# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993 2 N 0.014 0.018 0.026 0.399 0.002 0.032 0.509 3 K 0.006 0.003 0.046 0.722 0.041 0.057 0.127 4 D 0.005 0.001 0.038 0.824 0.026 0.071 0.036 5 K 0.004 0.002 0.020 0.885 0.016 0.040 0.033 6 L 0.007 0.004 0.008 0.919 0.013 0.022 0.027 7 R 0.013 0.001 0.008 0.933 0.011 0.017 0.017 8 Y 0.024 0.001 0.009 0.930 0.010 0.015 0.012 9 A 0.015 0.002 0.014 0.927 0.010 0.017 0.014 10 I 0.017 0.006 0.014 0.889 0.012 0.043 0.019 11 L 0.010 0.001 0.016 0.792 0.024 0.116 0.040 12 K 0.006 0.002 0.021 0.509 0.037 0.371 0.054 13 E 0.012 0.006 0.035 0.254 0.103 0.360 0.230 14 I 0.025 0.025 0.084 0.147 0.162 0.121 0.436 15 F 0.035 0.033 0.106 0.133 0.200 0.117 0.377 16 E 0.026 0.012 0.067 0.113 0.220 0.250 0.313 17 G 0.026 0.012 0.046 0.053 0.186 0.254 0.423 18 N 0.031 0.017 0.058 0.031 0.242 0.173 0.449 19 T 0.059 0.025 0.060 0.025 0.232 0.104 0.495 20 P 0.114 0.034 0.074 0.028 0.186 0.129 0.435 21 L 0.122 0.066 0.025 0.017 0.196 0.063 0.512 22 S 0.088 0.043 0.010 0.010 0.125 0.024 0.701 23 E 0.017 0.008 0.499 0.189 0.067 0.165 0.055 24 N 0.006 0.003 0.491 0.189 0.047 0.235 0.029 25 D 0.011 0.007 0.472 0.168 0.068 0.220 0.053 26 I 0.089 0.018 0.086 0.235 0.150 0.138 0.283 27 G 0.178 0.034 0.035 0.078 0.113 0.170 0.393 28 V 0.329 0.154 0.021 0.048 0.159 0.039 0.251 29 T 0.138 0.034 0.012 0.044 0.092 0.021 0.659 30 E 0.002 0.001 0.169 0.721 0.026 0.062 0.019 31 D 0.001 0.001 0.153 0.749 0.020 0.068 0.008 32 Q 0.001 0.002 0.130 0.790 0.010 0.052 0.015 33 F 0.001 0.001 0.016 0.962 0.003 0.010 0.008 34 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.007 0.004 35 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 36 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 38 N 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.016 0.001 40 L 0.002 0.001 0.003 0.977 0.003 0.012 0.003 41 K 0.003 0.001 0.009 0.948 0.004 0.026 0.009 42 R 0.009 0.002 0.021 0.804 0.021 0.125 0.019 43 E 0.001 0.001 0.009 0.071 0.016 0.900 0.003 44 G 0.002 0.001 0.002 0.003 0.029 0.952 0.012 45 Y 0.298 0.013 0.003 0.004 0.079 0.022 0.582 46 I 0.877 0.031 0.001 0.001 0.004 0.004 0.080 47 I 0.856 0.003 0.008 0.002 0.020 0.039 0.071 48 G 0.823 0.004 0.006 0.001 0.052 0.044 0.069 49 V 0.855 0.006 0.001 0.001 0.019 0.003 0.115 50 H 0.811 0.015 0.001 0.001 0.019 0.005 0.147 51 Y 0.518 0.031 0.009 0.007 0.066 0.044 0.325 52 S 0.304 0.025 0.021 0.008 0.124 0.124 0.394 53 D 0.122 0.008 0.024 0.015 0.272 0.353 0.205 54 D 0.081 0.007 0.023 0.013 0.366 0.290 0.219 55 R 0.195 0.022 0.015 0.020 0.317 0.053 0.379 56 P 0.448 0.061 0.017 0.030 0.079 0.030 0.335 57 H 0.632 0.055 0.024 0.030 0.034 0.029 0.196 58 L 0.571 0.038 0.043 0.038 0.054 0.069 0.189 59 Y 0.461 0.022 0.040 0.038 0.095 0.119 0.225 60 K 0.269 0.017 0.035 0.048 0.169 0.239 0.223 61 L 0.104 0.015 0.023 0.046 0.289 0.274 0.249 62 G 0.075 0.009 0.016 0.053 0.406 0.098 0.342 63 P 0.118 0.014 0.038 0.205 0.167 0.135 0.323 64 E 0.341 0.067 0.044 0.202 0.062 0.092 0.192 65 L 0.373 0.060 0.051 0.186 0.077 0.055 0.199 66 T 0.335 0.018 0.022 0.234 0.072 0.039 0.280 67 E 0.018 0.002 0.045 0.855 0.021 0.040 0.018 68 K 0.007 0.003 0.030 0.832 0.024 0.081 0.021 69 G 0.002 0.001 0.026 0.899 0.009 0.055 0.009 70 E 0.001 0.001 0.025 0.952 0.004 0.011 0.006 71 N 0.002 0.001 0.029 0.944 0.003 0.018 0.004 72 Y 0.001 0.001 0.033 0.925 0.003 0.032 0.004 73 L 0.004 0.004 0.020 0.908 0.016 0.038 0.011 74 K 0.003 0.002 0.028 0.829 0.023 0.090 0.024 75 E 0.001 0.001 0.011 0.765 0.044 0.153 0.024 76 N 0.001 0.001 0.011 0.640 0.056 0.230 0.060 77 G 0.002 0.008 0.014 0.541 0.084 0.234 0.118 78 T 0.002 0.003 0.016 0.674 0.070 0.072 0.162 79 W 0.001 0.001 0.013 0.911 0.027 0.018 0.029 80 S 0.001 0.001 0.006 0.958 0.013 0.012 0.011 81 K 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.008 0.008 82 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.008 0.005 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.013 0.003 84 K 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.017 0.003 85 T 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.031 0.004 86 I 0.001 0.001 0.001 0.968 0.006 0.019 0.005 87 K 0.001 0.001 0.004 0.960 0.007 0.019 0.008 88 E 0.001 0.001 0.008 0.930 0.006 0.047 0.008 89 I 0.001 0.001 0.023 0.881 0.009 0.046 0.037 90 K 0.002 0.001 0.111 0.772 0.009 0.094 0.011 91 D 0.003 0.001 0.086 0.621 0.018 0.254 0.018 92 W 0.008 0.005 0.092 0.536 0.056 0.227 0.078 93 I 0.041 0.033 0.014 0.205 0.306 0.068 0.333 94 K 0.077 0.019 0.013 0.056 0.115 0.073 0.646 95 L 0.048 0.019 0.135 0.302 0.133 0.166 0.197 96 E 0.056 0.010 0.164 0.201 0.172 0.178 0.219 97 H 0.051 0.011 0.241 0.208 0.121 0.178 0.189 98 H 0.072 0.022 0.135 0.192 0.158 0.166 0.255 99 H 0.079 0.027 0.123 0.122 0.151 0.226 0.272 100 H 0.085 0.020 0.143 0.106 0.181 0.221 0.244 101 H 0.080 0.022 0.120 0.095 0.155 0.288 0.240 102 H 0.048 0.028 0.073 0.065 0.223 0.231 0.331 103 M 0.048 0.024 0.021 0.061 0.323 0.135 0.387 104 N 0.038 0.009 0.009 0.034 0.220 0.109 0.581 105 K 0.025 0.008 0.040 0.272 0.222 0.189 0.245 106 D 0.054 0.015 0.039 0.393 0.137 0.139 0.223 107 K 0.067 0.005 0.046 0.703 0.061 0.043 0.075 108 L 0.138 0.007 0.028 0.749 0.012 0.020 0.046 109 R 0.128 0.004 0.034 0.765 0.014 0.022 0.032 110 Y 0.249 0.001 0.022 0.687 0.012 0.014 0.015 111 A 0.275 0.002 0.028 0.654 0.007 0.015 0.019 112 I 0.196 0.006 0.038 0.686 0.010 0.038 0.024 113 L 0.187 0.003 0.032 0.666 0.020 0.041 0.052 114 K 0.125 0.003 0.052 0.687 0.028 0.045 0.060 115 E 0.149 0.003 0.053 0.615 0.049 0.065 0.066 116 I 0.093 0.009 0.078 0.628 0.050 0.077 0.066 117 F 0.070 0.025 0.054 0.568 0.100 0.082 0.100 118 E 0.059 0.006 0.034 0.319 0.148 0.280 0.153 119 G 0.030 0.005 0.017 0.072 0.209 0.450 0.217 120 N 0.020 0.017 0.018 0.024 0.341 0.102 0.478 121 T 0.022 0.024 0.024 0.011 0.250 0.046 0.624 122 P 0.035 0.033 0.111 0.024 0.165 0.130 0.502 123 L 0.018 0.022 0.131 0.024 0.137 0.106 0.561 124 S 0.018 0.023 0.094 0.022 0.162 0.056 0.625 125 E 0.012 0.006 0.431 0.130 0.126 0.207 0.087 126 N 0.011 0.009 0.458 0.099 0.110 0.172 0.141 127 D 0.016 0.026 0.331 0.088 0.131 0.096 0.312 128 I 0.029 0.018 0.184 0.132 0.110 0.364 0.164 129 G 0.057 0.010 0.097 0.044 0.145 0.472 0.175 130 V 0.118 0.052 0.052 0.034 0.338 0.096 0.311 131 T 0.136 0.101 0.011 0.041 0.126 0.020 0.566 132 E 0.021 0.004 0.203 0.465 0.080 0.103 0.124 133 D 0.015 0.004 0.167 0.383 0.098 0.210 0.123 134 Q 0.013 0.012 0.160 0.491 0.069 0.161 0.093 135 F 0.010 0.007 0.040 0.703 0.097 0.045 0.098 136 D 0.006 0.003 0.024 0.743 0.049 0.047 0.128 137 D 0.005 0.002 0.023 0.852 0.018 0.074 0.027 138 A 0.003 0.002 0.009 0.915 0.007 0.055 0.009 139 V 0.002 0.001 0.006 0.943 0.007 0.034 0.007 140 N 0.007 0.001 0.008 0.887 0.014 0.062 0.022 141 F 0.012 0.003 0.013 0.846 0.014 0.087 0.026 142 L 0.026 0.006 0.028 0.779 0.026 0.083 0.051 143 K 0.037 0.007 0.052 0.663 0.044 0.133 0.064 144 R 0.082 0.015 0.065 0.423 0.101 0.200 0.115 145 E 0.054 0.004 0.043 0.172 0.113 0.501 0.112 146 G 0.089 0.003 0.016 0.032 0.184 0.572 0.102 147 Y 0.567 0.013 0.006 0.012 0.077 0.027 0.298 148 I 0.896 0.010 0.002 0.005 0.010 0.005 0.072 149 I 0.909 0.004 0.002 0.004 0.013 0.007 0.061 150 G 0.853 0.005 0.003 0.004 0.024 0.012 0.099 151 V 0.821 0.009 0.003 0.004 0.030 0.009 0.123 152 H 0.700 0.030 0.005 0.006 0.047 0.016 0.196 153 Y 0.306 0.016 0.022 0.016 0.141 0.121 0.377 154 S 0.130 0.015 0.041 0.014 0.264 0.229 0.306 155 D 0.036 0.010 0.049 0.024 0.352 0.279 0.249 156 D 0.023 0.012 0.030 0.022 0.504 0.168 0.243 157 R 0.049 0.024 0.028 0.042 0.392 0.067 0.399 158 P 0.124 0.020 0.036 0.066 0.125 0.083 0.546 159 H 0.206 0.031 0.092 0.173 0.095 0.076 0.326 160 L 0.193 0.023 0.179 0.259 0.082 0.079 0.186 161 Y 0.262 0.012 0.160 0.260 0.082 0.089 0.136 162 K 0.268 0.019 0.090 0.242 0.120 0.078 0.183 163 L 0.111 0.025 0.020 0.171 0.189 0.059 0.423 164 G 0.029 0.009 0.010 0.058 0.211 0.043 0.640 165 P 0.011 0.003 0.096 0.314 0.152 0.293 0.132 166 E 0.017 0.014 0.109 0.459 0.080 0.213 0.110 167 L 0.012 0.010 0.095 0.592 0.077 0.079 0.134 168 T 0.024 0.005 0.017 0.697 0.075 0.036 0.145 169 E 0.003 0.001 0.015 0.919 0.011 0.036 0.014 170 K 0.001 0.002 0.012 0.885 0.013 0.074 0.013 171 G 0.004 0.002 0.017 0.782 0.015 0.151 0.030 172 E 0.006 0.002 0.044 0.809 0.032 0.063 0.043 173 N 0.018 0.001 0.043 0.835 0.021 0.049 0.032 174 Y 0.012 0.002 0.063 0.799 0.020 0.075 0.030 175 L 0.042 0.020 0.043 0.720 0.037 0.075 0.064 176 K 0.051 0.016 0.048 0.542 0.073 0.166 0.103 177 E 0.021 0.003 0.016 0.359 0.133 0.370 0.098 178 N 0.005 0.003 0.006 0.106 0.180 0.541 0.157 179 G 0.005 0.006 0.006 0.031 0.436 0.206 0.311 180 T 0.019 0.020 0.018 0.103 0.237 0.047 0.556 181 W 0.003 0.002 0.073 0.828 0.030 0.035 0.028 182 S 0.002 0.001 0.062 0.864 0.023 0.027 0.021 183 K 0.001 0.001 0.042 0.899 0.012 0.027 0.017 184 A 0.001 0.001 0.009 0.947 0.006 0.021 0.015 185 Y 0.001 0.001 0.003 0.970 0.004 0.019 0.003 186 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.013 0.003 187 T 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.011 0.002 188 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 189 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 190 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 191 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 192 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 193 D 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.014 0.001 194 W 0.003 0.001 0.004 0.970 0.003 0.017 0.002 195 I 0.009 0.001 0.004 0.954 0.005 0.019 0.007 196 K 0.023 0.002 0.008 0.888 0.009 0.054 0.018 197 L 0.025 0.003 0.019 0.777 0.029 0.103 0.045 198 E 0.037 0.005 0.044 0.623 0.079 0.116 0.096 199 H 0.051 0.012 0.059 0.431 0.122 0.148 0.177 200 H 0.045 0.013 0.063 0.287 0.143 0.184 0.266 201 H 0.055 0.012 0.046 0.160 0.219 0.245 0.263 202 H 0.049 0.015 0.028 0.106 0.237 0.205 0.359 203 H 0.024 0.015 0.011 0.046 0.017 0.126 0.761 204 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998