# TARGET T0328 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0328.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 140 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.005 0.009 0.008 0.138 0.800 2 D 0.084 0.023 0.018 0.013 0.166 0.695 3 I 0.138 0.061 0.022 0.014 0.263 0.502 4 Q 0.111 0.026 0.036 0.018 0.281 0.528 5 N 0.102 0.036 0.035 0.015 0.340 0.471 6 M 0.080 0.028 0.024 0.010 0.375 0.482 7 P 0.061 0.028 0.061 0.018 0.466 0.366 8 R 0.091 0.026 0.087 0.017 0.463 0.316 9 E 0.120 0.061 0.102 0.012 0.407 0.298 10 Q 0.182 0.028 0.054 0.016 0.396 0.324 11 L 0.205 0.011 0.022 0.019 0.300 0.443 12 G 0.237 0.030 0.019 0.028 0.286 0.399 13 V 0.256 0.054 0.022 0.044 0.342 0.282 14 C 0.201 0.029 0.018 0.036 0.301 0.415 15 A 0.112 0.013 0.019 0.028 0.439 0.388 16 E 0.064 0.014 0.046 0.048 0.510 0.318 17 G 0.069 0.022 0.066 0.070 0.449 0.324 18 N 0.089 0.022 0.082 0.058 0.517 0.233 19 L 0.116 0.005 0.136 0.131 0.433 0.179 20 H 0.449 0.015 0.068 0.076 0.270 0.122 21 S 0.735 0.007 0.028 0.048 0.110 0.072 22 V 0.920 0.002 0.006 0.022 0.019 0.031 23 Y 0.971 0.002 0.001 0.009 0.005 0.011 24 L 0.973 0.001 0.001 0.009 0.004 0.012 25 M 0.969 0.001 0.001 0.010 0.006 0.014 26 F 0.930 0.002 0.001 0.009 0.017 0.041 27 N 0.851 0.007 0.002 0.007 0.056 0.077 28 A 0.525 0.024 0.007 0.008 0.189 0.247 29 N 0.218 0.020 0.008 0.011 0.494 0.248 30 D 0.026 0.004 0.046 0.063 0.718 0.142 31 N 0.010 0.006 0.041 0.112 0.639 0.191 32 V 0.009 0.009 0.057 0.359 0.402 0.165 33 E 0.001 0.001 0.017 0.927 0.030 0.024 34 S 0.002 0.001 0.012 0.951 0.021 0.013 35 Q 0.001 0.001 0.021 0.956 0.016 0.006 36 L 0.001 0.001 0.006 0.976 0.007 0.009 37 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 38 P 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.005 39 C 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.003 40 I 0.001 0.001 0.006 0.980 0.007 0.005 41 A 0.001 0.001 0.005 0.974 0.011 0.009 42 N 0.001 0.001 0.004 0.937 0.022 0.036 43 V 0.001 0.001 0.002 0.949 0.014 0.034 44 A 0.001 0.001 0.002 0.958 0.015 0.025 45 Q 0.001 0.001 0.003 0.949 0.023 0.024 46 Y 0.001 0.001 0.003 0.959 0.021 0.016 47 I 0.001 0.001 0.004 0.949 0.027 0.019 48 Y 0.001 0.001 0.007 0.908 0.053 0.030 49 E 0.001 0.001 0.008 0.905 0.054 0.032 50 L 0.001 0.001 0.013 0.851 0.073 0.061 51 T 0.002 0.003 0.033 0.683 0.163 0.116 52 D 0.007 0.003 0.034 0.577 0.217 0.162 53 Q 0.015 0.005 0.029 0.177 0.365 0.408 54 Y 0.022 0.017 0.025 0.051 0.396 0.490 55 S 0.023 0.014 0.032 0.029 0.525 0.378 56 D 0.010 0.006 0.198 0.030 0.689 0.068 57 S 0.011 0.004 0.268 0.037 0.616 0.064 58 A 0.096 0.005 0.115 0.016 0.612 0.157 59 F 0.538 0.010 0.008 0.007 0.185 0.251 60 N 0.856 0.009 0.001 0.002 0.027 0.105 61 G 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 62 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 63 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 64 A 0.935 0.002 0.001 0.003 0.016 0.042 65 I 0.660 0.013 0.003 0.007 0.059 0.258 66 G 0.210 0.012 0.012 0.035 0.218 0.513 67 A 0.017 0.002 0.196 0.342 0.278 0.166 68 N 0.024 0.005 0.208 0.501 0.213 0.049 69 Y 0.011 0.004 0.177 0.653 0.143 0.013 70 W 0.012 0.003 0.107 0.725 0.116 0.037 71 D 0.007 0.002 0.108 0.749 0.103 0.030 72 S 0.009 0.003 0.062 0.692 0.153 0.080 73 L 0.012 0.014 0.028 0.454 0.231 0.261 74 Y 0.008 0.014 0.015 0.062 0.431 0.471 75 P 0.008 0.003 0.045 0.058 0.491 0.395 76 E 0.014 0.013 0.026 0.038 0.493 0.417 77 S 0.016 0.014 0.013 0.027 0.339 0.591 78 R 0.020 0.011 0.013 0.020 0.156 0.780 79 P 0.028 0.017 0.341 0.070 0.273 0.271 80 E 0.012 0.002 0.580 0.073 0.215 0.117 81 M 0.022 0.004 0.503 0.102 0.221 0.148 82 L 0.062 0.034 0.248 0.108 0.339 0.210 83 K 0.066 0.010 0.069 0.098 0.326 0.432 84 P 0.080 0.015 0.048 0.074 0.252 0.531 85 F 0.082 0.034 0.024 0.043 0.244 0.573 86 P 0.083 0.014 0.023 0.035 0.228 0.617 87 A 0.141 0.021 0.034 0.027 0.251 0.525 88 M 0.118 0.027 0.029 0.022 0.281 0.523 89 Q 0.075 0.029 0.024 0.018 0.376 0.479 90 E 0.026 0.010 0.081 0.046 0.540 0.298 91 G 0.015 0.009 0.104 0.049 0.569 0.253 92 N 0.029 0.022 0.137 0.069 0.530 0.212 93 R 0.058 0.032 0.084 0.087 0.413 0.326 94 E 0.068 0.051 0.067 0.060 0.410 0.344 95 A 0.044 0.031 0.077 0.054 0.417 0.377 96 P 0.037 0.024 0.053 0.050 0.375 0.460 97 A 0.051 0.046 0.051 0.045 0.392 0.415 98 I 0.065 0.039 0.018 0.020 0.562 0.296 99 E 0.073 0.009 0.063 0.011 0.630 0.214 100 Y 0.161 0.018 0.036 0.004 0.603 0.178 101 D 0.499 0.007 0.018 0.002 0.314 0.162 102 L 0.906 0.003 0.001 0.001 0.023 0.067 103 F 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.017 104 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 105 H 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 106 L 0.940 0.002 0.001 0.001 0.017 0.040 107 R 0.873 0.006 0.002 0.001 0.055 0.063 108 C 0.382 0.012 0.025 0.005 0.383 0.193 109 D 0.056 0.012 0.024 0.010 0.524 0.374 110 R 0.014 0.016 0.034 0.053 0.690 0.193 111 Y 0.001 0.001 0.042 0.747 0.174 0.035 112 D 0.001 0.001 0.010 0.911 0.056 0.021 113 I 0.001 0.001 0.003 0.983 0.009 0.004 114 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 115 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 120 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 122 S 0.001 0.001 0.008 0.983 0.007 0.003 123 Q 0.001 0.001 0.016 0.957 0.019 0.008 124 M 0.001 0.001 0.022 0.880 0.055 0.042 125 F 0.002 0.006 0.027 0.659 0.142 0.164 126 E 0.009 0.004 0.128 0.177 0.428 0.253 127 D 0.016 0.002 0.167 0.132 0.426 0.257 128 L 0.172 0.006 0.140 0.160 0.302 0.220 129 V 0.568 0.009 0.017 0.125 0.094 0.188 130 E 0.823 0.005 0.003 0.057 0.022 0.090 131 L 0.845 0.003 0.004 0.084 0.012 0.051 132 V 0.860 0.004 0.006 0.080 0.014 0.037 133 E 0.764 0.001 0.015 0.107 0.037 0.075 134 E 0.808 0.004 0.016 0.067 0.049 0.056 135 E 0.743 0.008 0.019 0.074 0.085 0.072 136 R 0.575 0.005 0.019 0.108 0.143 0.150 137 G 0.657 0.008 0.006 0.035 0.118 0.175 138 F 0.650 0.012 0.006 0.025 0.118 0.190 139 R 0.701 0.022 0.005 0.025 0.101 0.145 140 F 0.486 0.020 0.012 0.029 0.201 0.251 141 M 0.230 0.014 0.009 0.029 0.353 0.365 142 D 0.083 0.008 0.008 0.022 0.451 0.428 143 S 0.066 0.016 0.042 0.075 0.544 0.258 144 R 0.098 0.018 0.111 0.111 0.412 0.251 145 D 0.165 0.037 0.192 0.110 0.329 0.166 146 L 0.188 0.026 0.192 0.119 0.338 0.136 147 T 0.224 0.018 0.100 0.105 0.335 0.218 148 G 0.313 0.013 0.029 0.024 0.295 0.326 149 F 0.315 0.030 0.012 0.014 0.230 0.398 150 V 0.358 0.076 0.010 0.012 0.173 0.371 151 D 0.273 0.037 0.019 0.014 0.230 0.427 152 G 0.168 0.043 0.041 0.021 0.284 0.443 153 T 0.149 0.078 0.027 0.020 0.338 0.389 154 E 0.131 0.059 0.027 0.023 0.372 0.389 155 N 0.015 0.011 0.011 0.010 0.792 0.161 156 P 0.006 0.012 0.030 0.027 0.794 0.132 157 K 0.004 0.008 0.029 0.049 0.757 0.152 158 G 0.005 0.008 0.035 0.061 0.771 0.119 159 R 0.009 0.011 0.069 0.278 0.465 0.169 160 H 0.034 0.015 0.081 0.345 0.361 0.164 161 R 0.102 0.016 0.103 0.359 0.294 0.125 162 Q 0.205 0.018 0.079 0.410 0.166 0.122 163 E 0.351 0.010 0.073 0.351 0.121 0.093 164 V 0.336 0.004 0.057 0.466 0.074 0.063 165 A 0.422 0.004 0.024 0.403 0.063 0.084 166 L 0.497 0.010 0.012 0.335 0.061 0.086 167 V 0.448 0.015 0.013 0.227 0.143 0.154 168 G 0.231 0.015 0.013 0.095 0.367 0.280 169 S 0.075 0.012 0.018 0.045 0.554 0.296 170 E 0.031 0.018 0.019 0.039 0.565 0.328 171 D 0.025 0.024 0.034 0.032 0.672 0.213 172 P 0.014 0.006 0.252 0.078 0.553 0.097 173 E 0.015 0.006 0.352 0.101 0.443 0.083 174 F 0.025 0.015 0.316 0.135 0.461 0.048 175 K 0.039 0.009 0.074 0.178 0.490 0.209 176 G 0.073 0.018 0.017 0.067 0.413 0.412 177 G 0.176 0.023 0.007 0.024 0.331 0.439 178 S 0.430 0.022 0.005 0.024 0.119 0.401 179 Y 0.817 0.007 0.005 0.041 0.033 0.097 180 I 0.883 0.002 0.003 0.058 0.012 0.042 181 H 0.886 0.002 0.002 0.089 0.006 0.015 182 V 0.808 0.002 0.002 0.162 0.010 0.017 183 Q 0.576 0.002 0.003 0.356 0.025 0.038 184 K 0.442 0.005 0.009 0.423 0.061 0.060 185 Y 0.298 0.007 0.014 0.530 0.081 0.070 186 A 0.218 0.008 0.026 0.589 0.097 0.061 187 H 0.097 0.015 0.034 0.659 0.110 0.085 188 N 0.052 0.013 0.018 0.506 0.174 0.237 189 L 0.007 0.001 0.045 0.777 0.116 0.054 190 S 0.004 0.002 0.068 0.777 0.118 0.031 191 K 0.003 0.001 0.119 0.749 0.109 0.019 192 W 0.003 0.002 0.121 0.718 0.117 0.038 193 H 0.006 0.001 0.119 0.598 0.179 0.097 194 R 0.015 0.003 0.075 0.405 0.252 0.249 195 L 0.019 0.016 0.007 0.060 0.219 0.679 196 P 0.006 0.005 0.002 0.033 0.121 0.832 197 L 0.001 0.001 0.034 0.915 0.030 0.020 198 K 0.001 0.001 0.023 0.945 0.025 0.005 199 K 0.001 0.001 0.039 0.931 0.025 0.004 200 Q 0.008 0.002 0.022 0.928 0.028 0.012 201 E 0.012 0.002 0.029 0.896 0.050 0.011 202 D 0.019 0.002 0.028 0.764 0.125 0.062 203 I 0.046 0.002 0.035 0.626 0.176 0.114 204 I 0.136 0.032 0.018 0.215 0.219 0.380 205 G 0.217 0.013 0.014 0.085 0.201 0.471 206 R 0.372 0.030 0.011 0.060 0.172 0.355 207 T 0.547 0.071 0.007 0.037 0.141 0.196 208 K 0.220 0.040 0.011 0.036 0.612 0.080 209 Q 0.072 0.006 0.009 0.027 0.802 0.083 210 D 0.027 0.004 0.009 0.016 0.875 0.069 211 N 0.063 0.018 0.005 0.010 0.738 0.166 212 I 0.255 0.180 0.007 0.013 0.239 0.305 213 E 0.300 0.094 0.013 0.014 0.238 0.342 214 Y 0.112 0.031 0.043 0.018 0.503 0.293 215 E 0.051 0.020 0.046 0.019 0.582 0.283 216 S 0.044 0.011 0.067 0.036 0.541 0.301 217 E 0.063 0.031 0.049 0.044 0.481 0.332 218 D 0.071 0.028 0.030 0.056 0.334 0.481 219 K 0.071 0.035 0.046 0.080 0.339 0.430 220 P 0.047 0.024 0.041 0.127 0.368 0.393 221 L 0.044 0.013 0.041 0.121 0.360 0.422 222 T 0.046 0.015 0.044 0.179 0.377 0.339 223 S 0.052 0.018 0.066 0.264 0.353 0.246 224 H 0.073 0.015 0.074 0.346 0.292 0.200 225 I 0.119 0.010 0.108 0.344 0.263 0.157 226 K 0.158 0.009 0.063 0.301 0.240 0.229 227 R 0.264 0.017 0.051 0.291 0.177 0.199 228 V 0.293 0.015 0.019 0.162 0.168 0.342 229 N 0.377 0.019 0.015 0.110 0.141 0.338 230 L 0.257 0.028 0.035 0.164 0.193 0.323 231 K 0.156 0.042 0.043 0.146 0.243 0.370 232 D 0.066 0.016 0.075 0.110 0.530 0.202 233 E 0.026 0.007 0.046 0.092 0.598 0.230 234 N 0.015 0.008 0.033 0.076 0.597 0.270 235 G 0.023 0.010 0.028 0.062 0.623 0.253 236 K 0.055 0.012 0.030 0.053 0.483 0.367 237 S 0.144 0.049 0.066 0.046 0.411 0.285 238 I 0.342 0.011 0.047 0.054 0.249 0.298 239 E 0.663 0.008 0.021 0.047 0.102 0.159 240 I 0.791 0.022 0.010 0.039 0.047 0.091 241 L 0.825 0.017 0.007 0.044 0.038 0.068 242 R 0.769 0.004 0.011 0.040 0.056 0.118 243 Q 0.686 0.004 0.010 0.038 0.077 0.185 244 S 0.560 0.023 0.009 0.023 0.104 0.280 245 M 0.369 0.045 0.005 0.008 0.120 0.453 246 P 0.151 0.020 0.022 0.006 0.332 0.469 247 Y 0.053 0.015 0.136 0.018 0.527 0.251 248 G 0.032 0.011 0.121 0.038 0.591 0.208 249 S 0.051 0.028 0.090 0.057 0.624 0.151 250 L 0.046 0.016 0.180 0.124 0.532 0.102 251 K 0.030 0.010 0.213 0.146 0.496 0.105 252 E 0.062 0.007 0.231 0.207 0.397 0.097 253 Q 0.163 0.007 0.060 0.186 0.379 0.205 254 G 0.222 0.005 0.006 0.027 0.179 0.561 255 L 0.761 0.008 0.003 0.011 0.040 0.177 256 M 0.940 0.004 0.003 0.009 0.012 0.033 257 F 0.957 0.004 0.003 0.012 0.007 0.017 258 I 0.929 0.002 0.006 0.023 0.015 0.025 259 S 0.867 0.003 0.015 0.030 0.043 0.043 260 T 0.756 0.006 0.025 0.046 0.095 0.072 261 C 0.456 0.025 0.036 0.099 0.244 0.140 262 R 0.110 0.033 0.026 0.120 0.357 0.354 263 T 0.018 0.010 0.003 0.037 0.345 0.588 264 P 0.001 0.001 0.019 0.868 0.090 0.022 265 D 0.001 0.001 0.009 0.943 0.041 0.007 266 H 0.001 0.001 0.007 0.979 0.011 0.002 267 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 268 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 269 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 270 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 271 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 272 H 0.002 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 273 S 0.002 0.001 0.005 0.959 0.018 0.015 274 M 0.007 0.002 0.009 0.868 0.050 0.064 275 V 0.013 0.018 0.013 0.725 0.114 0.116 276 F 0.011 0.012 0.019 0.499 0.198 0.262 277 G 0.009 0.009 0.008 0.069 0.336 0.569 278 D 0.008 0.013 0.013 0.027 0.566 0.373 279 G 0.005 0.007 0.022 0.038 0.676 0.251 280 A 0.003 0.007 0.047 0.056 0.759 0.128 281 G 0.005 0.021 0.053 0.104 0.693 0.125 282 N 0.012 0.029 0.058 0.206 0.451 0.245 283 H 0.016 0.016 0.047 0.277 0.354 0.290 284 D 0.027 0.022 0.066 0.363 0.335 0.187 285 H 0.027 0.024 0.106 0.599 0.162 0.082 286 L 0.068 0.020 0.137 0.599 0.122 0.054 287 M 0.074 0.003 0.121 0.654 0.110 0.038 288 H 0.089 0.004 0.086 0.648 0.116 0.057 289 F 0.126 0.013 0.037 0.589 0.135 0.100 290 T 0.179 0.028 0.024 0.498 0.136 0.135 291 S 0.287 0.032 0.028 0.313 0.194 0.146 292 A 0.210 0.014 0.061 0.257 0.282 0.177 293 L 0.125 0.014 0.056 0.233 0.356 0.216 294 T 0.114 0.008 0.041 0.144 0.406 0.288 295 G 0.093 0.007 0.052 0.164 0.388 0.295 296 S 0.168 0.016 0.087 0.336 0.255 0.137 297 S 0.349 0.015 0.126 0.253 0.181 0.074 298 F 0.403 0.015 0.118 0.227 0.149 0.089 299 F 0.388 0.011 0.070 0.183 0.193 0.155 300 A 0.334 0.011 0.034 0.082 0.224 0.315 301 P 0.177 0.023 0.009 0.027 0.235 0.528 302 S 0.034 0.008 0.022 0.151 0.269 0.516 303 L 0.002 0.001 0.121 0.756 0.083 0.038 304 D 0.001 0.001 0.121 0.808 0.056 0.013 305 F 0.001 0.001 0.099 0.868 0.030 0.003 306 L 0.001 0.001 0.057 0.886 0.046 0.010 307 M 0.001 0.001 0.122 0.767 0.096 0.013 308 Q 0.001 0.001 0.167 0.637 0.150 0.043 309 F 0.003 0.006 0.075 0.511 0.197 0.207 310 D 0.004 0.008 0.036 0.300 0.139 0.512 311 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.983