# TARGET T0328 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0328.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 140 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 D 0.095 0.050 0.005 0.015 0.007 0.019 0.808 3 I 0.130 0.071 0.005 0.015 0.178 0.020 0.581 4 Q 0.099 0.013 0.009 0.010 0.105 0.059 0.704 5 N 0.097 0.044 0.013 0.009 0.192 0.111 0.534 6 M 0.071 0.058 0.020 0.011 0.297 0.082 0.461 7 P 0.033 0.011 0.036 0.012 0.314 0.080 0.514 8 R 0.020 0.009 0.325 0.084 0.184 0.251 0.127 9 E 0.028 0.024 0.382 0.093 0.138 0.225 0.110 10 Q 0.057 0.038 0.252 0.136 0.116 0.146 0.257 11 L 0.077 0.017 0.150 0.126 0.105 0.333 0.194 12 G 0.149 0.018 0.086 0.067 0.111 0.421 0.147 13 V 0.295 0.082 0.066 0.071 0.103 0.091 0.292 14 C 0.242 0.057 0.039 0.046 0.143 0.055 0.419 15 A 0.119 0.022 0.040 0.039 0.255 0.117 0.408 16 E 0.056 0.024 0.044 0.043 0.238 0.164 0.432 17 G 0.033 0.020 0.073 0.182 0.226 0.105 0.361 18 N 0.033 0.011 0.087 0.274 0.139 0.094 0.361 19 L 0.029 0.005 0.103 0.657 0.054 0.081 0.071 20 H 0.153 0.009 0.062 0.593 0.040 0.059 0.083 21 S 0.493 0.005 0.020 0.312 0.041 0.022 0.106 22 V 0.741 0.001 0.007 0.169 0.045 0.007 0.031 23 Y 0.846 0.002 0.005 0.125 0.006 0.004 0.011 24 L 0.837 0.001 0.010 0.129 0.003 0.011 0.010 25 M 0.815 0.001 0.007 0.126 0.009 0.021 0.021 26 F 0.693 0.006 0.011 0.130 0.044 0.036 0.081 27 N 0.445 0.015 0.011 0.068 0.092 0.046 0.323 28 A 0.111 0.022 0.024 0.046 0.171 0.093 0.533 29 N 0.040 0.012 0.019 0.027 0.192 0.086 0.624 30 D 0.006 0.004 0.110 0.146 0.214 0.400 0.120 31 N 0.004 0.007 0.076 0.145 0.288 0.315 0.166 32 V 0.004 0.008 0.033 0.229 0.234 0.067 0.425 33 E 0.001 0.001 0.016 0.888 0.026 0.032 0.036 34 S 0.001 0.001 0.008 0.944 0.008 0.030 0.009 35 Q 0.001 0.001 0.011 0.953 0.004 0.024 0.007 36 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.004 0.008 0.004 37 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.002 38 P 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.014 0.002 39 C 0.001 0.001 0.003 0.968 0.002 0.024 0.003 40 I 0.001 0.001 0.005 0.962 0.003 0.024 0.005 41 A 0.001 0.001 0.007 0.911 0.007 0.070 0.004 42 N 0.001 0.001 0.007 0.891 0.008 0.082 0.012 43 V 0.001 0.001 0.004 0.940 0.014 0.019 0.022 44 A 0.001 0.001 0.003 0.968 0.008 0.012 0.009 45 Q 0.001 0.001 0.002 0.976 0.004 0.011 0.006 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.012 0.005 47 I 0.001 0.001 0.002 0.973 0.004 0.015 0.006 48 Y 0.001 0.001 0.003 0.950 0.006 0.032 0.008 49 E 0.001 0.001 0.008 0.903 0.010 0.065 0.013 50 L 0.001 0.002 0.016 0.825 0.020 0.104 0.032 51 T 0.002 0.005 0.036 0.653 0.034 0.225 0.046 52 D 0.003 0.002 0.046 0.271 0.109 0.476 0.093 53 Q 0.005 0.003 0.031 0.087 0.160 0.459 0.254 54 Y 0.009 0.010 0.008 0.020 0.187 0.032 0.734 55 S 0.015 0.019 0.021 0.014 0.094 0.037 0.800 56 D 0.015 0.008 0.295 0.054 0.129 0.317 0.181 57 S 0.021 0.006 0.322 0.035 0.147 0.371 0.098 58 A 0.125 0.012 0.196 0.040 0.165 0.187 0.276 59 F 0.462 0.015 0.021 0.019 0.097 0.037 0.349 60 N 0.790 0.011 0.007 0.011 0.040 0.010 0.130 61 G 0.908 0.006 0.004 0.013 0.008 0.004 0.056 62 F 0.913 0.005 0.006 0.018 0.009 0.005 0.044 63 V 0.880 0.003 0.008 0.018 0.014 0.009 0.068 64 A 0.738 0.008 0.015 0.016 0.033 0.023 0.167 65 I 0.482 0.056 0.016 0.022 0.115 0.025 0.285 66 G 0.095 0.008 0.017 0.030 0.108 0.024 0.718 67 A 0.005 0.002 0.302 0.407 0.064 0.168 0.052 68 N 0.003 0.003 0.279 0.515 0.040 0.134 0.027 69 Y 0.002 0.002 0.198 0.680 0.029 0.050 0.039 70 W 0.001 0.002 0.150 0.748 0.015 0.047 0.037 71 D 0.002 0.002 0.133 0.689 0.018 0.137 0.018 72 S 0.002 0.002 0.114 0.653 0.027 0.183 0.019 73 L 0.003 0.006 0.037 0.380 0.233 0.218 0.124 74 Y 0.004 0.011 0.023 0.077 0.158 0.258 0.470 75 P 0.003 0.009 0.087 0.040 0.144 0.299 0.419 76 E 0.006 0.005 0.125 0.034 0.191 0.282 0.357 77 S 0.009 0.019 0.104 0.039 0.281 0.111 0.437 78 R 0.013 0.048 0.022 0.044 0.268 0.021 0.583 79 P 0.010 0.014 0.059 0.054 0.059 0.052 0.752 80 E 0.015 0.009 0.246 0.083 0.080 0.306 0.260 81 M 0.024 0.020 0.348 0.092 0.076 0.178 0.261 82 L 0.036 0.033 0.280 0.088 0.102 0.086 0.375 83 K 0.079 0.016 0.106 0.076 0.152 0.129 0.443 84 P 0.054 0.034 0.074 0.055 0.157 0.134 0.492 85 F 0.043 0.055 0.029 0.052 0.211 0.029 0.580 86 P 0.037 0.019 0.046 0.052 0.085 0.094 0.666 87 A 0.033 0.036 0.067 0.060 0.117 0.170 0.517 88 M 0.019 0.029 0.061 0.049 0.140 0.095 0.607 89 Q 0.014 0.015 0.069 0.041 0.198 0.196 0.466 90 E 0.008 0.008 0.117 0.050 0.201 0.339 0.277 91 G 0.009 0.021 0.141 0.038 0.208 0.307 0.276 92 N 0.020 0.019 0.132 0.041 0.232 0.183 0.375 93 R 0.047 0.059 0.132 0.033 0.187 0.114 0.428 94 E 0.039 0.142 0.088 0.039 0.178 0.065 0.449 95 A 0.019 0.029 0.062 0.019 0.159 0.064 0.647 96 P 0.011 0.014 0.067 0.014 0.112 0.314 0.467 97 A 0.008 0.039 0.061 0.010 0.317 0.275 0.291 98 I 0.006 0.018 0.011 0.005 0.581 0.035 0.344 99 E 0.015 0.025 0.096 0.033 0.220 0.342 0.268 100 Y 0.079 0.017 0.070 0.016 0.186 0.172 0.461 101 D 0.349 0.017 0.022 0.010 0.239 0.019 0.344 102 L 0.904 0.011 0.003 0.009 0.015 0.003 0.055 103 F 0.979 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 104 V 0.986 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 105 H 0.978 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 106 L 0.884 0.005 0.006 0.004 0.016 0.004 0.081 107 R 0.722 0.009 0.006 0.005 0.044 0.011 0.204 108 C 0.156 0.017 0.058 0.017 0.135 0.142 0.476 109 D 0.027 0.014 0.016 0.010 0.607 0.104 0.223 110 R 0.007 0.004 0.011 0.049 0.381 0.056 0.491 111 Y 0.001 0.001 0.030 0.863 0.032 0.056 0.018 112 D 0.001 0.001 0.007 0.947 0.012 0.030 0.005 113 I 0.001 0.001 0.004 0.981 0.004 0.007 0.004 114 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 115 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 120 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 122 S 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.012 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.008 0.893 0.003 0.092 0.003 124 M 0.001 0.001 0.008 0.742 0.010 0.224 0.014 125 F 0.006 0.005 0.026 0.494 0.086 0.202 0.180 126 E 0.009 0.002 0.284 0.269 0.074 0.294 0.068 127 D 0.016 0.001 0.284 0.222 0.085 0.353 0.039 128 L 0.053 0.009 0.202 0.223 0.118 0.293 0.101 129 V 0.366 0.012 0.007 0.089 0.092 0.048 0.385 130 E 0.728 0.007 0.002 0.035 0.061 0.013 0.154 131 L 0.893 0.011 0.002 0.022 0.008 0.004 0.059 132 V 0.891 0.002 0.004 0.029 0.010 0.008 0.055 133 E 0.847 0.004 0.010 0.031 0.023 0.009 0.077 134 E 0.793 0.003 0.017 0.028 0.043 0.035 0.081 135 E 0.790 0.012 0.018 0.027 0.034 0.043 0.076 136 R 0.618 0.009 0.024 0.043 0.085 0.098 0.123 137 G 0.453 0.009 0.018 0.023 0.117 0.174 0.206 138 F 0.538 0.051 0.009 0.010 0.080 0.034 0.278 139 R 0.485 0.040 0.014 0.011 0.110 0.044 0.297 140 F 0.272 0.023 0.013 0.007 0.199 0.109 0.377 141 M 0.089 0.018 0.017 0.012 0.336 0.099 0.429 142 D 0.061 0.017 0.008 0.009 0.271 0.044 0.591 143 S 0.028 0.009 0.223 0.216 0.193 0.204 0.127 144 R 0.039 0.021 0.260 0.236 0.169 0.131 0.143 145 D 0.047 0.028 0.271 0.292 0.076 0.100 0.186 146 L 0.047 0.017 0.148 0.320 0.057 0.284 0.126 147 T 0.042 0.010 0.056 0.123 0.084 0.616 0.069 148 G 0.094 0.017 0.044 0.055 0.192 0.425 0.172 149 F 0.155 0.060 0.023 0.031 0.192 0.079 0.460 150 V 0.209 0.111 0.047 0.042 0.170 0.123 0.299 151 D 0.173 0.035 0.036 0.024 0.187 0.224 0.321 152 G 0.076 0.031 0.106 0.053 0.223 0.226 0.285 153 T 0.082 0.037 0.074 0.053 0.215 0.127 0.412 154 E 0.059 0.068 0.055 0.051 0.242 0.107 0.417 155 N 0.020 0.020 0.017 0.025 0.209 0.045 0.663 156 P 0.005 0.009 0.061 0.077 0.169 0.120 0.559 157 K 0.003 0.011 0.115 0.176 0.181 0.175 0.340 158 G 0.003 0.005 0.159 0.242 0.119 0.180 0.292 159 R 0.004 0.004 0.169 0.349 0.080 0.190 0.205 160 H 0.011 0.009 0.137 0.424 0.075 0.134 0.210 161 R 0.025 0.011 0.098 0.564 0.068 0.082 0.151 162 Q 0.074 0.008 0.067 0.609 0.049 0.066 0.129 163 E 0.134 0.006 0.047 0.645 0.038 0.042 0.088 164 V 0.239 0.008 0.035 0.603 0.020 0.033 0.061 165 A 0.233 0.005 0.030 0.602 0.027 0.053 0.049 166 L 0.214 0.016 0.034 0.559 0.037 0.090 0.050 167 V 0.143 0.018 0.030 0.428 0.091 0.108 0.182 168 G 0.060 0.007 0.029 0.162 0.189 0.277 0.277 169 S 0.021 0.005 0.039 0.058 0.249 0.387 0.241 170 E 0.022 0.015 0.050 0.046 0.431 0.156 0.280 171 D 0.024 0.014 0.043 0.027 0.182 0.052 0.659 172 P 0.016 0.006 0.243 0.112 0.140 0.358 0.126 173 E 0.020 0.009 0.213 0.111 0.143 0.390 0.115 174 F 0.025 0.023 0.216 0.089 0.171 0.170 0.306 175 K 0.014 0.008 0.067 0.162 0.130 0.517 0.103 176 G 0.010 0.003 0.025 0.148 0.108 0.641 0.065 177 G 0.023 0.009 0.019 0.375 0.151 0.075 0.349 178 S 0.034 0.005 0.005 0.790 0.029 0.019 0.118 179 Y 0.021 0.002 0.001 0.941 0.006 0.008 0.020 180 I 0.007 0.001 0.001 0.980 0.002 0.002 0.007 181 H 0.006 0.001 0.001 0.984 0.001 0.004 0.004 182 V 0.008 0.001 0.001 0.981 0.003 0.004 0.004 183 Q 0.006 0.001 0.002 0.985 0.002 0.002 0.003 184 K 0.003 0.001 0.004 0.985 0.002 0.003 0.002 185 Y 0.002 0.001 0.009 0.979 0.001 0.008 0.001 186 A 0.002 0.001 0.007 0.953 0.002 0.033 0.002 187 H 0.001 0.001 0.006 0.752 0.012 0.220 0.009 188 N 0.002 0.003 0.004 0.472 0.070 0.305 0.144 189 L 0.001 0.002 0.035 0.746 0.051 0.067 0.098 190 S 0.001 0.001 0.167 0.704 0.029 0.079 0.019 191 K 0.001 0.001 0.265 0.588 0.029 0.097 0.020 192 W 0.001 0.003 0.421 0.427 0.027 0.086 0.034 193 H 0.007 0.002 0.223 0.420 0.043 0.262 0.043 194 R 0.009 0.008 0.142 0.283 0.048 0.431 0.080 195 L 0.010 0.011 0.007 0.043 0.530 0.044 0.355 196 P 0.013 0.019 0.001 0.020 0.072 0.015 0.860 197 L 0.001 0.001 0.044 0.869 0.023 0.029 0.032 198 K 0.002 0.001 0.082 0.866 0.009 0.026 0.015 199 K 0.003 0.001 0.095 0.849 0.009 0.029 0.014 200 Q 0.011 0.003 0.026 0.899 0.016 0.024 0.021 201 E 0.048 0.003 0.031 0.752 0.033 0.075 0.058 202 D 0.070 0.007 0.041 0.631 0.034 0.177 0.040 203 I 0.105 0.015 0.035 0.467 0.077 0.128 0.173 204 I 0.117 0.021 0.047 0.374 0.079 0.230 0.131 205 G 0.146 0.007 0.024 0.142 0.196 0.220 0.266 206 R 0.154 0.019 0.029 0.094 0.184 0.089 0.431 207 T 0.303 0.048 0.034 0.078 0.100 0.055 0.383 208 K 0.230 0.050 0.050 0.065 0.120 0.126 0.358 209 Q 0.128 0.020 0.058 0.053 0.131 0.261 0.350 210 D 0.028 0.006 0.028 0.026 0.155 0.669 0.087 211 N 0.020 0.004 0.014 0.006 0.239 0.553 0.164 212 I 0.173 0.047 0.004 0.006 0.299 0.019 0.451 213 E 0.282 0.228 0.002 0.004 0.031 0.007 0.446 214 Y 0.238 0.076 0.015 0.010 0.045 0.030 0.586 215 E 0.089 0.033 0.046 0.016 0.178 0.242 0.396 216 S 0.027 0.012 0.053 0.019 0.390 0.276 0.223 217 E 0.029 0.014 0.029 0.021 0.340 0.106 0.462 218 D 0.024 0.027 0.021 0.017 0.234 0.075 0.602 219 K 0.035 0.037 0.053 0.054 0.278 0.097 0.447 220 P 0.039 0.022 0.108 0.091 0.132 0.142 0.465 221 L 0.037 0.021 0.142 0.102 0.197 0.191 0.310 222 T 0.064 0.031 0.105 0.127 0.172 0.147 0.353 223 S 0.096 0.030 0.087 0.190 0.126 0.130 0.342 224 H 0.155 0.017 0.076 0.194 0.107 0.162 0.289 225 I 0.229 0.019 0.097 0.210 0.106 0.121 0.217 226 K 0.293 0.028 0.069 0.203 0.088 0.099 0.221 227 R 0.380 0.019 0.053 0.155 0.080 0.103 0.210 228 V 0.461 0.018 0.035 0.092 0.073 0.055 0.266 229 N 0.456 0.022 0.029 0.075 0.076 0.038 0.304 230 L 0.399 0.023 0.046 0.097 0.072 0.063 0.301 231 K 0.266 0.038 0.051 0.102 0.083 0.059 0.401 232 D 0.129 0.018 0.071 0.096 0.106 0.101 0.479 233 E 0.039 0.006 0.070 0.085 0.187 0.406 0.208 234 N 0.012 0.004 0.047 0.048 0.192 0.557 0.141 235 G 0.015 0.005 0.029 0.028 0.342 0.198 0.382 236 K 0.045 0.011 0.030 0.056 0.214 0.258 0.388 237 S 0.175 0.013 0.039 0.065 0.178 0.209 0.320 238 I 0.431 0.025 0.023 0.041 0.094 0.017 0.369 239 E 0.775 0.021 0.014 0.030 0.020 0.006 0.134 240 I 0.845 0.010 0.023 0.029 0.011 0.007 0.076 241 L 0.837 0.015 0.034 0.030 0.009 0.010 0.065 242 R 0.719 0.012 0.068 0.043 0.030 0.025 0.105 243 Q 0.512 0.009 0.072 0.052 0.100 0.098 0.156 244 S 0.256 0.028 0.049 0.030 0.195 0.172 0.270 245 M 0.142 0.040 0.006 0.008 0.322 0.023 0.459 246 P 0.094 0.025 0.007 0.004 0.171 0.048 0.652 247 Y 0.102 0.092 0.022 0.009 0.182 0.117 0.477 248 G 0.058 0.020 0.036 0.010 0.257 0.194 0.426 249 S 0.034 0.010 0.031 0.009 0.322 0.144 0.450 250 L 0.027 0.015 0.090 0.029 0.324 0.220 0.295 251 K 0.045 0.016 0.083 0.018 0.305 0.234 0.299 252 E 0.086 0.029 0.123 0.035 0.274 0.158 0.295 253 Q 0.316 0.033 0.022 0.019 0.113 0.036 0.461 254 G 0.739 0.005 0.006 0.009 0.045 0.017 0.178 255 L 0.910 0.007 0.004 0.005 0.016 0.003 0.054 256 M 0.952 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 0.033 257 F 0.975 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.011 258 I 0.969 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.020 259 S 0.908 0.002 0.007 0.007 0.010 0.005 0.061 260 T 0.856 0.021 0.010 0.008 0.021 0.016 0.069 261 C 0.554 0.013 0.024 0.012 0.089 0.059 0.249 262 R 0.143 0.016 0.025 0.012 0.361 0.073 0.370 263 T 0.043 0.013 0.008 0.017 0.258 0.021 0.641 264 P 0.001 0.001 0.150 0.710 0.033 0.068 0.037 265 D 0.001 0.001 0.040 0.891 0.020 0.040 0.008 266 H 0.001 0.001 0.036 0.900 0.006 0.050 0.008 267 F 0.001 0.001 0.009 0.952 0.003 0.029 0.006 268 E 0.002 0.001 0.005 0.962 0.005 0.019 0.006 269 K 0.004 0.001 0.006 0.970 0.005 0.009 0.005 270 M 0.002 0.001 0.006 0.974 0.003 0.010 0.005 271 L 0.004 0.001 0.008 0.967 0.003 0.012 0.005 272 H 0.002 0.001 0.016 0.952 0.003 0.022 0.005 273 S 0.003 0.001 0.025 0.874 0.008 0.082 0.007 274 M 0.002 0.002 0.035 0.830 0.010 0.106 0.014 275 V 0.010 0.029 0.034 0.644 0.072 0.155 0.055 276 F 0.022 0.009 0.033 0.301 0.090 0.369 0.176 277 G 0.013 0.017 0.018 0.098 0.178 0.418 0.257 278 D 0.007 0.010 0.010 0.019 0.197 0.042 0.716 279 G 0.006 0.007 0.034 0.021 0.257 0.296 0.380 280 A 0.003 0.005 0.065 0.037 0.280 0.489 0.120 281 G 0.008 0.009 0.077 0.054 0.314 0.275 0.264 282 N 0.023 0.017 0.116 0.217 0.129 0.233 0.265 283 H 0.070 0.046 0.083 0.253 0.153 0.118 0.277 284 D 0.075 0.035 0.106 0.255 0.137 0.092 0.301 285 H 0.137 0.028 0.094 0.344 0.075 0.106 0.215 286 L 0.090 0.015 0.141 0.505 0.033 0.095 0.121 287 M 0.101 0.009 0.205 0.444 0.053 0.081 0.108 288 H 0.132 0.004 0.152 0.450 0.059 0.116 0.087 289 F 0.177 0.023 0.110 0.342 0.066 0.158 0.125 290 T 0.283 0.039 0.032 0.184 0.126 0.085 0.250 291 S 0.300 0.021 0.020 0.087 0.193 0.088 0.292 292 A 0.257 0.032 0.044 0.127 0.137 0.173 0.230 293 L 0.259 0.032 0.043 0.069 0.137 0.255 0.204 294 T 0.179 0.023 0.040 0.054 0.164 0.339 0.200 295 G 0.179 0.011 0.048 0.041 0.195 0.284 0.243 296 S 0.341 0.009 0.039 0.048 0.137 0.116 0.311 297 S 0.597 0.010 0.031 0.044 0.134 0.091 0.093 298 F 0.796 0.024 0.019 0.028 0.030 0.041 0.062 299 F 0.848 0.013 0.008 0.011 0.018 0.020 0.082 300 A 0.664 0.014 0.004 0.005 0.084 0.020 0.209 301 P 0.258 0.022 0.002 0.002 0.198 0.012 0.504 302 S 0.043 0.008 0.008 0.019 0.127 0.013 0.783 303 L 0.002 0.002 0.166 0.756 0.024 0.030 0.021 304 D 0.001 0.001 0.148 0.784 0.018 0.035 0.012 305 F 0.001 0.001 0.131 0.813 0.011 0.029 0.015 306 L 0.002 0.002 0.085 0.825 0.018 0.043 0.026 307 M 0.005 0.001 0.125 0.619 0.029 0.182 0.038 308 Q 0.005 0.003 0.168 0.491 0.030 0.251 0.052 309 F 0.007 0.012 0.104 0.310 0.167 0.188 0.212 310 D 0.012 0.015 0.077 0.233 0.043 0.248 0.371 311 N 0.001 0.001 0.016 0.041 0.024 0.033 0.884