# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.004 0.009 0.291 0.177 0.503 2 N 0.016 0.009 0.013 0.597 0.100 0.264 3 K 0.011 0.003 0.025 0.797 0.066 0.099 4 D 0.010 0.002 0.033 0.841 0.044 0.070 5 K 0.013 0.003 0.036 0.867 0.032 0.050 6 L 0.021 0.003 0.021 0.894 0.027 0.034 7 R 0.034 0.002 0.020 0.904 0.022 0.019 8 Y 0.062 0.002 0.020 0.877 0.022 0.016 9 A 0.094 0.002 0.020 0.823 0.033 0.029 10 I 0.105 0.002 0.016 0.806 0.039 0.031 11 L 0.076 0.003 0.020 0.774 0.075 0.052 12 K 0.036 0.004 0.019 0.666 0.126 0.149 13 E 0.043 0.007 0.022 0.245 0.270 0.413 14 I 0.082 0.031 0.032 0.181 0.330 0.345 15 F 0.080 0.040 0.028 0.122 0.518 0.213 16 E 0.058 0.014 0.029 0.088 0.563 0.247 17 G 0.043 0.008 0.021 0.035 0.592 0.301 18 N 0.053 0.017 0.031 0.025 0.533 0.342 19 T 0.125 0.049 0.025 0.027 0.286 0.489 20 P 0.148 0.056 0.033 0.017 0.246 0.500 21 L 0.099 0.070 0.011 0.014 0.223 0.582 22 S 0.050 0.028 0.016 0.029 0.460 0.417 23 E 0.014 0.003 0.263 0.144 0.519 0.056 24 N 0.014 0.001 0.273 0.094 0.566 0.053 25 D 0.058 0.008 0.366 0.069 0.441 0.059 26 I 0.341 0.016 0.037 0.058 0.202 0.347 27 G 0.475 0.035 0.013 0.020 0.092 0.365 28 V 0.555 0.074 0.007 0.015 0.068 0.281 29 T 0.399 0.021 0.008 0.052 0.108 0.412 30 E 0.010 0.001 0.079 0.788 0.078 0.045 31 D 0.002 0.001 0.077 0.865 0.045 0.010 32 Q 0.002 0.002 0.061 0.880 0.044 0.012 33 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 34 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 40 L 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 41 K 0.001 0.001 0.011 0.946 0.030 0.011 42 R 0.003 0.001 0.021 0.823 0.107 0.046 43 E 0.014 0.001 0.023 0.277 0.458 0.226 44 G 0.022 0.001 0.008 0.012 0.445 0.512 45 Y 0.360 0.028 0.007 0.003 0.278 0.325 46 I 0.786 0.022 0.003 0.001 0.118 0.070 47 I 0.826 0.002 0.003 0.001 0.096 0.072 48 G 0.899 0.003 0.002 0.001 0.043 0.053 49 V 0.869 0.007 0.001 0.001 0.052 0.069 50 H 0.794 0.009 0.002 0.002 0.073 0.120 51 Y 0.646 0.025 0.004 0.002 0.160 0.163 52 S 0.347 0.025 0.010 0.004 0.436 0.179 53 D 0.088 0.007 0.015 0.004 0.698 0.188 54 D 0.041 0.006 0.023 0.006 0.757 0.168 55 R 0.148 0.025 0.018 0.008 0.481 0.321 56 P 0.329 0.034 0.020 0.019 0.203 0.396 57 H 0.638 0.023 0.020 0.018 0.118 0.183 58 L 0.709 0.024 0.023 0.020 0.110 0.114 59 Y 0.553 0.020 0.027 0.027 0.248 0.126 60 K 0.333 0.011 0.039 0.034 0.454 0.129 61 L 0.169 0.007 0.030 0.026 0.584 0.184 62 G 0.232 0.013 0.020 0.013 0.491 0.230 63 P 0.442 0.020 0.009 0.015 0.181 0.332 64 E 0.658 0.024 0.010 0.013 0.086 0.209 65 L 0.782 0.032 0.007 0.012 0.053 0.114 66 T 0.654 0.019 0.011 0.043 0.166 0.107 67 E 0.190 0.006 0.037 0.260 0.393 0.114 68 K 0.046 0.004 0.023 0.351 0.471 0.105 69 G 0.030 0.009 0.023 0.562 0.285 0.091 70 E 0.015 0.004 0.011 0.896 0.039 0.035 71 N 0.031 0.005 0.021 0.888 0.036 0.018 72 Y 0.030 0.005 0.029 0.865 0.047 0.025 73 L 0.032 0.005 0.028 0.835 0.065 0.035 74 K 0.028 0.003 0.024 0.771 0.120 0.054 75 E 0.008 0.001 0.009 0.774 0.095 0.113 76 N 0.004 0.001 0.002 0.845 0.047 0.101 77 G 0.003 0.002 0.002 0.906 0.035 0.051 78 T 0.001 0.002 0.003 0.959 0.012 0.023 79 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 80 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.006 85 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.010 86 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 87 K 0.001 0.001 0.004 0.981 0.006 0.008 88 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.008 89 I 0.001 0.001 0.006 0.966 0.014 0.013 90 K 0.001 0.001 0.014 0.953 0.021 0.010 91 D 0.001 0.001 0.021 0.929 0.033 0.017 92 W 0.001 0.001 0.024 0.884 0.051 0.039 93 I 0.007 0.010 0.040 0.490 0.200 0.253 94 K 0.019 0.015 0.065 0.224 0.294 0.383 95 L 0.024 0.017 0.119 0.222 0.366 0.251 96 E 0.038 0.016 0.131 0.192 0.433 0.189 97 H 0.055 0.011 0.106 0.178 0.444 0.206 98 H 0.065 0.017 0.066 0.158 0.501 0.193 99 H 0.077 0.030 0.051 0.135 0.499 0.207 100 H 0.076 0.028 0.065 0.084 0.547 0.200 101 H 0.071 0.022 0.066 0.075 0.599 0.167 102 H 0.037 0.039 0.041 0.053 0.541 0.290 103 M 0.033 0.050 0.011 0.035 0.367 0.504 104 N 0.017 0.037 0.003 0.020 0.246 0.677 105 K 0.002 0.002 0.008 0.865 0.078 0.045 106 D 0.001 0.001 0.004 0.940 0.041 0.013 107 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.013 0.006 108 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 109 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 114 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.006 115 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.016 0.010 116 I 0.001 0.001 0.003 0.971 0.013 0.011 117 F 0.002 0.004 0.007 0.844 0.083 0.060 118 E 0.002 0.001 0.021 0.816 0.110 0.051 119 G 0.006 0.002 0.018 0.393 0.336 0.245 120 N 0.009 0.011 0.014 0.130 0.369 0.466 121 T 0.015 0.027 0.005 0.028 0.208 0.718 122 P 0.030 0.019 0.016 0.021 0.214 0.700 123 L 0.055 0.017 0.202 0.087 0.348 0.291 124 S 0.104 0.045 0.265 0.068 0.354 0.164 125 E 0.122 0.027 0.232 0.071 0.470 0.078 126 N 0.085 0.007 0.131 0.058 0.588 0.131 127 D 0.095 0.022 0.020 0.026 0.575 0.262 128 I 0.150 0.026 0.016 0.032 0.336 0.441 129 G 0.134 0.015 0.006 0.029 0.188 0.628 130 V 0.155 0.059 0.013 0.066 0.187 0.521 131 T 0.127 0.038 0.011 0.099 0.114 0.611 132 E 0.048 0.008 0.025 0.787 0.052 0.081 133 D 0.025 0.002 0.029 0.834 0.072 0.037 134 Q 0.021 0.010 0.019 0.823 0.082 0.045 135 F 0.004 0.001 0.003 0.965 0.017 0.010 136 D 0.001 0.001 0.001 0.967 0.019 0.012 137 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 140 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 141 F 0.001 0.001 0.006 0.979 0.010 0.004 142 L 0.006 0.001 0.009 0.959 0.018 0.007 143 K 0.011 0.001 0.013 0.919 0.038 0.018 144 R 0.029 0.008 0.021 0.674 0.150 0.118 145 E 0.072 0.008 0.018 0.160 0.410 0.332 146 G 0.115 0.004 0.016 0.024 0.411 0.430 147 Y 0.551 0.015 0.009 0.008 0.241 0.176 148 I 0.886 0.012 0.002 0.002 0.046 0.052 149 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 150 G 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 151 V 0.883 0.004 0.001 0.001 0.021 0.091 152 H 0.677 0.015 0.001 0.001 0.067 0.238 153 Y 0.311 0.039 0.004 0.002 0.191 0.453 154 S 0.063 0.050 0.012 0.002 0.637 0.236 155 D 0.017 0.006 0.016 0.003 0.839 0.119 156 D 0.008 0.007 0.026 0.005 0.878 0.075 157 R 0.024 0.011 0.012 0.009 0.789 0.154 158 P 0.082 0.034 0.029 0.032 0.547 0.276 159 H 0.202 0.075 0.062 0.079 0.384 0.197 160 L 0.189 0.037 0.128 0.147 0.349 0.150 161 Y 0.227 0.026 0.105 0.150 0.315 0.178 162 K 0.291 0.027 0.055 0.170 0.281 0.177 163 L 0.127 0.041 0.029 0.182 0.231 0.389 164 G 0.047 0.004 0.016 0.046 0.257 0.630 165 P 0.040 0.009 0.174 0.176 0.295 0.307 166 E 0.108 0.023 0.185 0.179 0.300 0.205 167 L 0.195 0.025 0.117 0.193 0.278 0.193 168 T 0.174 0.021 0.039 0.149 0.283 0.334 169 E 0.087 0.015 0.026 0.293 0.385 0.194 170 K 0.026 0.007 0.019 0.394 0.340 0.214 171 G 0.012 0.005 0.011 0.480 0.296 0.196 172 E 0.019 0.007 0.019 0.570 0.228 0.158 173 N 0.047 0.010 0.023 0.698 0.088 0.134 174 Y 0.097 0.016 0.051 0.661 0.093 0.083 175 L 0.096 0.009 0.075 0.672 0.088 0.060 176 K 0.144 0.023 0.077 0.532 0.170 0.055 177 E 0.084 0.002 0.048 0.514 0.245 0.107 178 N 0.066 0.004 0.019 0.396 0.324 0.191 179 G 0.078 0.023 0.005 0.074 0.338 0.482 180 T 0.152 0.052 0.003 0.065 0.130 0.599 181 W 0.048 0.011 0.020 0.707 0.097 0.116 182 S 0.018 0.003 0.051 0.721 0.141 0.066 183 K 0.017 0.003 0.084 0.694 0.161 0.042 184 A 0.016 0.007 0.063 0.703 0.161 0.049 185 Y 0.008 0.007 0.029 0.825 0.094 0.038 186 K 0.011 0.004 0.017 0.508 0.233 0.228 187 T 0.011 0.005 0.014 0.339 0.122 0.508 188 I 0.003 0.004 0.050 0.874 0.034 0.035 189 K 0.004 0.001 0.065 0.870 0.036 0.023 190 E 0.005 0.004 0.068 0.855 0.036 0.031 191 I 0.008 0.003 0.015 0.914 0.029 0.031 192 K 0.002 0.001 0.009 0.964 0.020 0.005 193 D 0.001 0.001 0.008 0.969 0.017 0.005 194 W 0.001 0.001 0.013 0.960 0.020 0.007 195 I 0.003 0.002 0.020 0.938 0.025 0.011 196 K 0.011 0.003 0.024 0.876 0.041 0.045 197 L 0.017 0.009 0.048 0.789 0.085 0.050 198 E 0.038 0.010 0.055 0.563 0.199 0.135 199 H 0.030 0.005 0.081 0.357 0.361 0.166 200 H 0.025 0.007 0.071 0.272 0.443 0.183 201 H 0.036 0.019 0.060 0.203 0.412 0.270 202 H 0.038 0.023 0.029 0.133 0.273 0.504 203 H 0.019 0.014 0.008 0.066 0.169 0.725 204 H 0.001 0.002 0.001 0.004 0.018 0.975