# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.389 0.135 0.074 0.116 0.072 0.056 0.059 0.036 0.032 0.019 0.011 2 N 0.256 0.369 0.060 0.107 0.067 0.049 0.042 0.021 0.015 0.009 0.005 3 K 0.296 0.150 0.081 0.175 0.129 0.087 0.048 0.017 0.010 0.004 0.002 4 D 0.292 0.223 0.073 0.105 0.084 0.076 0.078 0.033 0.023 0.009 0.004 5 K 0.030 0.086 0.237 0.345 0.163 0.080 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 6 L 0.124 0.088 0.116 0.078 0.035 0.040 0.119 0.098 0.133 0.101 0.069 7 R 0.014 0.038 0.124 0.211 0.177 0.169 0.155 0.058 0.035 0.015 0.004 8 Y 0.011 0.039 0.255 0.129 0.087 0.100 0.172 0.076 0.071 0.045 0.015 9 A 0.027 0.036 0.307 0.136 0.100 0.091 0.129 0.069 0.052 0.034 0.019 10 I 0.006 0.022 0.180 0.081 0.059 0.081 0.205 0.118 0.126 0.082 0.039 11 L 0.004 0.021 0.192 0.083 0.045 0.053 0.146 0.112 0.144 0.122 0.078 12 K 0.013 0.038 0.264 0.186 0.171 0.135 0.110 0.041 0.025 0.013 0.005 13 E 0.043 0.066 0.243 0.128 0.112 0.122 0.146 0.065 0.042 0.022 0.010 14 I 0.012 0.035 0.167 0.096 0.048 0.053 0.155 0.114 0.146 0.113 0.061 15 F 0.022 0.038 0.108 0.067 0.063 0.092 0.173 0.116 0.132 0.109 0.080 16 E 0.092 0.163 0.273 0.209 0.119 0.064 0.041 0.017 0.012 0.007 0.004 17 G 0.222 0.143 0.119 0.127 0.094 0.091 0.100 0.047 0.032 0.017 0.009 18 N 0.248 0.143 0.073 0.134 0.098 0.086 0.092 0.046 0.035 0.025 0.019 19 T 0.155 0.179 0.066 0.104 0.092 0.092 0.112 0.065 0.061 0.043 0.031 20 P 0.347 0.208 0.101 0.151 0.079 0.049 0.031 0.013 0.011 0.006 0.004 21 L 0.109 0.042 0.022 0.052 0.056 0.070 0.123 0.114 0.151 0.137 0.124 22 S 0.173 0.266 0.091 0.176 0.102 0.062 0.053 0.028 0.023 0.014 0.011 23 E 0.306 0.169 0.066 0.159 0.113 0.077 0.053 0.025 0.017 0.010 0.006 24 N 0.363 0.167 0.092 0.120 0.081 0.062 0.051 0.024 0.018 0.012 0.009 25 D 0.068 0.102 0.066 0.186 0.151 0.125 0.123 0.069 0.056 0.034 0.020 26 I 0.115 0.080 0.039 0.086 0.077 0.086 0.131 0.100 0.117 0.099 0.070 27 G 0.257 0.139 0.069 0.125 0.100 0.083 0.084 0.049 0.043 0.029 0.022 28 V 0.079 0.062 0.036 0.078 0.077 0.083 0.139 0.112 0.130 0.108 0.096 29 T 0.102 0.279 0.081 0.197 0.120 0.081 0.064 0.031 0.023 0.013 0.008 30 E 0.351 0.137 0.076 0.145 0.118 0.085 0.052 0.018 0.011 0.005 0.002 31 D 0.508 0.145 0.084 0.088 0.054 0.040 0.038 0.018 0.013 0.007 0.004 32 Q 0.042 0.091 0.107 0.192 0.144 0.139 0.137 0.063 0.047 0.025 0.013 33 F 0.028 0.032 0.049 0.060 0.051 0.073 0.175 0.137 0.155 0.137 0.103 34 D 0.099 0.103 0.249 0.231 0.149 0.086 0.049 0.016 0.010 0.005 0.003 35 D 0.040 0.087 0.218 0.206 0.149 0.121 0.103 0.038 0.023 0.011 0.005 36 A 0.012 0.015 0.042 0.050 0.041 0.050 0.136 0.134 0.200 0.181 0.139 37 V 0.008 0.017 0.066 0.055 0.059 0.109 0.237 0.142 0.140 0.106 0.061 38 N 0.017 0.050 0.373 0.239 0.136 0.078 0.053 0.022 0.017 0.010 0.005 39 F 0.008 0.030 0.082 0.086 0.083 0.115 0.217 0.129 0.117 0.082 0.050 40 L 0.013 0.019 0.049 0.044 0.031 0.036 0.094 0.116 0.203 0.213 0.182 41 K 0.033 0.064 0.095 0.182 0.199 0.180 0.143 0.051 0.031 0.015 0.008 42 R 0.037 0.091 0.233 0.174 0.130 0.112 0.104 0.050 0.039 0.021 0.011 43 E 0.086 0.097 0.085 0.177 0.138 0.125 0.146 0.061 0.045 0.026 0.014 44 G 0.220 0.106 0.058 0.103 0.088 0.091 0.113 0.072 0.066 0.050 0.032 45 Y 0.017 0.045 0.050 0.126 0.135 0.142 0.184 0.118 0.093 0.056 0.032 46 I 0.018 0.021 0.019 0.039 0.039 0.055 0.118 0.132 0.185 0.187 0.186 47 I 0.012 0.018 0.017 0.047 0.048 0.065 0.161 0.156 0.189 0.158 0.129 48 G 0.037 0.041 0.034 0.065 0.059 0.068 0.126 0.127 0.162 0.149 0.133 49 V 0.022 0.028 0.021 0.045 0.043 0.052 0.108 0.119 0.186 0.194 0.182 50 H 0.036 0.055 0.033 0.114 0.115 0.125 0.170 0.119 0.111 0.072 0.050 51 Y 0.034 0.046 0.027 0.086 0.092 0.108 0.163 0.131 0.140 0.106 0.068 52 S 0.110 0.116 0.060 0.161 0.132 0.107 0.114 0.071 0.062 0.040 0.027 53 D 0.264 0.153 0.068 0.144 0.107 0.083 0.072 0.038 0.033 0.022 0.014 54 D 0.164 0.138 0.053 0.127 0.106 0.099 0.111 0.070 0.064 0.042 0.025 55 R 0.068 0.088 0.041 0.152 0.157 0.149 0.146 0.077 0.063 0.038 0.022 56 P 0.154 0.089 0.052 0.101 0.088 0.088 0.116 0.089 0.097 0.074 0.050 57 H 0.058 0.075 0.053 0.165 0.153 0.145 0.162 0.084 0.059 0.030 0.015 58 L 0.027 0.028 0.031 0.060 0.049 0.061 0.124 0.137 0.190 0.170 0.123 59 Y 0.016 0.031 0.041 0.125 0.139 0.132 0.181 0.124 0.106 0.067 0.037 60 K 0.068 0.118 0.194 0.196 0.145 0.102 0.082 0.040 0.030 0.016 0.008 61 L 0.020 0.030 0.027 0.064 0.066 0.089 0.179 0.149 0.166 0.132 0.078 62 G 0.095 0.140 0.058 0.131 0.114 0.109 0.137 0.082 0.069 0.042 0.024 63 P 0.292 0.158 0.092 0.143 0.099 0.074 0.070 0.031 0.022 0.012 0.006 64 E 0.314 0.194 0.099 0.168 0.100 0.057 0.040 0.014 0.009 0.004 0.002 65 L 0.029 0.025 0.021 0.044 0.044 0.065 0.133 0.129 0.193 0.175 0.141 66 T 0.055 0.116 0.078 0.182 0.155 0.134 0.130 0.064 0.046 0.024 0.014 67 E 0.310 0.166 0.210 0.126 0.071 0.045 0.036 0.015 0.011 0.006 0.003 68 K 0.170 0.159 0.098 0.174 0.126 0.105 0.095 0.036 0.021 0.011 0.005 69 G 0.167 0.114 0.040 0.088 0.083 0.091 0.118 0.086 0.092 0.072 0.049 70 E 0.134 0.130 0.097 0.205 0.166 0.122 0.082 0.028 0.020 0.010 0.005 71 N 0.145 0.161 0.237 0.197 0.104 0.059 0.046 0.021 0.016 0.009 0.005 72 Y 0.021 0.033 0.040 0.099 0.105 0.143 0.226 0.138 0.106 0.058 0.032 73 L 0.018 0.018 0.027 0.050 0.052 0.069 0.139 0.136 0.178 0.164 0.150 74 K 0.035 0.102 0.214 0.242 0.203 0.112 0.060 0.017 0.009 0.004 0.002 75 E 0.101 0.120 0.227 0.186 0.127 0.105 0.079 0.026 0.017 0.008 0.004 76 N 0.158 0.120 0.057 0.155 0.121 0.109 0.130 0.068 0.041 0.025 0.014 77 G 0.321 0.161 0.062 0.111 0.090 0.081 0.085 0.038 0.027 0.016 0.009 78 T 0.133 0.339 0.133 0.189 0.097 0.051 0.031 0.012 0.008 0.004 0.003 79 W 0.080 0.051 0.047 0.097 0.098 0.124 0.177 0.111 0.102 0.071 0.041 80 S 0.275 0.222 0.119 0.151 0.095 0.061 0.048 0.015 0.009 0.003 0.002 81 K 0.189 0.165 0.181 0.266 0.108 0.051 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 82 A 0.091 0.055 0.091 0.083 0.079 0.109 0.191 0.114 0.094 0.061 0.033 83 Y 0.031 0.045 0.157 0.147 0.125 0.153 0.202 0.073 0.042 0.019 0.007 84 K 0.050 0.085 0.507 0.206 0.081 0.038 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 85 T 0.023 0.084 0.215 0.190 0.153 0.139 0.120 0.039 0.023 0.010 0.003 86 I 0.014 0.034 0.191 0.078 0.058 0.079 0.215 0.119 0.111 0.068 0.032 87 K 0.144 0.111 0.422 0.162 0.084 0.044 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 88 E 0.019 0.064 0.455 0.221 0.124 0.072 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 89 I 0.010 0.034 0.305 0.071 0.034 0.039 0.142 0.098 0.119 0.093 0.054 90 K 0.026 0.053 0.218 0.191 0.178 0.162 0.118 0.032 0.015 0.006 0.002 91 D 0.042 0.093 0.593 0.151 0.063 0.032 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 92 W 0.014 0.041 0.196 0.162 0.141 0.133 0.172 0.065 0.045 0.023 0.008 93 I 0.022 0.035 0.084 0.045 0.042 0.076 0.225 0.152 0.156 0.109 0.054 94 K 0.048 0.140 0.320 0.268 0.127 0.056 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 95 L 0.041 0.087 0.220 0.112 0.088 0.094 0.133 0.080 0.078 0.046 0.020 96 E 0.177 0.181 0.154 0.188 0.122 0.077 0.061 0.021 0.013 0.005 0.002 97 H 0.152 0.135 0.090 0.119 0.103 0.112 0.135 0.068 0.048 0.026 0.011 98 H 0.150 0.159 0.153 0.167 0.112 0.088 0.077 0.038 0.031 0.017 0.008 99 H 0.169 0.131 0.091 0.128 0.100 0.095 0.117 0.067 0.056 0.032 0.014 100 H 0.136 0.111 0.064 0.138 0.128 0.115 0.121 0.075 0.063 0.035 0.015 101 H 0.207 0.125 0.078 0.135 0.107 0.094 0.100 0.059 0.053 0.030 0.013 102 H 0.145 0.102 0.056 0.151 0.131 0.121 0.128 0.075 0.052 0.027 0.012 103 M 0.099 0.074 0.050 0.093 0.096 0.106 0.153 0.123 0.111 0.066 0.030 104 N 0.142 0.339 0.125 0.170 0.090 0.056 0.041 0.018 0.012 0.006 0.003 105 K 0.213 0.137 0.088 0.183 0.150 0.106 0.068 0.028 0.017 0.007 0.003 106 D 0.416 0.187 0.080 0.110 0.068 0.050 0.047 0.020 0.014 0.006 0.003 107 K 0.048 0.110 0.165 0.315 0.177 0.098 0.058 0.017 0.007 0.003 0.001 108 L 0.061 0.037 0.056 0.047 0.037 0.053 0.143 0.137 0.185 0.143 0.101 109 R 0.012 0.038 0.101 0.181 0.181 0.186 0.172 0.066 0.040 0.018 0.006 110 Y 0.010 0.033 0.201 0.134 0.115 0.129 0.178 0.078 0.068 0.038 0.014 111 A 0.036 0.040 0.168 0.144 0.129 0.133 0.164 0.080 0.055 0.033 0.018 112 I 0.006 0.016 0.078 0.061 0.053 0.077 0.200 0.149 0.176 0.121 0.062 113 L 0.003 0.010 0.062 0.046 0.039 0.056 0.163 0.148 0.190 0.167 0.115 114 K 0.013 0.036 0.259 0.233 0.192 0.122 0.083 0.030 0.019 0.009 0.004 115 E 0.037 0.071 0.236 0.141 0.126 0.130 0.140 0.057 0.036 0.018 0.009 116 I 0.008 0.018 0.074 0.063 0.045 0.060 0.173 0.139 0.182 0.146 0.091 117 F 0.016 0.027 0.067 0.054 0.061 0.097 0.201 0.138 0.146 0.113 0.080 118 E 0.118 0.181 0.300 0.212 0.099 0.045 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 119 G 0.284 0.141 0.099 0.122 0.092 0.091 0.091 0.037 0.024 0.013 0.007 120 N 0.280 0.155 0.065 0.129 0.091 0.075 0.080 0.044 0.035 0.026 0.021 121 T 0.156 0.202 0.062 0.114 0.098 0.093 0.105 0.059 0.053 0.035 0.024 122 P 0.344 0.207 0.092 0.147 0.084 0.054 0.036 0.015 0.012 0.007 0.004 123 L 0.077 0.032 0.017 0.044 0.054 0.069 0.132 0.125 0.170 0.148 0.133 124 S 0.146 0.272 0.097 0.204 0.113 0.061 0.048 0.024 0.017 0.009 0.008 125 E 0.328 0.169 0.063 0.163 0.115 0.074 0.046 0.019 0.012 0.007 0.003 126 N 0.401 0.167 0.086 0.115 0.076 0.057 0.046 0.020 0.015 0.009 0.007 127 D 0.077 0.114 0.075 0.196 0.154 0.125 0.116 0.058 0.045 0.026 0.014 128 I 0.088 0.065 0.034 0.077 0.076 0.092 0.155 0.115 0.128 0.102 0.067 129 G 0.290 0.167 0.075 0.133 0.096 0.074 0.068 0.035 0.029 0.019 0.014 130 V 0.049 0.037 0.024 0.058 0.067 0.079 0.146 0.129 0.155 0.137 0.119 131 T 0.103 0.344 0.081 0.195 0.109 0.067 0.049 0.022 0.016 0.008 0.005 132 E 0.357 0.132 0.073 0.155 0.123 0.081 0.047 0.017 0.010 0.005 0.002 133 D 0.569 0.147 0.068 0.081 0.047 0.030 0.027 0.012 0.010 0.005 0.004 134 Q 0.048 0.121 0.118 0.214 0.148 0.128 0.111 0.050 0.035 0.018 0.009 135 F 0.037 0.034 0.032 0.058 0.059 0.089 0.184 0.141 0.149 0.124 0.092 136 D 0.148 0.145 0.248 0.202 0.125 0.069 0.039 0.012 0.007 0.004 0.002 137 D 0.070 0.114 0.226 0.234 0.137 0.093 0.071 0.025 0.016 0.009 0.004 138 A 0.022 0.023 0.032 0.055 0.050 0.064 0.146 0.137 0.183 0.161 0.128 139 V 0.013 0.019 0.044 0.058 0.073 0.132 0.237 0.145 0.137 0.093 0.049 140 N 0.039 0.087 0.368 0.238 0.121 0.064 0.043 0.017 0.013 0.007 0.004 141 F 0.012 0.030 0.071 0.090 0.093 0.125 0.213 0.130 0.115 0.075 0.046 142 L 0.017 0.017 0.028 0.038 0.037 0.049 0.111 0.129 0.200 0.196 0.179 143 K 0.048 0.092 0.113 0.223 0.201 0.148 0.105 0.035 0.020 0.009 0.005 144 R 0.051 0.104 0.238 0.175 0.130 0.110 0.093 0.041 0.031 0.017 0.009 145 E 0.148 0.136 0.095 0.190 0.130 0.104 0.102 0.041 0.028 0.017 0.010 146 G 0.300 0.132 0.063 0.120 0.092 0.079 0.083 0.046 0.039 0.028 0.018 147 Y 0.015 0.042 0.040 0.121 0.140 0.146 0.190 0.119 0.096 0.059 0.034 148 I 0.017 0.021 0.019 0.043 0.047 0.068 0.131 0.133 0.180 0.173 0.167 149 I 0.015 0.023 0.021 0.059 0.061 0.082 0.176 0.149 0.167 0.135 0.110 150 G 0.061 0.062 0.047 0.105 0.089 0.087 0.133 0.110 0.122 0.102 0.082 151 V 0.024 0.027 0.020 0.045 0.048 0.058 0.120 0.125 0.183 0.183 0.166 152 H 0.062 0.095 0.054 0.160 0.138 0.123 0.139 0.083 0.073 0.043 0.028 153 Y 0.030 0.038 0.023 0.071 0.082 0.102 0.172 0.144 0.157 0.114 0.067 154 S 0.157 0.169 0.079 0.184 0.127 0.090 0.084 0.044 0.035 0.020 0.012 155 D 0.377 0.163 0.074 0.133 0.088 0.059 0.048 0.023 0.018 0.011 0.007 156 D 0.305 0.187 0.060 0.119 0.084 0.069 0.067 0.037 0.033 0.023 0.015 157 R 0.075 0.109 0.045 0.142 0.141 0.135 0.142 0.083 0.068 0.040 0.022 158 P 0.294 0.131 0.066 0.112 0.084 0.074 0.083 0.051 0.050 0.034 0.021 159 H 0.089 0.109 0.074 0.178 0.154 0.131 0.134 0.061 0.041 0.019 0.009 160 L 0.025 0.021 0.024 0.054 0.053 0.070 0.141 0.146 0.194 0.162 0.110 161 Y 0.018 0.031 0.038 0.124 0.150 0.147 0.194 0.120 0.093 0.056 0.030 162 K 0.093 0.142 0.261 0.194 0.128 0.079 0.055 0.022 0.016 0.008 0.004 163 L 0.016 0.022 0.021 0.052 0.068 0.107 0.214 0.160 0.157 0.117 0.066 164 G 0.100 0.157 0.059 0.122 0.104 0.100 0.129 0.081 0.074 0.047 0.028 165 P 0.333 0.152 0.094 0.136 0.094 0.067 0.065 0.026 0.018 0.010 0.005 166 E 0.357 0.205 0.106 0.158 0.084 0.043 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 167 L 0.016 0.016 0.013 0.031 0.038 0.067 0.147 0.142 0.200 0.179 0.151 168 T 0.048 0.104 0.072 0.190 0.174 0.151 0.137 0.058 0.037 0.018 0.010 169 E 0.356 0.164 0.263 0.105 0.051 0.028 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 170 K 0.164 0.164 0.105 0.184 0.126 0.103 0.090 0.031 0.018 0.009 0.004 171 G 0.143 0.099 0.029 0.069 0.071 0.092 0.130 0.101 0.111 0.090 0.065 172 E 0.127 0.135 0.111 0.232 0.175 0.116 0.067 0.018 0.012 0.005 0.002 173 N 0.157 0.173 0.312 0.178 0.082 0.041 0.029 0.012 0.009 0.005 0.003 174 Y 0.013 0.023 0.031 0.083 0.100 0.159 0.255 0.146 0.106 0.054 0.030 175 L 0.011 0.011 0.017 0.038 0.047 0.074 0.162 0.154 0.181 0.162 0.141 176 K 0.029 0.097 0.260 0.241 0.195 0.103 0.052 0.013 0.007 0.003 0.001 177 E 0.108 0.122 0.262 0.190 0.117 0.092 0.066 0.020 0.013 0.007 0.003 178 N 0.191 0.128 0.055 0.152 0.116 0.102 0.116 0.061 0.040 0.025 0.015 179 G 0.273 0.141 0.054 0.110 0.094 0.092 0.106 0.052 0.040 0.024 0.013 180 T 0.127 0.336 0.126 0.184 0.101 0.055 0.036 0.015 0.010 0.005 0.003 181 W 0.057 0.039 0.030 0.069 0.081 0.113 0.179 0.132 0.137 0.101 0.063 182 S 0.251 0.198 0.100 0.169 0.114 0.073 0.057 0.019 0.012 0.005 0.002 183 K 0.190 0.169 0.152 0.260 0.121 0.058 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 184 A 0.060 0.044 0.057 0.068 0.073 0.109 0.196 0.132 0.123 0.086 0.052 185 Y 0.023 0.030 0.071 0.107 0.122 0.171 0.243 0.113 0.072 0.034 0.014 186 K 0.085 0.113 0.446 0.198 0.083 0.038 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 187 T 0.016 0.077 0.150 0.175 0.157 0.159 0.153 0.055 0.034 0.017 0.007 188 I 0.009 0.015 0.050 0.043 0.048 0.079 0.214 0.162 0.178 0.125 0.076 189 K 0.213 0.126 0.317 0.193 0.086 0.038 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 190 E 0.018 0.070 0.396 0.239 0.145 0.082 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 191 I 0.007 0.015 0.079 0.037 0.028 0.045 0.170 0.144 0.186 0.165 0.124 192 K 0.030 0.050 0.151 0.207 0.195 0.175 0.129 0.036 0.017 0.007 0.002 193 D 0.050 0.097 0.633 0.128 0.049 0.024 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 194 W 0.015 0.034 0.143 0.142 0.136 0.149 0.204 0.080 0.056 0.030 0.013 195 I 0.029 0.036 0.061 0.043 0.040 0.075 0.219 0.163 0.167 0.113 0.053 196 K 0.061 0.157 0.315 0.273 0.120 0.047 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 197 L 0.047 0.069 0.192 0.090 0.082 0.101 0.156 0.093 0.092 0.055 0.024 198 E 0.202 0.203 0.151 0.183 0.106 0.065 0.052 0.019 0.012 0.005 0.002 199 H 0.172 0.136 0.096 0.114 0.101 0.110 0.127 0.064 0.046 0.024 0.010 200 H 0.154 0.166 0.165 0.165 0.108 0.081 0.072 0.036 0.029 0.016 0.008 201 H 0.194 0.142 0.093 0.127 0.104 0.095 0.103 0.058 0.047 0.027 0.011 202 H 0.266 0.138 0.076 0.125 0.094 0.081 0.086 0.052 0.045 0.026 0.011 203 H 0.265 0.164 0.069 0.124 0.097 0.079 0.078 0.049 0.041 0.024 0.011 204 H 0.343 0.158 0.057 0.115 0.082 0.070 0.068 0.042 0.035 0.020 0.009