# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.86949 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.680 0.045 0.097 0.090 0.021 0.008 0.024 0.011 0.007 0.017 0.001 2 N 0.521 0.049 0.093 0.137 0.014 0.087 0.056 0.005 0.029 0.007 0.002 3 K 0.901 0.012 0.021 0.048 0.003 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 4 D 0.781 0.008 0.027 0.122 0.004 0.012 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 5 K 0.915 0.009 0.007 0.056 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 6 L 0.861 0.036 0.059 0.025 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 7 R 0.977 0.006 0.005 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.963 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.975 0.006 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.930 0.023 0.010 0.028 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.875 0.021 0.050 0.036 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.709 0.021 0.045 0.176 0.011 0.005 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 13 E 0.495 0.041 0.101 0.102 0.036 0.022 0.153 0.027 0.015 0.007 0.001 14 I 0.572 0.137 0.111 0.128 0.016 0.021 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 15 F 0.248 0.230 0.201 0.146 0.046 0.055 0.025 0.005 0.038 0.005 0.001 16 E 0.268 0.188 0.207 0.219 0.017 0.027 0.021 0.002 0.048 0.002 0.001 17 G 0.101 0.017 0.070 0.063 0.070 0.004 0.102 0.317 0.002 0.253 0.001 18 N 0.180 0.083 0.164 0.343 0.024 0.064 0.096 0.017 0.022 0.004 0.003 19 T 0.024 0.377 0.386 0.003 0.046 0.016 0.015 0.001 0.130 0.001 0.001 20 P 0.101 0.012 0.757 0.010 0.001 0.058 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 21 L 0.085 0.310 0.422 0.079 0.030 0.057 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 22 S 0.013 0.318 0.431 0.012 0.110 0.054 0.002 0.001 0.052 0.006 0.001 23 E 0.877 0.015 0.033 0.058 0.004 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 24 N 0.584 0.012 0.033 0.315 0.005 0.007 0.031 0.006 0.005 0.001 0.001 25 D 0.304 0.029 0.073 0.452 0.009 0.043 0.067 0.004 0.017 0.001 0.002 26 I 0.151 0.180 0.286 0.316 0.024 0.012 0.016 0.004 0.010 0.001 0.001 27 G 0.055 0.087 0.145 0.056 0.183 0.020 0.125 0.192 0.010 0.125 0.001 28 V 0.026 0.592 0.281 0.021 0.059 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 T 0.018 0.441 0.277 0.018 0.144 0.049 0.002 0.001 0.042 0.009 0.001 30 E 0.950 0.008 0.014 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 31 D 0.929 0.001 0.005 0.056 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.880 0.002 0.002 0.109 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 F 0.930 0.002 0.007 0.053 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.979 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.983 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.970 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.968 0.003 0.006 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.936 0.014 0.014 0.027 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.402 0.018 0.055 0.495 0.006 0.004 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 44 G 0.011 0.002 0.007 0.017 0.017 0.001 0.148 0.778 0.001 0.019 0.001 45 Y 0.103 0.301 0.416 0.052 0.033 0.068 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 46 I 0.018 0.463 0.387 0.004 0.005 0.091 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 47 I 0.167 0.279 0.094 0.365 0.023 0.028 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 48 G 0.009 0.066 0.096 0.008 0.593 0.007 0.122 0.072 0.004 0.023 0.001 49 V 0.044 0.733 0.120 0.025 0.054 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 50 H 0.031 0.588 0.207 0.018 0.077 0.043 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 51 Y 0.083 0.470 0.243 0.074 0.061 0.035 0.004 0.002 0.026 0.002 0.001 52 S 0.181 0.401 0.139 0.103 0.085 0.023 0.006 0.003 0.049 0.009 0.001 53 D 0.244 0.071 0.145 0.214 0.073 0.054 0.138 0.009 0.022 0.028 0.003 54 D 0.190 0.039 0.076 0.488 0.024 0.034 0.094 0.032 0.013 0.004 0.006 55 R 0.041 0.362 0.372 0.007 0.025 0.018 0.015 0.001 0.158 0.001 0.001 56 P 0.128 0.012 0.766 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 57 H 0.221 0.418 0.180 0.048 0.049 0.037 0.010 0.003 0.032 0.001 0.001 58 L 0.259 0.343 0.256 0.054 0.028 0.034 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 59 Y 0.243 0.268 0.211 0.099 0.083 0.044 0.020 0.005 0.021 0.005 0.001 60 K 0.325 0.264 0.205 0.069 0.047 0.035 0.022 0.003 0.026 0.002 0.001 61 L 0.221 0.137 0.230 0.326 0.017 0.028 0.016 0.002 0.020 0.001 0.002 62 G 0.045 0.015 0.124 0.009 0.086 0.002 0.060 0.123 0.011 0.524 0.001 63 P 0.407 0.023 0.482 0.025 0.011 0.009 0.001 0.002 0.001 0.005 0.033 64 E 0.258 0.163 0.380 0.081 0.019 0.052 0.012 0.003 0.030 0.001 0.001 65 L 0.258 0.177 0.425 0.062 0.012 0.047 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 66 T 0.328 0.295 0.194 0.078 0.058 0.026 0.002 0.001 0.013 0.004 0.001 67 E 0.584 0.131 0.127 0.062 0.055 0.015 0.008 0.004 0.010 0.005 0.001 68 K 0.424 0.058 0.264 0.177 0.021 0.016 0.019 0.004 0.012 0.002 0.001 69 G 0.367 0.017 0.093 0.053 0.049 0.011 0.086 0.185 0.010 0.128 0.001 70 E 0.895 0.018 0.048 0.025 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 71 N 0.844 0.019 0.039 0.061 0.005 0.010 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.946 0.006 0.007 0.032 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.946 0.008 0.016 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.960 0.010 0.008 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.862 0.015 0.023 0.088 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 N 0.270 0.024 0.054 0.566 0.007 0.013 0.040 0.005 0.021 0.001 0.001 77 G 0.467 0.017 0.091 0.048 0.026 0.011 0.140 0.146 0.006 0.046 0.001 78 T 0.741 0.047 0.054 0.119 0.010 0.016 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 79 W 0.829 0.030 0.060 0.052 0.005 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 80 S 0.940 0.008 0.021 0.020 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.972 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.976 0.003 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.968 0.006 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.973 0.005 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.953 0.005 0.008 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.948 0.005 0.010 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.977 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.954 0.003 0.006 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.897 0.008 0.016 0.070 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 K 0.937 0.011 0.019 0.022 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 91 D 0.796 0.011 0.021 0.147 0.006 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 92 W 0.732 0.029 0.049 0.161 0.005 0.010 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 93 I 0.268 0.324 0.221 0.050 0.027 0.029 0.008 0.001 0.071 0.001 0.001 94 K 0.335 0.062 0.445 0.031 0.004 0.083 0.013 0.002 0.022 0.002 0.003 95 L 0.625 0.079 0.166 0.068 0.010 0.029 0.007 0.003 0.012 0.002 0.001 96 E 0.612 0.085 0.104 0.112 0.020 0.026 0.019 0.006 0.011 0.004 0.001 97 H 0.362 0.105 0.098 0.249 0.042 0.038 0.066 0.010 0.027 0.004 0.001 98 H 0.301 0.137 0.140 0.184 0.049 0.046 0.088 0.017 0.029 0.008 0.001 99 H 0.309 0.168 0.139 0.161 0.043 0.057 0.074 0.011 0.033 0.006 0.001 100 H 0.418 0.139 0.108 0.170 0.035 0.040 0.052 0.009 0.025 0.004 0.001 101 H 0.421 0.126 0.120 0.181 0.026 0.042 0.050 0.008 0.021 0.004 0.001 102 H 0.408 0.143 0.109 0.147 0.037 0.044 0.068 0.008 0.031 0.005 0.001 103 M 0.468 0.129 0.162 0.154 0.027 0.024 0.018 0.003 0.012 0.004 0.001 104 N 0.174 0.069 0.192 0.150 0.028 0.198 0.074 0.007 0.098 0.008 0.001 105 K 0.836 0.014 0.028 0.083 0.004 0.010 0.016 0.003 0.003 0.002 0.001 106 D 0.741 0.011 0.036 0.144 0.003 0.016 0.037 0.006 0.004 0.001 0.001 107 K 0.881 0.013 0.011 0.080 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 108 L 0.896 0.031 0.041 0.019 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 R 0.972 0.008 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Y 0.965 0.014 0.006 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.968 0.011 0.004 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.957 0.013 0.008 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 L 0.956 0.009 0.011 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 K 0.978 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 E 0.961 0.007 0.006 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.943 0.012 0.007 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 F 0.732 0.049 0.028 0.151 0.009 0.008 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 118 E 0.392 0.082 0.093 0.377 0.012 0.008 0.014 0.003 0.017 0.001 0.001 119 G 0.106 0.011 0.048 0.055 0.057 0.002 0.100 0.404 0.001 0.215 0.001 120 N 0.145 0.068 0.136 0.353 0.027 0.089 0.139 0.013 0.022 0.007 0.001 121 T 0.031 0.361 0.317 0.005 0.084 0.019 0.018 0.001 0.161 0.003 0.001 122 P 0.144 0.011 0.629 0.013 0.001 0.085 0.002 0.001 0.005 0.001 0.111 123 L 0.097 0.185 0.505 0.069 0.026 0.079 0.010 0.003 0.021 0.001 0.003 124 S 0.038 0.329 0.367 0.023 0.183 0.026 0.004 0.006 0.016 0.009 0.001 125 E 0.699 0.097 0.074 0.077 0.018 0.013 0.005 0.003 0.010 0.003 0.001 126 N 0.392 0.038 0.070 0.354 0.014 0.034 0.059 0.006 0.029 0.003 0.001 127 D 0.226 0.086 0.156 0.234 0.025 0.108 0.118 0.009 0.034 0.001 0.003 128 I 0.233 0.182 0.264 0.273 0.013 0.010 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 129 G 0.054 0.019 0.075 0.037 0.090 0.006 0.082 0.512 0.004 0.121 0.001 130 V 0.042 0.490 0.323 0.033 0.044 0.043 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 131 T 0.056 0.524 0.191 0.057 0.112 0.026 0.004 0.002 0.018 0.008 0.001 132 E 0.383 0.295 0.143 0.037 0.082 0.024 0.008 0.002 0.019 0.005 0.001 133 D 0.412 0.100 0.168 0.093 0.041 0.105 0.020 0.004 0.051 0.002 0.003 134 Q 0.753 0.037 0.024 0.131 0.008 0.020 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 135 F 0.760 0.037 0.038 0.105 0.007 0.023 0.011 0.003 0.011 0.003 0.001 136 D 0.727 0.028 0.028 0.110 0.007 0.038 0.045 0.003 0.012 0.001 0.001 137 D 0.724 0.042 0.038 0.096 0.019 0.025 0.041 0.004 0.009 0.001 0.001 138 A 0.880 0.041 0.019 0.039 0.008 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 139 V 0.927 0.034 0.011 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 140 N 0.906 0.017 0.009 0.041 0.002 0.009 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 141 F 0.893 0.011 0.007 0.070 0.002 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 142 L 0.762 0.035 0.070 0.105 0.004 0.014 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 143 K 0.694 0.054 0.086 0.093 0.014 0.018 0.024 0.007 0.007 0.003 0.001 144 R 0.569 0.160 0.099 0.083 0.025 0.022 0.021 0.004 0.016 0.002 0.001 145 E 0.320 0.153 0.165 0.261 0.025 0.018 0.038 0.003 0.015 0.003 0.001 146 G 0.050 0.024 0.042 0.038 0.202 0.001 0.066 0.467 0.002 0.108 0.001 147 Y 0.048 0.501 0.307 0.029 0.060 0.029 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 148 I 0.021 0.325 0.536 0.002 0.003 0.092 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 149 I 0.270 0.200 0.050 0.412 0.009 0.026 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 150 G 0.009 0.183 0.098 0.006 0.635 0.006 0.035 0.012 0.006 0.010 0.001 151 V 0.029 0.728 0.117 0.015 0.056 0.023 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 152 H 0.039 0.491 0.230 0.028 0.072 0.086 0.006 0.002 0.044 0.003 0.001 153 Y 0.064 0.372 0.184 0.095 0.116 0.063 0.020 0.005 0.076 0.005 0.001 154 S 0.231 0.144 0.252 0.134 0.116 0.034 0.015 0.019 0.013 0.039 0.001 155 D 0.255 0.071 0.088 0.303 0.056 0.053 0.125 0.013 0.024 0.010 0.001 156 D 0.166 0.063 0.115 0.430 0.024 0.067 0.086 0.012 0.028 0.003 0.003 157 R 0.082 0.286 0.306 0.007 0.031 0.023 0.035 0.001 0.225 0.003 0.001 158 P 0.241 0.005 0.600 0.014 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 159 H 0.177 0.183 0.223 0.086 0.088 0.069 0.104 0.020 0.046 0.004 0.001 160 L 0.459 0.173 0.180 0.112 0.012 0.040 0.008 0.001 0.012 0.001 0.002 161 Y 0.252 0.310 0.215 0.086 0.069 0.020 0.015 0.004 0.022 0.006 0.001 162 K 0.252 0.156 0.435 0.035 0.023 0.054 0.019 0.002 0.022 0.001 0.002 163 L 0.290 0.107 0.340 0.208 0.009 0.031 0.004 0.001 0.007 0.001 0.003 164 G 0.077 0.057 0.279 0.008 0.153 0.004 0.027 0.033 0.039 0.322 0.001 165 P 0.435 0.007 0.455 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 166 E 0.422 0.079 0.347 0.085 0.011 0.026 0.007 0.004 0.015 0.001 0.001 167 L 0.283 0.115 0.414 0.100 0.014 0.054 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 168 T 0.324 0.265 0.166 0.129 0.063 0.023 0.007 0.004 0.015 0.004 0.001 169 E 0.258 0.270 0.247 0.073 0.067 0.035 0.012 0.005 0.029 0.004 0.001 170 K 0.202 0.149 0.416 0.119 0.036 0.021 0.021 0.006 0.025 0.004 0.001 171 G 0.132 0.021 0.074 0.020 0.111 0.005 0.048 0.272 0.004 0.311 0.001 172 E 0.649 0.098 0.134 0.066 0.024 0.012 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 173 N 0.456 0.089 0.102 0.176 0.021 0.057 0.056 0.011 0.029 0.003 0.001 174 Y 0.666 0.092 0.070 0.090 0.021 0.022 0.018 0.003 0.017 0.001 0.001 175 L 0.602 0.115 0.163 0.060 0.013 0.028 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 176 K 0.664 0.119 0.099 0.055 0.027 0.015 0.008 0.002 0.007 0.003 0.001 177 E 0.653 0.111 0.106 0.074 0.018 0.019 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 178 N 0.084 0.031 0.041 0.645 0.014 0.011 0.142 0.009 0.022 0.002 0.001 179 G 0.027 0.011 0.105 0.018 0.065 0.007 0.210 0.445 0.003 0.108 0.001 180 T 0.220 0.301 0.301 0.073 0.056 0.031 0.002 0.002 0.008 0.006 0.001 181 W 0.643 0.069 0.116 0.103 0.015 0.027 0.009 0.003 0.011 0.004 0.001 182 S 0.770 0.038 0.085 0.058 0.021 0.012 0.003 0.004 0.005 0.004 0.001 183 K 0.922 0.014 0.017 0.031 0.004 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 184 A 0.934 0.007 0.023 0.028 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Y 0.896 0.020 0.024 0.044 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 186 K 0.904 0.025 0.029 0.024 0.004 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 187 T 0.904 0.024 0.029 0.029 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 188 I 0.956 0.010 0.010 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 K 0.984 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 E 0.930 0.008 0.008 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 191 I 0.874 0.020 0.027 0.064 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 192 K 0.906 0.023 0.027 0.023 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 193 D 0.666 0.023 0.030 0.220 0.013 0.015 0.024 0.003 0.006 0.001 0.001 194 W 0.764 0.050 0.054 0.099 0.010 0.010 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 195 I 0.404 0.336 0.123 0.055 0.027 0.020 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 196 K 0.405 0.138 0.258 0.045 0.009 0.084 0.018 0.002 0.039 0.002 0.001 197 L 0.547 0.155 0.151 0.068 0.015 0.034 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 198 E 0.562 0.131 0.120 0.093 0.030 0.026 0.018 0.004 0.013 0.004 0.001 199 H 0.330 0.149 0.121 0.210 0.056 0.037 0.054 0.008 0.029 0.003 0.001 200 H 0.293 0.171 0.146 0.196 0.045 0.044 0.058 0.010 0.031 0.005 0.001 201 H 0.278 0.187 0.141 0.176 0.047 0.053 0.064 0.009 0.036 0.007 0.001 202 H 0.264 0.187 0.165 0.206 0.040 0.046 0.045 0.008 0.033 0.005 0.001 203 H 0.203 0.158 0.203 0.227 0.034 0.058 0.063 0.011 0.037 0.005 0.001 204 H 0.182 0.198 0.251 0.124 0.075 0.037 0.063 0.021 0.025 0.022 0.001