# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.86949 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.438 0.009 0.016 0.020 0.024 0.059 0.008 0.003 0.048 0.336 2 N 0.043 0.807 0.001 0.002 0.005 0.006 0.018 0.006 0.001 0.017 0.095 3 K 0.032 0.856 0.003 0.004 0.002 0.003 0.011 0.004 0.001 0.019 0.065 4 D 0.014 0.870 0.002 0.005 0.004 0.007 0.015 0.002 0.001 0.021 0.060 5 K 0.007 0.919 0.001 0.003 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.012 0.038 6 L 0.008 0.942 0.002 0.003 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.024 7 R 0.011 0.939 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.003 0.001 0.010 0.019 8 Y 0.015 0.880 0.004 0.004 0.004 0.006 0.008 0.003 0.001 0.027 0.047 9 A 0.051 0.575 0.086 0.007 0.009 0.009 0.025 0.011 0.034 0.102 0.089 10 I 0.206 0.442 0.028 0.006 0.009 0.012 0.037 0.025 0.015 0.063 0.157 11 L 0.176 0.285 0.007 0.005 0.007 0.014 0.044 0.015 0.006 0.034 0.407 12 K 0.091 0.114 0.009 0.011 0.008 0.024 0.069 0.003 0.003 0.033 0.634 13 E 0.029 0.036 0.012 0.016 0.023 0.071 0.079 0.003 0.004 0.053 0.674 14 I 0.072 0.015 0.010 0.017 0.020 0.039 0.081 0.006 0.003 0.065 0.671 15 F 0.325 0.007 0.003 0.015 0.011 0.016 0.055 0.006 0.001 0.071 0.489 16 E 0.074 0.002 0.001 0.009 0.004 0.007 0.074 0.001 0.001 0.025 0.804 17 G 0.005 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.099 0.002 0.001 0.013 0.852 18 N 0.019 0.003 0.001 0.012 0.013 0.016 0.131 0.004 0.001 0.025 0.777 19 T 0.027 0.003 0.001 0.025 0.046 0.051 0.177 0.008 0.001 0.071 0.590 20 P 0.046 0.006 0.001 0.032 0.021 0.033 0.121 0.001 0.001 0.052 0.686 21 L 0.018 0.006 0.003 0.062 0.028 0.062 0.156 0.003 0.001 0.044 0.617 22 S 0.442 0.062 0.002 0.022 0.019 0.028 0.081 0.011 0.002 0.066 0.266 23 E 0.191 0.019 0.005 0.028 0.010 0.021 0.123 0.007 0.002 0.068 0.527 24 N 0.022 0.010 0.001 0.029 0.039 0.099 0.124 0.005 0.001 0.040 0.633 25 D 0.037 0.012 0.001 0.056 0.059 0.139 0.128 0.003 0.001 0.075 0.489 26 I 0.009 0.005 0.001 0.069 0.167 0.151 0.102 0.001 0.001 0.039 0.456 27 G 0.012 0.007 0.001 0.046 0.170 0.227 0.084 0.001 0.001 0.042 0.409 28 V 0.006 0.016 0.001 0.046 0.096 0.093 0.090 0.003 0.001 0.023 0.625 29 T 0.151 0.589 0.002 0.009 0.016 0.020 0.033 0.018 0.001 0.032 0.129 30 E 0.161 0.570 0.003 0.007 0.003 0.004 0.022 0.006 0.001 0.042 0.183 31 D 0.018 0.374 0.004 0.015 0.008 0.015 0.060 0.003 0.001 0.129 0.373 32 Q 0.013 0.781 0.002 0.003 0.005 0.005 0.015 0.003 0.001 0.107 0.064 33 F 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.022 34 D 0.015 0.502 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.410 0.052 35 D 0.002 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.052 0.027 36 A 0.007 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.004 0.012 37 V 0.017 0.924 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.016 0.021 38 N 0.053 0.771 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.024 0.127 39 F 0.036 0.427 0.045 0.004 0.001 0.002 0.046 0.013 0.027 0.166 0.234 40 L 0.163 0.075 0.251 0.004 0.001 0.001 0.056 0.020 0.141 0.129 0.158 41 K 0.336 0.019 0.005 0.004 0.001 0.003 0.069 0.009 0.006 0.046 0.503 42 R 0.077 0.013 0.001 0.003 0.001 0.002 0.071 0.002 0.001 0.016 0.813 43 E 0.014 0.006 0.001 0.022 0.003 0.011 0.152 0.003 0.001 0.028 0.760 44 G 0.008 0.004 0.003 0.062 0.026 0.087 0.128 0.003 0.001 0.090 0.587 45 Y 0.024 0.005 0.002 0.123 0.074 0.126 0.089 0.003 0.001 0.124 0.431 46 I 0.025 0.004 0.002 0.231 0.057 0.080 0.080 0.001 0.001 0.070 0.450 47 I 0.010 0.003 0.001 0.273 0.090 0.147 0.079 0.002 0.001 0.056 0.340 48 G 0.008 0.001 0.001 0.150 0.074 0.152 0.094 0.003 0.001 0.058 0.460 49 V 0.006 0.001 0.001 0.148 0.158 0.160 0.091 0.001 0.001 0.044 0.391 50 H 0.012 0.002 0.002 0.197 0.083 0.155 0.121 0.001 0.001 0.051 0.373 51 Y 0.065 0.002 0.002 0.082 0.056 0.091 0.106 0.006 0.002 0.070 0.518 52 S 0.327 0.009 0.001 0.030 0.016 0.018 0.088 0.003 0.001 0.050 0.456 53 D 0.015 0.005 0.001 0.017 0.008 0.017 0.131 0.002 0.001 0.025 0.777 54 D 0.035 0.069 0.001 0.017 0.012 0.020 0.115 0.005 0.001 0.018 0.707 55 R 0.153 0.102 0.002 0.017 0.072 0.062 0.105 0.035 0.001 0.065 0.386 56 P 0.065 0.170 0.003 0.020 0.044 0.068 0.088 0.007 0.001 0.050 0.482 57 H 0.083 0.139 0.008 0.042 0.094 0.195 0.086 0.009 0.003 0.063 0.278 58 L 0.109 0.043 0.010 0.053 0.064 0.087 0.099 0.009 0.004 0.062 0.460 59 Y 0.226 0.020 0.002 0.046 0.073 0.114 0.096 0.005 0.001 0.063 0.353 60 K 0.027 0.005 0.002 0.046 0.031 0.077 0.111 0.001 0.001 0.032 0.666 61 L 0.030 0.027 0.003 0.025 0.025 0.053 0.119 0.006 0.001 0.022 0.689 62 G 0.133 0.048 0.002 0.017 0.048 0.041 0.117 0.016 0.001 0.114 0.462 63 P 0.023 0.063 0.001 0.030 0.065 0.116 0.110 0.008 0.001 0.072 0.511 64 E 0.040 0.081 0.005 0.047 0.074 0.171 0.085 0.003 0.002 0.070 0.422 65 L 0.024 0.031 0.024 0.063 0.110 0.094 0.082 0.004 0.008 0.050 0.511 66 T 0.357 0.051 0.002 0.022 0.032 0.049 0.065 0.014 0.002 0.073 0.332 67 E 0.292 0.037 0.002 0.021 0.012 0.017 0.056 0.005 0.001 0.081 0.476 68 K 0.014 0.099 0.002 0.024 0.007 0.016 0.098 0.002 0.001 0.012 0.726 69 G 0.026 0.450 0.003 0.009 0.031 0.037 0.060 0.016 0.001 0.009 0.358 70 E 0.066 0.461 0.001 0.014 0.098 0.046 0.039 0.018 0.001 0.022 0.234 71 N 0.037 0.471 0.004 0.032 0.049 0.061 0.047 0.009 0.002 0.072 0.216 72 Y 0.099 0.250 0.025 0.045 0.044 0.063 0.071 0.012 0.008 0.159 0.225 73 L 0.176 0.160 0.024 0.062 0.021 0.026 0.097 0.013 0.011 0.091 0.318 74 K 0.167 0.022 0.004 0.030 0.025 0.033 0.093 0.005 0.002 0.174 0.445 75 E 0.024 0.098 0.002 0.026 0.006 0.017 0.075 0.004 0.001 0.051 0.698 76 N 0.062 0.135 0.006 0.010 0.012 0.023 0.079 0.009 0.002 0.092 0.571 77 G 0.032 0.431 0.009 0.013 0.018 0.029 0.059 0.010 0.002 0.085 0.312 78 T 0.059 0.700 0.001 0.003 0.008 0.011 0.027 0.005 0.001 0.017 0.167 79 W 0.046 0.780 0.005 0.007 0.008 0.011 0.014 0.014 0.001 0.010 0.103 80 S 0.083 0.674 0.002 0.008 0.005 0.009 0.031 0.007 0.001 0.035 0.146 81 K 0.036 0.230 0.012 0.019 0.014 0.014 0.064 0.005 0.003 0.413 0.191 82 A 0.027 0.660 0.006 0.015 0.007 0.010 0.048 0.010 0.001 0.049 0.168 83 Y 0.092 0.548 0.009 0.017 0.009 0.013 0.035 0.010 0.003 0.089 0.176 84 K 0.024 0.564 0.007 0.024 0.015 0.016 0.052 0.005 0.002 0.074 0.217 85 T 0.007 0.878 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.004 0.001 0.004 0.088 86 I 0.033 0.873 0.004 0.002 0.002 0.003 0.006 0.016 0.001 0.016 0.045 87 K 0.023 0.824 0.005 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.003 0.053 0.071 88 E 0.071 0.472 0.099 0.004 0.002 0.004 0.037 0.009 0.045 0.105 0.153 89 I 0.280 0.363 0.038 0.006 0.003 0.004 0.029 0.061 0.015 0.055 0.146 90 K 0.343 0.050 0.004 0.006 0.003 0.005 0.062 0.009 0.004 0.047 0.467 91 D 0.030 0.040 0.001 0.026 0.006 0.015 0.096 0.002 0.001 0.020 0.763 92 W 0.016 0.042 0.004 0.019 0.005 0.017 0.096 0.002 0.001 0.029 0.770 93 I 0.051 0.037 0.005 0.023 0.069 0.054 0.135 0.016 0.002 0.075 0.532 94 K 0.115 0.094 0.004 0.024 0.013 0.025 0.092 0.006 0.003 0.042 0.583 95 L 0.204 0.044 0.003 0.018 0.016 0.027 0.071 0.010 0.002 0.054 0.550 96 E 0.097 0.046 0.003 0.035 0.016 0.031 0.107 0.004 0.002 0.044 0.615 97 H 0.055 0.025 0.006 0.030 0.013 0.026 0.095 0.004 0.002 0.028 0.718 98 H 0.114 0.037 0.003 0.034 0.031 0.034 0.093 0.009 0.001 0.056 0.586 99 H 0.104 0.040 0.001 0.025 0.024 0.031 0.106 0.007 0.001 0.040 0.621 100 H 0.037 0.039 0.002 0.047 0.038 0.068 0.139 0.004 0.001 0.043 0.583 101 H 0.018 0.047 0.001 0.056 0.081 0.124 0.121 0.004 0.001 0.056 0.491 102 H 0.056 0.055 0.002 0.060 0.123 0.136 0.113 0.004 0.001 0.084 0.365 103 M 0.018 0.087 0.003 0.070 0.104 0.117 0.096 0.003 0.001 0.030 0.470 104 N 0.093 0.313 0.003 0.029 0.066 0.093 0.068 0.009 0.002 0.052 0.272 105 K 0.047 0.570 0.003 0.018 0.016 0.021 0.044 0.008 0.001 0.067 0.205 106 D 0.030 0.814 0.002 0.005 0.006 0.012 0.017 0.003 0.001 0.030 0.081 107 K 0.018 0.839 0.002 0.009 0.008 0.011 0.012 0.001 0.001 0.043 0.056 108 L 0.006 0.841 0.002 0.006 0.010 0.011 0.014 0.002 0.001 0.046 0.061 109 R 0.004 0.958 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.013 110 Y 0.008 0.917 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.042 0.019 111 A 0.005 0.889 0.003 0.004 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.068 0.019 112 I 0.006 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 0.013 113 L 0.028 0.912 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 0.001 0.007 0.022 114 K 0.063 0.583 0.009 0.007 0.005 0.008 0.032 0.008 0.005 0.106 0.174 115 E 0.085 0.139 0.051 0.013 0.006 0.012 0.073 0.007 0.021 0.229 0.364 116 I 0.130 0.032 0.071 0.036 0.005 0.012 0.126 0.022 0.029 0.179 0.357 117 F 0.306 0.007 0.006 0.030 0.008 0.012 0.076 0.008 0.004 0.074 0.469 118 E 0.040 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.074 0.001 0.001 0.012 0.857 119 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 0.142 0.005 0.001 0.011 0.813 120 N 0.082 0.004 0.001 0.022 0.004 0.008 0.127 0.003 0.001 0.042 0.706 121 T 0.045 0.004 0.001 0.038 0.021 0.034 0.162 0.009 0.001 0.076 0.610 122 P 0.051 0.006 0.001 0.023 0.007 0.015 0.119 0.001 0.001 0.036 0.741 123 L 0.021 0.016 0.002 0.096 0.032 0.060 0.162 0.008 0.001 0.053 0.549 124 S 0.379 0.093 0.004 0.037 0.013 0.022 0.090 0.005 0.002 0.077 0.276 125 E 0.151 0.033 0.010 0.054 0.018 0.040 0.124 0.010 0.003 0.079 0.479 126 N 0.083 0.023 0.001 0.029 0.017 0.034 0.123 0.005 0.001 0.044 0.640 127 D 0.089 0.030 0.002 0.059 0.030 0.058 0.161 0.006 0.001 0.081 0.483 128 I 0.026 0.014 0.001 0.050 0.050 0.071 0.167 0.003 0.001 0.044 0.575 129 G 0.024 0.012 0.002 0.043 0.087 0.130 0.141 0.003 0.001 0.047 0.511 130 V 0.019 0.030 0.002 0.053 0.044 0.053 0.141 0.005 0.001 0.037 0.615 131 T 0.288 0.200 0.003 0.022 0.023 0.029 0.089 0.011 0.002 0.062 0.270 132 E 0.097 0.100 0.002 0.022 0.008 0.016 0.101 0.007 0.001 0.061 0.586 133 D 0.023 0.206 0.002 0.024 0.008 0.016 0.111 0.003 0.001 0.077 0.529 134 Q 0.030 0.740 0.004 0.007 0.005 0.005 0.027 0.004 0.001 0.065 0.112 135 F 0.021 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.008 0.053 136 D 0.022 0.479 0.001 0.003 0.002 0.003 0.013 0.002 0.001 0.388 0.086 137 D 0.008 0.804 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.116 0.047 138 A 0.020 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.013 0.029 139 V 0.032 0.823 0.014 0.002 0.001 0.002 0.008 0.012 0.004 0.039 0.062 140 N 0.087 0.554 0.003 0.002 0.001 0.003 0.038 0.006 0.002 0.051 0.254 141 F 0.050 0.120 0.053 0.009 0.002 0.004 0.060 0.014 0.027 0.324 0.338 142 L 0.256 0.025 0.040 0.008 0.002 0.003 0.120 0.011 0.020 0.214 0.301 143 K 0.121 0.007 0.004 0.018 0.002 0.005 0.121 0.003 0.005 0.078 0.636 144 R 0.055 0.004 0.001 0.009 0.002 0.002 0.127 0.001 0.001 0.027 0.772 145 E 0.010 0.002 0.001 0.050 0.006 0.008 0.226 0.004 0.001 0.030 0.665 146 G 0.005 0.002 0.001 0.130 0.009 0.018 0.155 0.002 0.001 0.058 0.620 147 Y 0.002 0.001 0.001 0.715 0.023 0.031 0.037 0.001 0.001 0.070 0.118 148 I 0.001 0.001 0.001 0.798 0.014 0.023 0.021 0.001 0.001 0.039 0.102 149 I 0.001 0.001 0.001 0.880 0.027 0.026 0.010 0.001 0.001 0.020 0.036 150 G 0.002 0.001 0.001 0.790 0.023 0.043 0.028 0.001 0.001 0.026 0.088 151 V 0.003 0.001 0.001 0.603 0.042 0.071 0.063 0.001 0.001 0.038 0.178 152 H 0.010 0.003 0.001 0.395 0.032 0.095 0.150 0.001 0.001 0.055 0.257 153 Y 0.082 0.027 0.002 0.110 0.026 0.047 0.183 0.007 0.003 0.075 0.439 154 S 0.441 0.049 0.003 0.018 0.011 0.013 0.105 0.006 0.002 0.082 0.270 155 D 0.016 0.026 0.003 0.015 0.007 0.012 0.149 0.003 0.001 0.053 0.716 156 D 0.076 0.269 0.003 0.007 0.012 0.020 0.110 0.012 0.001 0.038 0.452 157 R 0.319 0.301 0.005 0.006 0.013 0.012 0.049 0.035 0.002 0.078 0.181 158 P 0.117 0.184 0.006 0.008 0.012 0.021 0.104 0.014 0.003 0.099 0.432 159 H 0.163 0.136 0.007 0.024 0.034 0.080 0.103 0.015 0.003 0.115 0.320 160 L 0.100 0.072 0.005 0.049 0.026 0.065 0.132 0.013 0.003 0.086 0.450 161 Y 0.135 0.021 0.003 0.058 0.049 0.069 0.134 0.003 0.001 0.067 0.460 162 K 0.016 0.013 0.002 0.066 0.038 0.078 0.153 0.001 0.001 0.039 0.595 163 L 0.024 0.030 0.003 0.032 0.012 0.027 0.154 0.006 0.002 0.034 0.676 164 G 0.396 0.144 0.004 0.016 0.011 0.013 0.075 0.032 0.002 0.107 0.200 165 P 0.160 0.173 0.004 0.014 0.006 0.013 0.082 0.007 0.001 0.066 0.474 166 E 0.070 0.183 0.004 0.013 0.023 0.066 0.081 0.004 0.001 0.033 0.522 167 L 0.052 0.200 0.027 0.018 0.039 0.047 0.096 0.010 0.012 0.042 0.457 168 T 0.559 0.088 0.006 0.003 0.017 0.020 0.041 0.029 0.005 0.035 0.197 169 E 0.425 0.042 0.002 0.005 0.011 0.016 0.048 0.008 0.001 0.031 0.410 170 K 0.013 0.018 0.002 0.013 0.011 0.035 0.095 0.001 0.001 0.010 0.801 171 G 0.028 0.196 0.008 0.036 0.036 0.071 0.088 0.006 0.001 0.030 0.500 172 E 0.052 0.067 0.002 0.017 0.239 0.107 0.090 0.015 0.001 0.053 0.357 173 N 0.017 0.046 0.001 0.078 0.161 0.264 0.063 0.003 0.001 0.050 0.315 174 Y 0.023 0.026 0.005 0.112 0.123 0.248 0.077 0.002 0.001 0.097 0.286 175 L 0.021 0.015 0.007 0.179 0.138 0.141 0.098 0.003 0.003 0.050 0.344 176 K 0.205 0.019 0.003 0.064 0.091 0.115 0.076 0.008 0.002 0.082 0.335 177 E 0.060 0.015 0.001 0.045 0.035 0.057 0.094 0.005 0.001 0.045 0.642 178 N 0.019 0.014 0.001 0.032 0.030 0.070 0.111 0.004 0.001 0.047 0.672 179 G 0.025 0.095 0.003 0.049 0.081 0.105 0.116 0.006 0.001 0.094 0.425 180 T 0.040 0.318 0.004 0.028 0.078 0.060 0.073 0.006 0.001 0.044 0.347 181 W 0.049 0.612 0.005 0.017 0.028 0.034 0.028 0.016 0.001 0.015 0.196 182 S 0.097 0.589 0.002 0.012 0.009 0.014 0.034 0.008 0.001 0.067 0.169 183 K 0.047 0.256 0.015 0.015 0.013 0.015 0.051 0.007 0.005 0.428 0.149 184 A 0.047 0.674 0.007 0.008 0.006 0.010 0.037 0.013 0.002 0.041 0.155 185 Y 0.111 0.523 0.010 0.010 0.010 0.013 0.033 0.010 0.003 0.064 0.214 186 K 0.028 0.585 0.005 0.014 0.010 0.012 0.051 0.005 0.002 0.058 0.232 187 T 0.012 0.853 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.005 0.001 0.009 0.099 188 I 0.038 0.807 0.007 0.003 0.002 0.003 0.011 0.010 0.001 0.051 0.067 189 K 0.029 0.761 0.006 0.006 0.002 0.003 0.021 0.004 0.003 0.072 0.093 190 E 0.044 0.761 0.009 0.004 0.002 0.004 0.021 0.006 0.002 0.034 0.115 191 I 0.042 0.755 0.011 0.012 0.004 0.004 0.021 0.012 0.003 0.039 0.097 192 K 0.077 0.469 0.007 0.018 0.008 0.013 0.063 0.009 0.003 0.127 0.205 193 D 0.057 0.500 0.006 0.033 0.010 0.021 0.058 0.010 0.002 0.064 0.239 194 W 0.065 0.253 0.018 0.037 0.018 0.040 0.091 0.011 0.005 0.086 0.376 195 I 0.074 0.202 0.011 0.062 0.053 0.087 0.093 0.007 0.004 0.101 0.306 196 K 0.066 0.130 0.011 0.035 0.030 0.064 0.103 0.007 0.006 0.074 0.473 197 L 0.162 0.060 0.009 0.026 0.038 0.051 0.100 0.013 0.005 0.067 0.469 198 E 0.157 0.065 0.005 0.030 0.029 0.069 0.097 0.008 0.004 0.061 0.475 199 H 0.054 0.030 0.008 0.019 0.011 0.032 0.088 0.004 0.003 0.034 0.717 200 H 0.116 0.021 0.006 0.018 0.028 0.045 0.083 0.009 0.003 0.060 0.611 201 H 0.106 0.007 0.002 0.011 0.013 0.019 0.078 0.003 0.001 0.049 0.711 202 H 0.041 0.006 0.001 0.012 0.015 0.022 0.091 0.002 0.001 0.031 0.780 203 H 0.024 0.006 0.001 0.011 0.014 0.018 0.110 0.002 0.001 0.026 0.786 204 H 0.036 0.008 0.001 0.011 0.025 0.028 0.142 0.008 0.001 0.038 0.704