# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2251 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.014 0.041 0.069 0.073 0.095 0.023 0.571 2 K 0.118 0.004 0.043 0.064 0.070 0.134 0.023 0.545 3 Y 0.042 0.001 0.120 0.079 0.116 0.100 0.006 0.537 4 K 0.012 0.001 0.249 0.264 0.254 0.076 0.003 0.142 5 A 0.005 0.001 0.473 0.145 0.212 0.030 0.002 0.133 6 A 0.001 0.001 0.832 0.085 0.075 0.002 0.001 0.005 7 I 0.001 0.001 0.878 0.058 0.050 0.002 0.001 0.012 8 F 0.001 0.001 0.860 0.051 0.068 0.003 0.001 0.018 9 D 0.001 0.001 0.640 0.092 0.174 0.019 0.001 0.074 10 M 0.001 0.001 0.417 0.044 0.159 0.115 0.002 0.262 11 D 0.003 0.001 0.031 0.006 0.021 0.694 0.004 0.240 12 G 0.173 0.003 0.052 0.027 0.016 0.174 0.053 0.501 13 T 0.338 0.002 0.035 0.007 0.015 0.506 0.007 0.089 14 I 0.069 0.015 0.177 0.120 0.155 0.184 0.009 0.271 15 L 0.038 0.049 0.089 0.170 0.344 0.091 0.005 0.214 16 D 0.027 0.030 0.076 0.135 0.258 0.132 0.009 0.333 17 T 0.068 0.040 0.041 0.038 0.094 0.171 0.008 0.540 18 S 0.030 0.017 0.009 0.007 0.037 0.601 0.006 0.294 19 A 0.034 0.031 0.003 0.003 0.006 0.253 0.004 0.666 20 D 0.020 0.170 0.002 0.002 0.003 0.405 0.003 0.395 21 L 0.034 0.716 0.004 0.002 0.004 0.048 0.004 0.187 22 T 0.009 0.899 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.068 23 S 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 24 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 25 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 26 N 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 27 Y 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 A 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 29 F 0.009 0.960 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.021 30 E 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 31 Q 0.036 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 32 T 0.093 0.816 0.009 0.002 0.001 0.001 0.062 0.016 33 G 0.579 0.096 0.053 0.008 0.004 0.005 0.166 0.089 34 H 0.056 0.032 0.754 0.011 0.011 0.026 0.013 0.096 35 R 0.016 0.027 0.088 0.013 0.024 0.051 0.005 0.776 36 H 0.067 0.034 0.225 0.020 0.036 0.103 0.009 0.507 37 D 0.031 0.014 0.055 0.010 0.009 0.101 0.008 0.773 38 F 0.145 0.018 0.186 0.018 0.019 0.116 0.008 0.490 39 T 0.025 0.008 0.011 0.006 0.012 0.677 0.003 0.257 40 V 0.025 0.016 0.007 0.003 0.021 0.033 0.002 0.895 41 E 0.008 0.030 0.003 0.002 0.006 0.255 0.001 0.695 42 D 0.019 0.061 0.001 0.001 0.002 0.702 0.003 0.213 43 I 0.024 0.920 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.051 44 K 0.002 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 45 N 0.029 0.910 0.003 0.002 0.002 0.002 0.011 0.041 46 F 0.225 0.691 0.006 0.003 0.004 0.003 0.032 0.037 47 F 0.094 0.749 0.021 0.011 0.011 0.008 0.026 0.080 48 G 0.084 0.436 0.064 0.013 0.014 0.039 0.051 0.300 49 S 0.116 0.220 0.062 0.010 0.009 0.065 0.023 0.496 50 G 0.056 0.121 0.029 0.007 0.007 0.084 0.015 0.682 51 V 0.111 0.128 0.054 0.011 0.017 0.139 0.011 0.528 52 V 0.019 0.291 0.045 0.017 0.022 0.082 0.004 0.521 53 V 0.019 0.444 0.014 0.014 0.025 0.094 0.004 0.386 54 A 0.015 0.839 0.006 0.007 0.011 0.027 0.003 0.093 55 V 0.015 0.916 0.004 0.004 0.008 0.007 0.003 0.043 56 T 0.007 0.958 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.021 57 R 0.022 0.931 0.003 0.002 0.003 0.003 0.009 0.027 58 A 0.031 0.929 0.005 0.003 0.003 0.002 0.008 0.018 59 L 0.036 0.863 0.011 0.009 0.009 0.007 0.015 0.049 60 A 0.063 0.722 0.026 0.013 0.015 0.016 0.020 0.126 61 Y 0.094 0.590 0.032 0.014 0.020 0.021 0.027 0.201 62 E 0.091 0.597 0.036 0.016 0.016 0.040 0.024 0.179 63 A 0.085 0.472 0.060 0.017 0.021 0.063 0.033 0.247 64 G 0.256 0.190 0.033 0.013 0.013 0.037 0.058 0.399 65 S 0.391 0.082 0.078 0.012 0.011 0.092 0.036 0.299 66 S 0.111 0.067 0.049 0.012 0.018 0.173 0.018 0.553 67 R 0.059 0.071 0.033 0.011 0.028 0.113 0.008 0.676 68 E 0.030 0.072 0.022 0.009 0.017 0.346 0.007 0.497 69 S 0.111 0.178 0.018 0.009 0.015 0.354 0.011 0.303 70 L 0.113 0.482 0.016 0.011 0.018 0.059 0.008 0.292 71 V 0.043 0.605 0.023 0.020 0.032 0.068 0.009 0.201 72 A 0.034 0.680 0.019 0.017 0.031 0.034 0.008 0.176 73 F 0.074 0.669 0.014 0.021 0.036 0.023 0.017 0.145 74 G 0.200 0.380 0.025 0.018 0.021 0.044 0.040 0.273 75 T 0.235 0.377 0.061 0.023 0.025 0.051 0.024 0.205 76 K 0.085 0.329 0.041 0.022 0.038 0.067 0.015 0.403 77 D 0.046 0.222 0.027 0.014 0.038 0.069 0.014 0.570 78 E 0.079 0.206 0.022 0.008 0.014 0.126 0.019 0.526 79 Q 0.214 0.238 0.013 0.005 0.007 0.226 0.040 0.255 80 I 0.260 0.389 0.027 0.012 0.018 0.055 0.017 0.223 81 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 82 E 0.023 0.117 0.011 0.009 0.023 0.127 0.008 0.682 83 A 0.399 0.280 0.012 0.006 0.006 0.044 0.028 0.225 84 V 0.276 0.418 0.030 0.009 0.013 0.031 0.014 0.209 85 T 0.122 0.277 0.043 0.012 0.019 0.117 0.015 0.394 86 Q 0.083 0.205 0.028 0.005 0.014 0.048 0.010 0.608 87 T 0.062 0.238 0.010 0.004 0.006 0.183 0.011 0.486 88 E 0.117 0.203 0.006 0.002 0.003 0.373 0.015 0.281 89 V 0.063 0.783 0.009 0.002 0.004 0.016 0.004 0.120 90 N 0.011 0.764 0.005 0.002 0.004 0.036 0.004 0.174 91 R 0.034 0.767 0.004 0.002 0.003 0.027 0.006 0.157 92 V 0.028 0.918 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.040 93 L 0.012 0.937 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.035 94 E 0.013 0.919 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.052 95 V 0.039 0.893 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.050 96 F 0.049 0.880 0.005 0.001 0.002 0.004 0.015 0.045 97 K 0.041 0.782 0.015 0.004 0.005 0.012 0.010 0.132 98 P 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.924 99 Y 0.025 0.680 0.005 0.004 0.006 0.028 0.006 0.246 100 Y 0.032 0.850 0.008 0.002 0.003 0.008 0.007 0.089 101 A 0.017 0.851 0.007 0.003 0.005 0.011 0.004 0.102 102 D 0.027 0.867 0.005 0.002 0.002 0.009 0.006 0.081 103 H 0.064 0.859 0.004 0.002 0.002 0.006 0.013 0.050 104 C 0.082 0.817 0.014 0.005 0.005 0.007 0.019 0.051 105 Q 0.139 0.567 0.045 0.013 0.016 0.029 0.043 0.149 106 I 0.145 0.453 0.066 0.019 0.017 0.027 0.036 0.237 107 K 0.130 0.232 0.061 0.015 0.019 0.059 0.041 0.443 108 T 0.136 0.160 0.085 0.015 0.020 0.058 0.040 0.487 109 G 0.070 0.039 0.087 0.021 0.018 0.060 0.018 0.687 110 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 111 F 0.091 0.024 0.060 0.020 0.059 0.180 0.007 0.560 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 113 G 0.012 0.011 0.004 0.003 0.008 0.260 0.002 0.700 114 I 0.352 0.066 0.009 0.002 0.004 0.083 0.007 0.478 115 L 0.036 0.484 0.013 0.002 0.006 0.031 0.002 0.426 116 D 0.021 0.438 0.003 0.001 0.003 0.104 0.002 0.427 117 L 0.022 0.810 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.138 118 M 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 119 K 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 120 N 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 121 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 122 R 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 123 Q 0.013 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 124 K 0.181 0.665 0.006 0.002 0.001 0.001 0.134 0.011 125 G 0.854 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.131 0.006 126 V 0.009 0.002 0.969 0.003 0.001 0.004 0.003 0.009 127 K 0.001 0.002 0.577 0.048 0.047 0.034 0.002 0.288 128 L 0.002 0.001 0.541 0.023 0.059 0.025 0.001 0.347 129 A 0.001 0.001 0.963 0.019 0.011 0.002 0.001 0.003 130 V 0.001 0.001 0.921 0.022 0.014 0.004 0.001 0.038 131 V 0.001 0.001 0.864 0.050 0.061 0.005 0.001 0.019 132 S 0.002 0.002 0.523 0.101 0.141 0.048 0.001 0.182 133 N 0.011 0.002 0.219 0.041 0.122 0.071 0.011 0.523 134 K 0.018 0.001 0.020 0.005 0.013 0.619 0.002 0.322 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 136 N 0.007 0.004 0.004 0.004 0.013 0.206 0.002 0.760 137 E 0.063 0.024 0.005 0.003 0.005 0.159 0.005 0.735 138 A 0.094 0.184 0.004 0.005 0.010 0.192 0.004 0.506 139 V 0.093 0.638 0.007 0.009 0.019 0.051 0.004 0.180 140 Q 0.009 0.879 0.006 0.003 0.007 0.010 0.002 0.085 141 V 0.006 0.918 0.002 0.003 0.004 0.007 0.002 0.060 142 L 0.009 0.960 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.023 143 V 0.010 0.961 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.020 144 E 0.008 0.960 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 145 E 0.072 0.856 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.041 146 L 0.171 0.706 0.009 0.002 0.002 0.002 0.064 0.044 147 F 0.126 0.515 0.059 0.014 0.019 0.018 0.038 0.211 148 P 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989 149 G 0.028 0.091 0.025 0.018 0.021 0.085 0.019 0.713 150 S 0.427 0.067 0.042 0.009 0.007 0.055 0.043 0.349 151 F 0.140 0.097 0.277 0.045 0.041 0.091 0.018 0.290 152 D 0.057 0.057 0.288 0.132 0.106 0.095 0.012 0.253 153 F 0.052 0.042 0.376 0.104 0.157 0.065 0.011 0.192 154 A 0.049 0.050 0.444 0.146 0.174 0.044 0.012 0.082 155 L 0.024 0.021 0.567 0.136 0.137 0.028 0.009 0.077 156 G 0.021 0.022 0.282 0.141 0.206 0.049 0.011 0.268 157 E 0.022 0.011 0.227 0.066 0.189 0.070 0.009 0.405 158 K 0.019 0.008 0.053 0.036 0.075 0.136 0.011 0.662 159 S 0.080 0.006 0.027 0.024 0.044 0.166 0.013 0.639 160 G 0.110 0.016 0.044 0.043 0.057 0.116 0.013 0.601 161 I 0.075 0.023 0.042 0.046 0.077 0.158 0.010 0.569 162 R 0.090 0.042 0.078 0.106 0.138 0.099 0.014 0.432 163 R 0.130 0.063 0.033 0.034 0.076 0.094 0.037 0.533 164 K 0.307 0.033 0.112 0.072 0.093 0.082 0.015 0.285 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 166 A 0.015 0.009 0.026 0.030 0.114 0.157 0.003 0.647 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 168 D 0.020 0.011 0.003 0.005 0.010 0.185 0.001 0.765 169 M 0.273 0.058 0.005 0.002 0.003 0.128 0.004 0.527 170 T 0.079 0.568 0.009 0.003 0.008 0.077 0.004 0.252 171 S 0.014 0.872 0.004 0.002 0.004 0.016 0.001 0.086 172 E 0.012 0.831 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.137 173 C 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 174 V 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 175 K 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 176 V 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 177 L 0.033 0.926 0.002 0.002 0.001 0.001 0.028 0.007 178 G 0.716 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.205 0.043 179 V 0.054 0.015 0.855 0.018 0.009 0.007 0.009 0.034 180 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 181 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.987 182 D 0.027 0.003 0.065 0.016 0.017 0.220 0.008 0.644 183 K 0.643 0.001 0.069 0.009 0.008 0.171 0.014 0.084 184 C 0.385 0.009 0.332 0.060 0.057 0.040 0.008 0.110 185 V 0.003 0.002 0.840 0.056 0.054 0.008 0.001 0.037 186 Y 0.003 0.003 0.504 0.093 0.138 0.029 0.001 0.229 187 I 0.002 0.002 0.724 0.054 0.131 0.014 0.001 0.070 188 G 0.003 0.005 0.363 0.050 0.101 0.094 0.002 0.383 189 D 0.016 0.003 0.162 0.018 0.045 0.136 0.006 0.614 190 S 0.041 0.005 0.033 0.006 0.013 0.269 0.004 0.628 191 E 0.042 0.007 0.014 0.003 0.009 0.471 0.006 0.449 192 I 0.053 0.021 0.006 0.002 0.004 0.544 0.005 0.364 193 D 0.049 0.186 0.006 0.003 0.006 0.467 0.006 0.276 194 I 0.021 0.849 0.008 0.004 0.008 0.016 0.002 0.092 195 Q 0.016 0.746 0.008 0.004 0.015 0.085 0.005 0.122 196 T 0.034 0.871 0.002 0.003 0.008 0.022 0.004 0.057 197 A 0.026 0.941 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.022 198 R 0.011 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 199 N 0.075 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 200 S 0.385 0.424 0.020 0.008 0.005 0.003 0.117 0.039 201 E 0.690 0.029 0.012 0.008 0.005 0.007 0.149 0.100 202 M 0.044 0.015 0.739 0.021 0.026 0.031 0.010 0.113 203 D 0.011 0.017 0.183 0.085 0.091 0.125 0.007 0.481 204 E 0.011 0.004 0.210 0.022 0.035 0.055 0.003 0.660 205 I 0.012 0.007 0.743 0.087 0.062 0.027 0.003 0.059 206 A 0.008 0.006 0.720 0.066 0.071 0.025 0.002 0.101 207 V 0.005 0.008 0.542 0.127 0.192 0.016 0.003 0.108 208 N 0.006 0.016 0.330 0.096 0.190 0.069 0.004 0.289 209 W 0.026 0.012 0.153 0.046 0.104 0.089 0.011 0.558 210 G 0.064 0.009 0.049 0.019 0.032 0.193 0.015 0.619 211 F 0.202 0.011 0.044 0.014 0.027 0.149 0.019 0.534 212 R 0.118 0.030 0.042 0.027 0.029 0.152 0.017 0.585 213 S 0.070 0.023 0.022 0.010 0.019 0.122 0.018 0.716 214 V 0.109 0.037 0.036 0.021 0.042 0.076 0.006 0.672 215 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 216 F 0.013 0.037 0.008 0.011 0.035 0.179 0.003 0.713 217 L 0.270 0.323 0.014 0.010 0.024 0.051 0.010 0.297 218 Q 0.128 0.544 0.011 0.013 0.027 0.045 0.012 0.220 219 K 0.218 0.490 0.013 0.010 0.012 0.030 0.021 0.205 220 H 0.237 0.470 0.029 0.014 0.013 0.021 0.053 0.162 221 G 0.480 0.109 0.030 0.021 0.017 0.027 0.101 0.215 222 A 0.055 0.030 0.312 0.026 0.025 0.055 0.024 0.474 223 T 0.066 0.034 0.357 0.071 0.080 0.098 0.016 0.279 224 V 0.045 0.013 0.649 0.052 0.066 0.031 0.005 0.139 225 I 0.014 0.013 0.532 0.052 0.093 0.064 0.004 0.230 226 V 0.007 0.008 0.803 0.044 0.042 0.017 0.003 0.077 227 D 0.015 0.011 0.323 0.040 0.063 0.184 0.004 0.359 228 T 0.042 0.008 0.065 0.012 0.050 0.382 0.006 0.434 229 A 0.030 0.016 0.033 0.004 0.047 0.097 0.004 0.769 230 E 0.018 0.008 0.005 0.001 0.003 0.376 0.004 0.585 231 K 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.942 0.001 0.040 232 L 0.145 0.697 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.149 233 E 0.005 0.799 0.002 0.001 0.005 0.015 0.002 0.172 234 E 0.040 0.788 0.003 0.002 0.002 0.008 0.013 0.144 235 A 0.301 0.616 0.003 0.001 0.002 0.004 0.032 0.040 236 I 0.251 0.616 0.015 0.009 0.011 0.005 0.031 0.062 237 L 0.050 0.511 0.110 0.015 0.018 0.023 0.026 0.246 238 G 0.125 0.200 0.062 0.015 0.018 0.048 0.045 0.486 239 E 0.122 0.146 0.119 0.013 0.013 0.068 0.032 0.487