# TARGET T0328 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0328.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142.03 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.009 0.006 0.015 0.127 0.821 2 D 0.042 0.023 0.010 0.021 0.181 0.723 3 I 0.036 0.028 0.075 0.045 0.349 0.467 4 Q 0.035 0.032 0.070 0.054 0.360 0.450 5 N 0.029 0.018 0.071 0.063 0.357 0.464 6 M 0.019 0.017 0.025 0.033 0.251 0.654 7 P 0.022 0.021 0.046 0.086 0.398 0.427 8 R 0.014 0.015 0.214 0.169 0.439 0.147 9 E 0.032 0.023 0.194 0.187 0.423 0.141 10 Q 0.031 0.032 0.149 0.162 0.524 0.102 11 L 0.033 0.011 0.094 0.162 0.507 0.193 12 G 0.084 0.031 0.107 0.118 0.472 0.188 13 V 0.209 0.048 0.104 0.129 0.367 0.143 14 C 0.228 0.059 0.097 0.102 0.268 0.246 15 A 0.145 0.028 0.058 0.067 0.421 0.281 16 E 0.077 0.016 0.046 0.056 0.530 0.275 17 G 0.035 0.013 0.038 0.034 0.507 0.373 18 N 0.060 0.017 0.046 0.015 0.504 0.358 19 L 0.203 0.023 0.090 0.020 0.419 0.244 20 H 0.521 0.015 0.024 0.005 0.216 0.219 21 S 0.881 0.003 0.006 0.001 0.053 0.056 22 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 23 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 24 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 25 M 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 26 F 0.901 0.002 0.001 0.003 0.009 0.085 27 N 0.718 0.006 0.001 0.003 0.076 0.196 28 A 0.293 0.013 0.006 0.009 0.293 0.387 29 N 0.076 0.008 0.015 0.010 0.559 0.332 30 D 0.022 0.011 0.028 0.017 0.722 0.199 31 N 0.008 0.009 0.039 0.041 0.549 0.353 32 V 0.006 0.008 0.186 0.431 0.241 0.127 33 E 0.005 0.005 0.181 0.588 0.138 0.083 34 S 0.003 0.002 0.204 0.604 0.130 0.056 35 Q 0.001 0.001 0.145 0.790 0.040 0.023 36 L 0.001 0.001 0.023 0.953 0.012 0.009 37 R 0.001 0.001 0.011 0.971 0.009 0.007 38 P 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 39 C 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 40 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 42 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 43 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 44 A 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.005 45 Q 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.004 46 Y 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 47 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 48 Y 0.001 0.001 0.009 0.980 0.006 0.003 49 E 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.007 50 L 0.002 0.001 0.013 0.923 0.025 0.036 51 T 0.003 0.003 0.026 0.835 0.070 0.063 52 D 0.005 0.002 0.050 0.673 0.155 0.116 53 Q 0.008 0.003 0.059 0.518 0.215 0.197 54 Y 0.024 0.020 0.054 0.185 0.396 0.320 55 S 0.025 0.021 0.055 0.076 0.439 0.385 56 D 0.017 0.006 0.217 0.059 0.541 0.159 57 S 0.040 0.006 0.237 0.035 0.552 0.130 58 A 0.120 0.007 0.143 0.016 0.530 0.184 59 F 0.429 0.012 0.025 0.009 0.258 0.268 60 N 0.825 0.007 0.004 0.004 0.053 0.108 61 G 0.963 0.003 0.001 0.002 0.009 0.022 62 F 0.981 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 63 V 0.971 0.002 0.001 0.003 0.007 0.015 64 A 0.846 0.006 0.003 0.007 0.047 0.091 65 I 0.445 0.017 0.008 0.013 0.169 0.348 66 G 0.103 0.010 0.019 0.022 0.355 0.491 67 A 0.011 0.003 0.332 0.245 0.303 0.106 68 N 0.006 0.007 0.354 0.326 0.253 0.054 69 Y 0.001 0.002 0.526 0.405 0.060 0.006 70 W 0.002 0.004 0.328 0.573 0.075 0.018 71 D 0.003 0.002 0.443 0.428 0.106 0.018 72 S 0.005 0.008 0.248 0.506 0.155 0.077 73 L 0.009 0.026 0.113 0.408 0.213 0.231 74 Y 0.005 0.014 0.033 0.059 0.550 0.339 75 P 0.001 0.002 0.170 0.076 0.605 0.146 76 E 0.002 0.006 0.230 0.081 0.564 0.117 77 S 0.005 0.021 0.201 0.091 0.543 0.140 78 R 0.004 0.018 0.099 0.075 0.414 0.390 79 P 0.002 0.007 0.468 0.138 0.265 0.120 80 E 0.003 0.006 0.575 0.105 0.247 0.064 81 M 0.008 0.008 0.532 0.083 0.295 0.074 82 L 0.027 0.039 0.117 0.076 0.404 0.338 83 K 0.037 0.030 0.037 0.032 0.319 0.545 84 P 0.042 0.030 0.036 0.031 0.338 0.524 85 F 0.029 0.028 0.141 0.029 0.372 0.401 86 P 0.030 0.027 0.304 0.042 0.339 0.257 87 A 0.021 0.020 0.406 0.055 0.314 0.183 88 M 0.020 0.034 0.185 0.067 0.431 0.263 89 Q 0.017 0.027 0.133 0.060 0.571 0.192 90 E 0.008 0.009 0.183 0.075 0.600 0.125 91 G 0.009 0.009 0.126 0.051 0.657 0.148 92 N 0.023 0.028 0.107 0.043 0.593 0.206 93 R 0.039 0.063 0.046 0.043 0.385 0.423 94 E 0.039 0.069 0.030 0.036 0.393 0.434 95 A 0.026 0.022 0.033 0.035 0.532 0.352 96 P 0.032 0.021 0.078 0.042 0.533 0.294 97 A 0.040 0.026 0.111 0.038 0.506 0.280 98 I 0.090 0.027 0.096 0.031 0.562 0.194 99 E 0.170 0.024 0.035 0.011 0.435 0.325 100 Y 0.270 0.012 0.012 0.003 0.411 0.292 101 D 0.630 0.004 0.004 0.001 0.171 0.191 102 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 103 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 106 L 0.893 0.001 0.001 0.002 0.010 0.093 107 R 0.630 0.007 0.002 0.004 0.089 0.268 108 C 0.180 0.027 0.008 0.016 0.225 0.544 109 D 0.041 0.009 0.016 0.037 0.296 0.602 110 R 0.007 0.003 0.059 0.732 0.114 0.086 111 Y 0.001 0.001 0.018 0.937 0.025 0.018 112 D 0.001 0.001 0.011 0.978 0.006 0.003 113 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 122 S 0.001 0.001 0.011 0.977 0.007 0.005 123 Q 0.001 0.001 0.017 0.954 0.016 0.012 124 M 0.003 0.002 0.026 0.835 0.040 0.094 125 F 0.009 0.006 0.055 0.563 0.142 0.226 126 E 0.013 0.002 0.185 0.361 0.303 0.137 127 D 0.025 0.001 0.183 0.427 0.249 0.115 128 L 0.110 0.005 0.085 0.680 0.069 0.050 129 V 0.236 0.002 0.030 0.628 0.033 0.070 130 E 0.449 0.002 0.016 0.489 0.015 0.029 131 L 0.518 0.002 0.011 0.424 0.017 0.029 132 V 0.512 0.004 0.012 0.362 0.047 0.063 133 E 0.599 0.005 0.018 0.200 0.106 0.073 134 E 0.468 0.010 0.056 0.239 0.148 0.080 135 E 0.233 0.011 0.075 0.401 0.192 0.087 136 R 0.101 0.010 0.077 0.300 0.269 0.243 137 G 0.068 0.010 0.052 0.079 0.292 0.499 138 F 0.278 0.031 0.054 0.036 0.263 0.338 139 R 0.446 0.039 0.046 0.033 0.200 0.237 140 F 0.318 0.036 0.037 0.046 0.298 0.266 141 M 0.171 0.041 0.019 0.039 0.346 0.385 142 D 0.079 0.020 0.018 0.025 0.475 0.382 143 S 0.016 0.009 0.320 0.189 0.391 0.074 144 R 0.028 0.008 0.397 0.109 0.387 0.071 145 D 0.032 0.017 0.518 0.102 0.274 0.057 146 L 0.062 0.037 0.236 0.154 0.297 0.214 147 T 0.075 0.025 0.098 0.130 0.350 0.322 148 G 0.073 0.012 0.023 0.025 0.358 0.509 149 F 0.157 0.106 0.009 0.030 0.333 0.365 150 V 0.175 0.095 0.011 0.033 0.416 0.269 151 D 0.090 0.019 0.018 0.031 0.616 0.226 152 G 0.075 0.010 0.044 0.045 0.635 0.189 153 T 0.200 0.058 0.062 0.101 0.393 0.186 154 E 0.216 0.059 0.044 0.109 0.325 0.246 155 N 0.063 0.026 0.017 0.040 0.447 0.407 156 P 0.023 0.012 0.047 0.048 0.503 0.367 157 K 0.020 0.014 0.079 0.052 0.495 0.340 158 G 0.012 0.007 0.110 0.028 0.550 0.293 159 R 0.026 0.011 0.227 0.032 0.451 0.254 160 H 0.071 0.019 0.203 0.024 0.368 0.314 161 R 0.089 0.021 0.237 0.026 0.367 0.260 162 Q 0.149 0.006 0.076 0.011 0.347 0.410 163 E 0.346 0.006 0.038 0.009 0.239 0.362 164 V 0.761 0.010 0.011 0.010 0.069 0.139 165 A 0.924 0.009 0.002 0.005 0.017 0.043 166 L 0.953 0.005 0.001 0.002 0.013 0.026 167 V 0.815 0.011 0.002 0.004 0.048 0.120 168 G 0.361 0.012 0.004 0.004 0.327 0.292 169 S 0.081 0.006 0.030 0.012 0.582 0.288 170 E 0.029 0.017 0.063 0.017 0.565 0.309 171 D 0.014 0.030 0.055 0.015 0.745 0.141 172 P 0.004 0.010 0.383 0.040 0.472 0.091 173 E 0.008 0.020 0.377 0.062 0.461 0.072 174 F 0.007 0.026 0.206 0.029 0.722 0.011 175 K 0.009 0.010 0.060 0.028 0.843 0.050 176 G 0.008 0.009 0.025 0.051 0.818 0.090 177 G 0.027 0.022 0.024 0.135 0.675 0.116 178 S 0.105 0.024 0.018 0.316 0.105 0.432 179 Y 0.059 0.012 0.010 0.890 0.010 0.020 180 I 0.120 0.003 0.013 0.827 0.016 0.021 181 H 0.084 0.001 0.010 0.888 0.008 0.008 182 V 0.086 0.001 0.011 0.879 0.016 0.008 183 Q 0.029 0.001 0.011 0.928 0.024 0.007 184 K 0.036 0.001 0.030 0.882 0.042 0.009 185 Y 0.022 0.002 0.047 0.849 0.057 0.023 186 A 0.009 0.002 0.029 0.900 0.035 0.024 187 H 0.008 0.005 0.020 0.834 0.042 0.091 188 N 0.006 0.005 0.013 0.335 0.065 0.577 189 L 0.001 0.001 0.065 0.846 0.047 0.039 190 S 0.006 0.001 0.186 0.667 0.100 0.040 191 K 0.005 0.003 0.239 0.640 0.086 0.028 192 W 0.008 0.005 0.266 0.502 0.178 0.040 193 H 0.017 0.004 0.172 0.305 0.343 0.160 194 R 0.022 0.007 0.038 0.058 0.365 0.508 195 L 0.030 0.031 0.003 0.011 0.217 0.708 196 P 0.011 0.009 0.001 0.005 0.050 0.924 197 L 0.003 0.001 0.140 0.787 0.033 0.036 198 K 0.007 0.001 0.161 0.771 0.045 0.015 199 K 0.012 0.001 0.189 0.720 0.064 0.014 200 Q 0.021 0.004 0.092 0.791 0.065 0.026 201 E 0.026 0.003 0.067 0.795 0.076 0.033 202 D 0.049 0.002 0.057 0.670 0.118 0.103 203 I 0.134 0.021 0.019 0.412 0.111 0.304 204 I 0.141 0.045 0.012 0.264 0.106 0.432 205 G 0.124 0.018 0.013 0.035 0.160 0.649 206 R 0.107 0.015 0.014 0.016 0.136 0.712 207 T 0.132 0.026 0.019 0.013 0.150 0.659 208 K 0.102 0.034 0.065 0.018 0.320 0.461 209 Q 0.056 0.020 0.095 0.027 0.626 0.176 210 D 0.029 0.010 0.115 0.046 0.695 0.105 211 N 0.025 0.009 0.047 0.017 0.684 0.217 212 I 0.110 0.053 0.027 0.011 0.415 0.384 213 E 0.146 0.079 0.028 0.012 0.190 0.545 214 Y 0.135 0.087 0.049 0.013 0.211 0.505 215 E 0.102 0.037 0.041 0.019 0.297 0.505 216 S 0.046 0.021 0.069 0.026 0.437 0.402 217 E 0.028 0.018 0.040 0.024 0.498 0.392 218 D 0.031 0.023 0.031 0.015 0.464 0.435 219 K 0.018 0.019 0.023 0.021 0.440 0.479 220 P 0.012 0.018 0.028 0.034 0.442 0.466 221 L 0.016 0.025 0.068 0.140 0.361 0.391 222 T 0.035 0.015 0.041 0.132 0.366 0.411 223 S 0.066 0.016 0.047 0.301 0.365 0.206 224 H 0.148 0.019 0.046 0.272 0.248 0.267 225 I 0.255 0.013 0.076 0.334 0.184 0.137 226 K 0.396 0.007 0.078 0.247 0.143 0.129 227 R 0.431 0.013 0.033 0.237 0.108 0.178 228 V 0.263 0.018 0.012 0.119 0.129 0.459 229 N 0.112 0.012 0.007 0.022 0.220 0.627 230 L 0.139 0.010 0.060 0.034 0.350 0.407 231 K 0.344 0.052 0.052 0.028 0.257 0.268 232 D 0.078 0.024 0.019 0.009 0.854 0.016 233 E 0.005 0.002 0.024 0.007 0.953 0.009 234 N 0.002 0.001 0.011 0.007 0.968 0.012 235 G 0.008 0.007 0.006 0.009 0.948 0.023 236 K 0.104 0.044 0.005 0.067 0.308 0.471 237 S 0.408 0.093 0.006 0.104 0.086 0.304 238 I 0.558 0.012 0.014 0.131 0.104 0.181 239 E 0.702 0.006 0.015 0.111 0.059 0.108 240 I 0.750 0.005 0.028 0.128 0.043 0.046 241 L 0.584 0.008 0.023 0.277 0.043 0.065 242 R 0.467 0.013 0.034 0.306 0.096 0.085 243 Q 0.260 0.021 0.026 0.252 0.187 0.254 244 S 0.072 0.016 0.017 0.073 0.283 0.539 245 M 0.029 0.019 0.004 0.004 0.335 0.608 246 P 0.031 0.013 0.007 0.004 0.421 0.524 247 Y 0.050 0.031 0.018 0.019 0.498 0.384 248 G 0.049 0.035 0.018 0.025 0.476 0.397 249 S 0.063 0.059 0.034 0.062 0.456 0.325 250 L 0.023 0.014 0.331 0.193 0.311 0.128 251 K 0.023 0.008 0.446 0.174 0.291 0.058 252 E 0.036 0.006 0.520 0.136 0.256 0.046 253 Q 0.076 0.009 0.180 0.105 0.429 0.200 254 G 0.219 0.010 0.041 0.041 0.340 0.348 255 L 0.686 0.013 0.007 0.020 0.089 0.185 256 M 0.935 0.003 0.002 0.010 0.020 0.031 257 F 0.973 0.001 0.002 0.011 0.005 0.008 258 I 0.941 0.001 0.002 0.042 0.005 0.009 259 S 0.909 0.001 0.006 0.051 0.017 0.017 260 T 0.866 0.002 0.006 0.041 0.044 0.042 261 C 0.414 0.007 0.008 0.027 0.197 0.347 262 R 0.101 0.023 0.006 0.022 0.237 0.611 263 T 0.018 0.008 0.002 0.008 0.151 0.813 264 P 0.001 0.001 0.179 0.719 0.069 0.032 265 D 0.001 0.001 0.094 0.867 0.032 0.006 266 H 0.001 0.001 0.046 0.939 0.012 0.002 267 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 268 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 269 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 270 M 0.002 0.001 0.001 0.991 0.003 0.002 271 L 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 272 H 0.004 0.001 0.007 0.977 0.007 0.004 273 S 0.004 0.001 0.010 0.969 0.010 0.007 274 M 0.013 0.001 0.016 0.930 0.019 0.021 275 V 0.031 0.006 0.017 0.807 0.054 0.085 276 F 0.050 0.020 0.036 0.522 0.163 0.210 277 G 0.047 0.025 0.024 0.217 0.346 0.341 278 D 0.026 0.017 0.019 0.055 0.527 0.355 279 G 0.009 0.013 0.043 0.037 0.633 0.265 280 A 0.010 0.019 0.056 0.030 0.702 0.183 281 G 0.014 0.024 0.041 0.027 0.731 0.163 282 N 0.018 0.019 0.074 0.074 0.550 0.264 283 H 0.035 0.039 0.058 0.126 0.448 0.294 284 D 0.035 0.011 0.068 0.111 0.531 0.244 285 H 0.025 0.012 0.178 0.220 0.399 0.166 286 L 0.067 0.044 0.174 0.229 0.340 0.146 287 M 0.119 0.015 0.205 0.199 0.309 0.153 288 H 0.196 0.010 0.134 0.209 0.265 0.187 289 F 0.359 0.027 0.069 0.192 0.175 0.178 290 T 0.457 0.029 0.028 0.256 0.104 0.126 291 S 0.455 0.021 0.016 0.165 0.145 0.198 292 A 0.294 0.015 0.029 0.189 0.265 0.207 293 L 0.237 0.039 0.029 0.096 0.390 0.209 294 T 0.169 0.030 0.037 0.074 0.517 0.172 295 G 0.110 0.016 0.083 0.093 0.505 0.193 296 S 0.194 0.011 0.176 0.132 0.350 0.137 297 S 0.342 0.026 0.194 0.136 0.212 0.090 298 F 0.490 0.036 0.132 0.139 0.132 0.071 299 F 0.495 0.030 0.110 0.144 0.135 0.085 300 A 0.358 0.024 0.120 0.121 0.200 0.176 301 P 0.163 0.026 0.066 0.209 0.222 0.314 302 S 0.031 0.012 0.038 0.342 0.210 0.368 303 L 0.002 0.001 0.067 0.849 0.055 0.026 304 D 0.001 0.001 0.087 0.860 0.043 0.008 305 F 0.001 0.001 0.089 0.879 0.027 0.003 306 L 0.001 0.002 0.065 0.888 0.036 0.008 307 M 0.002 0.002 0.084 0.805 0.077 0.030 308 Q 0.003 0.003 0.068 0.646 0.144 0.136 309 F 0.004 0.009 0.036 0.333 0.215 0.402 310 D 0.003 0.005 0.007 0.070 0.145 0.769 311 N 0.002 0.002 0.004 0.031 0.107 0.853