# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2251 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.498 0.350 0.114 0.032 0.006 0.001 0.001 2 K 0.234 0.478 0.215 0.063 0.009 0.001 0.001 3 Y 0.001 0.006 0.045 0.283 0.511 0.152 0.003 4 K 0.008 0.064 0.218 0.366 0.270 0.068 0.005 5 A 0.001 0.001 0.002 0.017 0.139 0.683 0.159 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.274 0.712 7 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.142 0.842 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.137 0.847 9 D 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.319 0.644 10 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.272 0.684 11 D 0.001 0.003 0.013 0.044 0.107 0.333 0.499 12 G 0.001 0.003 0.014 0.061 0.181 0.365 0.376 13 T 0.001 0.001 0.004 0.013 0.060 0.396 0.525 14 I 0.001 0.002 0.004 0.017 0.092 0.424 0.461 15 L 0.002 0.008 0.019 0.053 0.144 0.429 0.346 16 D 0.002 0.018 0.057 0.165 0.282 0.342 0.134 17 T 0.003 0.012 0.034 0.099 0.258 0.435 0.160 18 S 0.013 0.077 0.145 0.254 0.274 0.195 0.042 19 A 0.068 0.214 0.234 0.200 0.159 0.099 0.027 20 D 0.016 0.080 0.189 0.286 0.249 0.151 0.029 21 L 0.009 0.013 0.023 0.068 0.204 0.454 0.230 22 T 0.009 0.057 0.158 0.284 0.269 0.196 0.027 23 S 0.016 0.088 0.249 0.317 0.232 0.086 0.013 24 A 0.002 0.006 0.013 0.042 0.187 0.555 0.195 25 L 0.001 0.002 0.005 0.029 0.156 0.525 0.282 26 N 0.006 0.075 0.235 0.335 0.225 0.108 0.016 27 Y 0.004 0.049 0.201 0.394 0.279 0.066 0.006 28 A 0.002 0.005 0.012 0.054 0.221 0.575 0.132 29 F 0.004 0.020 0.068 0.245 0.425 0.224 0.015 30 E 0.094 0.399 0.326 0.136 0.037 0.006 0.001 31 Q 0.090 0.271 0.300 0.231 0.088 0.019 0.002 32 T 0.041 0.121 0.221 0.312 0.218 0.082 0.005 33 G 0.247 0.270 0.199 0.155 0.094 0.032 0.003 34 H 0.244 0.234 0.240 0.187 0.079 0.015 0.001 35 R 0.347 0.317 0.189 0.098 0.038 0.010 0.001 36 H 0.180 0.209 0.242 0.226 0.112 0.029 0.002 37 D 0.477 0.314 0.127 0.052 0.022 0.007 0.001 38 F 0.040 0.063 0.150 0.334 0.300 0.106 0.008 39 T 0.254 0.324 0.203 0.131 0.062 0.023 0.003 40 V 0.144 0.265 0.278 0.206 0.082 0.023 0.003 41 E 0.463 0.321 0.130 0.057 0.021 0.006 0.001 42 D 0.069 0.195 0.291 0.247 0.138 0.054 0.006 43 I 0.037 0.038 0.071 0.193 0.323 0.298 0.039 44 K 0.095 0.230 0.276 0.243 0.113 0.039 0.004 45 N 0.163 0.271 0.239 0.177 0.092 0.048 0.009 46 F 0.041 0.063 0.097 0.199 0.273 0.264 0.063 47 F 0.057 0.067 0.117 0.184 0.230 0.255 0.090 48 G 0.170 0.215 0.193 0.174 0.124 0.093 0.031 49 S 0.258 0.260 0.192 0.140 0.089 0.047 0.014 50 G 0.174 0.203 0.179 0.175 0.142 0.099 0.028 51 V 0.061 0.070 0.100 0.166 0.235 0.267 0.100 52 V 0.081 0.153 0.196 0.237 0.189 0.115 0.028 53 V 0.094 0.224 0.258 0.216 0.130 0.060 0.017 54 A 0.025 0.054 0.101 0.194 0.283 0.273 0.070 55 V 0.009 0.014 0.031 0.093 0.237 0.455 0.161 56 T 0.023 0.104 0.195 0.253 0.227 0.161 0.037 57 R 0.020 0.085 0.179 0.259 0.249 0.169 0.038 58 A 0.005 0.013 0.031 0.093 0.263 0.447 0.148 59 L 0.020 0.056 0.126 0.218 0.262 0.250 0.068 60 A 0.124 0.199 0.204 0.201 0.159 0.095 0.018 61 Y 0.128 0.175 0.224 0.233 0.162 0.067 0.012 62 E 0.350 0.220 0.148 0.126 0.090 0.056 0.010 63 A 0.410 0.204 0.144 0.126 0.077 0.034 0.004 64 G 0.589 0.217 0.097 0.059 0.027 0.010 0.002 65 S 0.599 0.194 0.086 0.063 0.036 0.019 0.003 66 S 0.557 0.233 0.107 0.060 0.029 0.013 0.002 67 R 0.338 0.260 0.196 0.130 0.056 0.018 0.003 68 E 0.347 0.278 0.184 0.109 0.056 0.022 0.004 69 S 0.215 0.209 0.202 0.181 0.123 0.060 0.010 70 L 0.119 0.132 0.170 0.229 0.211 0.122 0.017 71 V 0.115 0.145 0.188 0.246 0.192 0.099 0.014 72 A 0.138 0.177 0.196 0.201 0.161 0.107 0.020 73 F 0.129 0.142 0.171 0.233 0.202 0.109 0.014 74 G 0.198 0.214 0.193 0.175 0.131 0.078 0.012 75 T 0.186 0.183 0.193 0.211 0.153 0.067 0.007 76 K 0.297 0.259 0.195 0.144 0.076 0.025 0.002 77 D 0.405 0.282 0.175 0.097 0.033 0.007 0.001 78 E 0.628 0.256 0.080 0.027 0.007 0.001 0.001 79 Q 0.322 0.298 0.210 0.123 0.040 0.007 0.001 80 I 0.063 0.110 0.242 0.349 0.198 0.037 0.001 81 P 0.530 0.305 0.117 0.038 0.009 0.001 0.001 82 E 0.525 0.289 0.129 0.046 0.010 0.001 0.001 83 A 0.150 0.212 0.233 0.240 0.130 0.035 0.001 84 V 0.036 0.084 0.191 0.346 0.264 0.076 0.002 85 T 0.336 0.366 0.198 0.077 0.019 0.003 0.001 86 Q 0.453 0.330 0.144 0.056 0.015 0.003 0.001 87 T 0.323 0.283 0.180 0.128 0.065 0.019 0.001 88 E 0.120 0.322 0.285 0.182 0.072 0.017 0.001 89 V 0.015 0.060 0.189 0.386 0.281 0.067 0.002 90 N 0.310 0.421 0.185 0.064 0.016 0.003 0.001 91 R 0.068 0.287 0.353 0.213 0.065 0.013 0.001 92 V 0.008 0.012 0.033 0.180 0.443 0.307 0.016 93 L 0.013 0.093 0.267 0.375 0.199 0.050 0.002 94 E 0.239 0.507 0.188 0.051 0.011 0.003 0.001 95 V 0.020 0.093 0.234 0.346 0.229 0.074 0.004 96 F 0.006 0.013 0.038 0.137 0.379 0.398 0.030 97 K 0.052 0.219 0.334 0.260 0.105 0.028 0.002 98 P 0.305 0.455 0.171 0.052 0.013 0.003 0.001 99 Y 0.019 0.086 0.194 0.312 0.266 0.115 0.008 100 Y 0.021 0.035 0.075 0.224 0.363 0.259 0.025 101 A 0.107 0.263 0.302 0.220 0.088 0.019 0.002 102 D 0.264 0.430 0.206 0.077 0.019 0.004 0.001 103 H 0.040 0.103 0.185 0.315 0.254 0.096 0.007 104 C 0.034 0.070 0.161 0.305 0.308 0.114 0.008 105 Q 0.339 0.357 0.186 0.084 0.027 0.006 0.001 106 I 0.371 0.308 0.180 0.095 0.036 0.010 0.001 107 K 0.184 0.268 0.248 0.178 0.088 0.032 0.003 108 T 0.128 0.147 0.195 0.247 0.191 0.083 0.010 109 G 0.148 0.237 0.229 0.189 0.130 0.056 0.011 110 P 0.044 0.130 0.179 0.250 0.247 0.133 0.016 111 F 0.018 0.083 0.164 0.302 0.284 0.133 0.017 112 P 0.080 0.268 0.291 0.193 0.111 0.048 0.008 113 G 0.014 0.152 0.321 0.302 0.152 0.050 0.008 114 I 0.001 0.001 0.004 0.042 0.256 0.559 0.137 115 L 0.003 0.052 0.228 0.393 0.250 0.069 0.004 116 D 0.016 0.235 0.386 0.249 0.090 0.022 0.002 117 L 0.001 0.002 0.014 0.076 0.317 0.546 0.045 118 M 0.001 0.001 0.008 0.067 0.378 0.496 0.049 119 K 0.028 0.375 0.388 0.168 0.035 0.006 0.001 120 N 0.004 0.128 0.408 0.379 0.075 0.006 0.001 121 L 0.001 0.002 0.014 0.128 0.488 0.359 0.009 122 R 0.013 0.202 0.430 0.289 0.063 0.003 0.001 123 Q 0.446 0.449 0.090 0.014 0.002 0.001 0.001 124 K 0.126 0.374 0.361 0.122 0.016 0.001 0.001 125 G 0.138 0.536 0.241 0.075 0.009 0.001 0.001 126 V 0.001 0.006 0.048 0.299 0.529 0.116 0.002 127 K 0.002 0.024 0.120 0.326 0.367 0.147 0.014 128 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.092 0.651 0.247 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.303 0.682 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.157 0.832 131 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.134 0.859 132 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.413 0.540 133 N 0.001 0.002 0.016 0.106 0.327 0.424 0.124 134 K 0.007 0.091 0.202 0.285 0.237 0.136 0.042 135 P 0.047 0.166 0.206 0.249 0.199 0.113 0.021 136 N 0.042 0.155 0.250 0.263 0.190 0.089 0.011 137 E 0.201 0.306 0.254 0.137 0.070 0.026 0.005 138 A 0.043 0.188 0.271 0.243 0.162 0.081 0.013 139 V 0.005 0.011 0.028 0.119 0.329 0.428 0.080 140 Q 0.020 0.146 0.277 0.322 0.161 0.066 0.009 141 V 0.069 0.348 0.318 0.178 0.063 0.021 0.003 142 L 0.005 0.031 0.123 0.314 0.364 0.153 0.009 143 V 0.005 0.006 0.020 0.112 0.395 0.424 0.038 144 E 0.099 0.360 0.341 0.161 0.035 0.005 0.001 145 E 0.190 0.467 0.234 0.086 0.019 0.004 0.001 146 L 0.013 0.057 0.160 0.337 0.304 0.121 0.008 147 F 0.028 0.098 0.232 0.329 0.234 0.073 0.006 148 P 0.428 0.374 0.129 0.048 0.017 0.004 0.001 149 G 0.148 0.373 0.275 0.142 0.047 0.012 0.002 150 S 0.018 0.113 0.221 0.313 0.226 0.099 0.010 151 F 0.002 0.008 0.031 0.129 0.336 0.402 0.092 152 D 0.008 0.052 0.165 0.321 0.285 0.145 0.025 153 F 0.004 0.010 0.032 0.090 0.239 0.483 0.142 154 A 0.003 0.009 0.011 0.028 0.121 0.494 0.334 155 L 0.004 0.010 0.022 0.076 0.217 0.414 0.257 156 G 0.015 0.043 0.090 0.216 0.314 0.253 0.070 157 E 0.051 0.190 0.247 0.266 0.169 0.066 0.011 158 K 0.338 0.346 0.178 0.090 0.033 0.011 0.003 159 S 0.316 0.304 0.199 0.115 0.050 0.014 0.002 160 G 0.181 0.158 0.192 0.224 0.167 0.070 0.009 161 I 0.220 0.231 0.208 0.174 0.107 0.051 0.010 162 R 0.191 0.226 0.224 0.181 0.116 0.053 0.010 163 R 0.115 0.206 0.213 0.214 0.146 0.087 0.019 164 K 0.017 0.047 0.099 0.191 0.281 0.290 0.075 165 P 0.015 0.052 0.108 0.201 0.257 0.283 0.084 166 A 0.044 0.115 0.160 0.201 0.224 0.190 0.066 167 P 0.055 0.143 0.202 0.242 0.199 0.129 0.029 168 D 0.181 0.330 0.243 0.135 0.070 0.032 0.009 169 M 0.011 0.027 0.063 0.160 0.327 0.350 0.061 170 T 0.012 0.022 0.032 0.111 0.289 0.432 0.101 171 S 0.027 0.173 0.328 0.306 0.125 0.038 0.003 172 E 0.017 0.087 0.287 0.396 0.183 0.028 0.001 173 C 0.006 0.007 0.012 0.052 0.251 0.602 0.069 174 V 0.006 0.021 0.088 0.305 0.426 0.148 0.006 175 K 0.090 0.439 0.307 0.121 0.035 0.008 0.001 176 V 0.042 0.166 0.308 0.323 0.134 0.026 0.002 177 L 0.005 0.021 0.074 0.229 0.386 0.260 0.024 178 G 0.187 0.426 0.221 0.100 0.045 0.018 0.003 179 V 0.041 0.090 0.186 0.337 0.278 0.064 0.003 180 P 0.284 0.401 0.190 0.086 0.031 0.007 0.001 181 R 0.089 0.243 0.295 0.270 0.089 0.013 0.001 182 D 0.122 0.303 0.261 0.186 0.098 0.027 0.003 183 K 0.017 0.102 0.247 0.363 0.219 0.049 0.004 184 C 0.001 0.003 0.019 0.101 0.309 0.493 0.075 185 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.063 0.537 0.388 186 Y 0.001 0.001 0.004 0.021 0.101 0.399 0.474 187 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.288 0.668 188 G 0.001 0.004 0.014 0.064 0.203 0.432 0.282 189 D 0.001 0.006 0.023 0.085 0.245 0.476 0.164 190 S 0.003 0.024 0.072 0.170 0.316 0.337 0.078 191 E 0.080 0.211 0.246 0.226 0.150 0.072 0.015 192 I 0.022 0.090 0.184 0.248 0.226 0.176 0.055 193 D 0.019 0.043 0.075 0.158 0.274 0.322 0.110 194 I 0.012 0.032 0.072 0.153 0.249 0.356 0.125 195 Q 0.067 0.188 0.228 0.224 0.165 0.098 0.030 196 T 0.010 0.015 0.038 0.113 0.252 0.415 0.156 197 A 0.006 0.010 0.020 0.077 0.250 0.439 0.197 198 R 0.027 0.177 0.266 0.257 0.150 0.098 0.025 199 N 0.025 0.125 0.197 0.275 0.237 0.119 0.022 200 S 0.005 0.030 0.083 0.181 0.325 0.286 0.089 201 E 0.030 0.206 0.255 0.257 0.142 0.085 0.025 202 M 0.001 0.005 0.021 0.095 0.317 0.432 0.130 203 D 0.003 0.024 0.099 0.257 0.340 0.228 0.049 204 E 0.001 0.004 0.019 0.064 0.191 0.484 0.235 205 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.318 0.635 206 A 0.001 0.001 0.003 0.016 0.087 0.341 0.551 207 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.071 0.382 0.536 208 N 0.001 0.012 0.046 0.154 0.305 0.377 0.105 209 W 0.003 0.025 0.087 0.235 0.361 0.255 0.034 210 G 0.053 0.168 0.225 0.234 0.182 0.116 0.021 211 F 0.068 0.111 0.180 0.272 0.250 0.109 0.009 212 R 0.132 0.211 0.249 0.211 0.128 0.059 0.009 213 S 0.250 0.272 0.204 0.140 0.088 0.040 0.005 214 V 0.089 0.164 0.250 0.271 0.165 0.056 0.004 215 P 0.471 0.332 0.118 0.050 0.020 0.007 0.001 216 F 0.164 0.250 0.260 0.197 0.098 0.029 0.002 217 L 0.062 0.095 0.163 0.304 0.272 0.098 0.004 218 Q 0.372 0.357 0.184 0.068 0.016 0.003 0.001 219 K 0.557 0.281 0.104 0.041 0.013 0.003 0.001 220 H 0.187 0.195 0.233 0.229 0.122 0.032 0.002 221 G 0.234 0.315 0.232 0.142 0.056 0.019 0.002 222 A 0.036 0.062 0.138 0.274 0.304 0.168 0.017 223 T 0.066 0.212 0.279 0.229 0.142 0.063 0.009 224 V 0.010 0.028 0.071 0.173 0.327 0.335 0.056 225 I 0.004 0.024 0.074 0.188 0.326 0.335 0.049 226 V 0.007 0.022 0.061 0.158 0.338 0.372 0.042 227 D 0.049 0.250 0.288 0.239 0.130 0.039 0.004 228 T 0.009 0.078 0.185 0.305 0.274 0.137 0.012 229 A 0.002 0.011 0.046 0.207 0.431 0.285 0.017 230 E 0.172 0.470 0.249 0.087 0.019 0.003 0.001 231 K 0.033 0.240 0.432 0.247 0.044 0.005 0.001 232 L 0.005 0.009 0.026 0.159 0.474 0.319 0.008 233 E 0.029 0.159 0.364 0.340 0.102 0.008 0.001 234 E 0.393 0.485 0.101 0.018 0.002 0.001 0.001 235 A 0.037 0.141 0.334 0.348 0.122 0.018 0.001 236 I 0.048 0.066 0.138 0.318 0.326 0.102 0.002 237 L 0.297 0.343 0.220 0.108 0.028 0.004 0.001 238 G 0.656 0.239 0.073 0.025 0.006 0.001 0.001 239 E 0.573 0.242 0.118 0.049 0.015 0.003 0.001