.269 0.002 0.003 0.001 0.100 0.626 204 E 0.929 0.004 0.001 0.001 0.014 0.052 205 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 206 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 207 V 0.945 0.002 0.001 0.001 0.007 0.044 208 N 0.642 0.006 0.001 0.002 0.112 0.236 209 W 0.187 0.011 0.009 0.006 0.366 0.422 210 G 0.049 0.009 0.025 0.006 0.574 0.337 211 F 0.071 0.029 0.053 0.015 0.562 0.269 212 R 0.061 0.025 0.039 0.026 0.420 0.429 213 S 0.055 0.041 0.032 0.109 0.261 0.502 214 V 0.027 0.008 0.043 0.329 0.184 0.409 215 P 0.016 0.004 0.066 0.669 0.118 0.126 216 F 0.014 0.011 0.096 0.762 0.076 0.041 217 L 0.015 0.012 0.061 0.812 0.069 0.032 218 Q 0.026 0.003 0.086 0.770 0.081 0.033 219 K 0.023 0.004 0.047 0.717 0.121 0.087 220 H 0.013 0.004 0.032 0.659 0.118 0.174 221 G 0.014 0.003 0.002 0.004 0.187 0.791 222 A 0.050 0.003 0.008 0.006 0.222 0.712 223 T 0.299 0.007 0.020 0.012 0.232 0.431 224 V 0.909 0.011 0.007 0.004 0.030 0.038 225 I 0.957 0.004 0.002 0.003 0.011 0.023 226 V 0.942 0.003 0.004 0.003 0.013 0.035 227 D 0.529 0.009 0.005 0.017 0.106 0.334 228 T 0.042 0.003 0.027 0.069 0.195 0.664 229 A 0.002 0.001 0.221 0.687 0.062 0.028 230 E 0.001 0.001 0.234 0.730 0.029 0.006 231 K 0.001 0.001 0.068 0.909 0.017 0.004 232 L 0.001 0.001 0.020 0.964 0.008 0.006 233 E 0.001 0.001 0.014 0.976 0.006 0.004 234 E 0.001 0.001 0.016 0.968 0.010 0.006 235 A 0.001 0.001 0.013 0.950 0.020 0.015 236 I 0.001 0.002 0.011 0.920 0.034 0.033 237 L 0.001 0.002 0.007 0.748 0.071 0.171 238 G 0.001 0.001 0.003 0.077 0.095 0.824 239 E 0.001 0.001 0.002 0.010 0.084 0.902