# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.105 0.005 0.051 0.062 0.074 0.108 0.006 0.002 0.029 0.529 2 N 0.112 0.385 0.003 0.017 0.030 0.042 0.066 0.010 0.002 0.034 0.300 3 K 0.046 0.617 0.003 0.012 0.010 0.013 0.039 0.008 0.001 0.046 0.204 4 D 0.025 0.834 0.001 0.004 0.004 0.008 0.016 0.002 0.001 0.022 0.081 5 K 0.017 0.852 0.002 0.008 0.007 0.010 0.012 0.001 0.001 0.037 0.053 6 L 0.006 0.861 0.002 0.007 0.009 0.009 0.013 0.002 0.001 0.037 0.055 7 R 0.003 0.961 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.009 0.013 8 Y 0.007 0.940 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 0.016 9 A 0.005 0.907 0.003 0.004 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.053 0.017 10 I 0.006 0.952 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.009 0.014 11 L 0.034 0.900 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 0.002 0.008 0.024 12 K 0.063 0.563 0.009 0.007 0.005 0.009 0.033 0.007 0.005 0.106 0.192 13 E 0.072 0.131 0.057 0.013 0.006 0.013 0.077 0.006 0.023 0.217 0.385 14 I 0.137 0.034 0.062 0.032 0.005 0.013 0.120 0.022 0.025 0.168 0.380 15 F 0.336 0.008 0.005 0.023 0.007 0.011 0.068 0.009 0.004 0.074 0.455 16 E 0.045 0.002 0.001 0.009 0.002 0.003 0.071 0.001 0.001 0.012 0.856 17 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.016 0.132 0.005 0.001 0.011 0.824 18 N 0.076 0.005 0.001 0.018 0.005 0.008 0.125 0.003 0.001 0.042 0.718 19 T 0.044 0.005 0.001 0.036 0.023 0.035 0.165 0.009 0.001 0.076 0.605 20 P 0.058 0.008 0.001 0.021 0.007 0.015 0.117 0.001 0.001 0.038 0.734 21 L 0.028 0.020 0.003 0.085 0.031 0.059 0.157 0.009 0.001 0.057 0.550 22 S 0.378 0.095 0.004 0.029 0.013 0.023 0.087 0.006 0.002 0.071 0.292 23 E 0.152 0.034 0.010 0.046 0.017 0.038 0.120 0.009 0.003 0.073 0.498 24 N 0.072 0.022 0.001 0.026 0.019 0.037 0.120 0.005 0.001 0.043 0.653 25 D 0.088 0.028 0.002 0.052 0.032 0.060 0.151 0.006 0.001 0.080 0.500 26 I 0.023 0.014 0.001 0.048 0.058 0.079 0.158 0.003 0.001 0.042 0.573 27 G 0.023 0.013 0.002 0.039 0.091 0.137 0.131 0.003 0.001 0.045 0.516 28 V 0.020 0.032 0.002 0.048 0.052 0.060 0.134 0.006 0.001 0.036 0.609 29 T 0.294 0.204 0.003 0.020 0.024 0.030 0.084 0.012 0.002 0.057 0.271 30 E 0.118 0.096 0.002 0.020 0.009 0.017 0.097 0.007 0.001 0.062 0.569 31 D 0.022 0.180 0.002 0.023 0.008 0.017 0.110 0.003 0.001 0.064 0.570 32 Q 0.034 0.715 0.004 0.008 0.006 0.006 0.030 0.004 0.001 0.057 0.134 33 F 0.024 0.884 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.009 0.062 34 D 0.024 0.495 0.001 0.003 0.003 0.003 0.015 0.002 0.001 0.348 0.104 35 D 0.008 0.819 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.100 0.048 36 A 0.020 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.011 0.029 37 V 0.034 0.822 0.012 0.002 0.001 0.002 0.008 0.012 0.004 0.039 0.062 38 N 0.086 0.565 0.003 0.003 0.001 0.003 0.037 0.006 0.002 0.051 0.244 39 F 0.054 0.133 0.058 0.009 0.002 0.005 0.061 0.015 0.029 0.301 0.334 40 L 0.256 0.027 0.046 0.008 0.002 0.003 0.118 0.012 0.023 0.196 0.307 41 K 0.125 0.006 0.004 0.016 0.002 0.006 0.114 0.003 0.005 0.067 0.652 42 R 0.054 0.004 0.001 0.008 0.002 0.002 0.118 0.001 0.001 0.025 0.784 43 E 0.009 0.001 0.001 0.043 0.007 0.010 0.218 0.004 0.001 0.029 0.679 44 G 0.004 0.001 0.001 0.103 0.012 0.028 0.154 0.002 0.001 0.059 0.635 45 Y 0.003 0.001 0.001 0.626 0.038 0.056 0.044 0.001 0.001 0.084 0.146 46 I 0.001 0.001 0.001 0.713 0.024 0.042 0.027 0.001 0.001 0.048 0.143 47 I 0.001 0.001 0.001 0.799 0.052 0.052 0.013 0.001 0.001 0.025 0.057 48 G 0.002 0.001 0.001 0.671 0.045 0.077 0.036 0.001 0.001 0.035 0.133 49 V 0.003 0.001 0.001 0.472 0.077 0.112 0.069 0.001 0.001 0.042 0.223 50 H 0.012 0.003 0.001 0.337 0.045 0.121 0.142 0.001 0.001 0.055 0.281 51 Y 0.098 0.022 0.002 0.098 0.036 0.060 0.161 0.008 0.003 0.080 0.432 52 S 0.403 0.037 0.002 0.020 0.013 0.016 0.105 0.005 0.002 0.077 0.320 53 D 0.013 0.019 0.002 0.017 0.008 0.015 0.143 0.002 0.001 0.042 0.738 54 D 0.070 0.255 0.003 0.008 0.013 0.021 0.106 0.010 0.001 0.032 0.481 55 R 0.319 0.316 0.005 0.006 0.013 0.012 0.047 0.036 0.002 0.068 0.178 56 P 0.116 0.202 0.006 0.008 0.011 0.019 0.096 0.014 0.003 0.089 0.436 57 H 0.162 0.151 0.008 0.022 0.032 0.077 0.099 0.015 0.003 0.111 0.320 58 L 0.115 0.079 0.005 0.044 0.026 0.063 0.125 0.014 0.003 0.086 0.440 59 Y 0.141 0.022 0.002 0.053 0.048 0.069 0.127 0.003 0.001 0.063 0.471 60 K 0.014 0.012 0.002 0.058 0.039 0.078 0.144 0.001 0.001 0.034 0.616 61 L 0.021 0.029 0.003 0.027 0.013 0.029 0.148 0.006 0.002 0.029 0.693 62 G 0.438 0.131 0.004 0.013 0.010 0.012 0.066 0.031 0.002 0.109 0.185 63 P 0.149 0.177 0.004 0.012 0.006 0.014 0.078 0.007 0.001 0.072 0.480 64 E 0.068 0.185 0.004 0.012 0.021 0.065 0.079 0.003 0.002 0.032 0.528 65 L 0.051 0.173 0.030 0.017 0.045 0.052 0.092 0.010 0.013 0.041 0.476 66 T 0.562 0.071 0.005 0.003 0.017 0.019 0.040 0.026 0.004 0.033 0.219 67 E 0.395 0.036 0.002 0.005 0.010 0.016 0.048 0.008 0.001 0.034 0.444 68 K 0.013 0.019 0.002 0.011 0.009 0.028 0.092 0.001 0.001 0.011 0.813 69 G 0.027 0.191 0.007 0.029 0.036 0.065 0.088 0.006 0.001 0.028 0.520 70 E 0.047 0.072 0.001 0.015 0.239 0.108 0.086 0.015 0.001 0.048 0.370 71 N 0.018 0.053 0.001 0.067 0.162 0.259 0.064 0.004 0.001 0.055 0.317 72 Y 0.025 0.032 0.006 0.099 0.127 0.247 0.079 0.002 0.002 0.100 0.282 73 L 0.027 0.017 0.009 0.158 0.131 0.140 0.101 0.003 0.004 0.053 0.357 74 K 0.241 0.016 0.003 0.051 0.080 0.102 0.071 0.009 0.002 0.078 0.347 75 E 0.064 0.013 0.001 0.035 0.027 0.046 0.089 0.005 0.001 0.040 0.678 76 N 0.017 0.011 0.001 0.023 0.026 0.059 0.106 0.003 0.001 0.039 0.714 77 G 0.022 0.089 0.003 0.040 0.077 0.101 0.116 0.006 0.001 0.077 0.467 78 T 0.041 0.309 0.003 0.023 0.082 0.060 0.072 0.006 0.001 0.039 0.362 79 W 0.050 0.602 0.004 0.017 0.032 0.036 0.028 0.015 0.001 0.015 0.200 80 S 0.095 0.588 0.002 0.012 0.009 0.015 0.035 0.008 0.001 0.061 0.175 81 K 0.045 0.228 0.013 0.017 0.014 0.016 0.052 0.006 0.004 0.451 0.154 82 A 0.041 0.670 0.007 0.009 0.006 0.011 0.039 0.012 0.002 0.044 0.160 83 Y 0.104 0.536 0.010 0.010 0.011 0.014 0.031 0.010 0.003 0.061 0.211 84 K 0.027 0.600 0.005 0.014 0.011 0.013 0.046 0.005 0.002 0.055 0.223 85 T 0.011 0.868 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.005 0.001 0.008 0.089 86 I 0.036 0.843 0.006 0.003 0.002 0.002 0.008 0.010 0.001 0.034 0.056 87 K 0.024 0.788 0.005 0.005 0.002 0.002 0.019 0.003 0.002 0.063 0.087 88 E 0.032 0.802 0.009 0.003 0.001 0.002 0.017 0.005 0.002 0.029 0.097 89 I 0.042 0.798 0.008 0.007 0.002 0.002 0.016 0.011 0.002 0.032 0.078 90 K 0.068 0.515 0.008 0.013 0.006 0.009 0.051 0.008 0.003 0.130 0.187 91 D 0.059 0.571 0.005 0.023 0.007 0.014 0.048 0.009 0.002 0.056 0.207 92 W 0.068 0.304 0.019 0.031 0.014 0.031 0.080 0.013 0.005 0.089 0.346 93 I 0.095 0.226 0.010 0.051 0.041 0.064 0.093 0.007 0.004 0.106 0.304 94 K 0.063 0.138 0.009 0.037 0.022 0.047 0.106 0.007 0.005 0.071 0.495 95 L 0.138 0.051 0.008 0.027 0.030 0.041 0.111 0.012 0.004 0.066 0.512 96 E 0.157 0.061 0.006 0.037 0.025 0.056 0.107 0.007 0.005 0.059 0.480 97 H 0.066 0.030 0.007 0.020 0.009 0.023 0.085 0.003 0.003 0.028 0.725 98 H 0.123 0.060 0.005 0.021 0.021 0.034 0.091 0.011 0.002 0.049 0.584 99 H 0.147 0.065 0.002 0.018 0.017 0.026 0.092 0.008 0.001 0.054 0.569 100 H 0.058 0.055 0.002 0.032 0.029 0.054 0.117 0.005 0.001 0.053 0.593 101 H 0.027 0.054 0.002 0.039 0.058 0.088 0.115 0.004 0.001 0.047 0.565 102 H 0.091 0.068 0.004 0.033 0.078 0.087 0.121 0.004 0.002 0.065 0.448 103 M 0.032 0.103 0.004 0.036 0.057 0.066 0.106 0.006 0.002 0.030 0.558 104 N 0.163 0.414 0.002 0.009 0.022 0.031 0.057 0.011 0.001 0.030 0.258 105 K 0.077 0.614 0.004 0.008 0.007 0.009 0.036 0.009 0.001 0.039 0.194 106 D 0.034 0.748 0.002 0.005 0.007 0.014 0.024 0.004 0.001 0.021 0.140 107 K 0.026 0.800 0.002 0.008 0.013 0.016 0.016 0.002 0.001 0.032 0.084 108 L 0.010 0.839 0.002 0.007 0.013 0.011 0.017 0.003 0.001 0.027 0.071 109 R 0.005 0.953 0.001 0.002 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.006 0.018 110 Y 0.010 0.940 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.012 0.022 111 A 0.008 0.904 0.004 0.004 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.038 0.025 112 I 0.014 0.900 0.012 0.003 0.003 0.003 0.008 0.006 0.004 0.019 0.029 113 L 0.062 0.832 0.008 0.002 0.003 0.004 0.008 0.022 0.002 0.015 0.041 114 K 0.073 0.481 0.010 0.009 0.007 0.014 0.040 0.008 0.006 0.085 0.266 115 E 0.059 0.115 0.057 0.016 0.010 0.022 0.085 0.005 0.022 0.155 0.455 116 I 0.130 0.040 0.040 0.030 0.008 0.020 0.109 0.019 0.016 0.127 0.460 117 F 0.371 0.010 0.004 0.016 0.007 0.012 0.058 0.009 0.003 0.072 0.438 118 E 0.059 0.002 0.001 0.010 0.002 0.004 0.069 0.001 0.001 0.015 0.838 119 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.016 0.117 0.003 0.001 0.011 0.840 120 N 0.062 0.006 0.001 0.014 0.008 0.010 0.120 0.003 0.001 0.040 0.735 121 T 0.043 0.008 0.001 0.030 0.028 0.038 0.171 0.011 0.001 0.080 0.590 122 P 0.071 0.011 0.001 0.019 0.008 0.017 0.113 0.002 0.001 0.042 0.715 123 L 0.047 0.029 0.004 0.068 0.028 0.053 0.147 0.008 0.002 0.063 0.552 124 S 0.336 0.095 0.003 0.021 0.014 0.024 0.087 0.007 0.002 0.064 0.347 125 E 0.150 0.035 0.009 0.035 0.015 0.034 0.115 0.009 0.003 0.064 0.531 126 N 0.055 0.023 0.001 0.024 0.024 0.047 0.118 0.006 0.001 0.043 0.659 127 D 0.084 0.025 0.002 0.042 0.035 0.064 0.135 0.005 0.001 0.085 0.523 128 I 0.019 0.015 0.001 0.049 0.076 0.096 0.141 0.003 0.001 0.044 0.555 129 G 0.025 0.017 0.002 0.034 0.093 0.144 0.116 0.003 0.001 0.043 0.524 130 V 0.022 0.036 0.002 0.041 0.069 0.076 0.120 0.007 0.001 0.036 0.589 131 T 0.303 0.202 0.002 0.016 0.025 0.032 0.074 0.014 0.002 0.049 0.280 132 E 0.165 0.084 0.003 0.018 0.012 0.021 0.090 0.009 0.001 0.062 0.535 133 D 0.021 0.132 0.002 0.021 0.010 0.021 0.105 0.003 0.001 0.040 0.643 134 Q 0.048 0.613 0.005 0.010 0.011 0.010 0.041 0.005 0.001 0.041 0.216 135 F 0.040 0.817 0.002 0.003 0.002 0.002 0.014 0.010 0.001 0.011 0.099 136 D 0.035 0.518 0.001 0.005 0.004 0.004 0.024 0.004 0.001 0.227 0.178 137 D 0.010 0.818 0.007 0.003 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.077 0.062 138 A 0.028 0.899 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.010 0.038 139 V 0.053 0.778 0.010 0.003 0.003 0.004 0.011 0.013 0.003 0.042 0.080 140 N 0.089 0.556 0.003 0.004 0.003 0.006 0.041 0.007 0.002 0.047 0.244 141 F 0.060 0.185 0.056 0.014 0.004 0.010 0.067 0.015 0.025 0.206 0.358 142 L 0.229 0.044 0.060 0.012 0.005 0.007 0.120 0.012 0.028 0.140 0.342 143 K 0.154 0.010 0.004 0.013 0.004 0.010 0.097 0.004 0.005 0.053 0.646 144 R 0.076 0.006 0.001 0.008 0.003 0.005 0.103 0.002 0.001 0.027 0.768 145 E 0.012 0.003 0.001 0.037 0.013 0.025 0.185 0.004 0.001 0.030 0.689 146 G 0.006 0.002 0.001 0.071 0.024 0.066 0.140 0.002 0.001 0.058 0.630 147 Y 0.004 0.002 0.001 0.337 0.111 0.167 0.061 0.001 0.001 0.098 0.218 148 I 0.004 0.002 0.001 0.432 0.068 0.118 0.049 0.001 0.001 0.064 0.262 149 I 0.002 0.001 0.001 0.478 0.145 0.160 0.030 0.001 0.001 0.037 0.145 150 G 0.005 0.001 0.001 0.327 0.115 0.188 0.054 0.001 0.001 0.052 0.257 151 V 0.004 0.001 0.001 0.203 0.169 0.200 0.074 0.001 0.001 0.043 0.306 152 H 0.015 0.004 0.001 0.202 0.082 0.174 0.124 0.002 0.002 0.052 0.342 153 Y 0.123 0.015 0.002 0.070 0.059 0.084 0.123 0.011 0.002 0.082 0.430 154 S 0.294 0.021 0.002 0.024 0.019 0.022 0.101 0.003 0.002 0.065 0.448 155 D 0.008 0.011 0.002 0.019 0.011 0.021 0.130 0.002 0.001 0.028 0.768 156 D 0.061 0.232 0.003 0.011 0.015 0.019 0.095 0.008 0.001 0.022 0.532 157 R 0.320 0.345 0.004 0.006 0.013 0.010 0.042 0.036 0.001 0.052 0.171 158 P 0.119 0.247 0.005 0.007 0.010 0.016 0.078 0.012 0.002 0.071 0.432 159 H 0.156 0.197 0.009 0.019 0.028 0.072 0.091 0.014 0.003 0.092 0.318 160 L 0.150 0.093 0.006 0.034 0.027 0.058 0.112 0.016 0.003 0.083 0.418 161 Y 0.159 0.022 0.002 0.042 0.047 0.067 0.114 0.003 0.001 0.056 0.486 162 K 0.012 0.011 0.002 0.043 0.040 0.078 0.127 0.001 0.001 0.025 0.661 163 L 0.017 0.026 0.003 0.020 0.015 0.032 0.131 0.006 0.002 0.021 0.727 164 G 0.492 0.095 0.003 0.009 0.011 0.011 0.057 0.030 0.002 0.112 0.179 165 P 0.123 0.145 0.003 0.012 0.007 0.017 0.079 0.007 0.001 0.086 0.521 166 E 0.063 0.139 0.005 0.013 0.020 0.066 0.083 0.003 0.002 0.033 0.572 167 L 0.047 0.103 0.025 0.020 0.064 0.066 0.092 0.009 0.009 0.043 0.523 168 T 0.470 0.053 0.003 0.004 0.022 0.025 0.049 0.017 0.003 0.038 0.316 169 E 0.324 0.028 0.002 0.006 0.011 0.018 0.053 0.008 0.001 0.041 0.509 170 K 0.017 0.024 0.002 0.010 0.007 0.021 0.094 0.001 0.001 0.012 0.811 171 G 0.036 0.176 0.006 0.020 0.034 0.054 0.093 0.007 0.001 0.026 0.548 172 E 0.050 0.084 0.001 0.015 0.193 0.102 0.086 0.014 0.001 0.043 0.411 173 N 0.020 0.067 0.001 0.050 0.146 0.230 0.070 0.004 0.001 0.061 0.348 174 Y 0.028 0.045 0.006 0.080 0.129 0.237 0.083 0.002 0.002 0.099 0.289 175 L 0.034 0.025 0.014 0.121 0.115 0.131 0.105 0.004 0.006 0.058 0.387 176 K 0.287 0.013 0.003 0.036 0.066 0.088 0.065 0.009 0.002 0.078 0.354 177 E 0.085 0.013 0.001 0.024 0.018 0.032 0.079 0.005 0.001 0.041 0.701 178 N 0.020 0.009 0.001 0.013 0.018 0.040 0.098 0.003 0.001 0.029 0.769 179 G 0.019 0.069 0.003 0.028 0.060 0.084 0.117 0.006 0.001 0.053 0.560 180 T 0.043 0.243 0.002 0.017 0.090 0.065 0.079 0.007 0.001 0.034 0.418 181 W 0.061 0.499 0.004 0.020 0.048 0.049 0.037 0.016 0.001 0.018 0.247 182 S 0.097 0.534 0.002 0.014 0.013 0.021 0.044 0.009 0.001 0.051 0.215 183 K 0.054 0.174 0.011 0.024 0.022 0.024 0.063 0.006 0.003 0.420 0.199 184 A 0.036 0.574 0.007 0.015 0.012 0.019 0.053 0.012 0.002 0.056 0.214 185 Y 0.111 0.479 0.010 0.012 0.017 0.021 0.034 0.011 0.003 0.053 0.248 186 K 0.036 0.531 0.008 0.018 0.019 0.020 0.050 0.007 0.003 0.048 0.260 187 T 0.014 0.821 0.001 0.002 0.003 0.005 0.016 0.005 0.001 0.007 0.125 188 I 0.052 0.818 0.007 0.003 0.002 0.003 0.009 0.016 0.002 0.018 0.070 189 K 0.032 0.740 0.005 0.005 0.003 0.003 0.024 0.004 0.003 0.050 0.131 190 E 0.046 0.647 0.022 0.004 0.002 0.004 0.031 0.007 0.007 0.052 0.176 191 I 0.090 0.696 0.009 0.007 0.003 0.003 0.023 0.018 0.002 0.038 0.110 192 K 0.098 0.392 0.009 0.014 0.007 0.011 0.062 0.011 0.005 0.099 0.292 193 D 0.063 0.440 0.005 0.031 0.010 0.023 0.065 0.007 0.002 0.050 0.304 194 W 0.051 0.237 0.012 0.033 0.018 0.047 0.081 0.009 0.003 0.079 0.430 195 I 0.081 0.201 0.010 0.044 0.061 0.084 0.093 0.007 0.003 0.096 0.321 196 K 0.070 0.138 0.010 0.041 0.028 0.062 0.096 0.007 0.006 0.066 0.477 197 L 0.154 0.054 0.007 0.023 0.034 0.049 0.094 0.013 0.004 0.060 0.508 198 E 0.149 0.063 0.004 0.032 0.031 0.071 0.094 0.008 0.003 0.059 0.484 199 H 0.049 0.027 0.007 0.020 0.012 0.033 0.083 0.004 0.003 0.032 0.732 200 H 0.104 0.020 0.006 0.019 0.029 0.046 0.081 0.009 0.003 0.057 0.628 201 H 0.100 0.007 0.002 0.011 0.014 0.020 0.077 0.003 0.001 0.047 0.718 202 H 0.041 0.006 0.001 0.013 0.015 0.021 0.090 0.002 0.001 0.032 0.779 203 H 0.025 0.007 0.001 0.012 0.013 0.018 0.112 0.002 0.001 0.026 0.784 204 H 0.036 0.009 0.001 0.011 0.024 0.028 0.145 0.008 0.001 0.039 0.700