# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.86949 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.298 0.158 0.102 0.127 0.082 0.064 0.062 0.039 0.033 0.022 0.013 2 N 0.057 0.098 0.044 0.095 0.079 0.106 0.158 0.122 0.108 0.084 0.051 3 K 0.035 0.052 0.059 0.150 0.199 0.186 0.162 0.079 0.048 0.020 0.009 4 D 0.349 0.164 0.221 0.131 0.065 0.034 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 5 K 0.011 0.039 0.080 0.236 0.219 0.183 0.143 0.051 0.025 0.010 0.004 6 L 0.004 0.002 0.005 0.005 0.006 0.011 0.054 0.121 0.238 0.290 0.263 7 R 0.011 0.030 0.112 0.281 0.235 0.180 0.098 0.031 0.014 0.006 0.002 8 Y 0.004 0.029 0.231 0.147 0.124 0.132 0.155 0.075 0.060 0.031 0.012 9 A 0.003 0.003 0.013 0.015 0.020 0.043 0.161 0.171 0.204 0.201 0.167 10 I 0.006 0.009 0.020 0.035 0.050 0.087 0.224 0.188 0.181 0.133 0.067 11 L 0.007 0.035 0.173 0.152 0.143 0.132 0.132 0.088 0.072 0.044 0.023 12 K 0.047 0.062 0.221 0.210 0.178 0.125 0.093 0.032 0.019 0.008 0.003 13 E 0.209 0.118 0.154 0.129 0.098 0.082 0.100 0.048 0.033 0.018 0.010 14 I 0.028 0.046 0.074 0.110 0.104 0.132 0.188 0.119 0.096 0.065 0.036 15 F 0.032 0.044 0.068 0.077 0.106 0.131 0.206 0.126 0.098 0.065 0.047 16 E 0.235 0.191 0.268 0.149 0.073 0.036 0.027 0.010 0.006 0.003 0.001 17 G 0.614 0.124 0.057 0.081 0.050 0.030 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 18 N 0.174 0.110 0.046 0.130 0.112 0.103 0.116 0.073 0.061 0.045 0.030 19 T 0.151 0.249 0.072 0.144 0.113 0.099 0.081 0.037 0.027 0.017 0.009 20 P 0.165 0.108 0.067 0.171 0.148 0.124 0.109 0.050 0.034 0.017 0.008 21 L 0.018 0.011 0.006 0.015 0.027 0.045 0.125 0.155 0.216 0.205 0.177 22 S 0.052 0.256 0.160 0.273 0.143 0.054 0.035 0.014 0.008 0.004 0.003 23 E 0.434 0.132 0.058 0.142 0.105 0.063 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002 24 N 0.389 0.147 0.089 0.138 0.099 0.064 0.043 0.016 0.008 0.004 0.003 25 D 0.093 0.173 0.113 0.262 0.158 0.085 0.070 0.025 0.013 0.006 0.002 26 I 0.016 0.015 0.007 0.033 0.055 0.095 0.211 0.171 0.165 0.141 0.092 27 G 0.329 0.255 0.156 0.147 0.062 0.027 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 28 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.014 0.025 0.090 0.129 0.211 0.253 0.263 29 T 0.022 0.379 0.123 0.230 0.107 0.060 0.044 0.017 0.010 0.005 0.004 30 E 0.124 0.099 0.061 0.218 0.238 0.151 0.079 0.019 0.009 0.003 0.001 31 D 0.881 0.059 0.037 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.003 0.018 0.036 0.134 0.158 0.243 0.263 0.084 0.040 0.015 0.006 33 F 0.001 0.002 0.008 0.005 0.009 0.026 0.147 0.199 0.240 0.210 0.154 34 D 0.011 0.029 0.396 0.277 0.165 0.085 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 35 D 0.015 0.050 0.523 0.238 0.107 0.045 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.022 0.127 0.157 0.249 0.248 0.179 37 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.050 0.268 0.217 0.203 0.148 0.090 38 N 0.003 0.018 0.610 0.208 0.099 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 39 F 0.001 0.007 0.036 0.062 0.130 0.261 0.319 0.107 0.047 0.022 0.007 40 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.025 0.070 0.204 0.307 0.384 41 K 0.005 0.011 0.024 0.092 0.168 0.227 0.289 0.104 0.051 0.020 0.009 42 R 0.029 0.081 0.459 0.217 0.111 0.058 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 43 E 0.142 0.170 0.097 0.227 0.140 0.098 0.078 0.028 0.011 0.006 0.003 44 G 0.148 0.095 0.031 0.095 0.095 0.115 0.160 0.117 0.078 0.044 0.021 45 Y 0.005 0.026 0.018 0.093 0.152 0.173 0.215 0.138 0.095 0.052 0.033 46 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.019 0.065 0.122 0.219 0.271 0.286 47 I 0.007 0.020 0.024 0.123 0.161 0.162 0.229 0.135 0.086 0.036 0.019 48 G 0.037 0.049 0.026 0.080 0.067 0.081 0.153 0.146 0.148 0.124 0.088 49 V 0.002 0.003 0.003 0.013 0.021 0.035 0.089 0.131 0.214 0.245 0.243 50 H 0.074 0.210 0.077 0.245 0.168 0.093 0.075 0.029 0.017 0.007 0.004 51 Y 0.013 0.019 0.010 0.044 0.067 0.084 0.169 0.173 0.171 0.152 0.097 52 S 0.111 0.170 0.057 0.181 0.148 0.100 0.102 0.054 0.038 0.022 0.016 53 D 0.336 0.156 0.057 0.159 0.112 0.069 0.055 0.026 0.016 0.009 0.005 54 D 0.402 0.173 0.058 0.117 0.074 0.059 0.050 0.026 0.018 0.014 0.009 55 R 0.082 0.149 0.042 0.146 0.130 0.119 0.129 0.078 0.062 0.041 0.023 56 P 0.224 0.083 0.031 0.087 0.080 0.082 0.109 0.088 0.094 0.074 0.047 57 H 0.105 0.108 0.063 0.136 0.115 0.100 0.137 0.080 0.076 0.046 0.033 58 L 0.036 0.027 0.029 0.063 0.059 0.080 0.158 0.154 0.172 0.138 0.083 59 Y 0.029 0.036 0.037 0.160 0.159 0.156 0.167 0.109 0.076 0.045 0.025 60 K 0.070 0.089 0.186 0.156 0.129 0.112 0.110 0.066 0.047 0.023 0.012 61 L 0.057 0.059 0.048 0.109 0.125 0.140 0.177 0.116 0.086 0.055 0.028 62 G 0.159 0.220 0.064 0.153 0.122 0.088 0.082 0.046 0.034 0.021 0.011 63 P 0.161 0.087 0.056 0.113 0.111 0.107 0.131 0.084 0.074 0.048 0.028 64 E 0.231 0.185 0.102 0.197 0.137 0.069 0.049 0.015 0.008 0.004 0.002 65 L 0.004 0.010 0.007 0.022 0.030 0.048 0.132 0.170 0.225 0.202 0.149 66 T 0.014 0.032 0.028 0.107 0.152 0.180 0.218 0.120 0.081 0.041 0.029 67 E 0.293 0.146 0.225 0.125 0.078 0.053 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 68 K 0.148 0.259 0.117 0.232 0.122 0.067 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 69 G 0.029 0.033 0.013 0.032 0.042 0.063 0.147 0.149 0.188 0.170 0.134 70 E 0.051 0.074 0.075 0.253 0.249 0.167 0.092 0.023 0.011 0.004 0.002 71 N 0.153 0.178 0.464 0.141 0.042 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.002 0.004 0.011 0.034 0.056 0.132 0.308 0.211 0.135 0.074 0.032 73 L 0.008 0.005 0.010 0.016 0.029 0.057 0.180 0.212 0.213 0.168 0.104 74 K 0.031 0.081 0.510 0.230 0.097 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 75 E 0.089 0.104 0.337 0.205 0.110 0.090 0.047 0.011 0.005 0.002 0.001 76 N 0.034 0.053 0.048 0.063 0.060 0.077 0.182 0.156 0.139 0.114 0.075 77 G 0.550 0.200 0.066 0.062 0.038 0.031 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 78 T 0.271 0.159 0.228 0.149 0.086 0.050 0.034 0.011 0.006 0.003 0.001 79 W 0.145 0.078 0.143 0.099 0.082 0.109 0.181 0.076 0.047 0.027 0.013 80 S 0.135 0.146 0.251 0.274 0.105 0.044 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 81 K 0.220 0.148 0.221 0.150 0.099 0.075 0.053 0.020 0.010 0.004 0.001 82 A 0.107 0.065 0.367 0.128 0.079 0.083 0.091 0.038 0.024 0.013 0.005 83 Y 0.027 0.042 0.314 0.098 0.093 0.106 0.191 0.072 0.036 0.016 0.005 84 K 0.039 0.063 0.397 0.256 0.126 0.054 0.035 0.016 0.008 0.005 0.002 85 T 0.058 0.124 0.304 0.158 0.115 0.087 0.079 0.036 0.022 0.013 0.004 86 I 0.025 0.055 0.357 0.109 0.102 0.098 0.133 0.053 0.041 0.019 0.008 87 K 0.124 0.083 0.438 0.133 0.081 0.050 0.060 0.019 0.008 0.003 0.001 88 E 0.028 0.060 0.307 0.238 0.163 0.094 0.072 0.023 0.009 0.004 0.001 89 I 0.017 0.033 0.390 0.059 0.039 0.039 0.106 0.089 0.104 0.079 0.045 90 K 0.009 0.019 0.163 0.179 0.218 0.170 0.139 0.058 0.029 0.011 0.004 91 D 0.062 0.082 0.536 0.174 0.080 0.037 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 92 W 0.009 0.030 0.145 0.150 0.160 0.153 0.181 0.086 0.051 0.025 0.009 93 I 0.012 0.015 0.041 0.023 0.030 0.053 0.196 0.180 0.201 0.153 0.096 94 K 0.095 0.189 0.289 0.252 0.112 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 95 L 0.046 0.055 0.144 0.079 0.072 0.076 0.136 0.114 0.130 0.096 0.053 96 E 0.190 0.227 0.165 0.187 0.110 0.054 0.040 0.014 0.008 0.003 0.002 97 H 0.166 0.162 0.095 0.153 0.116 0.097 0.105 0.049 0.033 0.017 0.008 98 H 0.218 0.158 0.115 0.156 0.111 0.084 0.067 0.036 0.028 0.017 0.009 99 H 0.244 0.137 0.100 0.136 0.103 0.084 0.094 0.046 0.031 0.017 0.008 100 H 0.164 0.130 0.066 0.153 0.131 0.097 0.108 0.063 0.046 0.028 0.014 101 H 0.157 0.116 0.088 0.137 0.112 0.110 0.119 0.067 0.051 0.029 0.014 102 H 0.177 0.099 0.112 0.163 0.122 0.112 0.109 0.047 0.032 0.018 0.009 103 M 0.117 0.091 0.130 0.145 0.119 0.103 0.126 0.072 0.051 0.031 0.014 104 N 0.086 0.094 0.110 0.133 0.101 0.100 0.128 0.089 0.076 0.054 0.028 105 K 0.037 0.048 0.108 0.125 0.141 0.144 0.178 0.094 0.070 0.037 0.018 106 D 0.104 0.083 0.223 0.173 0.122 0.101 0.108 0.044 0.027 0.012 0.004 107 K 0.024 0.044 0.161 0.204 0.189 0.147 0.140 0.049 0.025 0.011 0.004 108 L 0.025 0.019 0.133 0.040 0.028 0.032 0.104 0.126 0.183 0.178 0.132 109 R 0.004 0.010 0.102 0.096 0.111 0.153 0.260 0.128 0.078 0.043 0.015 110 Y 0.005 0.020 0.385 0.096 0.069 0.079 0.139 0.079 0.067 0.043 0.018 111 A 0.009 0.015 0.181 0.086 0.080 0.095 0.194 0.131 0.098 0.071 0.041 112 I 0.006 0.010 0.095 0.039 0.033 0.037 0.128 0.140 0.198 0.190 0.126 113 L 0.003 0.009 0.145 0.043 0.033 0.035 0.104 0.124 0.186 0.179 0.138 114 K 0.009 0.021 0.224 0.131 0.151 0.138 0.167 0.074 0.053 0.023 0.010 115 E 0.031 0.037 0.183 0.096 0.103 0.135 0.201 0.099 0.063 0.035 0.017 116 I 0.013 0.023 0.096 0.061 0.050 0.057 0.137 0.137 0.184 0.149 0.093 117 F 0.028 0.025 0.067 0.045 0.045 0.069 0.168 0.143 0.162 0.134 0.114 118 E 0.084 0.094 0.162 0.176 0.147 0.110 0.100 0.055 0.037 0.023 0.013 119 G 0.223 0.145 0.105 0.110 0.093 0.082 0.096 0.057 0.044 0.028 0.017 120 N 0.126 0.109 0.065 0.139 0.114 0.093 0.106 0.076 0.067 0.056 0.049 121 T 0.113 0.114 0.049 0.080 0.086 0.088 0.135 0.094 0.096 0.079 0.067 122 P 0.290 0.158 0.071 0.144 0.102 0.076 0.066 0.034 0.027 0.018 0.013 123 L 0.067 0.039 0.023 0.046 0.053 0.067 0.128 0.118 0.151 0.151 0.155 124 S 0.135 0.160 0.086 0.163 0.116 0.084 0.087 0.055 0.050 0.033 0.032 125 E 0.216 0.089 0.054 0.115 0.096 0.091 0.104 0.076 0.065 0.052 0.043 126 N 0.164 0.111 0.070 0.136 0.123 0.109 0.114 0.067 0.050 0.032 0.024 127 D 0.087 0.089 0.056 0.138 0.122 0.117 0.143 0.095 0.072 0.051 0.030 128 I 0.063 0.054 0.028 0.075 0.073 0.076 0.130 0.114 0.131 0.135 0.119 129 G 0.201 0.128 0.067 0.111 0.093 0.087 0.107 0.067 0.061 0.043 0.036 130 V 0.058 0.059 0.030 0.088 0.096 0.105 0.159 0.119 0.113 0.094 0.080 131 T 0.053 0.124 0.066 0.152 0.127 0.105 0.131 0.088 0.071 0.048 0.034 132 E 0.198 0.119 0.084 0.166 0.152 0.117 0.085 0.036 0.024 0.012 0.007 133 D 0.328 0.109 0.110 0.162 0.106 0.073 0.061 0.025 0.014 0.008 0.005 134 Q 0.015 0.039 0.061 0.109 0.115 0.146 0.213 0.118 0.091 0.059 0.034 135 F 0.011 0.013 0.046 0.029 0.028 0.040 0.151 0.157 0.197 0.182 0.147 136 D 0.040 0.043 0.131 0.209 0.195 0.162 0.111 0.051 0.031 0.018 0.010 137 D 0.022 0.052 0.167 0.166 0.158 0.149 0.161 0.065 0.035 0.019 0.008 138 A 0.005 0.007 0.037 0.027 0.024 0.031 0.106 0.130 0.207 0.231 0.195 139 V 0.005 0.006 0.034 0.026 0.030 0.061 0.201 0.146 0.177 0.180 0.133 140 N 0.007 0.023 0.209 0.161 0.138 0.117 0.137 0.086 0.062 0.040 0.020 141 F 0.005 0.014 0.052 0.044 0.052 0.089 0.208 0.166 0.158 0.130 0.082 142 L 0.011 0.010 0.039 0.031 0.022 0.022 0.073 0.118 0.217 0.247 0.208 143 K 0.010 0.021 0.037 0.111 0.154 0.175 0.226 0.117 0.083 0.043 0.023 144 R 0.020 0.040 0.110 0.119 0.123 0.134 0.178 0.105 0.093 0.053 0.025 145 E 0.036 0.047 0.045 0.116 0.116 0.117 0.192 0.129 0.104 0.065 0.032 146 G 0.093 0.055 0.035 0.079 0.074 0.087 0.158 0.146 0.132 0.092 0.049 147 Y 0.011 0.021 0.024 0.065 0.093 0.126 0.217 0.183 0.134 0.081 0.045 148 I 0.006 0.009 0.014 0.025 0.025 0.041 0.106 0.161 0.211 0.212 0.192 149 I 0.005 0.005 0.006 0.018 0.023 0.037 0.131 0.194 0.241 0.202 0.139 150 G 0.009 0.012 0.012 0.028 0.028 0.042 0.110 0.163 0.225 0.207 0.164 151 V 0.007 0.009 0.007 0.021 0.024 0.037 0.094 0.147 0.238 0.229 0.188 152 H 0.012 0.019 0.011 0.062 0.081 0.107 0.179 0.178 0.165 0.112 0.075 153 Y 0.013 0.026 0.013 0.054 0.074 0.090 0.169 0.170 0.172 0.134 0.086 154 S 0.059 0.058 0.029 0.117 0.115 0.110 0.142 0.120 0.118 0.076 0.055 155 D 0.147 0.108 0.034 0.161 0.141 0.126 0.117 0.068 0.050 0.030 0.018 156 D 0.082 0.109 0.035 0.142 0.127 0.122 0.142 0.098 0.074 0.046 0.022 157 R 0.042 0.068 0.023 0.134 0.150 0.147 0.157 0.103 0.081 0.056 0.039 158 P 0.060 0.043 0.019 0.073 0.081 0.094 0.146 0.139 0.153 0.116 0.077 159 H 0.023 0.043 0.025 0.122 0.152 0.168 0.213 0.124 0.079 0.035 0.015 160 L 0.017 0.020 0.023 0.053 0.046 0.056 0.121 0.163 0.193 0.185 0.123 161 Y 0.009 0.015 0.018 0.081 0.108 0.117 0.180 0.168 0.151 0.098 0.056 162 K 0.054 0.108 0.119 0.197 0.151 0.115 0.118 0.066 0.044 0.020 0.008 163 L 0.015 0.018 0.012 0.041 0.050 0.066 0.143 0.173 0.196 0.177 0.110 164 G 0.090 0.204 0.057 0.176 0.147 0.104 0.099 0.057 0.036 0.019 0.010 165 P 0.298 0.174 0.067 0.132 0.104 0.071 0.068 0.037 0.027 0.015 0.008 166 E 0.403 0.166 0.064 0.136 0.092 0.057 0.045 0.017 0.010 0.005 0.003 167 L 0.061 0.060 0.034 0.084 0.078 0.088 0.140 0.128 0.139 0.112 0.075 168 T 0.088 0.103 0.074 0.139 0.125 0.116 0.133 0.085 0.070 0.041 0.025 169 E 0.329 0.142 0.143 0.123 0.075 0.060 0.056 0.029 0.021 0.012 0.009 170 K 0.134 0.160 0.097 0.181 0.141 0.106 0.098 0.042 0.022 0.013 0.005 171 G 0.279 0.134 0.066 0.110 0.084 0.074 0.080 0.051 0.050 0.040 0.032 172 E 0.103 0.102 0.107 0.180 0.143 0.119 0.112 0.053 0.040 0.026 0.016 173 N 0.089 0.147 0.178 0.190 0.129 0.094 0.088 0.040 0.025 0.013 0.007 174 Y 0.051 0.052 0.057 0.103 0.107 0.113 0.177 0.132 0.106 0.066 0.036 175 L 0.041 0.032 0.037 0.068 0.080 0.089 0.156 0.135 0.142 0.122 0.100 176 K 0.049 0.101 0.141 0.224 0.189 0.117 0.087 0.043 0.028 0.013 0.007 177 E 0.157 0.130 0.139 0.184 0.129 0.104 0.081 0.036 0.022 0.012 0.006 178 N 0.157 0.172 0.117 0.170 0.114 0.084 0.092 0.046 0.026 0.015 0.007 179 G 0.472 0.164 0.063 0.088 0.063 0.047 0.045 0.023 0.017 0.011 0.007 180 T 0.199 0.304 0.141 0.174 0.087 0.044 0.029 0.010 0.006 0.004 0.002 181 W 0.160 0.099 0.087 0.117 0.097 0.101 0.139 0.078 0.061 0.039 0.023 182 S 0.309 0.217 0.144 0.160 0.078 0.042 0.031 0.010 0.006 0.002 0.001 183 K 0.233 0.183 0.141 0.191 0.113 0.066 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 184 A 0.156 0.069 0.169 0.129 0.090 0.104 0.128 0.064 0.045 0.030 0.015 185 Y 0.044 0.049 0.240 0.141 0.123 0.130 0.163 0.059 0.032 0.014 0.005 186 K 0.046 0.069 0.341 0.254 0.130 0.070 0.053 0.021 0.009 0.005 0.002 187 T 0.036 0.117 0.239 0.181 0.131 0.104 0.098 0.045 0.026 0.016 0.006 188 I 0.017 0.031 0.334 0.073 0.070 0.087 0.168 0.083 0.074 0.042 0.021 189 K 0.088 0.086 0.487 0.170 0.086 0.037 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 190 E 0.024 0.059 0.308 0.258 0.164 0.094 0.065 0.018 0.006 0.002 0.001 191 I 0.014 0.022 0.393 0.059 0.039 0.037 0.099 0.085 0.110 0.091 0.052 192 K 0.007 0.017 0.180 0.135 0.167 0.174 0.198 0.072 0.033 0.012 0.004 193 D 0.019 0.050 0.482 0.229 0.116 0.054 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 194 W 0.008 0.032 0.148 0.129 0.157 0.165 0.190 0.086 0.050 0.026 0.009 195 I 0.014 0.019 0.098 0.036 0.035 0.048 0.186 0.165 0.195 0.132 0.073 196 K 0.044 0.116 0.276 0.267 0.168 0.067 0.040 0.013 0.005 0.002 0.001 197 L 0.036 0.072 0.205 0.120 0.098 0.092 0.123 0.091 0.086 0.054 0.023 198 E 0.154 0.171 0.212 0.176 0.119 0.067 0.058 0.023 0.014 0.005 0.002 199 H 0.132 0.124 0.093 0.135 0.114 0.101 0.140 0.074 0.049 0.026 0.010 200 H 0.131 0.158 0.104 0.180 0.129 0.091 0.084 0.052 0.037 0.023 0.010 201 H 0.179 0.144 0.091 0.144 0.119 0.094 0.101 0.056 0.041 0.022 0.009 202 H 0.237 0.128 0.079 0.135 0.103 0.080 0.094 0.060 0.044 0.028 0.013 203 H 0.213 0.160 0.073 0.139 0.110 0.084 0.087 0.055 0.043 0.025 0.011 204 H 0.299 0.165 0.058 0.124 0.093 0.071 0.070 0.048 0.038 0.023 0.011