# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.86949 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.098 0.018 0.013 0.012 0.023 0.063 0.008 0.001 0.004 0.597 2 N 0.140 0.030 0.005 0.010 0.011 0.011 0.086 0.015 0.001 0.005 0.688 3 K 0.129 0.024 0.042 0.014 0.004 0.008 0.056 0.002 0.001 0.009 0.713 4 D 0.015 0.014 0.002 0.010 0.006 0.006 0.228 0.002 0.001 0.002 0.716 5 K 0.101 0.052 0.004 0.022 0.008 0.014 0.187 0.002 0.001 0.015 0.596 6 L 0.071 0.354 0.004 0.040 0.024 0.056 0.171 0.002 0.001 0.010 0.267 7 R 0.032 0.469 0.001 0.046 0.044 0.106 0.150 0.004 0.001 0.007 0.141 8 Y 0.048 0.748 0.001 0.018 0.014 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.136 9 A 0.038 0.869 0.001 0.009 0.010 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.050 10 I 0.023 0.829 0.003 0.014 0.020 0.042 0.008 0.009 0.001 0.001 0.051 11 L 0.048 0.642 0.008 0.018 0.021 0.058 0.013 0.018 0.001 0.001 0.172 12 K 0.068 0.609 0.008 0.017 0.020 0.039 0.022 0.022 0.001 0.001 0.194 13 E 0.218 0.323 0.011 0.010 0.017 0.024 0.029 0.029 0.001 0.004 0.335 14 I 0.176 0.336 0.062 0.013 0.025 0.028 0.053 0.015 0.001 0.003 0.289 15 F 0.077 0.263 0.013 0.043 0.050 0.067 0.047 0.015 0.001 0.003 0.421 16 E 0.098 0.121 0.010 0.023 0.029 0.048 0.066 0.011 0.001 0.003 0.591 17 G 0.132 0.060 0.009 0.019 0.020 0.033 0.055 0.013 0.001 0.005 0.655 18 N 0.189 0.030 0.034 0.037 0.020 0.038 0.087 0.010 0.001 0.013 0.540 19 T 0.100 0.007 0.013 0.025 0.026 0.023 0.199 0.004 0.001 0.006 0.596 20 P 0.006 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.967 21 L 0.018 0.002 0.002 0.061 0.061 0.126 0.357 0.001 0.001 0.008 0.365 22 S 0.197 0.009 0.001 0.046 0.048 0.058 0.291 0.001 0.001 0.016 0.332 23 E 0.047 0.021 0.001 0.039 0.021 0.023 0.048 0.001 0.001 0.005 0.794 24 N 0.064 0.016 0.002 0.020 0.023 0.041 0.463 0.001 0.001 0.030 0.340 25 D 0.400 0.017 0.004 0.030 0.019 0.029 0.218 0.006 0.001 0.090 0.187 26 I 0.264 0.074 0.043 0.074 0.033 0.043 0.173 0.008 0.001 0.027 0.260 27 G 0.086 0.025 0.022 0.063 0.043 0.046 0.251 0.006 0.001 0.015 0.444 28 V 0.070 0.017 0.044 0.119 0.061 0.110 0.111 0.002 0.001 0.009 0.457 29 T 0.012 0.012 0.003 0.078 0.076 0.132 0.287 0.001 0.001 0.002 0.397 30 E 0.009 0.006 0.001 0.018 0.008 0.011 0.048 0.001 0.001 0.003 0.894 31 D 0.014 0.017 0.001 0.006 0.003 0.008 0.468 0.001 0.001 0.011 0.472 32 Q 0.069 0.018 0.001 0.006 0.003 0.006 0.711 0.003 0.001 0.036 0.148 33 F 0.199 0.429 0.007 0.017 0.004 0.008 0.156 0.004 0.001 0.014 0.161 34 D 0.023 0.732 0.002 0.005 0.003 0.003 0.043 0.005 0.001 0.003 0.182 35 D 0.019 0.690 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.272 36 A 0.012 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.050 37 V 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.007 38 N 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 39 F 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 40 L 0.026 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 41 K 0.018 0.938 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.017 42 R 0.036 0.839 0.016 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 0.001 0.001 0.078 43 E 0.188 0.602 0.006 0.004 0.004 0.006 0.006 0.072 0.001 0.001 0.112 44 G 0.415 0.184 0.040 0.018 0.018 0.009 0.019 0.077 0.001 0.004 0.215 45 Y 0.079 0.118 0.471 0.051 0.037 0.039 0.052 0.004 0.001 0.003 0.146 46 I 0.008 0.053 0.017 0.191 0.168 0.308 0.045 0.003 0.001 0.001 0.207 47 I 0.009 0.024 0.002 0.319 0.162 0.269 0.028 0.001 0.001 0.001 0.184 48 G 0.021 0.019 0.003 0.137 0.115 0.148 0.058 0.002 0.001 0.004 0.492 49 V 0.023 0.011 0.011 0.193 0.175 0.224 0.041 0.002 0.001 0.005 0.315 50 H 0.006 0.003 0.001 0.095 0.164 0.267 0.066 0.001 0.001 0.003 0.393 51 Y 0.024 0.004 0.002 0.096 0.152 0.218 0.067 0.001 0.001 0.007 0.428 52 S 0.054 0.010 0.002 0.064 0.098 0.151 0.197 0.003 0.001 0.010 0.411 53 D 0.033 0.004 0.002 0.014 0.012 0.019 0.106 0.001 0.001 0.007 0.802 54 D 0.102 0.006 0.004 0.018 0.012 0.020 0.233 0.001 0.001 0.028 0.576 55 R 0.328 0.007 0.006 0.011 0.011 0.013 0.276 0.001 0.001 0.029 0.317 56 P 0.017 0.004 0.004 0.006 0.004 0.006 0.056 0.001 0.001 0.002 0.900 57 H 0.024 0.009 0.002 0.024 0.063 0.112 0.210 0.001 0.001 0.005 0.552 58 L 0.134 0.037 0.002 0.050 0.097 0.182 0.110 0.001 0.001 0.007 0.381 59 Y 0.049 0.089 0.001 0.038 0.142 0.199 0.057 0.002 0.001 0.002 0.420 60 K 0.077 0.065 0.003 0.027 0.064 0.164 0.048 0.003 0.001 0.004 0.546 61 L 0.087 0.068 0.008 0.069 0.066 0.163 0.059 0.011 0.001 0.007 0.460 62 G 0.117 0.032 0.017 0.057 0.071 0.117 0.094 0.008 0.001 0.010 0.476 63 P 0.005 0.002 0.006 0.010 0.006 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.951 64 E 0.021 0.007 0.001 0.057 0.073 0.103 0.118 0.001 0.001 0.003 0.615 65 L 0.247 0.028 0.004 0.059 0.061 0.098 0.085 0.001 0.001 0.010 0.407 66 T 0.050 0.162 0.001 0.138 0.152 0.194 0.097 0.003 0.001 0.003 0.200 67 E 0.095 0.102 0.004 0.061 0.040 0.076 0.117 0.003 0.001 0.008 0.494 68 K 0.130 0.075 0.005 0.028 0.018 0.043 0.330 0.006 0.001 0.019 0.346 69 G 0.252 0.047 0.019 0.020 0.018 0.025 0.308 0.015 0.001 0.049 0.245 70 E 0.080 0.124 0.131 0.020 0.009 0.016 0.178 0.002 0.001 0.013 0.428 71 N 0.007 0.085 0.002 0.018 0.031 0.033 0.157 0.002 0.001 0.003 0.661 72 Y 0.110 0.144 0.002 0.009 0.025 0.035 0.098 0.003 0.001 0.007 0.568 73 L 0.102 0.505 0.003 0.015 0.041 0.091 0.066 0.004 0.001 0.004 0.170 74 K 0.043 0.608 0.003 0.013 0.038 0.073 0.039 0.007 0.001 0.003 0.173 75 E 0.118 0.599 0.003 0.004 0.011 0.019 0.028 0.015 0.001 0.002 0.201 76 N 0.273 0.458 0.005 0.007 0.006 0.007 0.033 0.089 0.001 0.005 0.118 77 G 0.408 0.179 0.061 0.004 0.002 0.002 0.092 0.040 0.001 0.016 0.196 78 T 0.054 0.078 0.356 0.006 0.004 0.004 0.174 0.004 0.001 0.005 0.314 79 W 0.021 0.084 0.011 0.015 0.007 0.016 0.239 0.003 0.001 0.004 0.600 80 S 0.049 0.200 0.003 0.025 0.009 0.017 0.115 0.003 0.001 0.007 0.572 81 K 0.050 0.308 0.002 0.002 0.003 0.004 0.080 0.002 0.001 0.003 0.546 82 A 0.087 0.665 0.002 0.007 0.008 0.016 0.070 0.008 0.001 0.004 0.133 83 Y 0.039 0.857 0.001 0.007 0.004 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.071 84 K 0.016 0.910 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.059 85 T 0.020 0.912 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.053 86 I 0.044 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.022 87 K 0.019 0.912 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.051 88 E 0.032 0.868 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.084 89 I 0.067 0.874 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.040 90 K 0.029 0.880 0.004 0.002 0.003 0.006 0.006 0.009 0.001 0.001 0.059 91 D 0.064 0.713 0.007 0.002 0.003 0.006 0.014 0.022 0.001 0.001 0.168 92 W 0.262 0.615 0.008 0.005 0.003 0.005 0.006 0.022 0.001 0.001 0.074 93 I 0.217 0.437 0.035 0.012 0.017 0.019 0.033 0.024 0.001 0.003 0.203 94 K 0.031 0.103 0.075 0.011 0.012 0.022 0.024 0.003 0.001 0.001 0.718 95 L 0.039 0.092 0.005 0.039 0.052 0.102 0.034 0.006 0.001 0.001 0.631 96 E 0.120 0.106 0.003 0.029 0.033 0.048 0.059 0.005 0.001 0.003 0.593 97 H 0.124 0.158 0.005 0.024 0.035 0.057 0.102 0.007 0.001 0.005 0.484 98 H 0.136 0.125 0.009 0.035 0.024 0.043 0.119 0.005 0.001 0.006 0.497 99 H 0.144 0.099 0.006 0.022 0.018 0.028 0.147 0.004 0.001 0.008 0.523 100 H 0.109 0.094 0.012 0.020 0.024 0.044 0.117 0.004 0.001 0.009 0.567 101 H 0.121 0.107 0.009 0.018 0.026 0.034 0.124 0.005 0.001 0.005 0.551 102 H 0.172 0.082 0.006 0.014 0.019 0.026 0.090 0.008 0.001 0.007 0.574 103 M 0.182 0.090 0.028 0.022 0.026 0.058 0.122 0.005 0.001 0.009 0.456 104 N 0.089 0.034 0.005 0.013 0.018 0.025 0.251 0.009 0.001 0.005 0.551 105 K 0.057 0.014 0.014 0.012 0.004 0.006 0.037 0.001 0.001 0.006 0.850 106 D 0.017 0.013 0.002 0.003 0.002 0.003 0.414 0.001 0.001 0.004 0.542 107 K 0.083 0.043 0.003 0.010 0.004 0.007 0.342 0.003 0.001 0.031 0.475 108 L 0.078 0.408 0.004 0.014 0.007 0.013 0.154 0.003 0.001 0.010 0.308 109 R 0.040 0.539 0.001 0.020 0.025 0.053 0.204 0.007 0.001 0.012 0.100 110 Y 0.035 0.894 0.001 0.005 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.050 111 A 0.016 0.949 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 112 I 0.012 0.936 0.002 0.003 0.004 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.026 113 L 0.036 0.843 0.008 0.009 0.009 0.034 0.004 0.011 0.001 0.001 0.045 114 K 0.022 0.835 0.006 0.015 0.011 0.033 0.006 0.013 0.001 0.001 0.057 115 E 0.120 0.546 0.004 0.017 0.020 0.037 0.007 0.053 0.001 0.001 0.195 116 I 0.175 0.513 0.026 0.017 0.032 0.024 0.012 0.033 0.001 0.001 0.167 117 F 0.083 0.474 0.019 0.065 0.061 0.081 0.020 0.021 0.001 0.002 0.174 118 E 0.039 0.151 0.023 0.050 0.061 0.108 0.059 0.016 0.001 0.002 0.490 119 G 0.084 0.080 0.013 0.051 0.036 0.085 0.059 0.011 0.001 0.004 0.576 120 N 0.185 0.039 0.025 0.046 0.029 0.056 0.120 0.012 0.001 0.013 0.474 121 T 0.122 0.013 0.036 0.034 0.036 0.037 0.141 0.003 0.001 0.007 0.573 122 P 0.003 0.001 0.003 0.005 0.005 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.967 123 L 0.022 0.003 0.001 0.046 0.102 0.204 0.233 0.001 0.001 0.008 0.381 124 S 0.149 0.015 0.001 0.030 0.066 0.073 0.169 0.001 0.001 0.011 0.485 125 E 0.100 0.067 0.001 0.037 0.050 0.067 0.122 0.002 0.001 0.013 0.540 126 N 0.179 0.033 0.004 0.019 0.031 0.051 0.370 0.003 0.001 0.059 0.251 127 D 0.409 0.030 0.012 0.031 0.031 0.032 0.232 0.006 0.001 0.061 0.155 128 I 0.129 0.050 0.080 0.052 0.045 0.061 0.210 0.005 0.001 0.022 0.347 129 G 0.045 0.019 0.023 0.085 0.146 0.164 0.182 0.003 0.001 0.011 0.322 130 V 0.025 0.010 0.015 0.091 0.117 0.211 0.107 0.001 0.001 0.006 0.417 131 T 0.008 0.009 0.002 0.076 0.178 0.303 0.150 0.001 0.001 0.002 0.272 132 E 0.009 0.009 0.001 0.042 0.038 0.058 0.072 0.001 0.001 0.004 0.767 133 D 0.016 0.017 0.001 0.011 0.010 0.027 0.455 0.001 0.001 0.016 0.447 134 Q 0.104 0.030 0.003 0.019 0.016 0.026 0.551 0.005 0.001 0.051 0.196 135 F 0.223 0.316 0.008 0.024 0.010 0.019 0.171 0.005 0.001 0.019 0.205 136 D 0.037 0.475 0.004 0.011 0.009 0.015 0.079 0.006 0.001 0.006 0.356 137 D 0.048 0.437 0.003 0.001 0.002 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.475 138 A 0.052 0.756 0.004 0.002 0.004 0.008 0.044 0.007 0.001 0.003 0.121 139 V 0.024 0.853 0.002 0.003 0.011 0.020 0.023 0.011 0.001 0.002 0.052 140 N 0.027 0.881 0.002 0.001 0.003 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.064 141 F 0.056 0.884 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.043 142 L 0.075 0.854 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.041 143 K 0.057 0.755 0.019 0.004 0.011 0.017 0.012 0.035 0.001 0.002 0.088 144 R 0.121 0.584 0.020 0.005 0.012 0.021 0.012 0.036 0.001 0.002 0.185 145 E 0.250 0.224 0.017 0.028 0.043 0.040 0.033 0.101 0.001 0.005 0.258 146 G 0.230 0.035 0.090 0.073 0.070 0.063 0.048 0.032 0.001 0.011 0.347 147 Y 0.023 0.008 0.146 0.347 0.196 0.160 0.043 0.002 0.001 0.002 0.072 148 I 0.002 0.002 0.005 0.421 0.156 0.234 0.030 0.001 0.001 0.001 0.149 149 I 0.001 0.001 0.001 0.515 0.176 0.263 0.010 0.001 0.001 0.001 0.034 150 G 0.001 0.001 0.001 0.514 0.141 0.226 0.025 0.001 0.001 0.001 0.091 151 V 0.003 0.001 0.001 0.433 0.173 0.224 0.022 0.001 0.001 0.002 0.141 152 H 0.002 0.001 0.001 0.236 0.221 0.362 0.035 0.001 0.001 0.002 0.140 153 Y 0.005 0.001 0.001 0.146 0.197 0.327 0.063 0.001 0.001 0.005 0.253 154 S 0.019 0.005 0.001 0.091 0.147 0.221 0.177 0.001 0.001 0.009 0.328 155 D 0.019 0.005 0.002 0.025 0.026 0.048 0.112 0.001 0.001 0.008 0.755 156 D 0.058 0.008 0.003 0.013 0.021 0.030 0.344 0.001 0.001 0.029 0.492 157 R 0.272 0.018 0.004 0.008 0.012 0.016 0.335 0.001 0.001 0.030 0.303 158 P 0.029 0.021 0.003 0.005 0.004 0.007 0.059 0.001 0.001 0.003 0.867 159 H 0.063 0.030 0.003 0.011 0.050 0.049 0.201 0.001 0.001 0.011 0.579 160 L 0.172 0.072 0.006 0.015 0.041 0.078 0.155 0.001 0.001 0.008 0.453 161 Y 0.034 0.133 0.002 0.050 0.230 0.259 0.040 0.003 0.001 0.002 0.247 162 K 0.044 0.126 0.002 0.048 0.105 0.317 0.060 0.003 0.001 0.003 0.291 163 L 0.063 0.162 0.008 0.066 0.085 0.158 0.027 0.015 0.001 0.003 0.413 164 G 0.123 0.119 0.019 0.149 0.128 0.210 0.041 0.011 0.001 0.005 0.195 165 P 0.002 0.003 0.004 0.009 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.963 166 E 0.017 0.006 0.001 0.083 0.089 0.154 0.089 0.002 0.001 0.003 0.555 167 L 0.355 0.024 0.004 0.055 0.042 0.061 0.081 0.003 0.001 0.011 0.364 168 T 0.095 0.188 0.002 0.140 0.108 0.122 0.110 0.005 0.001 0.004 0.225 169 E 0.064 0.055 0.006 0.047 0.023 0.040 0.102 0.002 0.001 0.006 0.655 170 K 0.094 0.037 0.003 0.021 0.014 0.033 0.463 0.005 0.001 0.017 0.313 171 G 0.407 0.030 0.013 0.013 0.011 0.016 0.271 0.011 0.001 0.046 0.181 172 E 0.066 0.111 0.100 0.017 0.006 0.009 0.159 0.001 0.001 0.009 0.522 173 N 0.006 0.053 0.001 0.011 0.016 0.017 0.177 0.001 0.001 0.002 0.716 174 Y 0.143 0.109 0.002 0.009 0.020 0.030 0.126 0.002 0.001 0.009 0.550 175 L 0.113 0.502 0.003 0.015 0.027 0.083 0.072 0.003 0.001 0.004 0.178 176 K 0.053 0.559 0.003 0.013 0.031 0.078 0.029 0.007 0.001 0.003 0.224 177 E 0.130 0.564 0.002 0.003 0.007 0.015 0.014 0.009 0.001 0.001 0.254 178 N 0.232 0.431 0.003 0.007 0.008 0.008 0.016 0.095 0.001 0.002 0.197 179 G 0.413 0.191 0.059 0.010 0.005 0.005 0.042 0.051 0.001 0.012 0.211 180 T 0.080 0.063 0.333 0.009 0.008 0.009 0.185 0.004 0.001 0.004 0.304 181 W 0.013 0.044 0.013 0.023 0.009 0.020 0.124 0.002 0.001 0.002 0.751 182 S 0.035 0.123 0.002 0.070 0.021 0.035 0.151 0.002 0.001 0.007 0.553 183 K 0.041 0.170 0.002 0.005 0.005 0.007 0.171 0.002 0.001 0.008 0.591 184 A 0.116 0.565 0.003 0.017 0.012 0.023 0.094 0.009 0.001 0.008 0.154 185 Y 0.087 0.731 0.003 0.014 0.006 0.012 0.022 0.008 0.001 0.003 0.115 186 K 0.031 0.831 0.003 0.004 0.004 0.006 0.012 0.004 0.001 0.001 0.104 187 T 0.036 0.801 0.003 0.002 0.004 0.006 0.009 0.010 0.001 0.001 0.129 188 I 0.047 0.879 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.049 189 K 0.029 0.835 0.005 0.002 0.004 0.007 0.014 0.007 0.001 0.001 0.096 190 E 0.052 0.795 0.006 0.002 0.003 0.006 0.012 0.009 0.001 0.001 0.116 191 I 0.085 0.829 0.003 0.002 0.003 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.058 192 K 0.029 0.838 0.006 0.004 0.004 0.011 0.007 0.009 0.001 0.001 0.091 193 D 0.050 0.630 0.004 0.004 0.008 0.009 0.014 0.025 0.001 0.001 0.254 194 W 0.190 0.670 0.007 0.005 0.005 0.007 0.008 0.017 0.001 0.001 0.090 195 I 0.095 0.678 0.020 0.012 0.023 0.024 0.020 0.015 0.001 0.002 0.110 196 K 0.051 0.491 0.037 0.020 0.034 0.071 0.045 0.008 0.001 0.002 0.242 197 L 0.056 0.403 0.008 0.036 0.078 0.129 0.019 0.010 0.001 0.001 0.260 198 E 0.066 0.316 0.005 0.042 0.067 0.100 0.039 0.010 0.001 0.002 0.352 199 H 0.074 0.173 0.011 0.029 0.066 0.111 0.090 0.014 0.001 0.006 0.426 200 H 0.140 0.132 0.015 0.041 0.042 0.058 0.089 0.015 0.001 0.006 0.462 201 H 0.134 0.093 0.011 0.025 0.027 0.037 0.125 0.007 0.001 0.007 0.533 202 H 0.103 0.055 0.012 0.017 0.022 0.036 0.121 0.005 0.001 0.009 0.620 203 H 0.120 0.044 0.011 0.015 0.023 0.032 0.114 0.004 0.001 0.006 0.629 204 H 0.076 0.031 0.006 0.013 0.016 0.025 0.094 0.002 0.001 0.005 0.732