# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.581 0.258 0.108 0.042 0.010 0.001 0.001 2 N 0.232 0.271 0.219 0.181 0.081 0.016 0.001 3 K 0.200 0.244 0.254 0.190 0.090 0.021 0.001 4 D 0.443 0.364 0.128 0.046 0.015 0.004 0.001 5 K 0.092 0.199 0.277 0.256 0.131 0.040 0.005 6 L 0.026 0.026 0.047 0.146 0.326 0.370 0.059 7 R 0.065 0.218 0.294 0.270 0.119 0.031 0.002 8 Y 0.110 0.249 0.258 0.205 0.124 0.050 0.003 9 A 0.033 0.058 0.087 0.199 0.311 0.284 0.028 10 I 0.025 0.051 0.132 0.315 0.330 0.139 0.009 11 L 0.218 0.344 0.227 0.136 0.059 0.014 0.001 12 K 0.291 0.337 0.222 0.108 0.034 0.008 0.001 13 E 0.365 0.281 0.167 0.120 0.051 0.015 0.001 14 I 0.240 0.274 0.223 0.161 0.079 0.022 0.001 15 F 0.301 0.276 0.202 0.150 0.058 0.012 0.001 16 E 0.434 0.278 0.151 0.091 0.038 0.008 0.001 17 G 0.415 0.274 0.164 0.095 0.041 0.011 0.001 18 N 0.331 0.250 0.189 0.151 0.064 0.014 0.001 19 T 0.342 0.336 0.171 0.100 0.039 0.011 0.001 20 P 0.126 0.261 0.264 0.223 0.098 0.025 0.001 21 L 0.031 0.046 0.099 0.256 0.361 0.195 0.011 22 S 0.220 0.358 0.252 0.132 0.033 0.004 0.001 23 E 0.291 0.295 0.220 0.140 0.045 0.007 0.001 24 N 0.370 0.367 0.156 0.077 0.025 0.006 0.001 25 D 0.211 0.410 0.244 0.103 0.027 0.004 0.001 26 I 0.016 0.047 0.112 0.284 0.359 0.173 0.008 27 G 0.036 0.206 0.343 0.281 0.108 0.025 0.001 28 V 0.007 0.024 0.072 0.247 0.450 0.188 0.012 29 T 0.053 0.309 0.309 0.232 0.083 0.014 0.001 30 E 0.099 0.346 0.330 0.177 0.041 0.007 0.001 31 D 0.312 0.462 0.161 0.048 0.014 0.003 0.001 32 Q 0.024 0.173 0.325 0.324 0.132 0.021 0.001 33 F 0.005 0.016 0.048 0.164 0.431 0.317 0.020 34 D 0.021 0.207 0.382 0.280 0.091 0.017 0.001 35 D 0.045 0.343 0.354 0.186 0.058 0.013 0.001 36 A 0.003 0.009 0.028 0.127 0.407 0.394 0.033 37 V 0.001 0.008 0.034 0.165 0.390 0.370 0.033 38 N 0.057 0.392 0.330 0.158 0.046 0.014 0.003 39 F 0.037 0.173 0.322 0.302 0.130 0.033 0.002 40 L 0.003 0.013 0.038 0.168 0.457 0.306 0.016 41 K 0.085 0.267 0.320 0.243 0.074 0.010 0.001 42 R 0.407 0.443 0.111 0.031 0.006 0.001 0.001 43 E 0.050 0.277 0.400 0.222 0.046 0.005 0.001 44 G 0.035 0.138 0.203 0.293 0.254 0.072 0.005 45 Y 0.007 0.046 0.116 0.246 0.364 0.206 0.014 46 I 0.006 0.011 0.034 0.129 0.264 0.463 0.093 47 I 0.021 0.082 0.159 0.232 0.259 0.210 0.038 48 G 0.019 0.053 0.095 0.154 0.251 0.325 0.103 49 V 0.007 0.018 0.043 0.136 0.320 0.414 0.062 50 H 0.034 0.159 0.255 0.295 0.184 0.068 0.005 51 Y 0.033 0.103 0.188 0.280 0.255 0.126 0.014 52 S 0.145 0.205 0.232 0.241 0.133 0.039 0.003 53 D 0.463 0.294 0.138 0.069 0.027 0.008 0.001 54 D 0.455 0.319 0.135 0.063 0.021 0.006 0.001 55 R 0.244 0.319 0.226 0.141 0.054 0.015 0.001 56 P 0.078 0.145 0.196 0.258 0.213 0.100 0.010 57 H 0.071 0.109 0.161 0.239 0.245 0.156 0.019 58 L 0.071 0.095 0.128 0.217 0.249 0.207 0.033 59 Y 0.118 0.181 0.218 0.232 0.164 0.076 0.011 60 K 0.122 0.149 0.176 0.228 0.202 0.105 0.017 61 L 0.252 0.275 0.205 0.155 0.080 0.029 0.004 62 G 0.211 0.309 0.237 0.156 0.065 0.020 0.002 63 P 0.076 0.132 0.162 0.250 0.249 0.121 0.011 64 E 0.090 0.240 0.290 0.219 0.116 0.042 0.004 65 L 0.026 0.034 0.072 0.212 0.347 0.279 0.030 66 T 0.065 0.182 0.236 0.267 0.186 0.061 0.004 67 E 0.227 0.258 0.220 0.169 0.087 0.035 0.004 68 K 0.282 0.348 0.194 0.116 0.046 0.012 0.002 69 G 0.187 0.224 0.194 0.192 0.143 0.056 0.005 70 E 0.168 0.264 0.241 0.204 0.100 0.022 0.001 71 N 0.348 0.423 0.162 0.054 0.011 0.002 0.001 72 Y 0.093 0.179 0.254 0.280 0.155 0.038 0.001 73 L 0.102 0.122 0.146 0.243 0.268 0.114 0.005 74 K 0.309 0.371 0.191 0.096 0.028 0.005 0.001 75 E 0.463 0.336 0.139 0.049 0.011 0.002 0.001 76 N 0.246 0.237 0.203 0.174 0.110 0.029 0.002 77 G 0.299 0.264 0.212 0.148 0.060 0.015 0.001 78 T 0.363 0.283 0.187 0.115 0.042 0.010 0.001 79 W 0.270 0.226 0.178 0.166 0.120 0.037 0.004 80 S 0.330 0.279 0.179 0.128 0.062 0.019 0.003 81 K 0.249 0.284 0.195 0.149 0.083 0.034 0.006 82 A 0.162 0.176 0.176 0.208 0.177 0.088 0.013 83 Y 0.240 0.239 0.200 0.178 0.100 0.039 0.005 84 K 0.291 0.299 0.201 0.136 0.057 0.015 0.001 85 T 0.391 0.239 0.147 0.127 0.070 0.023 0.002 86 I 0.287 0.247 0.184 0.174 0.084 0.022 0.002 87 K 0.485 0.315 0.134 0.053 0.011 0.001 0.001 88 E 0.587 0.262 0.100 0.039 0.011 0.002 0.001 89 I 0.376 0.261 0.156 0.133 0.059 0.015 0.001 90 K 0.396 0.318 0.176 0.086 0.021 0.002 0.001 91 D 0.670 0.254 0.057 0.015 0.003 0.001 0.001 92 W 0.329 0.247 0.209 0.154 0.052 0.008 0.001 93 I 0.413 0.251 0.149 0.118 0.056 0.012 0.001 94 K 0.522 0.285 0.118 0.054 0.017 0.004 0.001 95 L 0.496 0.218 0.128 0.098 0.046 0.014 0.001 96 E 0.453 0.267 0.137 0.087 0.042 0.013 0.002 97 H 0.494 0.243 0.139 0.081 0.032 0.009 0.001 98 H 0.550 0.237 0.108 0.067 0.029 0.008 0.001 99 H 0.443 0.273 0.149 0.087 0.035 0.011 0.002 100 H 0.380 0.217 0.155 0.142 0.072 0.028 0.006 101 H 0.371 0.244 0.150 0.119 0.075 0.034 0.007 102 H 0.385 0.236 0.153 0.119 0.071 0.028 0.007 103 M 0.307 0.190 0.141 0.155 0.120 0.067 0.018 104 N 0.370 0.194 0.129 0.121 0.095 0.070 0.022 105 K 0.211 0.142 0.151 0.180 0.157 0.116 0.044 106 D 0.460 0.213 0.117 0.096 0.068 0.039 0.007 107 K 0.189 0.147 0.185 0.210 0.162 0.087 0.020 108 L 0.154 0.088 0.074 0.127 0.200 0.267 0.089 109 R 0.128 0.134 0.152 0.206 0.193 0.148 0.037 110 Y 0.318 0.240 0.150 0.116 0.092 0.070 0.014 111 A 0.214 0.160 0.127 0.168 0.185 0.121 0.026 112 I 0.116 0.083 0.100 0.170 0.217 0.250 0.065 113 L 0.149 0.100 0.107 0.186 0.216 0.187 0.055 114 K 0.187 0.160 0.164 0.205 0.175 0.086 0.024 115 E 0.223 0.153 0.143 0.164 0.173 0.112 0.032 116 I 0.149 0.136 0.154 0.193 0.178 0.145 0.045 117 F 0.184 0.161 0.123 0.175 0.167 0.142 0.048 118 E 0.246 0.217 0.161 0.143 0.108 0.082 0.043 119 G 0.236 0.172 0.132 0.139 0.132 0.133 0.055 120 N 0.206 0.158 0.153 0.191 0.158 0.106 0.028 121 T 0.189 0.184 0.164 0.206 0.159 0.078 0.020 122 P 0.210 0.238 0.209 0.175 0.109 0.045 0.014 123 L 0.115 0.119 0.119 0.162 0.190 0.187 0.108 124 S 0.077 0.107 0.132 0.199 0.203 0.194 0.088 125 E 0.195 0.188 0.163 0.172 0.139 0.097 0.047 126 N 0.183 0.190 0.151 0.149 0.131 0.124 0.072 127 D 0.108 0.115 0.138 0.188 0.181 0.188 0.082 128 I 0.123 0.119 0.136 0.172 0.185 0.181 0.084 129 G 0.139 0.183 0.182 0.210 0.164 0.091 0.030 130 V 0.114 0.134 0.150 0.192 0.229 0.147 0.034 131 T 0.229 0.249 0.190 0.190 0.091 0.042 0.009 132 E 0.366 0.361 0.180 0.069 0.019 0.005 0.001 133 D 0.329 0.249 0.187 0.132 0.077 0.024 0.003 134 Q 0.176 0.191 0.173 0.219 0.165 0.068 0.006 135 F 0.208 0.177 0.199 0.222 0.138 0.050 0.005 136 D 0.343 0.333 0.191 0.092 0.032 0.008 0.001 137 D 0.249 0.274 0.209 0.158 0.082 0.023 0.003 138 A 0.149 0.102 0.091 0.156 0.229 0.223 0.049 139 V 0.137 0.156 0.191 0.228 0.172 0.097 0.020 140 N 0.290 0.268 0.186 0.143 0.070 0.034 0.010 141 F 0.165 0.111 0.109 0.168 0.205 0.187 0.055 142 L 0.142 0.089 0.095 0.172 0.225 0.207 0.069 143 K 0.251 0.238 0.183 0.160 0.103 0.049 0.016 144 R 0.226 0.232 0.168 0.164 0.115 0.074 0.020 145 E 0.039 0.094 0.169 0.256 0.224 0.173 0.044 146 G 0.022 0.053 0.100 0.205 0.299 0.261 0.061 147 Y 0.009 0.025 0.057 0.121 0.299 0.360 0.129 148 I 0.003 0.003 0.010 0.030 0.099 0.374 0.481 149 I 0.004 0.004 0.008 0.021 0.058 0.295 0.610 150 G 0.013 0.013 0.018 0.041 0.084 0.294 0.537 151 V 0.012 0.013 0.017 0.039 0.087 0.330 0.503 152 H 0.022 0.032 0.044 0.101 0.189 0.350 0.262 153 Y 0.035 0.046 0.065 0.130 0.247 0.318 0.158 154 S 0.064 0.128 0.167 0.219 0.228 0.142 0.051 155 D 0.124 0.188 0.233 0.212 0.136 0.080 0.028 156 D 0.140 0.190 0.158 0.183 0.171 0.128 0.030 157 R 0.139 0.178 0.193 0.217 0.164 0.089 0.019 158 P 0.196 0.165 0.148 0.156 0.157 0.137 0.040 159 H 0.094 0.134 0.158 0.216 0.210 0.151 0.037 160 L 0.066 0.070 0.093 0.172 0.238 0.278 0.082 161 Y 0.114 0.159 0.190 0.217 0.182 0.103 0.036 162 K 0.236 0.227 0.198 0.156 0.108 0.057 0.017 163 L 0.263 0.232 0.179 0.164 0.109 0.047 0.006 164 G 0.324 0.285 0.201 0.129 0.046 0.013 0.001 165 P 0.417 0.275 0.146 0.102 0.045 0.013 0.002 166 E 0.318 0.309 0.196 0.114 0.048 0.012 0.001 167 L 0.180 0.171 0.175 0.242 0.166 0.059 0.007 168 T 0.250 0.304 0.229 0.144 0.058 0.013 0.002 169 E 0.498 0.248 0.129 0.081 0.033 0.009 0.001 170 K 0.528 0.275 0.114 0.053 0.022 0.008 0.002 171 G 0.550 0.226 0.110 0.071 0.032 0.011 0.001 172 E 0.423 0.314 0.152 0.079 0.027 0.005 0.001 173 N 0.391 0.313 0.155 0.097 0.035 0.007 0.001 174 Y 0.256 0.211 0.187 0.178 0.120 0.045 0.004 175 L 0.424 0.193 0.139 0.123 0.078 0.038 0.005 176 K 0.456 0.264 0.129 0.093 0.042 0.014 0.003 177 E 0.515 0.212 0.124 0.083 0.045 0.018 0.004 178 N 0.480 0.235 0.132 0.082 0.043 0.023 0.005 179 G 0.386 0.258 0.163 0.121 0.053 0.017 0.003 180 T 0.262 0.255 0.208 0.160 0.087 0.023 0.004 181 W 0.330 0.231 0.150 0.114 0.099 0.064 0.012 182 S 0.274 0.251 0.209 0.174 0.070 0.019 0.004 183 K 0.280 0.296 0.194 0.139 0.064 0.021 0.005 184 A 0.290 0.188 0.142 0.164 0.137 0.067 0.011 185 Y 0.307 0.224 0.166 0.156 0.099 0.040 0.008 186 K 0.402 0.286 0.166 0.101 0.033 0.009 0.002 187 T 0.534 0.215 0.119 0.082 0.035 0.012 0.002 188 I 0.327 0.220 0.153 0.149 0.098 0.045 0.007 189 K 0.436 0.304 0.146 0.083 0.025 0.005 0.001 190 E 0.622 0.225 0.090 0.042 0.017 0.003 0.001 191 I 0.404 0.257 0.149 0.114 0.052 0.021 0.002 192 K 0.426 0.278 0.153 0.097 0.038 0.007 0.001 193 D 0.555 0.278 0.106 0.043 0.015 0.003 0.001 194 W 0.467 0.208 0.140 0.113 0.053 0.017 0.002 195 I 0.542 0.204 0.105 0.088 0.045 0.014 0.002 196 K 0.534 0.253 0.125 0.061 0.022 0.005 0.001 197 L 0.520 0.209 0.125 0.090 0.044 0.011 0.001 198 E 0.435 0.230 0.146 0.101 0.062 0.023 0.003 199 H 0.427 0.257 0.163 0.096 0.041 0.014 0.002 200 H 0.476 0.271 0.146 0.075 0.025 0.006 0.001 201 H 0.477 0.281 0.136 0.071 0.027 0.007 0.001 202 H 0.507 0.234 0.136 0.088 0.028 0.006 0.001 203 H 0.686 0.199 0.072 0.033 0.009 0.001 0.001 204 H 0.716 0.182 0.061 0.030 0.009 0.001 0.001